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基于TXNDC11基因对泛癌的预后评估价值及其免疫调节作用的生物信息学分析
被引量:
1
1
作者
赵莹
赵丹玉
刘超
《吉林大学学报(医学版)》
CAS
CSCD
北大核心
2022年第1期142-153,共12页
目的:通过生物信息学方法探讨硫氧还蛋白结构域11(TXNDC11)在泛癌预后分析中的作用及与肿瘤免疫细胞浸润的关系,阐明其对肿瘤的预后评估价值。方法:采用ONCOMINE和TIMER数据库综合分析TXNDC11 mRNA和蛋白在肿瘤组织及相对应癌旁正常组...
目的:通过生物信息学方法探讨硫氧还蛋白结构域11(TXNDC11)在泛癌预后分析中的作用及与肿瘤免疫细胞浸润的关系,阐明其对肿瘤的预后评估价值。方法:采用ONCOMINE和TIMER数据库综合分析TXNDC11 mRNA和蛋白在肿瘤组织及相对应癌旁正常组织中的表达;采用临床蛋白质组肿瘤分析协作组(CPTAC)数据库分析TXNDC11蛋白在肿瘤组织和正常组织间表达的差异;采用基因表达谱交互分析网站(GEPIA)分析TXNDC11表达与泛癌分期之间的关系;采用Kaplan-Meier Plotter在线网站分析TXNDC11表达与泛癌患者生存预后的关系;采用TIMER数据库分析各种肿瘤组织中TXNDC11蛋白表达与肿瘤免疫浸润细胞之间的相关性;采用SangerBox数据库分析TXNDC11蛋白与免疫检查点的关系。结果:ONCOMINE数据库分析,与癌旁正常组织比较,结肠癌(COAD)、胃腺癌(STAD)和肉瘤(SARC)组织中TXNDC11 mRNA表达水平明显降低(P<0.05),而乳腺癌(BRCA)、食管癌(ESCA)、肾嫌色细胞癌(KICH)和胰腺癌(PAAD)组织中TXNDC11 mRNA表达水平明显升高(P<0.01)。TIMER数据库分析,BRCA、胆管癌(CHOL)、ESCA、胶质母细胞瘤(GBM)、头颈鳞状细胞癌(HNSC)和前列腺癌(PRAD)组织中TXNDC11蛋白表达水平升高,COAD、肾乳头状细胞癌(KIRP)、肺腺癌(LUAD)、肺鳞状细胞癌(LUSC)、嗜铬细胞瘤和副神经节瘤(PCPG)、直肠腺癌(READ)和甲状腺癌(THCA)组织中TXNDC11呈明显低表达。CPTAC数据库分析,肾透明细胞癌(KIRC)和子宫内膜癌(UCEC)组织中TXNDC11蛋白表达水平明显高于癌旁正常组织(P<0.01),而BRCA、卵巢癌(OV)和COAD组织中TXNDC11蛋白表达水平明显低于癌旁正常组织(P<0.05或P<0.01)。GEPIA数据库分析,TXNDC11表达水平与LUAD、卵巢浆液性囊腺癌、THCA和UCEC患者的临床病理分期有密切关联(P<0.05)。Kaplan-Meier Plotter数据库分析,膀胱尿路上皮癌(BLCA)(HR=0.71,P=0.024)、BRCA(HR=0.68,P=0.021)、ESCA(HR=0.39,P=0.0051)、HNSC(HR=0.72,P=0.026)、KIRC(HR=0.41,P=0.0026)、LUAD(HR=0.53,P<0.01)、READ(HR=0.34,P=0.014)、SARC(HR=0.61,P=0.016)、胸腺癌(THYM)(HR=0.14,P=0.0042)、THCA(HR=0.35,P=0.043)和UCEC(HR=0.36,P<0.01)组织中TXNDC11的高表达与肿瘤患者的良好预后有关联。TIMER数据库分析,TXNDC11表达与22种肿瘤组织中B细胞浸润水平有相关性(P<0.05),TXNDC11表达与16种肿瘤组织中CD4+T淋巴细胞浸润水平、25种肿瘤组织中CD8+T淋巴细胞浸润水平、22种肿瘤组织中中性粒细胞浸润水平、22种肿瘤组织中巨噬细胞浸润水平和23种肿瘤组织中树突状细胞浸润水平有明显相关性(P<0.05);TXNDC11表达与COAD、LUSC、HNSC、SARC和皮肤黑色素瘤(SKCM)的免疫细胞具有明显相关性(P<0.01)。SangerBox数据库分析,TXNDC11在多种肿瘤组织中与多个免疫检查点基因表达水平有明显相关性(P<0.05)。结论:泛癌分析中,TXNDC11在多种肿瘤组织中普遍低表达,且TXNDC11与多种肿瘤患者的预后生存有密切关联。TXNDC11可作为一个重要的肿瘤预后预测因子,并在一定程度上调节多种肿瘤的免疫反应。
