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乌蒙凤鸡生长激素基因多态性及生物信息分析
被引量：
4
1
作者
陆静
骆科印
+5 位作者
王现科
张雄
杨红
莫先艇
黄明捷
张勇
《中国畜牧兽医》
CAS
北大核心
2018年第11期3122-3133,共12页
试验旨在对乌蒙凤鸡生长激素(growth hormone,GH)基因多态性进行研究,并开展生物信息学分析。以乌蒙凤鸡为研究对象,构建DNA池,PCR扩增GH基因所有外显子和部分内含子,采用直接测序法检测GH基因多态性,利用生物信息学软件对GH蛋白二级结...
试验旨在对乌蒙凤鸡生长激素(growth hormone,GH)基因多态性进行研究,并开展生物信息学分析。以乌蒙凤鸡为研究对象,构建DNA池,PCR扩增GH基因所有外显子和部分内含子,采用直接测序法检测GH基因多态性,利用生物信息学软件对GH蛋白二级结构、三级结构及基本性质(理化性质、疏水性、信号肽、跨膜区、卷曲螺旋区及保守结构域)进行分析。结果显示,乌蒙凤鸡GH基因存在8个SNPs,分别是T1453C、A1489G、A1512G、G2152A、G3206A、G3347A、C3452A和C3453G,其中G2152A、C3452A和C3453G只发生在无凤头乌蒙凤鸡中;C3452A、C3453G位于非编码区,T1453C、A1489G、A1512G、G2152A和G3206A位于内含子上,G3347A位于外显子5。突变后GH基因mRNA结构发生变化,自由能提高,稳定性降低。生物信息学分析表明,GH蛋白为分泌蛋白,含有信号肽序列,有1个典型的卷曲螺旋结构和疏水区,保守结构域在10～214位氨基酸之间,为非跨膜蛋白,且不稳定。结果表明,乌蒙凤鸡GH基因具有较高的遗传多样性,可为乌蒙凤鸡的保种选育提供参考。
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关键词
乌蒙凤鸡
凤头
GH基因
多态性
生物信息学
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职称材料
QDPR基因克隆及其在乌蒙凤鸡不同生长阶段组织表达研究
被引量：
2
2
作者
莫先艇
张勇
+4 位作者
骆科印
黄明捷
王天松
郭勇
杨红
《畜牧兽医学报》
CAS
CSCD
北大核心
2020年第6期1196-1206,共11页
旨在克隆乌蒙凤鸡醌型二氢生物喋呤还原酶(quinoid dihydropteridine reductase,QDPR)基因,并检测其在不同性别乌蒙凤鸡不同生长阶段各组织中的表达差异,以研究QDPR基因在乌蒙凤鸡生长发育过程中的调控作用。本试验对乌蒙凤鸡QDPR基因CD...
旨在克隆乌蒙凤鸡醌型二氢生物喋呤还原酶(quinoid dihydropteridine reductase,QDPR)基因,并检测其在不同性别乌蒙凤鸡不同生长阶段各组织中的表达差异,以研究QDPR基因在乌蒙凤鸡生长发育过程中的调控作用。本试验对乌蒙凤鸡QDPR基因CDS区进行PCR扩增和克隆,并对得到的序列进行生物信息学分析,通过实时荧光定量PCR检测QDPR基因在4、12、20和28周龄乌蒙凤鸡公鸡及母鸡的心、肝、脾、肺、肾、胸肌和腿肌组织中的相对表达量。结果表明,QDPR基因开放阅读框长度为417 bp,共编码139个氨基酸,编码蛋白为酸性不稳定蛋白,乌蒙凤鸡的QDPR基因序列与原鸡、日本鹌鹑和珠鸡的QDPR基因同源性较高;QDPR基因在不同性别乌蒙凤鸡不同生长阶段各组织中均有表达,其中,公鸡4、12和20周龄肺组织中QDPR基因表达量最高,极显著高于同一周龄其他组织(P<0.01),母鸡4周龄肝、脾、肺中QDPR基因相对表达量为所有时期最高,极显著高于12、20周龄(P<0.01),公鸡大多数组织中QDPR基因表达量随时间增长总体呈现出先升后降的趋势,母鸡为先降后升。结果显示,QDPR基因在乌蒙凤鸡内脏组织中的表达均高于肌肉组织,且公母鸡不同时期表达情况有所差异,试验结果可为进一步研究QDPR基因在鸡生长发育中的调控作用提供参考。
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关键词
QDPR基因
乌蒙凤鸡
生长发育
克隆
组织表达
生物信息学
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职称材料
题名
乌蒙凤鸡生长激素基因多态性及生物信息分析
被引量：
4
1
作者
陆静
骆科印
王现科
张雄
杨红
莫先艇
黄明捷
张勇
机构
贵州
大学
贵州
大学动物科学学院
贵州省六盘水市市农委
贵州省
农业科学院畜牧兽医研究所
毕节
市
畜牧遗传资源管理站
出处
《中国畜牧兽医》
CAS
北大核心
2018年第11期3122-3133,共12页
基金
