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应用Hapmap数据库分析HBG1-HBD基因间序列单倍型及标签SNP的挑选
被引量：
1
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作者
韩文平
黄盛文
+4 位作者
黄凌
王偲颖
韩媛媛
王予川
安邦权
《医学研究生学报》
CAS
北大核心
2016年第12期1281-1285,共5页
目的 HBG1-HBD基因间序列在γ珠蛋白基因表达有重要作用,文中分析中国北京汉族人群HBG1-HBD基因间序列的单倍型并挑选标签SNP(tag SNP)。方法从Hapmap数据库中下载HBG1-HBD基因间序列上中国北京汉族人群的所有SNP数据。应用Haploview 4....
目的 HBG1-HBD基因间序列在γ珠蛋白基因表达有重要作用,文中分析中国北京汉族人群HBG1-HBD基因间序列的单倍型并挑选标签SNP(tag SNP)。方法从Hapmap数据库中下载HBG1-HBD基因间序列上中国北京汉族人群的所有SNP数据。应用Haploview 4.0软件对HBG1-HBD基因间序列的SNP位点进行连锁不平衡分析,在此基础上构建HBG1-HBD基因间序列范围的单倍域及单倍型。用MEGA5.10软件对单倍型进行聚类分析,根据SNP之间的r2值挑选出可代表不同类型单倍型的tag SNP。结果在中国北京汉族人群中,HBG1-HBD基因间序列中共有2个单倍域(Block1和Block2),分别有7种和3种单倍型,发生频率均>1%。通过聚类分析将Block1的单倍型分为2组,可通过相互代表的11个tag SNP进行分组,11个SNP依次为:rs3813727、rs10837643、rs4320977、rs4283007、rs4402323、rs4910543、rs4910736、rs2105819、rs968857、rs968856、rs10768687。结论获得了中国北京汉族人群中HBG1-HBD基因间序列的单倍型及tag SNP,为研究HBG1-HBD基因间序列的单倍型与γ珠蛋白基因表达的相关性打下了基础。
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关键词
HAPMAP
HBG1-HBD基因间序列
单倍型
标签SNP位点
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职称材料
题名
应用Hapmap数据库分析HBG1-HBD基因间序列单倍型及标签SNP的挑选
被引量：
1
1
作者
韩文平
黄盛文
黄凌
王偲颖
韩媛媛
王予川
安邦权
机构
贵州医科大学附属贵州省人民医院检验科
贵州
医科
大学
附属
贵州省
人民医院
儿
科
出处
《医学研究生学报》
CAS
北大核心
2016年第12期1281-1285,共5页
基金
国家自然科学基金(81260089)
贵州省科技创新人才团队建设项目(黔科合人才团队[2015]4019号)
贵州省科学技术基金项目(黔科合J字[2015]2091号)
文摘
目的 HBG1-HBD基因间序列在γ珠蛋白基因表达有重要作用,文中分析中国北京汉族人群HBG1-HBD基因间序列的单倍型并挑选标签SNP(tag SNP)。方法从Hapmap数据库中下载HBG1-HBD基因间序列上中国北京汉族人群的所有SNP数据。应用Haploview 4.0软件对HBG1-HBD基因间序列的SNP位点进行连锁不平衡分析,在此基础上构建HBG1-HBD基因间序列范围的单倍域及单倍型。用MEGA5.10软件对单倍型进行聚类分析,根据SNP之间的r2值挑选出可代表不同类型单倍型的tag SNP。结果在中国北京汉族人群中,HBG1-HBD基因间序列中共有2个单倍域(Block1和Block2),分别有7种和3种单倍型,发生频率均>1%。通过聚类分析将Block1的单倍型分为2组,可通过相互代表的11个tag SNP进行分组,11个SNP依次为:rs3813727、rs10837643、rs4320977、rs4283007、rs4402323、rs4910543、rs4910736、rs2105819、rs968857、rs968856、rs10768687。结论获得了中国北京汉族人群中HBG1-HBD基因间序列的单倍型及tag SNP,为研究HBG1-HBD基因间序列的单倍型与γ珠蛋白基因表达的相关性打下了基础。
关键词
HAPMAP
HBG1-HBD基因间序列
单倍型
标签SNP位点
Keywords
Hapmap
HBG1-HBD intergenic region
TagSNP
Haplotype
分类号
Q812 [生物学—生物工程]
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题名
作者
出处
发文年
被引量
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1
应用Hapmap数据库分析HBG1-HBD基因间序列单倍型及标签SNP的挑选
韩文平
黄盛文
黄凌
王偲颖
韩媛媛
王予川
安邦权
《医学研究生学报》
CAS
北大核心
2016
1
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