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关键词
硫氧还蛋白结构域11
泛癌
预后
免疫浸润
免疫检查点
生物信息学
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职称材料
基于细胞铜死亡分析香砂六君子汤减少脾虚高脂血症大鼠肝脏组织脂质沉积的作用机制
被引量:
1
2
作者
刘慧慧
陈含希
冷雪
《中国医科大学学报》
CAS
北大核心
2024年第4期289-294,共6页
目的从细胞铜死亡的角度分析中药香砂六君子汤减少脾虚高脂血症大鼠肝脏组织脂质沉积的作用机制。方法将18只健康SD大鼠随机均分为正常组、脾虚高脂血症组、中药组。脾虚高脂血症组和中药组采用游泳力竭和高脂饲料喂养的复合方法造模,...
目的从细胞铜死亡的角度分析中药香砂六君子汤减少脾虚高脂血症大鼠肝脏组织脂质沉积的作用机制。方法将18只健康SD大鼠随机均分为正常组、脾虚高脂血症组、中药组。脾虚高脂血症组和中药组采用游泳力竭和高脂饲料喂养的复合方法造模,正常组仅给予普通饲料。造模12周后,中药组进行香砂六君子汤(11.34 g·kg-1)灌胃干预,正常组与脾虚高脂血症组给予同体积0.9%氯化钠溶液灌胃,灌胃干预4周后检测各组大鼠血脂指标[总胆固醇(TC)、甘油三酯(TG)、高密度脂蛋白胆固醇(HDL-C)、低密度脂蛋白胆固醇(LDL-C)]、肝脏脂积变化;PCR Array技术检测与铜死亡相关基因的表达。结果与正常组比较,脾虚高脂血症组血清中TC、TG、LDL-C水平显著升高(P<0.01),HDL-C水平显著降低(P<0.01);脾虚高脂血症组大鼠肝脏脂质沉积明显。与脾虚高脂血症组比较,中药组TC、TG、LDL-C水平显著降低(P<0.01),HDL-C水平显著升高(P<0.01);中药组大鼠肝脏脂质沉积明显减少。PCR Array共检测出11个铜死亡相关基因。与正常组比较,脾虚高脂血症组肝脏铜死亡差异表达基因7个;与脾虚高脂血症组比较,中药组肝脏铜死亡差异表达基因6个;脾虚高脂血症组与中药组铜死亡共同差异表达基因5个。脾虚高脂血症组与正常组、中药组与脾虚高脂血症组差异表达均发生上调≥1倍或下调≤1倍的基因3个,2种比较方法结果取交集,共同的差异表达基因为Dld和Gls,这2个基因均能够调控线粒体铜死亡水平。qPCR验证结果显示,Dld基因表达与PCR芯片结果一致。结论肝脏铜死亡相关基因(Dld、Gls)表达异常可能是血脂代谢异常的潜在机制,也可能是香砂六君子汤防治脾虚高脂血症的重要作用靶标。
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关键词
香砂六君子汤
脾虚
高脂血症
大鼠
脂肪沉积
细胞铜死亡
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职称材料
题名
基于TXNDC11基因对泛癌的预后评估价值及其免疫调节作用的生物信息学分析
被引量:
1
1
作者
赵莹
赵丹玉
刘超
机构
锦州医科
大学
基础医
学院
遗传学
教研室
辽宁中医药大学中西医结合学院生物化学与分子生物学教研室
出处
《吉林大学学报(医学版)》
CAS
CSCD
北大核心
2022年第1期142-153,共12页
基金
国家自然科学基金项目(32171153,81803854)
辽宁省教育厅科研基金项目(JYTJCZR2020075)
