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过表达杜仲EuDIR1基因对番茄灰霉病的抗性影响研究被引量：1: 1; 作者徐艳杨金玉 +2 位作者陈炳竹赵德刚赵懿琛《种子》北大核心 2024年第2期10-17,29,共9页; Dirigent(DIR)蛋白在木质素的合成中发挥重要作用,同时还能提高植物对各种病原体的抗性。本研究以克隆的杜仲Dirigent1基因(EuDIR1)为基础,构建EuDIR1过表达载体遗传转化番茄,获得转基因植株后分析EuDIR1基因在番茄抗灰霉病中的作用。... 展开更多; 关键词 EuDIR1基因番茄灰霉病木质素抗病; 在线阅读下载PDF 职称材料

杜仲基因密码子使用模式分析被引量：11: 2; 作者王艳赵懿琛赵德刚《广西植物》 CAS CSCD 北大核心 2021年第2期274-282,共9页; 为了解杜仲基因密码子使用模式,该文以杜仲基因组密码子为研究对象,运用CodonW软件对杜仲的320个蛋白编码基因进行同义密码子相对使用频率(RSCU)分析、ENC-GC3s关联分析编码基因的密码子ENC值、PR2-plot偏倚分析编码基因的密码子碱基使... 展开更多; 关键词杜仲基因密码子偏好性使用模式代表性物种; 在线阅读下载PDF 职称材料

杜仲ABC转运蛋白基因家族成员鉴定与分析被引量：4: 3; 作者蔡方阳赵懿琛 +1 位作者李义赵德刚《浙江农业学报》 CSCD 北大核心 2021年第9期1581-1591,共11页; ABC转运蛋白(ATP—binding cassette transpoter)是一类庞大而古老的跨膜运输蛋白家族,在生物体内参与多种物质的转运积累、有害物质解毒、气孔调节、植物防御等生理活动。杜仲(Eucommia ulmoides Oliv)作为重要的中药材,其药用成分主... 展开更多; 关键词杜仲 ABC转运蛋白基因家族跨膜结构亚细胞定位进化树; 在线阅读下载PDF 职称材料

杜仲YABBY基因家族的全基因组鉴定及生物信息学分析被引量：4: 4; 作者李彪赵德刚 +1 位作者杨仕梅赵懿琛《种子》北大核心 2021年第11期54-60,共7页; YABBY基因是具有锌指结构和螺旋-环-螺旋结构的转录因子,在植物叶、花器官发育和侧生器官极性建立的过程中起重要的调控作用。本研究基于杜仲(Eucommia ulmoides Oliv.)全基因组组装及注释数据,首次通过生物信息学手段鉴定并分析杜仲EuY... 展开更多; 关键词杜仲生物信息学 YABBY基因启动子; 在线阅读下载PDF 职称材料

朝仓花椒CBL基因家族的鉴定及分析被引量：3: 5; 作者王作日王超 +1 位作者赵懿琛赵德刚《种子》北大核心 2020年第11期31-37,共7页; 通过NCBI BLAST分析,从朝仓花椒转录组中鉴定获得31条朝仓花椒类钙调磷酸酶B亚基蛋白(Calcineurin B-like protein,CBL)家族的编码基因序列,将其命名为ZpCBL 1-ZpCBL 31。对该基因家族进行分析发现,朝仓花椒的CBL基因家族在进化上可分为... 展开更多; 关键词朝仓花椒 CBL基因家族生物信息学分析; 在线阅读下载PDF 职称材料

朝仓花椒DIR基因家族的鉴定及分析被引量：1: 6; 作者陈炳竹王润英 +1 位作者赵懿琛赵德刚《山地农业生物学报》 2020年第2期21-26,共6页; 本研究通过NCBI的BLAST比对分析,最终从朝仓花椒转录组数据库筛选出28条朝仓花椒Dirigent(DIR)蛋白家族的编码基因序列。利用MEGA、MEME、DNAMAN等软件对该蛋白家族进行生物信息学分析,结果显示:从朝仓花椒转录组中获得的28个DIR基因,... 展开更多; 关键词朝仓花椒 DIR基因家族生信分析; 在线阅读下载PDF 职称材料

