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贵州白山羊和黔北麻羊TFAM基因部分外显子多态性研究 被引量:4
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作者 谢海强 杨永强 +5 位作者 宋桃伟 孙岩岩 刘彬 罗卫星 张依裕 刘若余 《广东农业科学》 CAS CSCD 北大核心 2013年第16期138-140,163,F0003,共5页
利用黔北麻羊和贵州白山羊构建品种DNA池,设计1对引物分别扩增其TFAM基因第2外显子及第1内含子部分序列。PCR产物纯化后进行双向测序,DNAStar和BLAST分析确定多态性位点。利用生物信息学软件分析SNPs位点对TFAM基因RNA二级结构和TFAM蛋... 利用黔北麻羊和贵州白山羊构建品种DNA池,设计1对引物分别扩增其TFAM基因第2外显子及第1内含子部分序列。PCR产物纯化后进行双向测序,DNAStar和BLAST分析确定多态性位点。利用生物信息学软件分析SNPs位点对TFAM基因RNA二级结构和TFAM蛋白二级、三级结构的影响。结果表明:在羊TFAM基因中筛选到5个SNPs:T1005C、G1099C、A1130C、G1164C、T1287C,其中T1005C为同义突变,G1099C为错义突变,导致编码的甘氨酸(Gly)变为半胱氨酸(Cys);A1130C、G1164C、T1287C 3个突变位点均位于内含子区。SNPs位点对TFAM基因RNA二级结构和TFAM蛋白结构有一定影响。 展开更多
关键词 TFAM SNPS 肌内脂肪沉积 黔北麻羊 贵州白山羊
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织金白鹅PPP3CA基因多态性及其与体尺性状的关联分析
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作者 赵中龙 张勇 +4 位作者 杨红 杨润黔 艾照碧 叶丽 舒畅 《中国畜牧兽医》 北大核心 2025年第4期1729-1738,共10页
【目的】鉴定织金白鹅蛋白磷酸酶3催化亚基α(PPP3CA)的单核苷酸多态性(SNPs)位点,并探究PPP3CA基因多态性对体尺性状的影响。【方法】以织金白鹅为试验对象,通过PCR扩增和Sanger直接测序法鉴定144羽织金白鹅PPP3CA基因SNPs位点,利用Exc... 【目的】鉴定织金白鹅蛋白磷酸酶3催化亚基α(PPP3CA)的单核苷酸多态性(SNPs)位点,并探究PPP3CA基因多态性对体尺性状的影响。【方法】以织金白鹅为试验对象,通过PCR扩增和Sanger直接测序法鉴定144羽织金白鹅PPP3CA基因SNPs位点,利用Excel 2010软件对基因频率、基因型频率、有效等位基因数(Ne)、多态信息含量(PIC)进行计算,分析Hardy-Weinberg平衡状态,利用SPSS 25.0软件一般线性模型(GLM)中单因素方差分析144羽织金白鹅体尺性状指标与SNPs位点间的关联性。【结果】在织金白鹅PPP3CA基因内含子2、4区域处共发现9个SNPs位点,分别为g.58398 A>G、g.58504 A>G、g.58541 A>G、g.68997 A>G、g.69001 C>T、g.69034 C>T、g.69052 T>C、g.69070 T>C和g.69114 C>T。其中,除g.69034 C>T为低度多态性位点外(PIC<0.25),其余位点均为中度多态性位点(0.25<PIC<0.5)。χ^(2)检验结果表明,位点g.58398 A>G、g.69001 C>T、g.69070 T>C和g.69114 C>T符合Hardy-Weinberg平衡(P>0.05),而位点g.58504 A>G、g.58541 A>G、g.68997 A>G、g.69034 C>T和g.69052 T>C均偏离Hardy-Weinberg平衡(P<0.05)。关联分析结果发现,在g.58504 A>G和g.58541 A>G位点中,GG基因型个体的髋骨宽极显著或显著高于AA基因型(P<0.01;P<0.05)。【结论】织金白鹅PPP3CA基因共存在9个SNPs位点,其中g.58504 A>G与g.58541 A>G位点不同基因型与髋骨宽存在不同程度相关,表明以上位点可作为织金白鹅分子标记辅助选育参考位点,为深入研究鹅PPP3CA基因奠定理论基础。 展开更多