辽宁省教育厅高等学校创新人才项目(LR2016075,LR2019041)。
文摘
目的:通过生物信息学方法探讨硫氧还蛋白结构域11(TXNDC11)在泛癌预后分析中的作用及与肿瘤免疫细胞浸润的关系,阐明其对肿瘤的预后评估价值。方法:采用ONCOMINE和TIMER数据库综合分析TXNDC11 mRNA和蛋白在肿瘤组织及相对应癌旁正常组织中的表达;采用临床蛋白质组肿瘤分析协作组(CPTAC)数据库分析TXNDC11蛋白在肿瘤组织和正常组织间表达的差异;采用基因表达谱交互分析网站(GEPIA)分析TXNDC11表达与泛癌分期之间的关系;采用Kaplan-Meier Plotter在线网站分析TXNDC11表达与泛癌患者生存预后的关系;采用TIMER数据库分析各种肿瘤组织中TXNDC11蛋白表达与肿瘤免疫浸润细胞之间的相关性;采用SangerBox数据库分析TXNDC11蛋白与免疫检查点的关系。结果:ONCOMINE数据库分析,与癌旁正常组织比较,结肠癌(COAD)、胃腺癌(STAD)和肉瘤(SARC)组织中TXNDC11 mRNA表达水平明显降低(P<0.05),而乳腺癌(BRCA)、食管癌(ESCA)、肾嫌色细胞癌(KICH)和胰腺癌(PAAD)组织中TXNDC11 mRNA表达水平明显升高(P<0.01)。TIMER数据库分析,BRCA、胆管癌(CHOL)、ESCA、胶质母细胞瘤(GBM)、头颈鳞状细胞癌(HNSC)和前列腺癌(PRAD)组织中TXNDC11蛋白表达水平升高,COAD、肾乳头状细胞癌(KIRP)、肺腺癌(LUAD)、肺鳞状细胞癌(LUSC)、嗜铬细胞瘤和副神经节瘤(PCPG)、直肠腺癌(READ)和甲状腺癌(THCA)组织中TXNDC11呈明显低表达。CPTAC数据库分析,肾透明细胞癌(KIRC)和子宫内膜癌(UCEC)组织中TXNDC11蛋白表达水平明显高于癌旁正常组织(P<0.01),而BRCA、卵巢癌(OV)和COAD组织中TXNDC11蛋白表达水平明显低于癌旁正常组织(P<0.05或P<0.01)。GEPIA数据库分析,TXNDC11表达水平与LUAD、卵巢浆液性囊腺癌、THCA和UCEC患者的临床病理分期有密切关联(P<0.05)。Kaplan-Meier Plotter数据库分析,膀胱尿路上皮癌(BLCA)(HR=0.71,P=0.024)、BRCA(HR=0.68,P=0.021)、ESCA(HR=0.39,P=0.0051)、HNSC(HR=0.72,P=0.026)、KIRC(HR=0.41,P=0.0026)、LUAD(HR=0.53,P<0.01)、READ(HR=0.34,P=0.014)、SARC(HR=0.61,P=0.016)、胸腺癌(THYM)(HR=0.14,P=0.0042)、THCA(HR=0.35,P=0.043)和UCEC(HR=0.36,P<0.01)组织中TXNDC11的高表达与肿瘤患者的良好预后有关联。TIMER数据库分析,TXNDC11表达与22种肿瘤组织中B细胞浸润水平有相关性(P<0.05),TXNDC11表达与16种肿瘤组织中CD4+T淋巴细胞浸润水平、25种肿瘤组织中CD8+T淋巴细胞浸润水平、22种肿瘤组织中中性粒细胞浸润水平、22种肿瘤组织中巨噬细胞浸润水平和23种肿瘤组织中树突状细胞浸润水平有明显相关性(P<0.05);TXNDC11表达与COAD、LUSC、HNSC、SARC和皮肤黑色素瘤(SKCM)的免疫细胞具有明显相关性(P<0.01)。SangerBox数据库分析,TXNDC11在多种肿瘤组织中与多个免疫检查点基因表达水平有明显相关性(P<0.05)。结论:泛癌分析中,TXNDC11在多种肿瘤组织中普遍低表达,且TXNDC11与多种肿瘤患者的预后生存有密切关联。TXNDC11可作为一个重要的肿瘤预后预测因子,并在一定程度上调节多种肿瘤的免疫反应。
关键词
硫氧还蛋白结构域11
泛癌
预后
免疫浸润
免疫检查点
