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贵阳花溪古茶树遗传进化的SNP分析
被引量：
19
1
作者
陈立杰
张素勤
+6 位作者
尹杰
宋勤飞
牛素贞
赵基英
陈丹萍
王胜威
耿广东
《西南大学学报（自然科学版）》
CAS
CSCD
北大核心
2019年第8期33-40,共8页
试验采用SNP(单核苷酸多态性)技术对贵阳花溪古茶树资源的遗传多样性、群体结构和遗传进化进行了分析.结果表明,利用生物信息学分析古茶树样品的重测序数据,获得了1656258个SLAF标签,古茶树样品平均测序深度为24.21x,其中多态性的SLAF...
试验采用SNP(单核苷酸多态性)技术对贵阳花溪古茶树资源的遗传多样性、群体结构和遗传进化进行了分析.结果表明,利用生物信息学分析古茶树样品的重测序数据,获得了1656258个SLAF标签,古茶树样品平均测序深度为24.21x,其中多态性的SLAF标签有462897个,共得到283376个高一致性的群体SNP标记.从基于SNP标记获得的进化树可以看出,来自相近地方的古茶树在进化树上基本上处于相近位置,但是花溪古茶树存在着广泛的遗传变异,主成分分析(PCA)获得了与进化树一致的结果.群体结构分析可清晰地把古茶树资源分为乔木型和灌木型2个类群.乔木型古茶树位于进化树下部,而灌木型古茶树处于进化树上部,表明茶树是由乔木型向灌木型进化的.
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关键词
古茶树
特异位点扩增片段测序(SLAF-seq)
SNP
进化树
PCA
遗传结构
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职称材料
基于SLAF-seq技术的古茶树SNP位点开发
被引量：
8
2
作者
耿广东
陈立杰
张素勤
《经济林研究》
北大核心
2019年第2期7-12,共6页
为给古茶树遗传图谱构建、分子辅助育种和物种进化等研究提供参考,以48份贵州古茶树种质为研究对象,利用SLAF-seq技术,获取大量多态性SLAF标签,进而开发一批特异性强、稳定性高的单核苷酸多态性(SNP)位点。结果表明,利用猕猴桃参考基因...
为给古茶树遗传图谱构建、分子辅助育种和物种进化等研究提供参考,以48份贵州古茶树种质为研究对象,利用SLAF-seq技术,获取大量多态性SLAF标签,进而开发一批特异性强、稳定性高的单核苷酸多态性(SNP)位点。结果表明,利用猕猴桃参考基因组进行电子酶切预测,选择HaeIII酶进行酶切,得到237773个SLAF标签,其双端比对效率为91.40%,酶切效率为96.41%,说明SLAF建库正常。测序后各样品所获得的读长数为1279534~8460233,测序质量值Q30范围为92.61%~94.88%,均值为93.84%,测序获得的GC比例为43.52%~47.18%。共开发1656258个古茶树SLAF标签,样品的平均测序深度为24.21×,其中多态性SLAF标签有462897个,根据所获得的多态性SLAF标签来统计SNP位点信息,共得到2690638个群体SNP标记,根据完整度大于0.8且次要基因频率(MAF)大于0.05的标准进行过滤,得到283376个高一致性的群体SNP标记。
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关键词
古茶树
SLAF-seq
SNP位点
高通量测序
分子标记
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职称材料
水稻去泛素化酶OsUCH-L5基因的克隆及表达分析
被引量：
2
3
作者
陈立杰
方远鹏
+5 位作者
杜巧丽
陈俊
蒋君梅
陈美晴
李向阳
谢鑫
《种子》
北大核心
2021年第3期45-51,共7页
通过生物信息学及RT-qPCR(quantitative Real-time PCR,RT-qPCR)的方法对水稻OsUCH-L5基因进行探究。生物信息学预测结果表明,该基因全长837 bp,编码278个氨基酸;OsUCH-L 5蛋白的相对分子质量为31.64 kDa,等电点为5.66,为亲水性蛋白,具...
