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基于系统生物信息学的鼻咽癌关键预测基因筛选及实验验证
被引量：
1
1
作者
黄子葵
李斐
+3 位作者
陈跃洲
刘佳铭
刘嘉俊
蓝素珍
《中国医学科学院学报》
CAS
CSCD
北大核心
2023年第4期597-607,共11页
目的基于系统生物信息学分析鼻咽癌样本基因芯片数据,筛选鼻咽癌的潜在预测基因,并对其进行实验验证。方法通过基因表达综合数据库筛选鼻咽癌数据集,通过limma包进行差异分析,加权基因共表达网络包进行加权基因共表达网络分析,绘制韦恩...
目的基于系统生物信息学分析鼻咽癌样本基因芯片数据,筛选鼻咽癌的潜在预测基因,并对其进行实验验证。方法通过基因表达综合数据库筛选鼻咽癌数据集,通过limma包进行差异分析,加权基因共表达网络包进行加权基因共表达网络分析,绘制韦恩图寻找共同基因,进行基因本体富集分析及京都基因与基因组百科全书通路分析。通过蛋白质互作网络、LASSO回归及非参数检验,进一步挖掘鼻咽癌的生物标志物。通过实时荧光定量PCR和Western blot对鼻咽癌关键预测基因的mRNA及蛋白表达情况进行检测,验证结果。结果GSE12452数据集上调基因共622个,下调基因共351个,通过limma分析及加权基因共表达网络分析并交集最终获取116个交集基因,通过富集分析,生物过程主要包括细胞增殖及调控、细胞间黏附的调节等,富集于Rap1信号通路、Ras信号通路、肿瘤坏死因子信号通路等通路,经过筛选得到血管生成素2(ANGPT2)、双氧化酶2(DUOX2)、人组织因子Ⅲ(F3)、白细胞介素-15(IL-15)、脂质运载蛋白2、视黄酸受体相关孤儿受体B(RORB)共6个关键基因,实时荧光定量PCR和Western blot实验证明ANGPT2、IL-15的mRNA和蛋白在鼻咽癌细胞中高表达,DUOX2、F3、RORB的mRNA和蛋白低表达。结论ANGPT2、DUOX2、F3、IL-15、RORB为鼻咽癌的潜在预测分子标志物和治疗靶点,其机制可能与Rap1、Ras、肿瘤坏死因子等信号通路有关。
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关键词
鼻咽癌
生物信息学分析
基因表达综合数据库
加权基因共表达网络分析
生物标志物
差异表达基因
关键基因
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职称材料
湿热体质与生活方式的相关性探讨
被引量：
29
2
作者
吴佩珊
陈洁瑜
+2 位作者
李斐
罗仁
赵晓山
《世界科学技术-中医药现代化》
CSCD
北大核心
2020年第7期2460-2465,共6页
中医学认为中医体质与健康状态密切相关,体质类型决定对某些致病因子的易感性及所产生疾病类型的倾向性。研究表明湿热体质现患率居偏颇体质的第二位,并且与痤疮、湿疹、便秘、脂肪肝、糖尿病、高血压病和高脂血症等疾病密切相关。因此...
中医学认为中医体质与健康状态密切相关,体质类型决定对某些致病因子的易感性及所产生疾病类型的倾向性。研究表明湿热体质现患率居偏颇体质的第二位,并且与痤疮、湿疹、便秘、脂肪肝、糖尿病、高血压病和高脂血症等疾病密切相关。因此了解湿热体质的危险因素,对于亚健康状态和疾病的防治发生具有重要意义。本文基于中医体质学理论研究,结合中医古籍和现代研究等文献,探讨湿热体质与生活方式的相关性,研究发现饮食结构、运动锻炼和睡眠时间等是影响湿热体质的主要因素。因此,通过体质的判定来指导生活方式,控制危险因素、纠正不良生活方式以调理湿热体质的偏颇状态,有利于亚健康状态和相关疾病的防治,促进人体健康。
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关键词
湿热体质
生活方式
饮食
运动
睡眠
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职称材料
题名
基于系统生物信息学的鼻咽癌关键预测基因筛选及实验验证
被引量：
1
1
作者
黄子葵
李斐
陈跃洲
刘佳铭
刘嘉俊
蓝素珍
机构
赣州市人民医院中医科
广州
中
医药大学深圳临床医学院
广州
中
医药大学第二临床医学院
广州
中
医药大学针灸康复临床医学院
赣州市
人民医院
肿瘤科
出处
《中国医学科学院学报》
CAS
CSCD
北大核心
2023年第4期597-607,共11页
基金
江西省卫生健康委员会中医药科研课题(2018B109)。
文摘
