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基于转录组的3种缬草SSR位点信息比较分析
1
作者
王鑫
武俊达
+10 位作者
姜玲玲
周景瑞
吕中允
罗文菊
艾蓉
舒福兴
许浩翔
冉江
雷露
钟学志
余波
《江苏农业学报》
CSCD
北大核心
2024年第5期796-805,共10页
为研究3种缬草SSR分子标记的差异,开发相应的引物用于缬草的鉴定及分子育种。本研究采用Excel和MISA软件对3种缬草转录组中SSR位点数据进行分析,利用Primer 3.0软件随机设计SSR引物,并进行PCR扩增及琼脂糖凝胶电泳验证引物的有效性和SS...
为研究3种缬草SSR分子标记的差异,开发相应的引物用于缬草的鉴定及分子育种。本研究采用Excel和MISA软件对3种缬草转录组中SSR位点数据进行分析,利用Primer 3.0软件随机设计SSR引物,并进行PCR扩增及琼脂糖凝胶电泳验证引物的有效性和SSR的多态性。结果显示,缬草Valeriana officinalis L.(VOL)、Valeriana officinalis var.iatifolia Miq.(VOI)及Valeriana officinalis var.officinalis Linn.(VOO)的转录组数据分别包含29 462、40 840和29 280个序列总数(Unigene),这些Unigene分别包含7 515、8 046和7 330个SSR位点。3种缬草的SSR位点的发生频率为25.50%、19.71%、25.05%,平均距离为4.16 kb、4.20 kb、4.22 kb。SSR单碱基重复基元的主要类型为A/T型,占SSR总数的41.76%、41.30%、38.50%。VOL、VOI、VOO 3种缬草的独有重复基元数量分别是44种、45种、25种。随机设计的引物扩增SSR的有效率为77.78%,具有SSR高多态性的引物占比55.56%。总之,3种缬草的SSR位点具有分布密度高、出现频率高、重复基元类型多等特点,多态性好,可为3种缬草后续的鉴定及分子育种提供理论依据。
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关键词
缬草
SSR位点
转录组
PCR
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职称材料
不同年份缬草精油挥发性成分的差异分析
被引量：
1
2
作者
周景瑞
姜玲玲
+6 位作者
雷露
冉江
艾蓉
罗文菊
钟学志
王鑫
余波
《湖北农业科学》
2023年第5期160-164,共5页
利用气相色谱-飞行时间质谱法分析2020、2021年缬草(Valeriana officinalis L.)精油的挥发性物质,用峰面积归一化法计算各成分的相对含量,研究2种年份缬草精油挥发性成分的组成特征。结果表明,2种年份缬草精油中共鉴定出70种主要挥发性...
利用气相色谱-飞行时间质谱法分析2020、2021年缬草(Valeriana officinalis L.)精油的挥发性物质,用峰面积归一化法计算各成分的相对含量,研究2种年份缬草精油挥发性成分的组成特征。结果表明,2种年份缬草精油中共鉴定出70种主要挥发性成分,帖烯类化合物的相对含量最高。2种年份缬草精油的挥发性成分存在明显差异,2021年缬草精油的挥发性成分种类比2020年多。在共有挥发性成分中,2-蒎烯、莰烯、β-蒎烯、柠檬烯、乙酸冰片酯、(1S)-6,6-二甲基二环[3.1.1]庚-2-烯-2-基甲醇乙酸酯、甲氧基乙酸、β-乙酸松油酯相对含量较高。
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关键词
缬草(Valeriana
officinalis
L.)
