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基于SNP芯片分析贵州地方鸡品种(类群)的遗传多样性 被引量：1
1
作者 周晓红 陈大海 +3 位作者 吴胜 田应平 潘成勇 张福平 《南方农业学报》 CAS CSCD 北大核心 2024年第5期1444-1453,共10页
【目的】了解贵州地方鸡品种遗传多样性及确定品种间的遗传关系,为贵州地方鸡品种(类群)资源的保护和创新利用提供参考依据。【方法】采集香炉山鸡(SL)、瑶山鸡(YS)、黔东南小香鸡(XX)和威宁鸡(WN)共66份血液样本,基于京芯一号鸡55K SN... 【目的】了解贵州地方鸡品种遗传多样性及确定品种间的遗传关系,为贵州地方鸡品种(类群)资源的保护和创新利用提供参考依据。【方法】采集香炉山鸡(SL)、瑶山鸡(YS)、黔东南小香鸡(XX)和威宁鸡(WN)共66份血液样本,基于京芯一号鸡55K SNP芯片对4个贵州地方鸡品种(类群)进行SNP位点检测,采用Plink v1.90、VCFtools v0.1.17和Admixture v1.3分别进行遗传多样性、群体结构及亲缘关系分析。【结果】4个贵州地方鸡品种(类群)的有效群体含量(Ne)介于3.1~3.2,且期望杂合度(He)均低于观察杂合度(Ho),多态信息含量(PIC)排序为威宁鸡(0.8583)>瑶山鸡(0.8350)>黔东南小香鸡(0.8123)>香炉山鸡(0.8001),均大于0.50,呈高度多态性,遗传多样性丰富。基于状态同源(IBS)遗传距离矩阵构建的系统发育进化树显示,香炉山鸡的分支最长、威宁鸡的分支最短。主成分分析(PCA)结果表明,4个贵州地方鸡品种(类群)间的界限分明,且各品种(类群)间无相互渗透现象;在Admixture祖代分析中,祖先集群数量(K)=2时,群体分群效果最佳,说明4个贵州地方鸡品种(类群)有2个共同的祖先。4个贵州地方鸡品种(类群)间的群体分化系数(Fst)接近0.05,说明群体间并未产生明显分化。4个贵州地方鸡品种(类群)的G矩阵亲缘关系分析结果和IBS遗传距离分析结果一致,香炉山鸡群个体间的亲缘关系和遗传距离最近,而威宁鸡群个体间的亲缘关系和遗传距离最远。【结论】4个贵州地方鸡品种(类群)遗传多样性较丰富,且品种(类群)间的界限明显,无相互渗透现象,但亲缘关系中有部分品种(类群)间存在近交风险,因此今后的育种工作应进一步改良香炉山鸡和黔东南小香鸡的配种方式,并适当增加群体数量及公母比例,以避免近交衰退。 展开更多
关键词 贵州地方鸡 SNP芯片 群体结构 遗传多样性 亲缘关系
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仁怀市主要河流春季大型底栖动物群落结构及其水质评价 被引量：2
2
作者 何浩宇 龙茂源 +8 位作者 张书海 周岳兵 甘雷 王桢璐 项涛 居涛 石磊 安苗 董响红 《山地农业生物学报》 2024年第1期28-38,共11页
底栖动物是水域生态系统不可或缺的组成部分,亦是水环境状况的重要指示类群。为探究仁怀市主要河流大型底栖动物的群落结构和水质状况,我们于2023年春季对赤水河仁怀段干流、8条主要支流及其附属水库的大型底栖动物群落进行了调查。结... 底栖动物是水域生态系统不可或缺的组成部分,亦是水环境状况的重要指示类群。为探究仁怀市主要河流大型底栖动物的群落结构和水质状况,我们于2023年春季对赤水河仁怀段干流、8条主要支流及其附属水库的大型底栖动物群落进行了调查。结果发现:此次考察共采集到大型底栖动物93种,隶属于4门7纲18目58科,其中,软体动物17种(18.28%);环节动物9种(9.68%);水生昆虫65种(69.89%);甲壳动物和扁形动物各1种(均占1.08%)。优势种为多足摇蚊属一种(Polypedilum sp.)、河蚬(Corbicula fluminea)、摇蚊属一种(Chironomus sp.)与长跗摇蚊属一种(Tanytarsus sp.)。利用生物多样性和底栖动物分类评价指数对该市主要河流进行水质生物学评价,结果显示:Shannon-Wiener指数与Margalef指数评级偏差,Pielou指数评级偏优,而生物学污染性指数和生物指数评级一致,指示仁怀市主要河流水质整体上存在一定程度的退化。 展开更多
关键词 河流 仁怀市 大型底栖动物 群落结构 水质评价
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柯乐猪BMP7基因SNP位点鉴定及其与繁殖性状的关联分析
3
作者 王倩倩 赵永 +6 位作者 杨齐心 杨红文 向进 吴燕 付红梅 丁义杰 张依裕 《江苏农业学报》 北大核心 2025年第8期1559-1565,共7页
为了探究BMP7基因单核苷酸多态性(SNP)位点对柯乐猪繁殖性状的影响,本研究选取158头健康经产柯乐猪,采用Sanger测序技术检测BMP7基因的SNP位点,并对其与繁殖性状的相关性进行分析。结果表明,在BMP7基因第3内含子区域鉴定到3个SNP突变位... 为了探究BMP7基因单核苷酸多态性(SNP)位点对柯乐猪繁殖性状的影响,本研究选取158头健康经产柯乐猪,采用Sanger测序技术检测BMP7基因的SNP位点,并对其与繁殖性状的相关性进行分析。结果表明,在BMP7基因第3内含子区域鉴定到3个SNP突变位点,分别为g.57647887 G→A、g.57647990 C→T和g.57648145 C→G,这些位点均符合哈迪-温伯格平衡(P>0.05)。其中,g.57647887 G→A位点与g.57647990 C→T位点完全连锁。关联分析结果表明,H1H1(GG-CC-GG)、H2H2(AA-TT-CC)和H4H4(AA-TT-GG)双倍型个体的总产仔数、产活仔猪数、初生窝重、断奶仔猪数、断奶窝重等繁殖性状较好,且为纯合子,而H2H4(AA-TT-GC)双倍型个体的繁殖性状较差。本研究结果为柯乐猪育种提供了理论依据。 展开更多
关键词 BMP7 单核苷酸多态性位点 繁殖性能 柯乐猪 关联分析