目的基于系统生物信息学分析鼻咽癌样本基因芯片数据,筛选鼻咽癌的潜在预测基因,并对其进行实验验证。方法通过基因表达综合数据库筛选鼻咽癌数据集,通过limma包进行差异分析,加权基因共表达网络包进行加权基因共表达网络分析,绘制韦恩图寻找共同基因,进行基因本体富集分析及京都基因与基因组百科全书通路分析。通过蛋白质互作网络、LASSO回归及非参数检验,进一步挖掘鼻咽癌的生物标志物。通过实时荧光定量PCR和Western blot对鼻咽癌关键预测基因的mRNA及蛋白表达情况进行检测,验证结果。结果GSE12452数据集上调基因共622个,下调基因共351个,通过limma分析及加权基因共表达网络分析并交集最终获取116个交集基因,通过富集分析,生物过程主要包括细胞增殖及调控、细胞间黏附的调节等,富集于Rap1信号通路、Ras信号通路、肿瘤坏死因子信号通路等通路,经过筛选得到血管生成素2(ANGPT2)、双氧化酶2(DUOX2)、人组织因子Ⅲ(F3)、白细胞介素-15(IL-15)、脂质运载蛋白2、视黄酸受体相关孤儿受体B(RORB)共6个关键基因,实时荧光定量PCR和Western blot实验证明ANGPT2、IL-15的mRNA和蛋白在鼻咽癌细胞中高表达,DUOX2、F3、RORB的mRNA和蛋白低表达。结论ANGPT2、DUOX2、F3、IL-15、RORB为鼻咽癌的潜在预测分子标志物和治疗靶点,其机制可能与Rap1、Ras、肿瘤坏死因子等信号通路有关。
关键词
鼻咽癌
生物信息学分析
基因表达综合数据库
加权基因共表达网络分析
生物标志物
差异表达基因
关键基因
Keywords
nasopharyngeal carcinoma
bioinformatics analysis
Gene Expression Omnibus
weighted gene co-expression network analysis
biomarkers
differentially expressed gene
key gene
分类号
R739.6 [医药卫生—肿瘤]
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职称材料
题名
湿热体质与生活方式的相关性探讨
被引量：
29
2
作者
吴佩珊
陈洁瑜
李斐
罗仁
赵晓山
机构
南方
医科
大学
中
医药学院
南方
医科
大学南方
医院
南昌大学附属
赣州
医院
(
赣州市
人民医院
)
中
医科
出处
《世界科学技术-中医药现代化》
CSCD
北大核心
2020年第7期2460-2465,共6页
基金
国家自然科学基金委员会重点项目课题(81830117):亚健康湿热证肠道菌群诱导血尿酸升高的“炎症―代谢”Crosstalk机制及四妙丸的干预作用,负责人:赵晓山
国家自然科学基金委员会青年基金项目课题(81760821):基于宏基因组学探讨湿热体质湿重于热与热重于湿的发生机制,负责人:李斐
国家重点研发计划项目(2020YFC2003101):老年人心身健康状态的中医分类辨识技术研究,负责人:赵晓山
文摘
中医学认为中医体质与健康状态密切相关,体质类型决定对某些致病因子的易感性及所产生疾病类型的倾向性。研究表明湿热体质现患率居偏颇体质的第二位,并且与痤疮、湿疹、便秘、脂肪肝、糖尿病、高血压病和高脂血症等疾病密切相关。因此了解湿热体质的危险因素,对于亚健康状态和疾病的防治发生具有重要意义。本文基于中医体质学理论研究,结合中医古籍和现代研究等文献,探讨湿热体质与生活方式的相关性,研究发现饮食结构、运动锻炼和睡眠时间等是影响湿热体质的主要因素。因此,通过体质的判定来指导生活方式,控制危险因素、纠正不良生活方式以调理湿热体质的偏颇状态,有利于亚健康状态和相关疾病的防治,促进人体健康。
关键词
湿热体质
生活方式
饮食
运动
睡眠
Keywords
Damp-heat constitution
Lifestyle
Diet
Exercise
Sleep
分类号
R229 [医药卫生—中医基础理论]
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职称材料
题名
作者
出处
发文年
被引量
操作
1
基于系统生物信息学的鼻咽癌关键预测基因筛选及实验验证
黄子葵
李斐
陈跃洲
刘佳铭
刘嘉俊
蓝素珍
《中国医学科学院学报》
CAS
CSCD
北大核心
2023
1
在线阅读
下载PDF
职称材料
2
湿热体质与生活方式的相关性探讨
吴佩珊
陈洁瑜
李斐
罗仁
赵晓山
《世界科学技术-中医药现代化》
CSCD
北大核心
2020
29
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职称材料
已选择
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