关键词 织金白鹅 PPP3CA基因 SNPS 体尺性状 关联分析
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都匀“红鲤”的群体结构及其多样性
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作者 张小洪 余科 +6 位作者 安苗 欧平勇 王邦平 杨胜同 李丽 李茂年 覃克斯 《南方水产科学》 CAS CSCD 北大核心 2024年第4期154-163,共10页
贵州都匀“红鲤”是传统稻作农耕模式下的产物,其遗传多样性较为丰富,是品种选育的理想材料。为丰富贵州省稻田鲤的遗传背景资料,为稻田鲤种质资源的合理开发利用与保护提供理论依据,采用线粒体DNA Cyt b基因测序技术,探究了都匀“红鲤... 贵州都匀“红鲤”是传统稻作农耕模式下的产物,其遗传多样性较为丰富,是品种选育的理想材料。为丰富贵州省稻田鲤的遗传背景资料,为稻田鲤种质资源的合理开发利用与保护提供理论依据,采用线粒体DNA Cyt b基因测序技术,探究了都匀“红鲤”及相邻地区的稻田鲤群体结构及其多样性。结果显示,253条Cyt b基因共检测到45个变异位点,界定了23个单倍型,都匀“红鲤”表现出9个单倍型,其中5个与对照的稻田鲤共享,个体数占其样本总数的76.19%。系统发育和神经网络结果表明,都匀“红鲤”是由远东鲤和华南鲤2个遗传差异小、分化等级高的亚种类群构成的混合群体,与国内鲤品种和对照稻田鲤之间有相同的母系来源。都匀“红鲤”中共享Hap22和4个独享单倍型的鱼归属远东鲤亚种,另外4个共享单倍型的鱼为华南鲤亚种。遗传多样性及分化分析显示,都匀“红鲤”2个亚种群体遗传变异程度低,均呈高单倍型多样性(Hd)和低核苷酸多样性(π)的特点;远东鲤亚种与对照稻田鲤间为中度分化,华南鲤亚种除了与锦屏间为高度分化外,与其余3个对照稻田鲤间的分化程度均较低,但因地理隔离及驯化过程中选择压力、创始人效应和遗传漂变,导致其遗传多样性下降,与对照群体产生遗传分化。研究表明,都匀及邻近地区稻田鲤群体间存在有限的遗传交流,群体内和群体间有不同的遗传结构。 展开更多
关键词 红鲤 Cyt b基因 遗传多样性 遗传分化
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务川黑牛STAT3基因启动子区SNPs与生长相关性状的关联分析 被引量:9
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作者 杨永强 焦仁刚 +5 位作者 龚俞 谢海强 惠嫣婷 张依裕 肖超能 刘若余 《畜牧兽医学报》 CAS CSCD 北大核心 2013年第8期1205-1212,共8页
为筛选STAT3基因启动子区SNPs及研究其对启动子功能元件和体尺性状的影响。选择品种差异较大的贵州荷斯坦奶牛和务川黑牛构建不同DNA池,直接测序筛选SNP位点,PCR-RFLP进行验证和基因分型,并利用114头务川黑牛个体分析SNPs位点与8个体尺... 为筛选STAT3基因启动子区SNPs及研究其对启动子功能元件和体尺性状的影响。选择品种差异较大的贵州荷斯坦奶牛和务川黑牛构建不同DNA池,直接测序筛选SNP位点,PCR-RFLP进行验证和基因分型,并利用114头务川黑牛个体分析SNPs位点与8个体尺性状的相关性。结果表明:STAT3基因5′调控区存在7个新SNPs位点,分别为:G-449A、C-341A、A-322G、C-246A、G-240A、C-225T、A-103T,提交SNP数据库得到登录号。生物信息学软件预测得到STAT3基因核心启动子区和CpG岛,SNP位点导致附近大量转录因子结合位点消失和新位点产生。多态性位点对转录因子结合位点有显著影响,但并不改变CpG岛大小。关联性分析结果表明,A-322G对务川黑牛体重有极显著影响(P<0.01),A等位基因为有利等位基因。与AA或GG纯合基因型相比,AG基因型个体有更出色的体重性状。A-322G可能作为影响肉牛生长性状的重要功能性SNP,STAT3基因可能作为肉牛选种选育的候选基因,研究结果为进一步确定STAT3基因功能奠定试验基础。 展开更多