生物信息学
Keywords
Thioredoxin Domain Containing 11
Pan-cancer prognosis
Immune infiltration
Immune checkpoint
Bioinformatics analysis
分类号
R730 [医药卫生—肿瘤]
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职称材料
题名
基于细胞铜死亡分析香砂六君子汤减少脾虚高脂血症大鼠肝脏组织脂质沉积的作用机制
被引量:
1
2
作者
刘慧慧
陈含希
冷雪
机构
辽宁中医药大学
中西医
结合
学院
生理与心理学
教研室
辽宁中医药大学中西医结合学院生物化学与分子生物学教研室
出处
《中国医科大学学报》
CAS
北大核心
2024年第4期289-294,共6页
基金
国家自然科学基金(82104552)
辽宁省教育厅基本科研项目(JYTMS20231822)。
文摘
目的从细胞铜死亡的角度分析中药香砂六君子汤减少脾虚高脂血症大鼠肝脏组织脂质沉积的作用机制。方法将18只健康SD大鼠随机均分为正常组、脾虚高脂血症组、中药组。脾虚高脂血症组和中药组采用游泳力竭和高脂饲料喂养的复合方法造模,正常组仅给予普通饲料。造模12周后,中药组进行香砂六君子汤(11.34 g·kg-1)灌胃干预,正常组与脾虚高脂血症组给予同体积0.9%氯化钠溶液灌胃,灌胃干预4周后检测各组大鼠血脂指标[总胆固醇(TC)、甘油三酯(TG)、高密度脂蛋白胆固醇(HDL-C)、低密度脂蛋白胆固醇(LDL-C)]、肝脏脂积变化;PCR Array技术检测与铜死亡相关基因的表达。结果与正常组比较,脾虚高脂血症组血清中TC、TG、LDL-C水平显著升高(P<0.01),HDL-C水平显著降低(P<0.01);脾虚高脂血症组大鼠肝脏脂质沉积明显。与脾虚高脂血症组比较,中药组TC、TG、LDL-C水平显著降低(P<0.01),HDL-C水平显著升高(P<0.01);中药组大鼠肝脏脂质沉积明显减少。PCR Array共检测出11个铜死亡相关基因。与正常组比较,脾虚高脂血症组肝脏铜死亡差异表达基因7个;与脾虚高脂血症组比较,中药组肝脏铜死亡差异表达基因6个;脾虚高脂血症组与中药组铜死亡共同差异表达基因5个。脾虚高脂血症组与正常组、中药组与脾虚高脂血症组差异表达均发生上调≥1倍或下调≤1倍的基因3个,2种比较方法结果取交集,共同的差异表达基因为Dld和Gls,这2个基因均能够调控线粒体铜死亡水平。qPCR验证结果显示,Dld基因表达与PCR芯片结果一致。结论肝脏铜死亡相关基因(Dld、Gls)表达异常可能是血脂代谢异常的潜在机制,也可能是香砂六君子汤防治脾虚高脂血症的重要作用靶标。
关键词
香砂六君子汤
脾虚
高脂血症
大鼠
脂肪沉积
细胞铜死亡
Keywords
Xiangsha Liujunzi decoction
spleen-deficiency
hyperlipidemia
rat
lipid deposition
cuprotosis
分类号
R259 [医药卫生—中西医结合]
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职称材料
题名
作者
出处
发文年
被引量
操作
1
基于TXNDC11基因对泛癌的预后评估价值及其免疫调节作用的生物信息学分析
赵莹
赵丹玉
刘超
《吉林大学学报(医学版)》
CAS
CSCD
北大核心
2022
1
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职称材料
2
基于细胞铜死亡分析香砂六君子汤减少脾虚高脂血症大鼠肝脏组织脂质沉积的作用机制
刘慧慧
陈含希
冷雪
《中国医科大学学报》
CAS
北大核心
2024
1
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