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贵州省东方蜜蜂Apis cerana线粒体DNA遗传多样性研究 被引量：5
4
作者 赵金玉 龙见坤 +2 位作者 DAVID Tembong Cham 陈祥盛 常志敏 《环境昆虫学报》 CSCD 北大核心 2022年第3期595-605,共11页
为探明贵州省东方蜜蜂Apis cerana遗传多样性及遗传分化现状,对贵州省9个地级市79个样点采集的东方蜜蜂样本线粒体DNA(mt DNA)COI-COII序列进行扩增与测序,分析其遗传多样性、遗传结构及亲缘关系。序列结果显示扩增后COI-COII序列长度约... 为探明贵州省东方蜜蜂Apis cerana遗传多样性及遗传分化现状,对贵州省9个地级市79个样点采集的东方蜜蜂样本线粒体DNA(mt DNA)COI-COII序列进行扩增与测序,分析其遗传多样性、遗传结构及亲缘关系。序列结果显示扩增后COI-COII序列长度约为760 bp,A+T平均含量(82.3%)明显高于C+G(17.7%),碱基偏移性明显。单倍型分析共发现33个单倍型,其中主体单倍型H1为9个地理群体共有。单倍型多样度分析表明平均单倍型多样度为0.802,其中黔南地区最高,遵义地区最低;平均核苷酸多样度为0.014,其中六盘水地区最高,黔西南及安顺地区最低。中性检验结果表明贵州省部分地区东方蜜蜂可能经历过群体扩张。9个地区样点的平均遗传距离介于0.0012~0.0044之间,其中毕节与黔东南地区间最大,为0.0044,安顺与黔南、遵义地区间最小,均为0.0012。在单倍型系统进化树中,79个样点东方蜜蜂可分为两个类群。研究结果为贵州省东方蜜蜂遗传分化研究、种质资源保护与开发利用提供参考依据。 展开更多
关键词 贵州省 东方蜜蜂 线粒体DNA 遗传多样性 遗传距离
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不同紫苏原料对贵州黑山羊血清抗氧化酶活性、瘤胃发酵参数、瘤胃微生物区系的影响 被引量：1
5
作者 洪莉平 李小冬 +8 位作者 于二汝 裴成江 尚以顺 骆金红 孙光 周云昊 李世歌 杨航 刘凤丹 《草业学报》 CSCD 北大核心 2024年第9期214-226,共13页
试验旨在分析不同紫苏原料对贵州黑山羊淘汰母羊瘤胃发酵参数、血清抗氧化酶活性、瘤胃微生物区系的影响,为开发紫苏及其副产物作为饲料资源在黑山羊淘汰母羊育肥中的应用提供技术支撑。选取32只年龄、体况相近的贵州黑山羊,随机分为1... 试验旨在分析不同紫苏原料对贵州黑山羊淘汰母羊瘤胃发酵参数、血清抗氧化酶活性、瘤胃微生物区系的影响,为开发紫苏及其副产物作为饲料资源在黑山羊淘汰母羊育肥中的应用提供技术支撑。选取32只年龄、体况相近的贵州黑山羊,随机分为1个对照组和3个处理组,饲喂不同全混合日粮颗粒饲料,分别为对照组(CK组)、紫苏秸秆组(S_(1)组)、紫苏饼粕组(S_(2)组)及紫苏种子组(S_(3)组),预试期14 d,试验期60 d,每30 d测定一次体重,试验结束后采集血液、瘤胃液,用于测定血清抗氧化酶活性、瘤胃发酵参数以及瘤胃微生物区系。结果显示:添加不同紫苏组分处理都能显著增加淘汰母羊育肥前期(0~30 d)日增重(P<0.05),其中S_(3)组增重最大,其次为S_(2)和S_(1)组;而育肥后期各组日增重差异不显著(P>0.05)。其次,S_(1)和S_(3)组均能显著提高血清样品超氧化物歧化酶活性(SOD)和丙二醛(MDA)含量(P<0.05),而过氧化氢酶(CAT)活性和总抗氧化能力(T-AOC)含量在各组间表现各不相同(P>0.05)。添加紫苏组分的试验组均能显著降低乙酸含量(P<0.05),丙酸、丁酸、异丁酸、戊酸、异戊酸和总挥发性脂肪酸含量在S_(2)、S_(3)和CK组中差异不显著(P>0.05),而在S_(1)组中相应有机酸含量均显著低于CK组(P<0.05)。氨态氮的含量在各组别间差异不显著(P>0.05)。通过高通量测序分析瘤胃微生物区系发现,不同处理对瘤胃微生物种类没有显著影响,而反应相同微生物物种丰度的Chao1指数和ACE指数在S_(1)与S_(3)间表现不相同,其中Chao1指数差异显著(P=0.047),而ACE指数差异不显著(P=0.062)。OTU检出S_(1)组>S_(2)组>CK组>S_(3)组,从门水平分析各试验组优势菌群丰度,各试验组优势菌群主要为厚壁菌门、拟杆菌门和变形菌门微生物,其中S_(2)和S_(3)组中厚壁菌门、拟杆菌门丰度总和略高于CK组,S_(1)、S_(2)和S_(3)组中变形菌门的丰度均低于CK组;属水平分析各试验组优势菌群主要为普雷沃氏菌属、奎因氏菌属、琥珀酸弧菌属以及不可培养的瘤胃微生物菌属,其中S_(1)、S_(2)和S_(3)组中不可培养瘤胃微生物丰度高于CK组。其余微生物丰度在各试验组中各不相同。上述结果表明,添加不同紫苏组分能够不同程度改善淘汰母羊前期育肥效果,以添加紫苏籽效果最佳,其原因可能是通过增加血清抗氧化能力、调节淘汰母羊对粗纤维和非纤维性碳水化合物的消化能力及调控瘤胃微生物区系的组成,进而改善淘汰母羊的育肥效果。 展开更多
关键词 紫苏原料 黑山羊 淘汰母羊 瘤胃发酵 血清抗氧化活性 瘤胃微生物区系
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全基因组选择在山羊育种中的应用研究进展 被引量：2
6
作者 赵彦频 韩勇 +3 位作者 粟朝芝 龙勇 肖文 杨晓玲 《中国畜牧兽医》 CAS CSCD 北大核心 2024年第11期4860-4870,共11页
