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黍子SRS基因家族的全基因组鉴定与表达分析
被引量：
1
1
作者
李佳祯
杨梦珂
+6 位作者
宋晓涵
王月
王禹茜
王世纪
张美春
邓欣
王红艳
《草业科学》
CAS
CSCD
北大核心
2024年第9期2035-2045,共11页
植物特异性SHI-related sequence(SRS)转录因子在调控植物生长发育、激素生物合成和胁迫反应中起着至关重要的作用。本文研究了黍子(Panicum miliaceum)SRS基因家族(PmSRS),利用生物信息学方法分析了PmSRS的结构和功能,并通过转录组数...
植物特异性SHI-related sequence(SRS)转录因子在调控植物生长发育、激素生物合成和胁迫反应中起着至关重要的作用。本文研究了黍子(Panicum miliaceum)SRS基因家族(PmSRS),利用生物信息学方法分析了PmSRS的结构和功能,并通过转录组数据分析SRS基因在黍子不同组织和不同成熟阶段的基因表达水平。共鉴定出13个PmSRS,根据系统发育关系分为6个亚家族,且同一亚家族中的PmSRS成员包含相似的基因结构和基序组成。发现在PmSRS基因的启动子区存在39种与植物生长发育、植物激素、胁迫及光响应相关的顺式作用元件。此外,PmSRS5、PmSRS6可能在黍子生长时期发挥主要作用。本研究提供了黍子SRS基因家族的综合信息,有助于研究SRS基因的功能,并为黍子的分子改良提供了理论依据。
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关键词
生物信息学分析
比较基因组学
系统发育分析
保守结构域
转录组
黍子
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职称材料
甘蓝型油菜转录因子SRS基因家族的全基因组鉴定及表达分析
被引量：
1
2
作者
王龙
张永顺
+1 位作者
王红艳
肖麓
《中国油料作物学报》
CAS
CSCD
北大核心
2024年第4期795-807,共13页
SRS(shi-related sequence)是植物特异的转录因子家族,在植物生长发育、激素信号转导和应对胁迫响应过程中发挥着重要的作用。为了研究SRS基因家族在甘蓝型油菜(Brassica napus L.)中潜在的生物学功能以及该基因家族在甘蓝型油菜形成过...
SRS(shi-related sequence)是植物特异的转录因子家族,在植物生长发育、激素信号转导和应对胁迫响应过程中发挥着重要的作用。为了研究SRS基因家族在甘蓝型油菜(Brassica napus L.)中潜在的生物学功能以及该基因家族在甘蓝型油菜形成过程中的进化,利用比较基因组学的方法,在甘蓝型油菜及二倍体祖先种白菜(B.rapa L.)和甘蓝(B.oleracea L.)中分别鉴定到38、16和20个SRS基因,并对其理化性质、系统发育关系、基因结构、基因共线性、顺式作用元件和表达模式进行分析。结果表明,所有鉴定的SRS蛋白被分为9个分支,且甘蓝型油菜SRS基因家族的进化过程中发生了内含子/外显子的丢失事件。Ka/Ks分析发现,SRS基因在重复事件后经历了纯化选择。在多数的SRS基因启动子中发现了分别与光响应、厌氧诱导和脱落酸响应相关的顺式作用元件,且甘蓝型油菜SRS基因启动子比二倍体祖先启动子含有更多的胚乳基因表达和光响应顺式作用元件。转录组分析发现,甘蓝型油菜SRS基因在不同处理下以不同的表达模式响应并表现出根部的优势表达。综上,本研究为了解甘蓝型油菜SRS基因家族功能和作用提供初步的理论依据,为甘蓝型油菜及其二倍体祖先之间基因进化的分子机制提供参考。
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关键词
SRS
基因家族
进化
转录组
甘蓝型油菜
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职称材料
谷子RNA干扰相关酶类基因家族的鉴定与分析
被引量：
4
3
作者
张司雯
邓欣
+5 位作者
王龙
罗皓天
王禹茜
王月
李清竹
王红艳
《草业科学》
CAS
CSCD
北大核心
2021年第7期1380-1392,共13页
Dicers酶类、Argonautes蛋白以及RNA依赖的RNA聚合酶(RNA-dependent RNA polymerases,RDRs)是RNA干扰(RNA interference,RNAi)机制中重要的核心蛋白,但在谷子(Setaria italica)中尚无系统报道。为了研究谷子中与RNA干扰相关酶类基因的特...