关键词 STAT3 SNP 启动子 务川黑牛 生长性状 关联分析
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DNA池快速筛查牛SOCS2、SOCS3和CIS基因SNPs
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作者 杨永强 焦仁刚 +2 位作者 龚俞 惠嫣婷 刘若余 《广东农业科学》 CAS CSCD 北大核心 2012年第13期149-151,共3页
选取务川黑牛为试验对象构建DNA池筛查SOCS2、SOCS3和CIS基因SNPs,结果首次在牛中发现CIS基因SNPs位点。在SOCS2基因中快速筛查到的3个SNPs均位于第4外显子内,其中G3456A(Glu→Lys)和G3810A(Val→Ile)为错义突变,T3599C为同义突变;在CI... 选取务川黑牛为试验对象构建DNA池筛查SOCS2、SOCS3和CIS基因SNPs,结果首次在牛中发现CIS基因SNPs位点。在SOCS2基因中快速筛查到的3个SNPs均位于第4外显子内,其中G3456A(Glu→Lys)和G3810A(Val→Ile)为错义突变,T3599C为同义突变;在CIS基因中发现5个SNPs,其中A4086G(Val→Met)为错义突变,位于第3外显子处,其余4个SNPs(C4410T、G4560A、C4566T和G5251C)均位于3'-UTR序列。 展开更多
关键词 DNA池 务川黑牛 SOCS2 SOCS3 CIS JAK—STAT
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威宁黄牛STAM1基因SNPs及其与生长性状关联研究
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作者 龚俞 杨忠诚 +1 位作者 杨永强 刘若余 《广东农业科学》 CAS CSCD 北大核心 2014年第20期136-140,共5页
为研究STAM1基因多态性与贵州地方黄牛品种威宁黄牛生长性状关联性,选择106头威宁黄牛为对象,利用PCR-SSCP、DNA测序方法分析STAM1基因SNP与不同个体生长性状的相关性。结果表明:在STAM1基因第3内含子区存在1个SNP位点,命名为G+31122A。... 为研究STAM1基因多态性与贵州地方黄牛品种威宁黄牛生长性状关联性,选择106头威宁黄牛为对象,利用PCR-SSCP、DNA测序方法分析STAM1基因SNP与不同个体生长性状的相关性。结果表明:在STAM1基因第3内含子区存在1个SNP位点,命名为G+31122A。G+31122A位点在威宁黄牛中有不同分型,在威宁黄牛公畜中,G+31122A位点与胸围、坐骨端宽极显著相关,AA型个体胸围均值极显著低于GA型和GG型个体。而在母畜中,该位点对体直长的影响达到显著性水平,GG型个体体直长均值显著高于AA型个体。说明G+31122A突变与威宁黄牛生长性状有一定关联。 展开更多
关键词 STAM1 SNP 外显子 内含子 威宁黄牛
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长期闲置对种公鸡精液品质与体型指数的影响 被引量:1
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作者 李维 龚俞 +7 位作者 李雪松 张游宇 杨齐心 李洪林 祖盘玉 张福平 韦卫 林家栋 《现代农业科技》 2018年第10期243-243,245,共2页
以小香鸡为试验对象,研究长期闲置的种公鸡和正常采精的种公鸡在精液品质和体形指数上的差异。结果表明,长期闲置使种公鸡体重减轻(P<0.05)、冠高变小(P<0.01)、精子活力明显降低(P<0.01)。
关键词 种公鸡 长期闲置 精液品质 体形指数
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