通过生物信息学及RT-qPCR(quantitative Real-time PCR,RT-qPCR)的方法对水稻OsUCH-L5基因进行探究。生物信息学预测结果表明,该基因全长837 bp,编码278个氨基酸;OsUCH-L 5蛋白的相对分子质量为31.64 kDa,等电点为5.66,为亲水性蛋白,具备Peptidase_C 12及UCH_C结构域;系统进化树表明,与二穗短柄草(Brachypodium distachyon)BdUCH-L 5亲缘关系最近。RT-qPCR结果显示,OsUCH-L5基因具有组织特异性,在根中表达最佳;在不同干旱脱落酸(200μmol·L^(-1))、D-甘露醇(1 mmol·L^(-1))及氯化钠盐胁迫(250 mmol·L^(-1))处理下,基因表达量存在显著差异,并分别在0.5 h、6 h、12 h时表达水平最佳;在油菜素内酯(200μmol·L^(-1))处理下,在3 h时OsUCH-L5基因表达量达到最大值;同时,OsUCH-L5基因还受4℃低温和40℃高温的诱导表达,即分别在3 h和1 h时基因表达量达到最大值。因此该研究为进一步探索水稻UCH家族在调节水稻抗性、信号转导、营养以及盐分胁迫调控等过程中的作用提供基础。
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关键词
水稻
去泛素化酶
OsUCH-L5
生物信息学分析
基因克隆
表达分析
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职称材料
题名
贵阳花溪古茶树遗传进化的SNP分析
被引量：
19
1
作者
陈立杰
张素勤
尹杰
宋勤飞
牛素贞
赵基英
陈丹萍
王胜威
耿广东
机构
贵州大学资产经营办公室
贵州大学
农学院
贵州大学
茶学院
贵阳市花溪区农业局
出处
《西南大学学报（自然科学版）》
CAS
CSCD
北大核心
2019年第8期33-40,共8页
基金
中央财政农业生产发展基金(黔财农[2015]240号)
贵州省农业攻关项目(黔科合支撑[2016]2603号,黔科合支撑[2018]2330号)
文摘
试验采用SNP(单核苷酸多态性)技术对贵阳花溪古茶树资源的遗传多样性、群体结构和遗传进化进行了分析.结果表明,利用生物信息学分析古茶树样品的重测序数据,获得了1656258个SLAF标签,古茶树样品平均测序深度为24.21x,其中多态性的SLAF标签有462897个,共得到283376个高一致性的群体SNP标记.从基于SNP标记获得的进化树可以看出,来自相近地方的古茶树在进化树上基本上处于相近位置,但是花溪古茶树存在着广泛的遗传变异,主成分分析(PCA)获得了与进化树一致的结果.群体结构分析可清晰地把古茶树资源分为乔木型和灌木型2个类群.乔木型古茶树位于进化树下部,而灌木型古茶树处于进化树上部,表明茶树是由乔木型向灌木型进化的.
关键词
古茶树
特异位点扩增片段测序(SLAF-seq)
SNP
进化树
PCA
遗传结构
Keywords
ancient Camellia sinensis
specific-locus amplified fragment sequencing(SLAF-seq)
SNP(single nucleotide polymorphism)
phylogenetic tree
PCA
genetic structure
分类号
S571.1 [农业科学—茶叶生产加工]
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职称材料
题名
基于SLAF-seq技术的古茶树SNP位点开发
被引量：
8
2
作者
耿广东
陈立杰
张素勤
机构
贵州大学
农学院
贵州大学资产经营办公室
出处
《经济林研究》
北大核心
2019年第2期7-12,共6页
基金
中央财政农业生产发展基金(黔财农〔2015〕240号)
贵州省农业攻关项目(黔科合支撑〔2016〕2603号)
+1 种基金
贵州省农业攻关项目(黔科合支撑〔2018〕2330号)
贵州省科技厅重大专项计划(黔科合重大专项字〔2016〕3002号)
文摘