贵州省农业科技合作项目:乌蒙凤鸡种质资源地方标准制(701338172201)
贵州瑶山鸡、乌蒙凤鸡、柴鸡品系选育研究与推广应用((2017)2533-3)。
文摘
试验旨在对乌蒙凤鸡生长激素(growth hormone,GH)基因多态性进行研究,并开展生物信息学分析。以乌蒙凤鸡为研究对象,构建DNA池,PCR扩增GH基因所有外显子和部分内含子,采用直接测序法检测GH基因多态性,利用生物信息学软件对GH蛋白二级结构、三级结构及基本性质(理化性质、疏水性、信号肽、跨膜区、卷曲螺旋区及保守结构域)进行分析。结果显示,乌蒙凤鸡GH基因存在8个SNPs,分别是T1453C、A1489G、A1512G、G2152A、G3206A、G3347A、C3452A和C3453G,其中G2152A、C3452A和C3453G只发生在无凤头乌蒙凤鸡中;C3452A、C3453G位于非编码区,T1453C、A1489G、A1512G、G2152A和G3206A位于内含子上,G3347A位于外显子5。突变后GH基因mRNA结构发生变化,自由能提高,稳定性降低。生物信息学分析表明,GH蛋白为分泌蛋白,含有信号肽序列,有1个典型的卷曲螺旋结构和疏水区,保守结构域在10～214位氨基酸之间,为非跨膜蛋白,且不稳定。结果表明,乌蒙凤鸡GH基因具有较高的遗传多样性,可为乌蒙凤鸡的保种选育提供参考。
关键词
乌蒙凤鸡
凤头
GH基因
多态性
生物信息学
Keywords
Wumeng crested chickens
crested
GH gene
polymorphism
bioinformatics
分类号
S813.3 [农业科学—畜牧学]
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职称材料
题名
QDPR基因克隆及其在乌蒙凤鸡不同生长阶段组织表达研究
被引量：
2
2
作者
莫先艇
张勇
骆科印
黄明捷
王天松
郭勇
杨红
机构
贵州
大学高原山地动物遗传育种与繁殖教育部重点实验室
贵州
大学动物科学学院
贵州省六盘水市市农委
毕节
市
畜牧遗传资源管理站
出处
《畜牧兽医学报》
CAS
CSCD
北大核心
2020年第6期1196-1206,共11页
基金
贵州省农业科技合作项目(701338172201)
贵州瑶山鸡、乌蒙凤鸡、柴鸡品系选育研究与推广应用([2017]2533-3)。
文摘
旨在克隆乌蒙凤鸡醌型二氢生物喋呤还原酶(quinoid dihydropteridine reductase,QDPR)基因,并检测其在不同性别乌蒙凤鸡不同生长阶段各组织中的表达差异,以研究QDPR基因在乌蒙凤鸡生长发育过程中的调控作用。本试验对乌蒙凤鸡QDPR基因CDS区进行PCR扩增和克隆,并对得到的序列进行生物信息学分析,通过实时荧光定量PCR检测QDPR基因在4、12、20和28周龄乌蒙凤鸡公鸡及母鸡的心、肝、脾、肺、肾、胸肌和腿肌组织中的相对表达量。结果表明,QDPR基因开放阅读框长度为417 bp,共编码139个氨基酸,编码蛋白为酸性不稳定蛋白,乌蒙凤鸡的QDPR基因序列与原鸡、日本鹌鹑和珠鸡的QDPR基因同源性较高;QDPR基因在不同性别乌蒙凤鸡不同生长阶段各组织中均有表达,其中,公鸡4、12和20周龄肺组织中QDPR基因表达量最高,极显著高于同一周龄其他组织(P<0.01),母鸡4周龄肝、脾、肺中QDPR基因相对表达量为所有时期最高,极显著高于12、20周龄(P<0.01),公鸡大多数组织中QDPR基因表达量随时间增长总体呈现出先升后降的趋势,母鸡为先降后升。结果显示,QDPR基因在乌蒙凤鸡内脏组织中的表达均高于肌肉组织,且公母鸡不同时期表达情况有所差异,试验结果可为进一步研究QDPR基因在鸡生长发育中的调控作用提供参考。
关键词
QDPR基因
乌蒙凤鸡
生长发育
克隆
组织表达
生物信息学
Keywords
QDPR gene
Wumeng Crested chicken
growing development
clone
tissue expression
bioinformatics
分类号
S831.2 [农业科学—畜牧学]
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职称材料
题名
作者
出处
发文年
被引量
操作
1
乌蒙凤鸡生长激素基因多态性及生物信息分析
陆静
骆科印
王现科
张雄
杨红
莫先艇
黄明捷
张勇
《中国畜牧兽医》
CAS
北大核心
2018
4
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职称材料
2
QDPR基因克隆及其在乌蒙凤鸡不同生长阶段组织表达研究
莫先艇
张勇
骆科印
黄明捷
王天松
郭勇
杨红
《畜牧兽医学报》
CAS
CSCD
北大核心
2020
2
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