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杜仲基因密码子使用模式分析
被引量：
11
1
作者
王艳
赵懿琛
赵德刚
《广西植物》
CAS
CSCD
北大核心
2021年第2期274-282,共9页
为了解杜仲基因密码子使用模式,该文以杜仲基因组密码子为研究对象,运用CodonW软件对杜仲的320个蛋白编码基因进行同义密码子相对使用频率(RSCU)分析、ENC-GC3s关联分析编码基因的密码子ENC值、PR2-plot偏倚分析编码基因的密码子碱基使...
为了解杜仲基因密码子使用模式,该文以杜仲基因组密码子为研究对象,运用CodonW软件对杜仲的320个蛋白编码基因进行同义密码子相对使用频率(RSCU)分析、ENC-GC3s关联分析编码基因的密码子ENC值、PR2-plot偏倚分析编码基因的密码子碱基使用频率,并运用CUSP软件与Codon Usage Database软件对杜仲基因密码子的GC含量、使用频率与代表性物种烟草、拟南芥、大肠杆菌和酿酒酵母的密码子GC含量和使用频率进行比较。结果表明:杜仲基因密码子的RSCU>1的密码子有30个,其中18个以G/C结尾、12个以A/U结尾,说明杜仲基因密码子偏好以G/C结尾,且偏好性较强;有效密码子数(ENC)范围为30~60,该范围内的密码子距离标准曲线较远,其ENC值小,偏好性较强;PR2-plot偏倚分析碱基使用频率显示,G>C、U>A;杜仲与代表性物种的GC含量分析显示,杜仲的GC12、GC3以及平均GC含量均高于代表性物种;杜仲与代表性物种的密码子使用频率分析显示,杜仲与烟草、酿酒酵母的密码子偏好较为接近,杜仲与拟南芥、大肠杆菌的密码子偏好差距较大。杜仲是我国特有的珍贵中药材,对其进行密码子使用模式分析,并研究其密码子偏好规律,为杜仲植物基因工程中外源基因的改良及表达提供了理论基础。
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关键词
杜仲基因
密码子
偏好性
使用模式
代表性物种
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职称材料
肉苁蓉提取物对H_2O_2致兔肾小管上皮细胞损伤的影响
被引量：
3
2
作者
张健飞
管静
+3 位作者
赵丹
杨晓琴
周英
俸婷婷
《山地农业生物学报》
2017年第6期44-48,共5页
通过体外培养兔肾小管上皮细胞,研究H_2O_2对细胞增殖作用及肉苁蓉提取物对H_2O_2致肾小管上皮细胞损伤的影响。通过细胞形态观察,采用MTT法测定H_2O_2对兔肾小管上皮细胞增殖作用的影响及肉苁蓉水提、醇提物2、20、200mg·L-1三个...
通过体外培养兔肾小管上皮细胞,研究H_2O_2对细胞增殖作用及肉苁蓉提取物对H_2O_2致肾小管上皮细胞损伤的影响。通过细胞形态观察,采用MTT法测定H_2O_2对兔肾小管上皮细胞增殖作用的影响及肉苁蓉水提、醇提物2、20、200mg·L-1三个剂量组的保护作用,测定细胞LDH释放量。结果表明,随着H_2O_2浓度的增加,形态改变的细胞数量逐渐增多,贴壁细胞数量逐渐减少,细胞增殖抑制率越大,细胞LDH释放量越多,呈浓度依赖性,肉苁蓉醇提物和水提物高浓度组能够显著降低H_2O_2对兔肾小管上皮细胞增殖的抑制作用(P<0.01),肉苁蓉醇提物和水提物的高、中、低剂量组均能使H_2O_2作用后兔肾小管上皮细胞LDH释放量极显著低于模型组LDH的释放量(P<0.01),结果呈浓度依赖性。H_2O_2对兔肾小管上皮细胞增殖具有不同程度的影响,肉苁蓉对H_2O_2致兔肾小管上皮细胞损伤具有保护作用。
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关键词
肉苁蓉
兔肾小管上皮细胞
细胞损伤
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职称材料
题名
杜仲基因密码子使用模式分析
被引量：
11
1
作者
王艳
赵懿琛
赵德刚
机构
贵州大学
生命科学
学院
茶
学院
贵州
省农业
科学
研究院
出处
《广西植物》
CAS
CSCD
北大核心
2021年第2期274-282,共9页
基金
国家自然科学基金(31660076)
贵州省教育厅青年人才成长项目(黔教科KY[2016]126)
贵州省科技计划项目(黔科合平台人才[2017]5788,[2017]5788-72号)。
文摘