全基因组选择(genome-wide selection,GS)是一种基于基因组数据的育种方法,通过分析遗传标记和性状的关系,预测个体的遗传值和表型值,从而实现精准选育。随着高通量测序技术的发展,全基因组选择成为了现代畜禽育种的重要手段,在山羊育... 全基因组选择(genome-wide selection,GS)是一种基于基因组数据的育种方法,通过分析遗传标记和性状的关系,预测个体的遗传值和表型值,从而实现精准选育。随着高通量测序技术的发展,全基因组选择成为了现代畜禽育种的重要手段,在山羊育种中展现了巨大的潜力和应用前景。研究人员通过全基因组选择精确地评估山羊的繁殖性能,提高繁殖效率;同时通过筛选优良基因型,改良山羊的生长发育、肉品质等性状,以获得更高的经济效益。作者主要介绍了全基因组选择的原理和方法,并针对山羊的繁殖性能、生长性状和肉品质等关键性状的应用研究展开论述;讨论了全基因组选择在山羊育种中的优势和挑战,并对全基因组选择在山羊育种中的应用与未来发展趋势进行了总结与展望,以期为山羊育种的进一步发展提供一定的参考和理论支撑。 展开更多
关键词 全基因组选择 测序 山羊育种 育种值
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柯乐猪PAEP基因多态性及其与繁殖性状的关联分析 被引量：2
7
作者 赵永 郭小江 +6 位作者 李维 熊力 杨红文 王春源 吴燕 向进 张依裕 《中国畜牧兽医》 CAS CSCD 北大核心 2024年第4期1593-1602,共10页
【目的】研究孕激素相关子宫内膜蛋白(progestogen associated endometrial protein,PAEP)基因多态性对柯乐猪繁殖性状的影响,以挖掘柯乐猪的高繁殖力基因,用于提升柯乐猪的繁殖力。【方法】以189头经产柯乐猪为试验动物,采用PCR产物测... 【目的】研究孕激素相关子宫内膜蛋白(progestogen associated endometrial protein,PAEP)基因多态性对柯乐猪繁殖性状的影响,以挖掘柯乐猪的高繁殖力基因,用于提升柯乐猪的繁殖力。【方法】以189头经产柯乐猪为试验动物,采用PCR产物测序和序列比对鉴定单核苷酸多态性(SNP)位点,利用SHEsis在线软件分析SNP位点的群体遗传特性,通过RNAfold、SOPMA、SWISS-MODEL和SWISS-PdbViewer程序对SNP位点进行生物信息学分析,利用SPSS 22.0软件分析PAEP基因SNP位点与柯乐猪繁殖性状的相关性。【结果】在柯乐猪PAEP基因中共鉴定到3个SNPs位点:外显子4的g.1884992 T>C位点,为错义突变,导致第135位缬氨酸(V)变成丙氨酸(A);内含子4的g.1885152 G>C和g.1887834 G>A位点。3个突变位点均检测到3种基因型;g.1884992 T>C位点属于低度多态(PIC<0.25),g.1885152 G>C、g.1887834 G>A位点属于中度多态(0.25<PIC<0.5)。g.1884992 T>C位点产生的基因型分布未偏离Hardy-Weinberg平衡(P>0.05);g.1885152 G>C和g.1887834 G>A位点产生的基因型分布均极显著偏离Hardy-Weinberg平衡(P<0.01)。连锁分析发现,g.1885152 G>C和g.1887834 G>A位点完全连锁,共产生3种单倍型和6种双倍型。g.1884992 T>C位点引起PAEP基因mRNA及蛋白的二级结构发生改变。关联分析结果表明,g.1884992 T>C位点对柯乐猪总产仔数和产活仔数的影响均达到显著水平(P<0.05),g.1885152 G>C、g.1887834 G>A位点对柯乐猪总产仔数、产活仔数、断奶仔数和断奶窝重的影响均达到显著水平(P<0.05);双倍型H3H3个体总产仔数、产活仔数、断奶仔数和断奶窝重均显著高于其他5种双倍型(P<0.05),初生窝重显著高于双倍型H1H1、H2H2和H2H3(P<0.05);双倍型H1H3个体的总产仔数和断奶仔数显著高于双倍型H1H1、H1H2、H2H2和H2H3(P<0.05),产活仔数显著高于双倍型H2H3(P<0.05)。【结论】PAEP基因中存在的3个SNPs对柯乐猪繁殖性状有显著影响,其中H3H3为有利双倍型,可作为柯乐猪繁殖性状选择的遗传标记。 展开更多
关键词 柯乐猪 PAEP基因 单核苷酸多态性 繁殖性状
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柯乐猪XDH基因多态性鉴定及其对繁殖性状的影响 被引量：1
8
作者 向进 熊力 +6 位作者 李维 谢婷婷 杨齐心 杨红文 王春源 吴燕 张依裕 《南方农业学报》 CAS CSCD 北大核心 2024年第6期1863-1872,共10页
【目的】明确黄嘌呤脱氢酶基因(XDH)单核苷酸多态性(SNP)位点与柯乐猪繁殖性状的关联性,为加速柯乐猪的育种进程提供理论依据。【方法】选取87头健康经产柯乐母猪为研究对象,采用Sanger测序法筛查出XDH基因SNP位点,利用SPSS 22.0中的一... 【目的】明确黄嘌呤脱氢酶基因(XDH)单核苷酸多态性(SNP)位点与柯乐猪繁殖性状的关联性,为加速柯乐猪的育种进程提供理论依据。【方法】选取87头健康经产柯乐母猪为研究对象,采用Sanger测序法筛查出XDH基因SNP位点,利用SPSS 22.0中的一般线性模型(GLM)分析SNP位点与柯乐猪繁殖性状指标(产活仔数、初生窝重、平均初生重、断奶仔猪数、断奶窝重及平均断奶重)的关联性,并通过RNAfold web server、ExPASy-ProtParam、NovoPro和SWISS-MODEL等在线软件进行生物信息学分析。【结果】在柯乐猪XDH基因上共筛选获得12个SNPs位点,分别是第33内含子上的g.108047658C>G和g.108047680C>A位点,第34内含子上的g.108048009C>T、g.108048044T>C、g.108048046T>C、g.108048047C>T、g.108048054C>T、g.108048153A>T、g.108048208A>G、g.108048212T>C和g.108048242C>T位点,第34外显子上的g.108047915G>A位点。