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基于生物信息学数据分析ATM在胃癌组织中的表达及其临床意义
被引量：
2
1
作者
何小凤
陈定宇
+4 位作者
周建奖
赵艳
鲍利雅
王琴容
谢渊
《中国肿瘤生物治疗杂志》
CAS
CSCD
北大核心
2021年第7期714-720,共7页
目的:探讨幽门螺杆菌(Helicobacter pylori,Hp)感染对胃癌细胞共济失调毛细血管扩张突变(ataxia-telangiectasia mutated,ATM)基因表达的影响及其临床意义。方法:从TCGA数据库中获取胃癌相关RNAseq数据,比较ATM基因的表达差异,分析ATM...
目的:探讨幽门螺杆菌(Helicobacter pylori,Hp)感染对胃癌细胞共济失调毛细血管扩张突变(ataxia-telangiectasia mutated,ATM)基因表达的影响及其临床意义。方法:从TCGA数据库中获取胃癌相关RNAseq数据,比较ATM基因的表达差异,分析ATM表达与患者临床病理参数的相关性及预后价值,用Kaplan-Meier法进行生存分析,LinkedOmics数据库分析ATM相关基因,用R语言进行GO、KEGG富集分析。选用2019年3月至2019年12月贵州医科大学附属医院12例手术切除的胃癌及癌旁组织标本,以及胃癌细胞系AGS和BGC823,用感染复数40∶1的Hp GZ7菌感染细胞,用免疫组织化学染色法检测胃癌组织中ATM蛋白的表达,qPCR法检测胃癌组织和细胞中ATM mRNA的表达。结果:TCGA数据显示胃癌和Hp感染胃癌组织中ATM miRNA表达水平均显著高于癌旁组织(均P<0.01);胃癌组织中ATM miRNA表达与患者的T分期、AJCC分期等病理参数呈正相关(均P<0.05),ATM高表达时生存率显著降低(P<0.05)。实验检测显示,胃癌组织标本中ATM蛋白的表达水平明显高于癌旁组织(P<0.01);Hp感染胃癌细胞中ATM miRNA表达水平显著高于未感染胃癌细胞(P<0.01)。胃癌中ATM基因与NPAT等12461个基因呈正相关(P<0.05),与MIF等7764个基因呈负相关(P<0.05)。GO、KEGG富集分析显示,ATM富集到DNA修复复合体、癌症中的转录失调等信号通路。结论:ATM基因在胃癌组织中高表达,患者生存率随表达水平的增高而降低,其与患者的T分期、AJCC分期等病理参数相关,且Hp感染引起ATM表达水平升高可能是Hp引起胃癌的原因之一。
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关键词
胃癌
AGS细胞
BGC823细胞
共济失调毛细血管扩张突变基因
TCGA数据库
预后
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题名
基于生物信息学数据分析ATM在胃癌组织中的表达及其临床意义
被引量：
2
1
作者
何小凤
陈定宇
周建奖
赵艳
鲍利雅
王琴容
谢渊
机构
贵州医科大学地方病与少数民族性疾病教育部重点实验室&分子生物学重点实验室
贵州
医科
大学
附属医院感染科
实验室
出处
《中国肿瘤生物治疗杂志》
CAS
CSCD
北大核心
2021年第7期714-720,共7页
基金
国家自然科学基金资助项目(No.31960028,No.31660031)
贵州省科技基金资助项目(No.黔科合基础[2020]1Z010,No.黔科合基础[2020]1Y333)
贵阳市科技计划项目(筑科合同[2017]30-4)。
文摘
目的:探讨幽门螺杆菌(Helicobacter pylori,Hp)感染对胃癌细胞共济失调毛细血管扩张突变(ataxia-telangiectasia mutated,ATM)基因表达的影响及其临床意义。方法:从TCGA数据库中获取胃癌相关RNAseq数据,比较ATM基因的表达差异,分析ATM表达与患者临床病理参数的相关性及预后价值,用Kaplan-Meier法进行生存分析,LinkedOmics数据库分析ATM相关基因,用R语言进行GO、KEGG富集分析。选用2019年3月至2019年12月贵州医科大学附属医院12例手术切除的胃癌及癌旁组织标本,以及胃癌细胞系AGS和BGC823,用感染复数40∶1的Hp GZ7菌感染细胞,用免疫组织化学染色法检测胃癌组织中ATM蛋白的表达,qPCR法检测胃癌组织和细胞中ATM mRNA的表达。结果:TCGA数据显示胃癌和Hp感染胃癌组织中ATM miRNA表达水平均显著高于癌旁组织(均P<0.01);胃癌组织中ATM miRNA表达与患者的T分期、AJCC分期等病理参数呈正相关(均P<0.05),ATM高表达时生存率显著降低(P<0.05)。实验检测显示,胃癌组织标本中ATM蛋白的表达水平明显高于癌旁组织(P<0.01);Hp感染胃癌细胞中ATM miRNA表达水平显著高于未感染胃癌细胞(P<0.01)。胃癌中ATM基因与NPAT等12461个基因呈正相关(P<0.05),与MIF等7764个基因呈负相关(P<0.05)。GO、KEGG富集分析显示,ATM富集到DNA修复复合体、癌症中的转录失调等信号通路。结论:ATM基因在胃癌组织中高表达,患者生存率随表达水平的增高而降低,其与患者的T分期、AJCC分期等病理参数相关,且Hp感染引起ATM表达水平升高可能是Hp引起胃癌的原因之一。
关键词
胃癌
AGS细胞
BGC823细胞
共济失调毛细血管扩张突变基因
TCGA数据库
预后
Keywords
gastric cancer
AGS cell
BGC823 cell
ataxia telangiectasia mutant(ATM)gene
TCGA database
prognosis
分类号
R735.2 [医药卫生—肿瘤]
R730.7 [医药卫生—肿瘤]
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作者
出处
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被引量
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1
基于生物信息学数据分析ATM在胃癌组织中的表达及其临床意义
何小凤
陈定宇
周建奖
赵艳
鲍利雅
王琴容
谢渊
《中国肿瘤生物治疗杂志》
CAS
CSCD
北大核心
2021
2
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