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长江江豚和东亚江豚染色体水平基因组微卫星分布特征分析
1
作者
李寒姝
杨连东
+4 位作者
孟明辉
许攀
范飞
王丁
郑劲松
《水生生物学报》
北大核心
2025年第5期86-94,共9页
研究采用生物信息学方法,首次对长江江豚(Neophocaena asiaeorientalis asiaeorientalis)和东亚江豚(N.a.sunameri)的染色体水平基因组(大小分别为2.62和2.50 Gb)的微卫星分布特征进行了分析和比较。结果表明,在长江江豚和东亚江豚基因...
研究采用生物信息学方法,首次对长江江豚(Neophocaena asiaeorientalis asiaeorientalis)和东亚江豚(N.a.sunameri)的染色体水平基因组(大小分别为2.62和2.50 Gb)的微卫星分布特征进行了分析和比较。结果表明,在长江江豚和东亚江豚基因组中分别发现888424和867792个完美型微卫星,总长度分别为15340771和14724482 bp,均占基因组序列总长度的0.59%。在长江江豚和东亚江豚基因组中,六种重复类型微卫星的数量分布模式基本一致:单碱基微卫星最为丰富,其次是二碱基、六碱基、四碱基、三碱基和五碱基重复微卫星;数目最多的6种微卫星重复单元分别是A、AC、AT、CCCTAA、AGGGTT和C。研究还着重分析了长江江豚和东亚江豚Y染色体微卫星分布特征,分别在两个亚种Y染色体基因序列中发现6195和5024个完美型微卫星。在Y染色体6种重复类型微卫星中,单碱基是最丰富的碱基重复类型,然后依次是二碱基、四碱基、三碱基、五碱基和六碱基重复。在Y染色体不同类别的完美型微卫星中,以A、AC、AAT等为重复单元的微卫星最为丰富。研究分析了长江江豚和东亚江豚染色体水平基因组微卫星分布特征和差异,为后续微卫星遗传标记的开发与利用奠定了重要基础。
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关键词
长江江豚
东亚江豚
基因组
Y染色体
微卫星
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题名
长江江豚和东亚江豚染色体水平基因组微卫星分布特征分析
1
作者
李寒姝
杨连东
孟明辉
许攀
范飞
王丁
郑劲松
机构
中国科学院水生
生物
研究所
中国科学院大学
迪格
思
(
武汉
)
生物科技
有限责任公司
国家水生
生物
种质资源库
出处
《水生生物学报》
北大核心
2025年第5期86-94,共9页
基金
国家重点研发计划(2022YFF1301600)
国家自然科学基金(31870372)
中国科学院科技服务网络计划(KFJ-STS-QYZD-2021-27-001)资助。
文摘
研究采用生物信息学方法,首次对长江江豚(Neophocaena asiaeorientalis asiaeorientalis)和东亚江豚(N.a.sunameri)的染色体水平基因组(大小分别为2.62和2.50 Gb)的微卫星分布特征进行了分析和比较。结果表明,在长江江豚和东亚江豚基因组中分别发现888424和867792个完美型微卫星,总长度分别为15340771和14724482 bp,均占基因组序列总长度的0.59%。在长江江豚和东亚江豚基因组中,六种重复类型微卫星的数量分布模式基本一致:单碱基微卫星最为丰富,其次是二碱基、六碱基、四碱基、三碱基和五碱基重复微卫星;数目最多的6种微卫星重复单元分别是A、AC、AT、CCCTAA、AGGGTT和C。研究还着重分析了长江江豚和东亚江豚Y染色体微卫星分布特征,分别在两个亚种Y染色体基因序列中发现6195和5024个完美型微卫星。在Y染色体6种重复类型微卫星中,单碱基是最丰富的碱基重复类型,然后依次是二碱基、四碱基、三碱基、五碱基和六碱基重复。在Y染色体不同类别的完美型微卫星中,以A、AC、AAT等为重复单元的微卫星最为丰富。研究分析了长江江豚和东亚江豚染色体水平基因组微卫星分布特征和差异,为后续微卫星遗传标记的开发与利用奠定了重要基础。
关键词
长江江豚
东亚江豚
基因组
Y染色体
微卫星
Keywords
the Yangtze finless porpoise
the East Asian finless porpoise
Genome
Y chromosome
Microsatellite
分类号
Q347 [生物学—遗传学]
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题名
作者
出处
发文年
被引量
操作
1
长江江豚和东亚江豚染色体水平基因组微卫星分布特征分析
李寒姝
杨连东
孟明辉
许攀
范飞
王丁
郑劲松
《水生生物学报》
北大核心
2025
0
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