12个SNPs位点均存在3种基因型,属于中度多态位点(0.25<PIC<0.50);g.108048047C>T、g.108048208A>G、g.108048242C>T、g.108048044T>C、g.108048046T>C和g.108048212T>C位点的基因型分布符合Hardy-Weinberg平衡状态(PHWE>0.05),其余6个SNPs位点的基因型分布则显著偏离Hardy-Weinberg平衡状态(PHWE<0.05)。除g.108047658C>G位点与g.108047680C>A位点、g.108048044T>C位点与g.108048046T>C位点、g.108048046T>C位点与g.108048047C>T位点间存在强连锁不平衡关系外,其余各SNP位点间均不存在强连锁不平衡关系。g.108047658C>G和g.108047915G>A位点对柯乐猪产活仔数的影响达显著水平(P<0.05,下同),g.108047658C>G位点表现为CG基因型个体的产活仔数显著高于GG基因型个体,g.108047915G>A位点表现为AG基因型个体的产活仔数显著高于AA基因型个体。g.108047915G>A位点突变导致柯乐猪XDH基因mRNA二级结构发生改变,最小自由能由-1508.90 kcal/mol上升到-1507.80 kcal/mol;且XDH基因等位基因G的突变还导致其编码蛋白分子式、相对分子量、理论等电点(pI)、不稳定系数及蛋白高级结构发生改变。【结论】柯乐猪XDH基因第33内含子g.108047658C>G位点和第34外显子g.108047915G>A位点对其产活仔数的影响达显著水平,可作为柯乐猪繁殖性状改良的潜在分子辅助标记。 展开更多
关键词 柯乐猪 XDH基因 SNP位点 繁殖性状 产活仔数
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姜黄素对贵州黄鸡种鸡产蛋和孵化性能、蛋品质、养分代谢、抗氧化及抗炎症能力的影响 被引量：4
9
作者 黄燕化 陆胜涛 +3 位作者 林佳乐 周盘红 施晓丽 班明政 《动物营养学报》 CAS CSCD 北大核心 2024年第8期4986-4996,共11页
本试验旨在研究姜黄素对贵州黄鸡种鸡产蛋和孵化性能、蛋品质、养分代谢、血清抗氧化、抗炎症及免疫指标的影响。挑选体重(1.85±0.15)kg、产蛋率约为40%的31周龄贵州黄鸡种鸡432只,随机分成3组,每组6个重复,每个重复24只(公母比例2... 本试验旨在研究姜黄素对贵州黄鸡种鸡产蛋和孵化性能、蛋品质、养分代谢、血清抗氧化、抗炎症及免疫指标的影响。挑选体重(1.85±0.15)kg、产蛋率约为40%的31周龄贵州黄鸡种鸡432只,随机分成3组,每组6个重复,每个重复24只(公母比例2∶22)。3组试验鸡分别饲喂添加0(对照)、200、400 mg/kg姜黄素的试验饲粮。预试期1周,正试期8周。结果显示:1)与对照组相比,添加200和400 mg/kg姜黄素虽极显著减少了贵州黄鸡的日均采食量(P<0.01),但添加200 mg/kg姜黄素却显著提高了贵州黄鸡的产蛋率(P<0.05),并有改善料蛋比的趋势(0.05<P<0.10),而添加400 mg/kg姜黄素有加深蛋黄颜色和增加蛋壳厚度的趋势(0.05<P<0.10)。2)与对照组相比,添加200 mg/kg姜黄素显著提高了粗蛋白质表观代谢率(P<0.05),添加200和400 mg/kg姜黄素显著提高了钙表观代谢率(P<0.05),且有提高干物质和磷表观代谢率的趋势(0.05<P<0.10)。3)与对照组相比,添加200 mg/kg姜黄素极显著降低了血浆中尿酸含量和血清中白细胞介素-1β含量(P<0.01),显著降低了血清中丙二醛和免疫球蛋白M含量(P<0.05)。4)与对照组相比,添加200和400 mg/kg姜黄素有提高贵州黄鸡种鸡受精率的趋势(0.05<P<0.10)。综上可知,饲粮中添加200 mg/kg姜黄素可提高机体抗氧化和抗炎症能力,促进饲粮中养分的代谢,改善贵州黄鸡种鸡的产蛋和孵化性能。 展开更多
关键词 姜黄素 产蛋性能 孵化性能 表观代谢率 抗氧化
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PBL教学模式在家畜繁殖学实验教学改革中的应用探索
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作者 陈祥 敖政 +1 位作者 赵佳福 龚婷 《黑龙江动物繁殖》 2022年第4期57-61,共5页
家畜繁殖学是一门实践性很强的课程,探索实验教学新模式对提高该课程教学效果具有重要作用。教师将学生分为两组,即采用传统教学模式的传统组和应用PBL教学模式的PBL组,对比问题式学习教学方法(problem-based learning,PBL)和传统方法... 家畜繁殖学是一门实践性很强的课程,探索实验教学新模式对提高该课程教学效果具有重要作用。教师将学生分为两组,即采用传统教学模式的传统组和应用PBL教学模式的PBL组,对比问题式学习教学方法(problem-based learning,PBL)和传统方法在家畜繁殖学实验教学中的效果。结果表明:PBL组学生在实验报告、实验操作和结果展示等方面的能力提升优于传统组;问卷调查显示,PBL组学生对实验趣味性、实验创新性、能力提升等方面的满意度高于传统组。说明PBL教学法有助于提高家畜繁殖学的教学效果。 展开更多
关键词 家畜繁殖学 PBL 实验教学 教学效果 创新能力
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柯乐猪BMP7基因SNP位点与繁殖性能的关联分析 被引量：2
11
作者 向进 吴燕 +4 位作者 王春源 赵永 付红梅 丁义杰 张依裕 《南方农业学报》 CAS CSCD 北大核心 2024年第8期2495-2503,共9页