题名过表达杜仲EuDIR1基因对番茄灰霉病的抗性影响研究被引量：1: 1; 作者徐艳杨金玉陈炳竹赵德刚赵懿琛; 机构贵州大学生命科学学院/茶学院/山地植物资源保护与种质创新教育部重点实验室贵州省农业生物工程重点实验室喀斯特山区植物资源利用与育种国家地方联合工程研究中心(贵州) 贵州省农业科学院农业生物技术重点实验室/植物保育技术应用工程研究中心; 出处《种子》北大核心 2024年第2期10-17,29,共9页; 基金中央引导地方科技发展资金(黔科合中引地[2023]009) 国家自然科学基金(31870285,31660076) +1 种基金贵州省人才办贵州省特色植物种质资源利用与创新人才基地(RCJD2018-14)。; 文摘 Dirigent(DIR)蛋白在木质素的合成中发挥重要作用,同时还能提高植物对各种病原体的抗性。本研究以克隆的杜仲Dirigent1基因(EuDIR1)为基础,构建EuDIR1过表达载体遗传转化番茄,获得转基因植株后分析EuDIR1基因在番茄抗灰霉病中的作用。结果表明,与野生型和转空载番茄相比,接种灰霉菌后过表达EuDIR1基因的番茄发病更晚,病斑直径显著小于野生型与转空载植株,说明EuDIR1显著提高了番茄植株对灰霉病的抗性。过表达EuDIR1基因还可提高番茄植株接菌前后的保护酶活性与番茄病程相关蛋白(PRs)的基因表达,从而增强植株对灰霉病的抗性。此外,EuDIR1基因过表达后番茄叶片和茎的木质素含量都显著增加,且木质部导管附近的细胞壁显著增厚,推测EuDIR1基因可能通过增加番茄中木质素的含量,增厚番茄木质部导管附近的细胞壁来增强番茄对灰霉病的抗性。本研究揭示EuDIR1基因在番茄抗灰霉病中的功能,可为番茄抗病育种提供理论依据和利用途径。; 关键词 EuDIR1基因番茄灰霉病木质素抗病; Keywords EuDIR1 gene tomato Botrytis cinerea lignin disease resistance; 分类号 S641.2 [农业科学—蔬菜学]; 在线阅读下载PDF 职称材料

题名杜仲基因密码子使用模式分析被引量：11: 2; 作者王艳赵懿琛赵德刚; 机构贵州大学生命科学学院茶学院贵州省农业科学研究院; 出处《广西植物》 CAS CSCD 北大核心 2021年第2期274-282,共9页; 基金国家自然科学基金(31660076) 贵州省教育厅青年人才成长项目(黔教科KY[2016]126) 贵州省科技计划项目(黔科合平台人才[2017]5788,[2017]5788-72号)。; 文摘为了解杜仲基因密码子使用模式,该文以杜仲基因组密码子为研究对象,运用CodonW软件对杜仲的320个蛋白编码基因进行同义密码子相对使用频率(RSCU)分析、ENC-GC3s关联分析编码基因的密码子ENC值、PR2-plot偏倚分析编码基因的密码子碱基使用频率,并运用CUSP软件与Codon Usage Database软件对杜仲基因密码子的GC含量、使用频率与代表性物种烟草、拟南芥、大肠杆菌和酿酒酵母的密码子GC含量和使用频率进行比较。结果表明:杜仲基因密码子的RSCU>1的密码子有30个,其中18个以G/C结尾、12个以A/U结尾,说明杜仲基因密码子偏好以G/C结尾,且偏好性较强;有效密码子数(ENC)范围为30~60,该范围内的密码子距离标准曲线较远,其ENC值小,偏好性较强;PR2-plot偏倚分析碱基使用频率显示,G>C、U>A;杜仲与代表性物种的GC含量分析显示,杜仲的GC12、GC3以及平均GC含量均高于代表性物种;杜仲与代表性物种的密码子使用频率分析显示,杜仲与烟草、酿酒酵母的密码子偏好较为接近,杜仲与拟南芥、大肠杆菌的密码子偏好差距较大。杜仲是我国特有的珍贵中药材,对其进行密码子使用模式分析,并研究其密码子偏好规律,为杜仲植物基因工程中外源基因的改良及表达提供了理论基础。; 关键词杜仲基因密码子偏好性使用模式代表性物种; Keywords Eucommia ulmoides gene codon preference usage pattern representative species; 分类号 Q943 [生物学—植物学]; 在线阅读下载PDF 职称材料