为了解杜仲基因密码子使用模式,该文以杜仲基因组密码子为研究对象,运用CodonW软件对杜仲的320个蛋白编码基因进行同义密码子相对使用频率(RSCU)分析、ENC-GC3s关联分析编码基因的密码子ENC值、PR2-plot偏倚分析编码基因的密码子碱基使用频率,并运用CUSP软件与Codon Usage Database软件对杜仲基因密码子的GC含量、使用频率与代表性物种烟草、拟南芥、大肠杆菌和酿酒酵母的密码子GC含量和使用频率进行比较。结果表明:杜仲基因密码子的RSCU>1的密码子有30个,其中18个以G/C结尾、12个以A/U结尾,说明杜仲基因密码子偏好以G/C结尾,且偏好性较强;有效密码子数(ENC)范围为30~60,该范围内的密码子距离标准曲线较远,其ENC值小,偏好性较强;PR2-plot偏倚分析碱基使用频率显示,G>C、U>A;杜仲与代表性物种的GC含量分析显示,杜仲的GC12、GC3以及平均GC含量均高于代表性物种;杜仲与代表性物种的密码子使用频率分析显示,杜仲与烟草、酿酒酵母的密码子偏好较为接近,杜仲与拟南芥、大肠杆菌的密码子偏好差距较大。杜仲是我国特有的珍贵中药材,对其进行密码子使用模式分析,并研究其密码子偏好规律,为杜仲植物基因工程中外源基因的改良及表达提供了理论基础。
关键词
杜仲基因
密码子
偏好性
使用模式
代表性物种
Keywords
Eucommia ulmoides gene
codon
preference
usage pattern
representative species
分类号
Q943 [生物学—植物学]
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职称材料
题名
肉苁蓉提取物对H_2O_2致兔肾小管上皮细胞损伤的影响
被引量：
3
2
作者
张健飞
管静
赵丹
杨晓琴
周英
俸婷婷
机构
贵州大学
药
学院
贵州
省药食同源植物资源开发工程技术研究中心
贵州
省药食两用资源应用开发工程实验室
贵州大学生命科学学院学院
贵州大学
酿酒与食品工程
学院
贵州大学
医
学院
出处
《山地农业生物学报》
2017年第6期44-48,共5页
基金
贵州省高层次创新型人才培养(黔科合人才[2015]4032号)
贵州省科技计划课题任务(黔科合G字[2015]4001号)
+2 种基金
贵州省科技创新人才团队建设(黔科合人才团队[2015]4010号)
贵州大学研究生创新基金(研农2017027)
贵州大学首届研究生科研基金立项项目(黔教研合KYJJ字[2016]07)
文摘
通过体外培养兔肾小管上皮细胞,研究H_2O_2对细胞增殖作用及肉苁蓉提取物对H_2O_2致肾小管上皮细胞损伤的影响。通过细胞形态观察,采用MTT法测定H_2O_2对兔肾小管上皮细胞增殖作用的影响及肉苁蓉水提、醇提物2、20、200mg·L-1三个剂量组的保护作用,测定细胞LDH释放量。结果表明,随着H_2O_2浓度的增加,形态改变的细胞数量逐渐增多,贴壁细胞数量逐渐减少,细胞增殖抑制率越大,细胞LDH释放量越多,呈浓度依赖性,肉苁蓉醇提物和水提物高浓度组能够显著降低H_2O_2对兔肾小管上皮细胞增殖的抑制作用(P<0.01),肉苁蓉醇提物和水提物的高、中、低剂量组均能使H_2O_2作用后兔肾小管上皮细胞LDH释放量极显著低于模型组LDH的释放量(P<0.01),结果呈浓度依赖性。H_2O_2对兔肾小管上皮细胞增殖具有不同程度的影响,肉苁蓉对H_2O_2致兔肾小管上皮细胞损伤具有保护作用。
关键词
肉苁蓉
兔肾小管上皮细胞
细胞损伤
Keywords
cistanches deserticola
renal tubular epithelial cell
cell damage
分类号
R965.2 [医药卫生—药理学]
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职称材料
题名
作者
出处
发文年
被引量
操作
1
杜仲基因密码子使用模式分析
王艳
赵懿琛
赵德刚
《广西植物》
CAS
CSCD
北大核心
2021
11
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职称材料
2
肉苁蓉提取物对H_2O_2致兔肾小管上皮细胞损伤的影响
张健飞
管静
赵丹
杨晓琴
周英
俸婷婷
《山地农业生物学报》
2017
3
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