Dicers酶类、Argonautes蛋白以及RNA依赖的RNA聚合酶(RNA-dependent RNA polymerases,RDRs)是RNA干扰(RNA interference,RNAi)机制中重要的核心蛋白,但在谷子(Setaria italica)中尚无系统报道。为了研究谷子中与RNA干扰相关酶类基因的特征,本研究对谷子的RNA干扰相关酶类基因家族进行了蛋白质理化性质、亚细胞定位预测、蛋白质保守基序、基因保守结构域、基因家族成员间系统发育关系以及组织特异性表达谱分析。研究共发现24个与谷子RNA干扰相关酶类基因,包括7个DCL(Dicers),13个AGO(Argonautes),4个RDRs。系统进化树分析表明,这些家族被分为3个进化支。同一家族基因成员具有共同的保守结构域。虽然大多数基因可同时在不同发育时期的叶、茎和穗中表达,但其在各时期的穗和茎中的表达量最高。本研究为详细探讨这些基因在谷子生殖和生长发育中的表观遗传修饰作用提供了理论依据。
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关键词
RNA干扰
基因家族
生物信息学
系统进化树
保守结构域
组织特异性表达
谷子
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职称材料
题名
黍子SRS基因家族的全基因组鉴定与表达分析
被引量：
1
1
作者
李佳祯
杨梦珂
宋晓涵
王月
王禹茜
王世纪
张美春
邓欣
王红艳
机构
辽宁大学生命科学院植物表观遗传与进化实验室
出处
《草业科学》
CAS
CSCD
北大核心
2024年第9期2035-2045,共11页
基金
国家自然科学基金项目(31100172)
辽宁省科技厅自然科学基金计划面上项目(2022-MS-174)
+1 种基金
辽宁省教育厅重点攻关项目(JYTZD2023067)
辽宁省博士科研启动基金计划项目(2021-BS-082)。
文摘
植物特异性SHI-related sequence(SRS)转录因子在调控植物生长发育、激素生物合成和胁迫反应中起着至关重要的作用。本文研究了黍子(Panicum miliaceum)SRS基因家族(PmSRS),利用生物信息学方法分析了PmSRS的结构和功能,并通过转录组数据分析SRS基因在黍子不同组织和不同成熟阶段的基因表达水平。共鉴定出13个PmSRS,根据系统发育关系分为6个亚家族,且同一亚家族中的PmSRS成员包含相似的基因结构和基序组成。发现在PmSRS基因的启动子区存在39种与植物生长发育、植物激素、胁迫及光响应相关的顺式作用元件。此外,PmSRS5、PmSRS6可能在黍子生长时期发挥主要作用。本研究提供了黍子SRS基因家族的综合信息,有助于研究SRS基因的功能,并为黍子的分子改良提供了理论依据。
关键词
生物信息学分析
比较基因组学
系统发育分析
保守结构域
转录组
黍子
Keywords
bioinformatics analysis
comparative genomics
phylogenetic analysis
conserved domains
transcriptome
Panicum miliaceum
分类号
S516 [农业科学—作物学]
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职称材料
题名
甘蓝型油菜转录因子SRS基因家族的全基因组鉴定及表达分析
被引量：
1
2
作者
王龙
张永顺
王红艳
肖麓
机构
青海
大学
农林
科学院
辽宁大学
生命
科学院
出处
《中国油料作物学报》
CAS
CSCD
北大核心
2024年第4期795-807,共13页
基金
青海省“帅才科学家负责制”课题计划(2022-NK-170)
青海省创新平台建设专项(2022-ZJ-Y01,2022-ZJ-Y13)。
文摘