【目的】明确骨形态发生蛋白7基因(BMP7)单核苷酸多态性(SNP)位点与柯乐猪繁殖性能的关联性,挖掘柯乐猪繁殖性状的分子辅助标记,为加速柯乐猪繁殖性能提升及推进其品种改良进程提供技术支撑。【方法】选取150头健康经产柯乐母猪为研究对... 【目的】明确骨形态发生蛋白7基因(BMP7)单核苷酸多态性(SNP)位点与柯乐猪繁殖性能的关联性,挖掘柯乐猪繁殖性状的分子辅助标记,为加速柯乐猪繁殖性能提升及推进其品种改良进程提供技术支撑。【方法】选取150头健康经产柯乐母猪为研究对象,采用Sanger测序法筛查鉴定BMP7基因SNP位点,计算各SNP位点的群体遗传参数,并通过SPSS 22.0中的一般线性模型(GLM)分析SNP位点与柯乐猪总产仔数、初生窝重、平均初生重、断奶仔猪数、断奶窝重及平均断奶重等6个繁殖性状指标的关联性。【结果】在柯乐猪BMP7基因上共发现5个SNPs位点:g.57602289C>T(第2外显子)、g.57602334C>T(第2外显子)、g.57602404C>T(第2内含子)、g.57602418C>T(第2内含子)和g.57602561G>T(第2内含子),均存在3种基因型;5个SNPs位点的优势基因型分别为CT、CT、CT、CT和GT,对应的多态信息含量(PIC)介于0.358~0.375,均表现为中度多态(0.25<PIC<0.50)。5个SNPs位点均符合Hardy-Weinberg平衡状态(P_(HWE)>0.05),且各SNP位点间均存在强连锁不平衡关系[LD系数(Dʼ)>0.800,相关系数(R^(2))>0.330]。关联分析结果显示,g.57602289C>T、g.57602334C>T和g.57602418C>T等3个位点TT基因型个体的初生窝重均显著高于CC基因型个体(P<0.05),TT基因型个体的断奶仔猪数极显著高于CC基因型和CT基因型个体(P<0.01,下同);g.57602404C>T位点TT基因型个体的总产仔猪数极显著高于CC基因型个体;g.57602561G>T位点TT基因型个体的总产仔猪数极显著高于GG基因型个体。此外,双倍型H2H2和H3H3个体的总产仔数、初生窝重、断奶仔猪数和断奶窝重均高于其他双倍型个体,尤其是H2H2个体在断奶仔猪数和初生窝重方面表现出明显优势。【结论】在柯乐猪BMP7基因上发现的5个SNPs位点均与其繁殖性能存在较强的关联性,BMP7基因可作为柯乐猪繁殖性状的候选基因,而双倍型H2H2可作为繁殖性状分子标记辅助选择的参考。 展开更多
关键词 柯乐猪 BMP7基因 SNP位点 繁殖性能 关联分析
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柯乐猪TAC3R基因SNP位点鉴定及其对繁殖性状的影响 被引量：1
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作者 曾辅琴 谭元成 +7 位作者 黄雯 王春源 向进 吴燕 蒙炳盛 孟忠名 魏婷 张依裕 《南方农业学报》 CAS CSCD 北大核心 2024年第5期1502-1509,共8页
【目的】探究速激肽受体3基因(TAC3R)单核苷酸多态性(SNP)位点与柯乐猪繁殖性能的关联性,筛选出与繁殖性状相关的遗传标记,为加速柯乐猪的品种改良提供技术支撑。【方法】选取195头2胎以上的健康经产柯乐猪为研究对象,运用Sanger直接测... 【目的】探究速激肽受体3基因(TAC3R)单核苷酸多态性(SNP)位点与柯乐猪繁殖性能的关联性,筛选出与繁殖性状相关的遗传标记,为加速柯乐猪的品种改良提供技术支撑。【方法】选取195头2胎以上的健康经产柯乐猪为研究对象,运用Sanger直接测序法鉴定TAC3R基因SNP位点,利用SHEsisPlus计算各SNP位点的群体遗传参数,并以SPSS 22.0中的一般线性模型(GLM)分析SNP位点基因型和双倍型对柯乐猪5个繁殖指标的遗传效应。【结果】在柯乐猪TAC3R基因上共检测到5个SNPs位点:g.117686266T>C、g.117686381A>G、g.117686384A>G、g.117688503T>C和g.117688518T>C。g.117686381A>G位点与g.117686384A>G位点间完全连锁,g.117688503T>C位点与g.117686266T>C、g.117686381A>G和g.117686384A>G位点间不存在连锁关系,而其他各SNP位点间均存在强连锁不平衡关系。5个SNPs位点联合共检测到5种单倍型和10种双倍型,单倍型中以H5的频率最高(0.433)、H2的频率最低(0.059),双倍型中以H3H5的频率最高(0.221)、H1H4的频率最低(0.031)。5个SNPs位点在柯乐猪群体中均呈中度多态性(0.25<PIC<0.50),且其基因型分布均未偏离Hardy-Weinberg平衡(χ^(2)-HWE<5.991)。g.117688503T>C位点显著影响窝均产仔数和断奶仔猪数,TT基因型个体的窝均产仔数和断奶仔猪数显著高于CC基因型个体;g.117688518T>C位点显著影响断奶仔猪数,CC基因型个体显著高于TT基因型个体。柯乐猪TAC3R基因SNP位点双倍型与其繁殖性状的关联分析发现,H2H4型为窝均产仔数、窝均产活仔数和窝断奶仔猪数3个指标的最优双倍型,H1H3型为平均断奶重指标的最优双倍型。【结论】在柯乐猪TAC3R基因上检测到5个SNPs位点,其中g.117688503T>C和g.117688518T>C位点对柯乐猪的繁殖性能有显著影响。TAC3R基因可作为柯乐猪繁殖性状的候选基因,双倍型H2H4可作为分子标记辅助选择的参考。 展开更多
关键词 柯乐猪 TAC3R基因 SNP位点 繁殖性状 关联性
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贵州半细毛羊线粒体D-loop区母系遗传结构分析 被引量：1
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作者 张继 吴雪 刘若余 《农技服务》 2022年第8期40-45,共6页