精油
挥发性成分
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职称材料
题名
基于转录组的3种缬草SSR位点信息比较分析
1
作者
王鑫
武俊达
姜玲玲
周景瑞
吕中允
罗文菊
艾蓉
舒福兴
许浩翔
冉江
雷露
钟学志
余波
机构
贵州
省农业科学院畜牧兽医研究所
遵义医科大学
贵州云台仙沐精品水果有限公司
出处
《江苏农业学报》
CSCD
北大核心
2024年第5期796-805,共10页
基金
贵州省科技计划项目[黔科合支撑(2020)4Y116号]
贵州省农业农村厅项目(GZCYTX2023-0302)。
文摘
为研究3种缬草SSR分子标记的差异,开发相应的引物用于缬草的鉴定及分子育种。本研究采用Excel和MISA软件对3种缬草转录组中SSR位点数据进行分析,利用Primer 3.0软件随机设计SSR引物,并进行PCR扩增及琼脂糖凝胶电泳验证引物的有效性和SSR的多态性。结果显示,缬草Valeriana officinalis L.(VOL)、Valeriana officinalis var.iatifolia Miq.(VOI)及Valeriana officinalis var.officinalis Linn.(VOO)的转录组数据分别包含29 462、40 840和29 280个序列总数(Unigene),这些Unigene分别包含7 515、8 046和7 330个SSR位点。3种缬草的SSR位点的发生频率为25.50%、19.71%、25.05%,平均距离为4.16 kb、4.20 kb、4.22 kb。SSR单碱基重复基元的主要类型为A/T型,占SSR总数的41.76%、41.30%、38.50%。VOL、VOI、VOO 3种缬草的独有重复基元数量分别是44种、45种、25种。随机设计的引物扩增SSR的有效率为77.78%,具有SSR高多态性的引物占比55.56%。总之,3种缬草的SSR位点具有分布密度高、出现频率高、重复基元类型多等特点,多态性好,可为3种缬草后续的鉴定及分子育种提供理论依据。
关键词
缬草
SSR位点
转录组
PCR
Keywords
Valeriana officinalis L.
SSR loci
transcriptome
PCR
分类号
S562 [农业科学—作物学]
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职称材料
题名
不同年份缬草精油挥发性成分的差异分析
被引量：
1
2
作者
周景瑞
姜玲玲
雷露
冉江
艾蓉
罗文菊
钟学志
王鑫
余波
机构
贵州
省农业科学院畜牧兽医研究所
贵州云台仙沐精品水果有限公司
出处
《湖北农业科学》
2023年第5期160-164,共5页
基金
贵州省科技计划资助项目(黔科合支撑[2020]4Y116号)。
文摘
利用气相色谱-飞行时间质谱法分析2020、2021年缬草(Valeriana officinalis L.)精油的挥发性物质,用峰面积归一化法计算各成分的相对含量,研究2种年份缬草精油挥发性成分的组成特征。结果表明,2种年份缬草精油中共鉴定出70种主要挥发性成分,帖烯类化合物的相对含量最高。2种年份缬草精油的挥发性成分存在明显差异,2021年缬草精油的挥发性成分种类比2020年多。在共有挥发性成分中,2-蒎烯、莰烯、β-蒎烯、柠檬烯、乙酸冰片酯、(1S)-6,6-二甲基二环[3.1.1]庚-2-烯-2-基甲醇乙酸酯、甲氧基乙酸、β-乙酸松油酯相对含量较高。
关键词
缬草(Valeriana
officinalis
L.)
精油
挥发性成分
Keywords
valerian(Valeriana officinalis L.)
essential oil
volatile components
分类号
O657 [理学—分析化学]
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职称材料
题名
作者
出处
发文年
被引量
操作
1
基于转录组的3种缬草SSR位点信息比较分析
王鑫
武俊达
姜玲玲
周景瑞
吕中允
罗文菊
艾蓉
舒福兴
许浩翔
冉江
雷露
钟学志
余波
《江苏农业学报》
CSCD
北大核心
2024
0
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职称材料
2
不同年份缬草精油挥发性成分的差异分析
周景瑞
姜玲玲
雷露
冉江
艾蓉
罗文菊
钟学志
王鑫
余波
《湖北农业科学》
2023
1
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