SRS(shi-related sequence)是植物特异的转录因子家族,在植物生长发育、激素信号转导和应对胁迫响应过程中发挥着重要的作用。为了研究SRS基因家族在甘蓝型油菜(Brassica napus L.)中潜在的生物学功能以及该基因家族在甘蓝型油菜形成过程中的进化,利用比较基因组学的方法,在甘蓝型油菜及二倍体祖先种白菜(B.rapa L.)和甘蓝(B.oleracea L.)中分别鉴定到38、16和20个SRS基因,并对其理化性质、系统发育关系、基因结构、基因共线性、顺式作用元件和表达模式进行分析。结果表明,所有鉴定的SRS蛋白被分为9个分支,且甘蓝型油菜SRS基因家族的进化过程中发生了内含子/外显子的丢失事件。Ka/Ks分析发现,SRS基因在重复事件后经历了纯化选择。在多数的SRS基因启动子中发现了分别与光响应、厌氧诱导和脱落酸响应相关的顺式作用元件,且甘蓝型油菜SRS基因启动子比二倍体祖先启动子含有更多的胚乳基因表达和光响应顺式作用元件。转录组分析发现,甘蓝型油菜SRS基因在不同处理下以不同的表达模式响应并表现出根部的优势表达。综上,本研究为了解甘蓝型油菜SRS基因家族功能和作用提供初步的理论依据,为甘蓝型油菜及其二倍体祖先之间基因进化的分子机制提供参考。
关键词
SRS
基因家族
进化
转录组
甘蓝型油菜
Keywords
SRS
gene family
evolution
transcriptome
Brassica napus L.
分类号
S565.4 [农业科学—作物学]
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职称材料
题名
谷子RNA干扰相关酶类基因家族的鉴定与分析
被引量：
4
3
作者
张司雯
邓欣
王龙
罗皓天
王禹茜
王月
李清竹
王红艳
机构
辽宁大学
生命
科学院
/
植物
表观
遗传与
进化
实验室
出处
《草业科学》
CAS
CSCD
北大核心
2021年第7期1380-1392,共13页
基金
国家自然科学基金(31100172)
辽宁省自然科学基金指导项目(20180550686)
辽宁省教育厅科学研究经费项目(LJC201909)。
文摘
Dicers酶类、Argonautes蛋白以及RNA依赖的RNA聚合酶(RNA-dependent RNA polymerases,RDRs)是RNA干扰(RNA interference,RNAi)机制中重要的核心蛋白,但在谷子(Setaria italica)中尚无系统报道。为了研究谷子中与RNA干扰相关酶类基因的特征,本研究对谷子的RNA干扰相关酶类基因家族进行了蛋白质理化性质、亚细胞定位预测、蛋白质保守基序、基因保守结构域、基因家族成员间系统发育关系以及组织特异性表达谱分析。研究共发现24个与谷子RNA干扰相关酶类基因,包括7个DCL(Dicers),13个AGO(Argonautes),4个RDRs。系统进化树分析表明,这些家族被分为3个进化支。同一家族基因成员具有共同的保守结构域。虽然大多数基因可同时在不同发育时期的叶、茎和穗中表达,但其在各时期的穗和茎中的表达量最高。本研究为详细探讨这些基因在谷子生殖和生长发育中的表观遗传修饰作用提供了理论依据。
关键词
RNA干扰
基因家族
生物信息学
系统进化树
保守结构域
组织特异性表达
谷子
Keywords
RNA interference
gene family
bioinformatics
phylogenetic tree
conserved domain
tissue specific expression
Setaria italica
分类号
S515 [农业科学—作物学]
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职称材料
题名
作者
出处
发文年
被引量
操作
1
黍子SRS基因家族的全基因组鉴定与表达分析
李佳祯
杨梦珂
宋晓涵
王月
王禹茜
王世纪
张美春
邓欣
王红艳
《草业科学》
CAS
CSCD
北大核心
2024
1
在线阅读
下载PDF
职称材料
2
甘蓝型油菜转录因子SRS基因家族的全基因组鉴定及表达分析
王龙
张永顺
王红艳
肖麓
《中国油料作物学报》
CAS
CSCD
北大核心
2024
1
在线阅读
下载PDF
职称材料
3
谷子RNA干扰相关酶类基因家族的鉴定与分析
张司雯
邓欣
王龙
罗皓天
王禹茜
王月
李清竹
王红艳
《草业科学》
CAS
CSCD
北大核心
2021
4
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职称材料
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