贵州半细毛羊是贵州省培育出的绵羊品种,为贵州绵羊的育种保种和开发利用提供科学依据,对20只贵州半细毛羊的线粒体DNA D-loop序列进行PCR扩增测序与分析,探究贵州半细毛羊母系的遗传结构。结果表明:20只贵州半细毛羊个体的A、G、C、T... 贵州半细毛羊是贵州省培育出的绵羊品种,为贵州绵羊的育种保种和开发利用提供科学依据,对20只贵州半细毛羊的线粒体DNA D-loop序列进行PCR扩增测序与分析,探究贵州半细毛羊母系的遗传结构。结果表明:20只贵州半细毛羊个体的A、G、C、T平均含量分别为33.1%、14.4%、22.9%、29.7%,其中A+T为62.8%,G+C为37.3%,A+T含量明显高于G+C含量。20条序列中共发现多态位点84个,其中转换83个,颠换1个。通过构建遗传发育树发现贵州半细毛羊有两个母系起源。 展开更多
关键词 线粒体DNA D-loop 贵州半细毛羊 母系 遗传结构
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柯乐猪CRISP 3基因SNP鉴定及其对繁殖性状的影响 被引量：1
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作者 向进 王春源 +3 位作者 吴燕 谭元成 杨酸 张依裕 《浙江农业学报》 CSCD 北大核心 2024年第6期1270-1278,共9页
为分析富半胱氨酸的分泌蛋白3(cysteine rich secretory protein 3,CRISP3)基因单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphism,SNP)位点对柯乐猪繁殖性状的影响,采用Sanger测序法检测250头健康经产柯乐猪母猪CRISP 3基因的SNP突变位点... 为分析富半胱氨酸的分泌蛋白3(cysteine rich secretory protein 3,CRISP3)基因单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphism,SNP)位点对柯乐猪繁殖性状的影响,采用Sanger测序法检测250头健康经产柯乐猪母猪CRISP 3基因的SNP突变位点,利用SPSS 22.0软件分析SNP位点与柯乐猪产活仔猪数、初生窝重、初生均重、断奶窝重、断奶仔猪数和断奶均重6个指标的关联性。结果显示,在柯乐猪CRISP 3基因第4内含子共发现3个SNP突变位点,即g.43796318T>C、g.43796424T>A和g.43796425G>T,均存在3种基因型。g.43796318T>C和g.43796424T>A位点的优势基因型为TT,优势等位基因为T;g.43796425G>T位点的优势基因型为GG,优势等位基因为G。χ^(2)检验显示,g.43796318T>C位点基因型分布符合Hardy-Weinberg平衡状态(P>0.05);g.43796424T>A和g.43796425G>T位点基因型分布均极显著(P<0.01)偏离Hardy-Weinberg平衡状态。3个SNP位点的多态信息含量(PIC)为0.25~0.50,表现为中度多态。连锁不平衡分析显示,g.43796424T>A与g.43796425G>T之间存在强连锁不平衡。关联分析显示,g.43796318T>C位点TT和CC基因型个体的初生窝重和初生均重均显著(P<0.05)高于TC基因型;g.43796424T>A位点TA基因型个体的产活仔猪数、初生窝重和断奶仔猪数均显著(P<0.05)高于TT和AA基因型;g.43796425G>T位点GT基因型个体的产活仔猪数、初生窝重和断奶仔猪数均显著(P<0.05)高于GG和TT基因型。双倍型关联分析显示,双倍型H2H4(CCTAGT)个体的产活仔猪数、初生窝重、断奶仔猪数和断奶窝重显著(P<0.05)高于H1H2(TCTAGT)个体和H2H2(CCAATT)个体;双倍型H2H2(CCAATT)个体的初生均重显著(P<0.05)高于除H4H4(CCTTGG)个体外的其他个体,且其断奶均重显著(P<0.05)高于其他双倍型个体。CRISP 3基因第4内含子上的3个突变位点与柯乐猪的6个繁殖性状均存在显著关联,可作为柯乐猪繁殖性状选择的候选分子标记。 展开更多
关键词 柯乐猪 CRISP 3基因 单核苷酸多态性 繁殖性状
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柯乐猪KRT10基因多态性及其与繁殖性状的关联分析
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作者 赵永 杨齐心 +6 位作者 李维 熊力 杨红文 王春源 吴燕 向进 张依裕 《中国畜牧兽医》 CAS CSCD 北大核心 2024年第6期2508-2516,共9页
【目的】研究角蛋白10(keratin 10,KRT10)基因多态性对柯乐猪繁殖性状的影响,以提高柯乐猪的繁殖力。【方法】以255头柯乐猪为研究对象,采用PCR产物测序、DANMAN序列比对软件及人工校对相结合的方法鉴定KRT10基因单核苷酸多态性(single ... 【目的】研究角蛋白10(keratin 10,KRT10)基因多态性对柯乐猪繁殖性状的影响,以提高柯乐猪的繁殖力。【方法】以255头柯乐猪为研究对象,采用PCR产物测序、DANMAN序列比对软件及人工校对相结合的方法鉴定KRT10基因单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphism, SNP)位点,利用SHEsis在线软件分析SNP位点的群体遗传特性,通过RNAfold在线工具对SNP位点进行生物信息学分析,使用SPSS 22.0软件中的一般线性模型分析KRT10基因SNP位点与柯乐猪繁殖性状的关联性。【结果】在柯乐猪KRT10基因中共鉴定到3个SNPs位点:第4内含子的g.21643703 C>T和g.21643714 G>A;第5外显子的g.21643741 G>A。g.21643741 G>A突变导致密码子由AAG突变为AAA,编码氨基酸均为赖氨酸(K),为同义突变,引起编码的mRNA二级结构发生改变。