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猕猴桃溃疡病病原菌MLVA分型引物的筛选及验证
1
作者
姚令
王海
+5 位作者
黄露
安星宇
陈文
王莉爽
薛原
吴石平
《果树学报》
CAS
CSCD
北大核心
2024年第6期1188-1198,共11页
【目的】筛选出一组可精准快速地对丁香假单胞菌猕猴桃致病变种(Pseudomonas syringae pv.actinidiae,Psa)进行分型的引物组合。【方法】针对前期文献已报道的34对引物,采用PCR技术验证该34对引物对中国Psa菌株的扩增效率及准确性;利用...
【目的】筛选出一组可精准快速地对丁香假单胞菌猕猴桃致病变种(Pseudomonas syringae pv.actinidiae,Psa)进行分型的引物组合。【方法】针对前期文献已报道的34对引物,采用PCR技术验证该34对引物对中国Psa菌株的扩增效率及准确性;利用模拟PCR获取菌株串联重复(TR)数;以辛普森指数(Simpson’s index,SI)作为筛选引物组合的标准,基于R软件平台,筛选最优引物组合。【结果】34对引物对中国Psa扩增效果均良好,其中TR14与TR11II、TR19与Psa-01引物序列相同;TR8与Psa-08、TR39II与Psa-10、GM-1834与TR10I、GM-1553与TR64II、TR19Psa-01与TR19II扩增同一TR;Psa-09扩增产物串联重复单元长度不唯一,TR2II扩增产物侧翼变异较大,不能通过电泳确定串联重复数;最终确定SI值与全部引物组合相同的最低引物数量为9对,使用该9对引物的组合可将Psa已知的5种生物型准确分开。【结论】TR23/Psa-04、Psa-03、Psa-05、Psa-06、TR10IGM-1834、TR30I、TR1II、Psa-10TR39II、TR64IIGM-1553等9对引物可代表当前文献报道的34对引物,进行Psa分型研究,探索猕猴桃溃疡病的传播和流行规律,为病害防控策略的制定提供科学依据。
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关键词
丁香假单胞菌猕猴桃致病变种
多位点串联重复序列分析
群体遗传结构
引物
筛选
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职称材料
题名
猕猴桃溃疡病病原菌MLVA分型引物的筛选及验证
1
作者
姚令
王海
黄露
安星宇
陈文
王莉爽
薛原
吴石平
机构
贵州省农业科学院植物保护研究所·农业农村部喀斯特山区作物基因资源与种质创新重点实验室
贵州省
农业
科学院
农业
科技信息
研究所
贵州省
烟草公司安顺市公司
出处
《果树学报》
CAS
CSCD
北大核心
2024年第6期1188-1198,共11页
基金
贵州省科技计划项目(黔科合基础[2019]1308号)。
文摘
【目的】筛选出一组可精准快速地对丁香假单胞菌猕猴桃致病变种(Pseudomonas syringae pv.actinidiae,Psa)进行分型的引物组合。【方法】针对前期文献已报道的34对引物,采用PCR技术验证该34对引物对中国Psa菌株的扩增效率及准确性;利用模拟PCR获取菌株串联重复(TR)数;以辛普森指数(Simpson’s index,SI)作为筛选引物组合的标准,基于R软件平台,筛选最优引物组合。【结果】34对引物对中国Psa扩增效果均良好,其中TR14与TR11II、TR19与Psa-01引物序列相同;TR8与Psa-08、TR39II与Psa-10、GM-1834与TR10I、GM-1553与TR64II、TR19Psa-01与TR19II扩增同一TR;Psa-09扩增产物串联重复单元长度不唯一,TR2II扩增产物侧翼变异较大,不能通过电泳确定串联重复数;最终确定SI值与全部引物组合相同的最低引物数量为9对,使用该9对引物的组合可将Psa已知的5种生物型准确分开。【结论】TR23/Psa-04、Psa-03、Psa-05、Psa-06、TR10IGM-1834、TR30I、TR1II、Psa-10TR39II、TR64IIGM-1553等9对引物可代表当前文献报道的34对引物,进行Psa分型研究,探索猕猴桃溃疡病的传播和流行规律,为病害防控策略的制定提供科学依据。
关键词
丁香假单胞菌猕猴桃致病变种
多位点串联重复序列分析
群体遗传结构
引物
筛选
Keywords
Pseudomonas syringae pv.actinidiae
Multiple loci variable number of tandem repeats analysis
Population genetic structure
Primer
Screen
分类号
S663.4 [农业科学—果树学]
S436.634 [农业科学—农业昆虫与害虫防治]
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题名
作者
出处
发文年
被引量
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1
猕猴桃溃疡病病原菌MLVA分型引物的筛选及验证
姚令
王海
黄露
安星宇
陈文
王莉爽
薛原
吴石平
《果树学报》
CAS
CSCD
北大核心
2024
0
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