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铁皮石斛bZIP转录因子家族全基因组鉴定及表达分析
1
作者
曾丹
黄园
+5 位作者
王健
张艳
刘庆霞
谷荣辉
孙庆文
陈宏宇
《生物技术通报》
北大核心
2025年第8期197-210,共14页
【目的】鉴定铁皮石斛(Dendrobium officinale) bZIP基因家族,通过生物信息学和基因表达分析,阐明DobZIP转录因子的生物学功能,为后续深入探究DobZIP转录因子的分子机制提供理论指导。【方法】基于IMP数据库中的铁皮石斛基因组数据鉴定...
【目的】鉴定铁皮石斛(Dendrobium officinale) bZIP基因家族,通过生物信息学和基因表达分析,阐明DobZIP转录因子的生物学功能,为后续深入探究DobZIP转录因子的分子机制提供理论指导。【方法】基于IMP数据库中的铁皮石斛基因组数据鉴定出铁皮石斛bZIP基因家族成员,对该家族成员进行多项生物信息学分析,同时利用转录组数据和实时荧光定量PCR技术对DobZIP转录因子进行组织表达模式及非生物胁迫表达分析。【结果】共鉴定出54个DobZIP基因,DobZIP蛋白均无信号肽,仅有DobZIP54有跨膜结构域,亚细胞定位主要在细胞核中。DobZIP家族成员划分在10个亚家族,且同一亚家族成员含有相似的结构和基序;DobZIP不均匀地分布在18条染色体上,有两对基因间存在串联关系,种间存在多条共线性关系,与水稻的b ZIP家族同源性较高。顺势作用元件分析表明,DobZIP家族成员均含有多个参与生长发育和响应逆境胁迫的顺式作用元件。基因表达模式分析显示,DobZIP家族成员存在组织表达特异性,且DobZIP4、DobZIP10、DobZIP28、DobZIP32、DobZIP37在不同程度上受低温、干旱和氯化钠胁迫的诱导。除DobZIP32和DobZIP37外,DobZIP4、DobZIP10、DobZIP28还受高温胁迫的诱导。【结论】铁皮石斛基因组中共鉴定出54个DobZIP基因,DobZIP具有组织表达特异性,且DobZIP4、DobZIP10、DobZIP28、DobZIP32、DobZIP37在低温、干旱和氯化钠胁迫下均受到不同程度的诱导。
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关键词
铁皮石斛
转录因子
BZIP
生信分析
基因表达分析
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题名
铁皮石斛bZIP转录因子家族全基因组鉴定及表达分析
1
作者
曾丹
黄园
王健
张艳
刘庆霞
谷荣辉
孙庆文
陈宏宇
机构
贵州
中医药
大学
药
学院
贵州
省中药民族药材种质资源保存及评价工程研究中心
贵州大学食品与酿酒学院
出处
《生物技术通报》
北大核心
2025年第8期197-210,共14页
基金
贵州中医药大学大学生创新创业训练计划项目(贵中医大创合字(2023)36号)
国家自然科学基金项目(82260740)
+1 种基金
贵州省高层次创新型人才培养计划项目(黔科合平台人才-GCC[2023]077)
贵州省中医药管理局中医药、民族医药科学技术课题(QZYY-2024-115)。
文摘
【目的】鉴定铁皮石斛(Dendrobium officinale) bZIP基因家族,通过生物信息学和基因表达分析,阐明DobZIP转录因子的生物学功能,为后续深入探究DobZIP转录因子的分子机制提供理论指导。【方法】基于IMP数据库中的铁皮石斛基因组数据鉴定出铁皮石斛bZIP基因家族成员,对该家族成员进行多项生物信息学分析,同时利用转录组数据和实时荧光定量PCR技术对DobZIP转录因子进行组织表达模式及非生物胁迫表达分析。【结果】共鉴定出54个DobZIP基因,DobZIP蛋白均无信号肽,仅有DobZIP54有跨膜结构域,亚细胞定位主要在细胞核中。DobZIP家族成员划分在10个亚家族,且同一亚家族成员含有相似的结构和基序;DobZIP不均匀地分布在18条染色体上,有两对基因间存在串联关系,种间存在多条共线性关系,与水稻的b ZIP家族同源性较高。顺势作用元件分析表明,DobZIP家族成员均含有多个参与生长发育和响应逆境胁迫的顺式作用元件。基因表达模式分析显示,DobZIP家族成员存在组织表达特异性,且DobZIP4、DobZIP10、DobZIP28、DobZIP32、DobZIP37在不同程度上受低温、干旱和氯化钠胁迫的诱导。除DobZIP32和DobZIP37外,DobZIP4、DobZIP10、DobZIP28还受高温胁迫的诱导。【结论】铁皮石斛基因组中共鉴定出54个DobZIP基因,DobZIP具有组织表达特异性,且DobZIP4、DobZIP10、DobZIP28、DobZIP32、DobZIP37在低温、干旱和氯化钠胁迫下均受到不同程度的诱导。
关键词
铁皮石斛
转录因子
BZIP
生信分析
基因表达分析
Keywords
Dendrobium officinale
transcription factor
bZIP
bioanalysis
gene expression analysis
分类号
S567.9 [农业科学—中草药栽培]
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1
铁皮石斛bZIP转录因子家族全基因组鉴定及表达分析
曾丹
黄园
王健
张艳
刘庆霞
谷荣辉
孙庆文
陈宏宇
《生物技术通报》
北大核心
2025
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