题名杜仲ABC转运蛋白基因家族成员鉴定与分析被引量：4: 3; 作者蔡方阳赵懿琛李义赵德刚; 机构贵州大学生命科学学院/茶学院/山地植物资源保护与种质创新省部共建教育部重点实验室美国康涅狄格大学转基因植物研究中心贵州省农业科学院农业农村部植物新品种测试贵阳分中心; 出处《浙江农业学报》 CSCD 北大核心 2021年第9期1581-1591,共11页; 基金国家自然科学基金(31660076) 贵州省教育厅青年科技人才成长项目(黔教科KY〔2016〕126) 贵州省生物学一流学科建设项目(GYNY〔2017〕009)。; 文摘 ABC转运蛋白(ATP—binding cassette transpoter)是一类庞大而古老的跨膜运输蛋白家族,在生物体内参与多种物质的转运积累、有害物质解毒、气孔调节、植物防御等生理活动。杜仲(Eucommia ulmoides Oliv)作为重要的中药材,其药用成分主要为次生代谢产物,次生代谢物转运与积累过程需要ABC转运蛋白的参与。利用生物信息学手段对杜仲ABC转运蛋白基因家族进行鉴定,并分析该家族蛋白质性质和结构、跨膜结构、亚细胞定位、系统进化关系。研究表明,EuABC家族生物信息学预测有76个成员,含有1~7个保守基序;编码蛋白多为稳定蛋白,主要分布于细胞质膜上,二级结构以α-螺旋和无规卷曲为主要构成元件;进化树分析表明,杜仲ABC转运蛋白家族可分为8个亚家族(A~G;I),每组成员数量分别为3、19、14、1、1、1、29、8。研究结果可为进一步研究杜仲次生代谢物质转运与积累奠定基础,也为其他植物ABC转运蛋白家族的研究提供了参考依据。; 关键词杜仲 ABC转运蛋白基因家族跨膜结构亚细胞定位进化树; Keywords Eucommia ulmoides Oliv ATP-binding cassette transporters gene family transmembrane structure subcellular localization phylogenetic tree; 分类号 S567.19 [农业科学—中草药栽培] Q78 [生物学—分子生物学]; 在线阅读下载PDF 职称材料

题名杜仲YABBY基因家族的全基因组鉴定及生物信息学分析被引量：4: 4; 作者李彪赵德刚杨仕梅赵懿琛; 机构贵州大学生命科学学院/茶学院/山地植物资源保护与种质创新省部共建教育部重点实验室/贵州省农业生物工程重点实验室贵州省农作物品种资源研究所贵州省农业科学院; 出处《种子》北大核心 2021年第11期54-60,共7页; 基金杜仲松脂醇双糖苷生物合成关键蛋白DIRIGENT编码基因的克隆与功能分析(31660076) 杜仲橡胶颗粒蛋白编码基因克隆及功能分析(31870285)。; 文摘 YABBY基因是具有锌指结构和螺旋-环-螺旋结构的转录因子,在植物叶、花器官发育和侧生器官极性建立的过程中起重要的调控作用。本研究基于杜仲(Eucommia ulmoides Oliv.)全基因组组装及注释数据,首次通过生物信息学手段鉴定并分析杜仲EuYABBY基因家族的特征,包括保守结构域、基因结构、蛋白理化性质、进化关系、基因定位以及基因家族成员启动子区的分析等。结果表明,杜仲中有10个EuYABBY基因,均含有保守的锌指结构和YABBY结构域,进化关系分析显示为3个亚家族,基因定位发现YABBY基因家族均定位到scaffold上;启动子区分析显示,除了核心元件,还含有大量的MBS、G-box以及LTR等非生物胁迫响应元件,以及茉莉酸甲酯(MeJA)、水杨酸(SA)等激素响应元件。本研究初步研究了杜仲EuYABBY基因的特征,为EuYABBY基因的功能验证和研究提供理论基础。; 关键词杜仲生物信息学 YABBY基因启动子; Keywords Eucommia ulmoides Oliv bioinformatics YABBY gene promoter; 分类号 S567.19 [农业科学—中草药栽培]; 在线阅读下载PDF 职称材料