3个SNPs位点均检测到3种基因型,g.21643703 C>T和g.21643741 G>A属于中度多态位点(0.25A)属于低度多态位点(PIC<0.25)。g.21643703 C>T和g.21643741 G>A位点均处于Hardy-Weinberg平衡状态(P>0.05),g.21643714 G>A位点显著偏离Hardy-Weinberg平衡状态(P<0.05);3个SNPs位点间均不存在强连锁不平衡。KRT10基因3个SNPs位点共产生4种单倍型和10种双倍型。关联分析结果表明,g.21643703 C>T位点对柯乐猪初生窝重、断奶仔数和断奶窝重的影响均达到显著水平(P<0.05);g.21643714 G>A位点对柯乐猪总产仔数和断奶窝重的影响均达到显著水平(P<0.05);g.21643741 G>A位点对柯乐猪总产仔数、产活仔数、断奶仔数和断奶窝重的影响均达到显著水平(P<0.05)。双倍型H3H3对柯乐猪总产仔数、产活仔数、断奶仔数和断奶窝重的影响最明显。【结论】KRT10基因中存在的3个SNPs位点对柯乐猪繁殖性状有显著影响,其中H3H3为有利双倍型,可作为柯乐猪繁殖性状选择的遗传标记。 展开更多
关键词 柯乐猪 KRT10基因 单核苷酸多态性(SNP) 繁殖性状
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OLR1基因生信分析及其在贵州黑山羊和黔北麻羊性腺轴中的表达 被引量：1
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作者 杨红 杨远青 +4 位作者 周明帅 廖朝美 王正刚 袁超 杨洋 《安徽农业科学》 CAS 2024年第22期88-92,共5页
[目的]研究OLR1基因与贵州黑山羊和黔北麻羊繁殖率之间的关系,为研究OLR1基因调控山羊卵泡发育的分子机制提供参考。[方法]通过生物信息学的手段对OLR1蛋白理化性质、亚细胞定位、信号肽位点、蛋白高级结构等进行预测,并通过对不同物种O... [目的]研究OLR1基因与贵州黑山羊和黔北麻羊繁殖率之间的关系,为研究OLR1基因调控山羊卵泡发育的分子机制提供参考。[方法]通过生物信息学的手段对OLR1蛋白理化性质、亚细胞定位、信号肽位点、蛋白高级结构等进行预测,并通过对不同物种OLR1氨基酸序列进行同源性分析,构建系统发育进化树;采用RT-qPCR的方法检测OLR1基因在单羔和多羔贵州黑山羊和黔北麻羊性腺轴各组织中的表达量。[结果]OLR1基因编码275个氨基酸,理论pi值为6.37,OLR1是一种主要由α-螺旋卷曲构成的不具有信号肽的不稳定亲水性蛋白;与其他动物相比,山羊OLR1与反刍动物绵羊和牛的遗传距离最近。qPCR结果显示:OLR1基因在贵州黑山羊及黔北麻羊下丘脑、输卵管、垂体、子宫和卵巢组织中均有表达。在单羔组贵州黑山羊下丘脑、子宫、卵巢、垂体中的表达量均极显著高于多羔组(P<0.01),在输卵管中的表达量高于多羔组,但二者间差异不显著(P>0.05)。在单羔组黔北麻羊下丘脑、垂体、卵巢中的表达量均极显著高于多羔组(P<0.01);在输卵管中的表达量高于多羔组,在子宫中的表达量低于多羔组,但二者间差异不显著(P>0.05)。[结论]OLR1基因表达量与贵州黑山羊和黔北麻羊的繁殖性状呈负相关,可作为影响贵州本地山羊繁殖性能的重要候选基因。 展开更多
关键词 贵州黑山羊 黔北麻羊 性腺轴 OLR1基因 生物信息学 繁殖性状
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柯乐猪PAEP基因单核苷酸多态性对繁殖性能的影响
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作者 赵永 杨齐心 +6 位作者 李维 熊力 杨红文 王春源 吴燕 向进 张依裕 《贵州畜牧兽医》 2024年第3期20-24,共5页
为了分析孕激素相关子宫内膜蛋白(PAEP)基因单核苷酸突变位点(SNPs)对柯乐猪繁殖性状的影响,采用Sanger测序法筛选鉴定柯乐猪母猪PAEP基因的SNPs,SHEsis在线软件分析SNPs的群体遗传特性,SPSS 22.0软件分析SNPs单、双倍型与柯乐猪母猪群... 为了分析孕激素相关子宫内膜蛋白(PAEP)基因单核苷酸突变位点(SNPs)对柯乐猪繁殖性状的影响,采用Sanger测序法筛选鉴定柯乐猪母猪PAEP基因的SNPs,SHEsis在线软件分析SNPs的群体遗传特性,SPSS 22.0软件分析SNPs单、双倍型与柯乐猪母猪群体的总产仔数、初生窝重、初生平均重、断奶仔猪数、断奶窝重5个繁殖性状指标的相关性。结果:柯乐猪母猪PAEP基因第4内含子存在3个SNPs,分别为g.1885136 G>A、g.1885158 G>A、g.1885223 G>A,各SNPs均存在3种基因型。g.1885136 G>A和g.1885158 G>A位点完全连锁,3个位点均表现为中度多态(0.25<PIC<0.5)。3个位点基因型分布均符合Hardy-Weinberg平衡(P>0.05)。3个突变位点共产生3种单倍型和6种双倍型。g.1885136 G>A和g.1885158 G>A位点AA基因型个体的总产仔数、断奶仔猪数、断奶窝重显著高于GA、GG基因型(P<0.05),g.1885136 G>A和g.1885158 G>A位点GA和GG基因型个体的初生平均重显著高于AA基因型(P<0.05)。双倍型H2H2对总产仔数、断奶仔猪数、断奶窝重3个性状都达到了显著正相关,为较优双倍型。结论:PAEP基因可作为柯乐猪母猪繁殖性状选育的候选基因,其中双倍型H2H2可作为柯乐猪母猪繁殖性状分子标记。 展开更多
关键词 柯乐猪 PAEP基因 SNP 繁殖性状
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柯乐猪MMP2基因多态性及其与繁殖性状的关联分析
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作者 向进 杨齐心 +7 位作者 罗华伦 洪亚婷 郭小江 杨红文 李维 王春源 吴燕 张依裕 《中国畜牧兽医》 CAS CSCD 北大核心 2024年第3期1142-1150,共9页
