FKF1是响应蓝光节律表达的基因,是光周期途径调控植物开花的重要因子之一。为探索BdFKF1基因在光周期途径中调控烟草植株开花的分子机制,该研究以野生型烟草(SR1)和转BdFKF1基因烟草(BdFKF1-OE)植株为材料,利用转录组学测序技术并进行RT...FKF1是响应蓝光节律表达的基因,是光周期途径调控植物开花的重要因子之一。为探索BdFKF1基因在光周期途径中调控烟草植株开花的分子机制,该研究以野生型烟草(SR1)和转BdFKF1基因烟草(BdFKF1-OE)植株为材料,利用转录组学测序技术并进行RT-qPCR验证,观测并记录2种材料的开花时间。结果表明:(1)在SR1 vs FKF1组中,共筛选出472个差异表达基因,包括上调基因248个、下调基因224个,其中与光周期相关的差异表达基因有14个,包括上调基因7个、下调基因7个。(2)GO富集分析发现,差异表达基因大量富集在U5小核核糖核蛋白体和氧化还原酶活性,作用于成对供体和蓝光反应等通路中,其中与光周期相关的差异表达基因主要富集在FK506结合、光周期和开花、光周期、磷脂酰乙醇胺结合、大环内酯结合、花发育调控等通路中。(3)KEGG富集分析发现,差异表达基因主要富集在ABC转运蛋白、内质网中的蛋白质加工、角质,木栓素和蜡的生物合成、昼夜节律-植物等通路中,其中与光周期相关的差异表达基因主要富集在植物激素信号转导、昼夜节律-植物通路中。(4)通过观察记录发现BdFKF1-OE植株开花时间比SR1提前3.9 d。(5)RT-qPCR结果与转录组学数据变化趋势基本一致,表明转录组数据有较高的可靠性。综上认为,在长日照条件下,BdFKF1基因会影响光周期途径相关基因的表达,同时过表达BdFKF1基因具有促进烟草植株开花的作用。展开更多
【目的】探究不同生长期二穗短柄草在光周期途径中的分子调控机制,为二穗短柄草种质资源保育、新品种选育与开发利用提供理论依据。【方法】以二穗短柄草植株幼苗期(YMQ)、分蘖期(FNQ)、孕穗期(YSQ)和抽穗期(CSQ)叶片为材料,采用转录组...【目的】探究不同生长期二穗短柄草在光周期途径中的分子调控机制,为二穗短柄草种质资源保育、新品种选育与开发利用提供理论依据。【方法】以二穗短柄草植株幼苗期(YMQ)、分蘖期(FNQ)、孕穗期(YSQ)和抽穗期(CSQ)叶片为材料,采用转录组学测序技术对差异表达基因进行基因本体(Gene Ontology,GO)和京都基因与基因组百科全书(Kyoto encyclopedia of genes and genomes,KEGG)功能富集分析,揭示植物二穗短柄草在长日照条件下的生理适应机制。【结果】检测获得12542个响应长日照胁迫的差异表达基因,其中,对比组合YMQ vs FNQ、FNQ vs YSQ和YSQ vs CSQ依次有5085个、2744个和4713个差异表达基因;GO富集发现差异表达基因显著富集在类囊体、核糖体亚基和细胞质核糖体等通路;KEGG富集发现差异基因显著富集在光合作用-天线蛋白和核糖体等通路;编码单核苷酸多态性(coding Single nucleotide polymorphism,c SNP)分析发现变异碱基总数为25880个,其中转换和颠换的碱基总数分别为18148个和7732个;4个时期共发现56个光周期途径基因,光周期差异表达基因主要富集在细胞质外体(RNase复合物)、光受体活性、核外体(RNase复合物)和昼夜节律-植物等通路;光周期途径关键基因GI、PRR1、PRR95、ELF4和COL3比FT、COL5、LHY、RUP1、HY5和COL9提前表达。【结论】在二穗短柄草不同发育时期中光周期关键基因表达差异显著,此结果可为进一步研究二穗短柄草开花的分子调控机理奠定基础。展开更多
文摘FKF1是响应蓝光节律表达的基因,是光周期途径调控植物开花的重要因子之一。为探索BdFKF1基因在光周期途径中调控烟草植株开花的分子机制,该研究以野生型烟草(SR1)和转BdFKF1基因烟草(BdFKF1-OE)植株为材料,利用转录组学测序技术并进行RT-qPCR验证,观测并记录2种材料的开花时间。结果表明:(1)在SR1 vs FKF1组中,共筛选出472个差异表达基因,包括上调基因248个、下调基因224个,其中与光周期相关的差异表达基因有14个,包括上调基因7个、下调基因7个。(2)GO富集分析发现,差异表达基因大量富集在U5小核核糖核蛋白体和氧化还原酶活性,作用于成对供体和蓝光反应等通路中,其中与光周期相关的差异表达基因主要富集在FK506结合、光周期和开花、光周期、磷脂酰乙醇胺结合、大环内酯结合、花发育调控等通路中。(3)KEGG富集分析发现,差异表达基因主要富集在ABC转运蛋白、内质网中的蛋白质加工、角质,木栓素和蜡的生物合成、昼夜节律-植物等通路中,其中与光周期相关的差异表达基因主要富集在植物激素信号转导、昼夜节律-植物通路中。(4)通过观察记录发现BdFKF1-OE植株开花时间比SR1提前3.9 d。(5)RT-qPCR结果与转录组学数据变化趋势基本一致,表明转录组数据有较高的可靠性。综上认为,在长日照条件下,BdFKF1基因会影响光周期途径相关基因的表达,同时过表达BdFKF1基因具有促进烟草植株开花的作用。
文摘【目的】探究不同生长期二穗短柄草在光周期途径中的分子调控机制,为二穗短柄草种质资源保育、新品种选育与开发利用提供理论依据。【方法】以二穗短柄草植株幼苗期(YMQ)、分蘖期(FNQ)、孕穗期(YSQ)和抽穗期(CSQ)叶片为材料,采用转录组学测序技术对差异表达基因进行基因本体(Gene Ontology,GO)和京都基因与基因组百科全书(Kyoto encyclopedia of genes and genomes,KEGG)功能富集分析,揭示植物二穗短柄草在长日照条件下的生理适应机制。【结果】检测获得12542个响应长日照胁迫的差异表达基因,其中,对比组合YMQ vs FNQ、FNQ vs YSQ和YSQ vs CSQ依次有5085个、2744个和4713个差异表达基因;GO富集发现差异表达基因显著富集在类囊体、核糖体亚基和细胞质核糖体等通路;KEGG富集发现差异基因显著富集在光合作用-天线蛋白和核糖体等通路;编码单核苷酸多态性(coding Single nucleotide polymorphism,c SNP)分析发现变异碱基总数为25880个,其中转换和颠换的碱基总数分别为18148个和7732个;4个时期共发现56个光周期途径基因,光周期差异表达基因主要富集在细胞质外体(RNase复合物)、光受体活性、核外体(RNase复合物)和昼夜节律-植物等通路;光周期途径关键基因GI、PRR1、PRR95、ELF4和COL3比FT、COL5、LHY、RUP1、HY5和COL9提前表达。【结论】在二穗短柄草不同发育时期中光周期关键基因表达差异显著,此结果可为进一步研究二穗短柄草开花的分子调控机理奠定基础。
