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题名莲ARF基因家族全基因组鉴定和表达分析
被引量：3
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作者
苏静
王柯阳
董臣
周江波
李兰芝
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机构
湖南农业大学湖南省农业大数据分析与决策工程技术研究中心
河南工业大学生物工程学院
贵州省凯里学院大健康学院
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出处
《南方农机》
2020年第15期9-13,共5页
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基金
湖南省教育厅科学研究项目“基于全基因组关联和全基因组选择的稻米品质遗传基础剖析”(19A244)
河南省科技攻关项目“莲藕质地性状相关的候选基因发掘及分子标记开发”(192102110120)
贵州省教育厅自然科学基金(重点)项目“凯里云谷田园台湾水果小番茄引种气候适应性综合鉴评”(黔教合KY字[2015]381)。
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文摘
生长素反应因子(auxin response factor,ARF)是调节生长素表达的转录因子响应基因,与植物生长发育和信号转导等多个过程密切相关。本研究对莲ARF基因家族进行鉴定,从莲的全基因组中共鉴定到30个ARF基因家族成员。分析其理化性质发现它们的氨基酸数介于86aa^988aa,等电点范围为4.61~9.05,大部分表现为酸性且都为亲水蛋白。利用生物信息学软件分析莲的ARF蛋白序列的保守结构域和保守基序,结果显示莲中不是所有的ARF蛋白都含有B3结构域、Auxin_resp结构域、AUX_IAA结构域,但至少具备其中一种结构域,ARF基因家族中预测含有15个保守基序,对莲ARF保守域蛋白序列进行进化树分析,莲中ARF蛋白可以被划分为四组,基因结构进化高度保守。研究结果为后续深入研究莲ARF基因家族的功能奠定了基础。
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关键词
莲
ARF基因家族
基因表达
生物信息分析
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分类号
Q946.885
[生物学—植物学]
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