【目的】探究基质金属蛋白酶2(matrix metallopeptidase 2,MMP2)基因单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphisms,SNP)及其与繁殖性状的相关性,筛选与柯乐猪繁殖性状相关的遗传标记。【方法】试验选择212头健康的经产柯乐母猪,采... 【目的】探究基质金属蛋白酶2(matrix metallopeptidase 2,MMP2)基因单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphisms,SNP)及其与繁殖性状的相关性,筛选与柯乐猪繁殖性状相关的遗传标记。【方法】试验选择212头健康的经产柯乐母猪,采用直接测序法筛选柯乐猪MMP2基因SNP位点,利用RNAfold在线软件预测MMP2基因不同单倍型mRNA二级结构,并通过SPSS 22.0软件分析MMP2基因SNP位点与柯乐猪繁殖性状的相关性。【结果】在柯乐猪MMP2基因第2外显子中检测到1个SNP位点(g.30062403 C>T),在第4外显子中检测到2个SNPs位点(g.30065309 C>T和g.30065312 C>T),均存在3种基因型(CC、CT和CT)。遗传特性分析结果显示,g.30062403 C>T位点为低度多态,g.30065309 C>T和g.30065312 C>T位点属于中度多态。卡方适合性检验结果显示,g.30062403 C>T位点显著偏离Hardy-Weinberg平衡(P<0.05),另2个位点均符合Hardy-Weinberg平衡(P>0.05)。连锁不平衡分析结果显示,g.30065309 C>T和g.30065312 C>T位点之间存在强连锁不平衡。单倍型mRNA二级结构分析显示,单倍型H1的mRNA二级结构与原序列相同,其他3种单倍型均导致mRNA二级结构和最小自由能发生变化。关联分析结果显示,g.30062403 C>T位点TT基因型个体的窝产活仔数显著高于CC基因型,断奶窝重显著高于CT基因型(P<0.05);g.30065309 C>T位点CC基因型个体的断奶仔数显著高于TT基因型(P<0.05);g.30065312 C>T位点TT基因型个体的窝产活仔数、断奶仔数均显著高于CT基因型(P<0.05)。双倍型H2H2为窝产仔数、窝产活仔数、断奶仔数、断奶窝重的优势双倍型,H1H4为初生窝重的优势双倍型。【结论】柯乐猪MMP2基因3个SNPs位点与其窝产仔数、窝产活仔数、初生窝重、断奶仔数及断奶窝重均存在显著关联性,可作为分子育种遗传标记。 展开更多
关键词 柯乐猪 MMP2基因 多态性 繁殖性状 关联分析
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贵州白山羊的体尺与体重及其相关性 被引量：19
19
作者 康建兵 蔡惠芬 +7 位作者 罗卫星 王锋 曾浩 苏娜芬 黄兰 钱成 刘彬 孙岩岩 《贵州农业科学》 CAS 2015年第8期171-173,共3页
为贵州白山羊的品种选择和育种提供理论依据,对选自贵州省沿河县新景乡贵州白山羊保种区(贵州白山羊中心产区)的415只贵州白山羊,其中,育成羊194只(公羊59只、母羊100只和羯羊35只),成年羊221只(公羊13只、母羊122只和羯羊86只),测定其... 为贵州白山羊的品种选择和育种提供理论依据,对选自贵州省沿河县新景乡贵州白山羊保种区(贵州白山羊中心产区)的415只贵州白山羊,其中,育成羊194只(公羊59只、母羊100只和羯羊35只),成年羊221只(公羊13只、母羊122只和羯羊86只),测定其体重(y)、体高(x1)、体斜长(x2)、胸围(x3)和管围(x4),进行相关性分析和通径分析,并建立最优回归方程。结果表明:胸围是影响贵州白山羊体重最主要的体尺指标,胸围对体重的直接作用较大,通径系数为0.593;体高、体斜长和管围对贵州白山羊体重的直接作用较小;体高对体重的间接作用最大,通径系数为0.656。贵州白山羊体尺-体重的最优回归方程为y=-55.358+0.127x1+0.429x2+0.651x3+0.644x4,R2=0.831。 展开更多
关键词 贵州白山羊 体尺 体重 相关性
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贵州白山羊和黔北麻羊TFAM基因部分外显子多态性研究 被引量：4
20
作者 谢海强 杨永强 +5 位作者 宋桃伟 孙岩岩 刘彬 罗卫星 张依裕 刘若余 《广东农业科学》 CAS CSCD 北大核心 2013年第16期138-140,163,F0003,共5页
利用黔北麻羊和贵州白山羊构建品种DNA池,设计1对引物分别扩增其TFAM基因第2外显子及第1内含子部分序列。PCR产物纯化后进行双向测序,DNAStar和BLAST分析确定多态性位点。利用生物信息学软件分析SNPs位点对TFAM基因RNA二级结构和TFAM蛋... 利用黔北麻羊和贵州白山羊构建品种DNA池,设计1对引物分别扩增其TFAM基因第2外显子及第1内含子部分序列。PCR产物纯化后进行双向测序,DNAStar和BLAST分析确定多态性位点。利用生物信息学软件分析SNPs位点对TFAM基因RNA二级结构和TFAM蛋白二级、三级结构的影响。结果表明:在羊TFAM基因中筛选到5个SNPs:T1005C、G1099C、A1130C、G1164C、T1287C,其中T1005C为同义突变,G1099C为错义突变,导致编码的甘氨酸(Gly)变为半胱氨酸(Cys);A1130C、G1164C、T1287C 3个突变位点均位于内含子区。SNPs位点对TFAM基因RNA二级结构和TFAM蛋白结构有一定影响。 展开更多
关键词 TFAM SNPS 肌内脂肪沉积 黔北麻羊 贵州白山羊
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