为给古茶树遗传图谱构建、分子辅助育种和物种进化等研究提供参考,以48份贵州古茶树种质为研究对象,利用SLAF-seq技术,获取大量多态性SLAF标签,进而开发一批特异性强、稳定性高的单核苷酸多态性(SNP)位点。结果表明,利用猕猴桃参考基因组进行电子酶切预测,选择HaeIII酶进行酶切,得到237773个SLAF标签,其双端比对效率为91.40%,酶切效率为96.41%,说明SLAF建库正常。测序后各样品所获得的读长数为1279534~8460233,测序质量值Q30范围为92.61%~94.88%,均值为93.84%,测序获得的GC比例为43.52%~47.18%。共开发1656258个古茶树SLAF标签,样品的平均测序深度为24.21×,其中多态性SLAF标签有462897个,根据所获得的多态性SLAF标签来统计SNP位点信息,共得到2690638个群体SNP标记,根据完整度大于0.8且次要基因频率(MAF)大于0.05的标准进行过滤,得到283376个高一致性的群体SNP标记。
关键词
古茶树
SLAF-seq
SNP位点
高通量测序
分子标记
Keywords
old Camellia sinensis
SLAF-seq
SNP sites
high-throughput sequencing
molecular marker
分类号
S603 [农业科学—园艺学]
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职称材料
题名
水稻去泛素化酶OsUCH-L5基因的克隆及表达分析
被引量：
2
3
作者
陈立杰
方远鹏
杜巧丽
陈俊
蒋君梅
陈美晴
李向阳
谢鑫
机构
贵州大学资产经营办公室
贵州大学
农学院农业微生物特色重点实验室
贵州大学
绿色农药与农业生物工程教育部重点实验室
出处
《种子》
北大核心
2021年第3期45-51,共7页
基金
国家自然科学基金(31801691、32060614)
贵州省科技计划(黔科合支撑[2019]2408号)
贵州省高层次留学人才创新创业择优资助项目([2018]02号)。
文摘
通过生物信息学及RT-qPCR(quantitative Real-time PCR,RT-qPCR)的方法对水稻OsUCH-L5基因进行探究。生物信息学预测结果表明,该基因全长837 bp,编码278个氨基酸;OsUCH-L 5蛋白的相对分子质量为31.64 kDa,等电点为5.66,为亲水性蛋白,具备Peptidase_C 12及UCH_C结构域;系统进化树表明,与二穗短柄草(Brachypodium distachyon)BdUCH-L 5亲缘关系最近。RT-qPCR结果显示,OsUCH-L5基因具有组织特异性,在根中表达最佳;在不同干旱脱落酸(200μmol·L^(-1))、D-甘露醇(1 mmol·L^(-1))及氯化钠盐胁迫(250 mmol·L^(-1))处理下,基因表达量存在显著差异,并分别在0.5 h、6 h、12 h时表达水平最佳;在油菜素内酯(200μmol·L^(-1))处理下,在3 h时OsUCH-L5基因表达量达到最大值;同时,OsUCH-L5基因还受4℃低温和40℃高温的诱导表达,即分别在3 h和1 h时基因表达量达到最大值。因此该研究为进一步探索水稻UCH家族在调节水稻抗性、信号转导、营养以及盐分胁迫调控等过程中的作用提供基础。
关键词
水稻
去泛素化酶
OsUCH-L5
生物信息学分析
基因克隆
表达分析
Keywords
Oryza sativa
deubiquitinase
OsUCH-L5
bioinformatics analysis
gene cloning
expression analysis
分类号
S511 [农业科学—作物学]
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职称材料
题名
作者
出处
发文年
被引量
操作
1
贵阳花溪古茶树遗传进化的SNP分析
陈立杰
张素勤
尹杰
宋勤飞
牛素贞
赵基英
陈丹萍
王胜威
耿广东
《西南大学学报（自然科学版）》
CAS
CSCD
北大核心
2019
19
在线阅读
下载PDF
职称材料
2
基于SLAF-seq技术的古茶树SNP位点开发
耿广东
陈立杰
张素勤
《经济林研究》
北大核心
2019
8
在线阅读
下载PDF
职称材料
3
水稻去泛素化酶OsUCH-L5基因的克隆及表达分析
陈立杰
方远鹏
杜巧丽
陈俊
蒋君梅
陈美晴
李向阳
谢鑫
《种子》
北大核心
2021
2
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职称材料
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