-
题名基于转录组测序的棘胸蛙SSR和SNP分子标记开发
被引量：7
- 1
-
-
作者
魏朝宇
谢永广
魏秀英
罗华辉
陈敦学
-
机构
贵州大学动物科学学院/高原山地动物遗传育种与繁殖教育部重点实验室/贵州大学渔业资源与环境研究中心
-
出处
《南方农业学报》
CAS
CSCD
北大核心
2022年第3期759-767,共9页
-
基金
贵州省科技计划项目(黔科合支撑〔2019〕2344号)。
-
文摘
【目的】基于转录组开发SSR和SNP分子标记用于评价棘胸蛙(Quasipaa spinosa)遗传多样性,为其种质资源的创新利用提供理论支撑。【方法】采用TRIzol试剂盒提取棘胸蛙肝脏、肌肉和肾脏组织总RNA,构建cDNA文库后利用Illumina HiSeq 2500测序平台进行高通量测序,通过MISA对棘胸蛙转录组测序数据进行SSR检索,并以SAMtools和VarScan v.2.2.7进行SNP查找。【结果】棘胸蛙转录组测序共获得93887条非冗余基因(Unigenes),序列总长度达91352712 bp,且所有转录组Q30均超过95.00%。在93887条Unigenes中发现33019个SSRs,其中21966条Unigenes含有SSR,6688条Unigenes含有超过1个SSR;以单核苷酸重复型SSR数最多,达25788个,且出现频率最高(27.47%)。SSR的平均长度以四核苷酸重复型最长,达35.47 bp;棘胸蛙SSR以(A/T)_(n)为绝对优势重复基元,占总SSR的65.51%,然后依次为(C/G)_(n)、(AT/AT)_(n)、(AC/GT)_(n)、(AG/CT)_(n)、(AAT/ATT)_(n)、(AGG/CCT)_(n),分别占总SSR的12.59%、5.66%、5.55%、3.31%、1.55%和1.30%。在33019个SSRs中,核苷酸重复次数主要集中在5~25次,占总SSR的99.91%,且大部分SSR位于非编码区,仅有1633个SSRs位于编码区;长度≥12 bp的SSR共计17244个,占总SSR的58.53%。挑选120对SSR引物进行引物有效性验证,发现有57对引物扩增出单一条带,且条带大小与预期结果一致。对棘胸蛙转录组序列进行SNP检索,共发现87634个SNPs,其中,56300个SNPs属于转换位点、31334个SNPs属于颠换位点,转化/颠换比达1.80,碱基的转换频率明显高于颠换频率。【结论】利用高通量转录组测序开发棘胸蛙SSR和SNP分子标记是一种切实可行的方法,能开发出通用性较高、数量较多、覆盖性较广的分子标记。棘胸蛙具有中度偏高的遗传多样性,可作为种质材料进一步开发利用。
-
关键词
棘胸蛙
SSR分子标记
SNP分子标记
分布特征
转录组测序
-
Keywords
Quasipaa spinosa
SSR molecular marker
SNP molecular marker
distribution characteristics
transcriptome sequencing
-
分类号
S917
[农业科学—水产科学]
S966.39
[农业科学—水产养殖]
-
