为了探究绵羊FTO(Fat mass and obesity-associated protein)基因的结构和功能,试验采用绵羊皮肤组织RNA-seq获得的CDS序列和生物信息学方法对FTO基因的核苷酸序列的相似性、氨基酸序列、蛋白理化性质、蛋白二、三级结构、亚细胞定位和...为了探究绵羊FTO(Fat mass and obesity-associated protein)基因的结构和功能,试验采用绵羊皮肤组织RNA-seq获得的CDS序列和生物信息学方法对FTO基因的核苷酸序列的相似性、氨基酸序列、蛋白理化性质、蛋白二、三级结构、亚细胞定位和互作蛋白进行研究。结果表明,绵羊FTO基因CDS区为1518 bp,共编码505个氨基酸,其中亮氨酸(Leu)含量最多(11.1%),组氨酸(His)含量最少(2.6%);FTO蛋白分子式C_(2609)H_(4053)N_(709)O_(771)S_(27),分子的质量为58553.79,理论等电点(pI)为5.28,半衰期为30h,结构不稳定,属于亲水性蛋白,不具有信号肽和跨膜结构域;FTO主要分布在细胞外基质中;多肽链中含有43.17%α螺旋结构、38.61%无规则卷曲、11.49%延伸链和6.73%β折叠结构;FTO与FOXO1、CREB1、ALKBH8、ALKBH5、YTHDF1、YTHDF3、YTHDF2、METTL14、WTAP、METTL310个蛋白可能存在互作。说明绵羊的FTO蛋白主要与RNA甲基化调控相关蛋白互作,为进一步研究其功能提供参考。展开更多
文摘为了探究绵羊FTO(Fat mass and obesity-associated protein)基因的结构和功能,试验采用绵羊皮肤组织RNA-seq获得的CDS序列和生物信息学方法对FTO基因的核苷酸序列的相似性、氨基酸序列、蛋白理化性质、蛋白二、三级结构、亚细胞定位和互作蛋白进行研究。结果表明,绵羊FTO基因CDS区为1518 bp,共编码505个氨基酸,其中亮氨酸(Leu)含量最多(11.1%),组氨酸(His)含量最少(2.6%);FTO蛋白分子式C_(2609)H_(4053)N_(709)O_(771)S_(27),分子的质量为58553.79,理论等电点(pI)为5.28,半衰期为30h,结构不稳定,属于亲水性蛋白,不具有信号肽和跨膜结构域;FTO主要分布在细胞外基质中;多肽链中含有43.17%α螺旋结构、38.61%无规则卷曲、11.49%延伸链和6.73%β折叠结构;FTO与FOXO1、CREB1、ALKBH8、ALKBH5、YTHDF1、YTHDF3、YTHDF2、METTL14、WTAP、METTL310个蛋白可能存在互作。说明绵羊的FTO蛋白主要与RNA甲基化调控相关蛋白互作,为进一步研究其功能提供参考。