题名朝仓花椒CBL基因家族的鉴定及分析被引量：3: 5; 作者王作日王超赵懿琛赵德刚; 机构贵州大学生命科学学院/茶学院/山地植物资源保护与种质创新教育部重点实验室/贵州省农业生物工程重点实验室贵州省农业科学院; 出处《种子》北大核心 2020年第11期31-37,共7页; 基金国家转基因生物新品种培育重大专项(2016 ZX 08010003-009) 贵州省科技计划项目(黔科合计Z字[2012]4008) 贵州省特色植物种质资源利用与创新人才基地(RCJD 2018-14)。; 文摘通过NCBI BLAST分析,从朝仓花椒转录组中鉴定获得31条朝仓花椒类钙调磷酸酶B亚基蛋白(Calcineurin B-like protein,CBL)家族的编码基因序列,将其命名为ZpCBL 1-ZpCBL 31。对该基因家族进行分析发现,朝仓花椒的CBL基因家族在进化上可分为4组,每组成员数量分别为16、8、5、2。该家族蛋白等电点均小于7,偏酸性,且较多数为不稳定蛋白。多基因序列比对可知朝仓花椒CBL家族均具有至少1个高度保守的EF-hand结构域。对空间结构的分析发现,ZpCBL蛋白为多链折叠蛋白,以α螺旋为主。; 关键词朝仓花椒 CBL基因家族生物信息学分析; Keywords Zanthoxylum piperitum DC.var.inerme Makino CBL gene family bioinformatics analysis; 分类号 S573.9 [农业科学—作物学]; 在线阅读下载PDF 职称材料

题名朝仓花椒DIR基因家族的鉴定及分析被引量：1: 6; 作者陈炳竹王润英赵懿琛赵德刚; 机构贵州大学生命科学学院/茶学院/山地植物资源保护与种质创新教育部重点实验室/贵州省农业生物工程重点实验室贵州省农业科学院/国家农业部植物新品种DUS测试贵阳分中心; 出处《山地农业生物学报》 2020年第2期21-26,共6页; 基金贵州省科技计划项目(黔科合计Z字[2012]4008) 国家自然科学基金“杜仲松脂醇双糖苷生物合成关键蛋白DIRIGENT编码基因的克隆与功能分析”(31660076) 贵州省特色植物种质资源利用与创新人才基地(RCJD2018-14)。; 文摘本研究通过NCBI的BLAST比对分析,最终从朝仓花椒转录组数据库筛选出28条朝仓花椒Dirigent(DIR)蛋白家族的编码基因序列。利用MEGA、MEME、DNAMAN等软件对该蛋白家族进行生物信息学分析,结果显示:从朝仓花椒转录组中获得的28个DIR基因,经过鉴定,在进化上分为6个小组,每个小组的基因数量分别为7、5、1、0、5、10。该家族的蛋白等电点均小于7,均偏酸性,且多数属于稳定蛋白。多基因序列比对比发现,该家族蛋白均具有一个高保守性的DIR结构域。空间结构的分析预测ZpDIR蛋白多为多链线性折叠卷曲蛋白,且以线性无链非规则多链卷曲蛋白为主。; 关键词朝仓花椒 DIR基因家族生信分析; Keywords Zanthoxylum piperitum DIR gene family bioinformatics analysis; 分类号 Q811.4 [生物学—生物工程]; 在线阅读下载PDF 职称材料

	题名	作者	出处	发文年	被引量	操作
1	过表达杜仲EuDIR1基因对番茄灰霉病的抗性影响研究	徐艳杨金玉陈炳竹赵德刚赵懿琛	《种子》北大核心	2024	1	在线阅读下载PDF 职称材料
2	杜仲基因密码子使用模式分析	王艳赵懿琛赵德刚	《广西植物》 CAS CSCD 北大核心	2021	11	在线阅读下载PDF 职称材料
3	杜仲ABC转运蛋白基因家族成员鉴定与分析	蔡方阳赵懿琛李义赵德刚	《浙江农业学报》 CSCD 北大核心	2021	4	在线阅读下载PDF 职称材料
4	杜仲YABBY基因家族的全基因组鉴定及生物信息学分析	李彪赵德刚杨仕梅赵懿琛	《种子》北大核心	2021	4	在线阅读下载PDF 职称材料
5	朝仓花椒CBL基因家族的鉴定及分析	王作日王超赵懿琛赵德刚	《种子》北大核心	2020	3	在线阅读下载PDF 职称材料
6	朝仓花椒DIR基因家族的鉴定及分析	陈炳竹王润英赵懿琛赵德刚	《山地农业生物学报》	2020	1	在线阅读下载PDF 职称材料