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非编码RNA对血友病A的调控机制研究进展 被引量:1
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作者 张辉 李泓毅 +1 位作者 王紫宁 卢学春 《解放军医学杂志》 CAS CSCD 北大核心 2024年第10期1196-1200,共5页
血友病是一种遗传性凝血功能异常的出血性疾病,包括血友病A和血友病B等不同类型,主要临床表现为关节、肌肉和深部组织自发或者创伤后反复出血,常幼年起病并累及终身。血友病的治疗以替代治疗为主,补充相应的凝血因子,此外还有双特异性... 血友病是一种遗传性凝血功能异常的出血性疾病,包括血友病A和血友病B等不同类型,主要临床表现为关节、肌肉和深部组织自发或者创伤后反复出血,常幼年起病并累及终身。血友病的治疗以替代治疗为主,补充相应的凝血因子,此外还有双特异性单克隆抗体等非因子药物治疗以及基因治疗等。近年来,血友病A发病机制的研究取得较大进展,不再局限于凝血因子基因编码序列的突变是引起血友病的唯一原因。许多研究发现,非编码RNA(ncRNA)的异常表达参与调控凝血因子Ⅷ(FⅧ) mRNA和蛋白的表达,不仅解释了FⅧ基因型正常的患者仍然表现为血友病A,也为理解其他血友病类型的发病机制提供了新的方向。本文就ncRNA调控血友病A的机制研究进展进行综述。 展开更多
关键词 血友病 凝血因子 MIRNA 基因调控
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血液系统恶性肿瘤治疗相关的心血管疾病研究进展 被引量:4
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作者 王紫宁 王益民 卢学春 《解放军医学杂志》 CAS CSCD 北大核心 2023年第9期1100-1106,共7页
血液系统恶性肿瘤诊疗的持续进步改善了患者的长期预后,同时也凸显了肿瘤进展及抗肿瘤治疗引起的心血管事件的重要性。血液系统恶性肿瘤患者在接受现有及新兴的肿瘤治疗方案如蒽环类药物、蛋白酶体抑制剂、靶向治疗、免疫治疗后,部分患... 血液系统恶性肿瘤诊疗的持续进步改善了患者的长期预后,同时也凸显了肿瘤进展及抗肿瘤治疗引起的心血管事件的重要性。血液系统恶性肿瘤患者在接受现有及新兴的肿瘤治疗方案如蒽环类药物、蛋白酶体抑制剂、靶向治疗、免疫治疗后,部分患者在疾病缓解后可能出现心血管事件,严重影响其生存率及生存质量。本文从血液系统恶性肿瘤治疗药物引起的心脏毒性的机制、临床表现和干预治疗三方面进行综述,旨在为血液系统恶性肿瘤治疗相关心血管事件的预防和治疗提供参考。 展开更多
关键词 肿瘤心脏病学 抗肿瘤药物 血液系统恶性肿瘤 心血管疾病
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新型冠状病毒感染致造血损伤及潜在治疗药物的生物信息学分析 被引量:2
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作者 张钧栋 杨波 +8 位作者 陈浩然 王紫宁 陈熙勐 智鹏 张皓旻 迟小华 郭斌 王毅兴 卢学春 《解放军医学杂志》 CAS CSCD 北大核心 2020年第9期947-956,共10页
目的分析预测新型冠状病毒(SARS-CoV-2)感染所致造血损伤及潜在的治疗药物,为临床救治SARSCoV-2感染所致造血损伤提供理论依据。方法利用基因表达数据库(GEO)筛选SARS-CoV-2感染相关的全基因组表达数据,使用R语言包对数据进行差异分析... 目的分析预测新型冠状病毒(SARS-CoV-2)感染所致造血损伤及潜在的治疗药物,为临床救治SARSCoV-2感染所致造血损伤提供理论依据。方法利用基因表达数据库(GEO)筛选SARS-CoV-2感染相关的全基因组表达数据,使用R语言包对数据进行差异分析以及基因本体论(GO)和京都基因与基因组百科全书(KEGG)富集分析。通过蛋白-蛋白相互作用数据库(STRING)在线分析网站进行蛋白互作(PPI)网络分析,筛选核心基因。应用自主研发的表观精准治疗预测平台(EpiMed)进行疾病、药物和关联靶基因分析。结果共筛选出差异基因222个,其中上调172个,下调50个。GO富集分析结果显示,差异基因主要与Ⅰ型干扰素反应、细胞周期调节、炎性细胞迁移、先天免疫反应、血液微粒和囊泡分泌、趋化因子及其受体等有关。KEGG富集分析结果显示,差异基因主要与病毒感染、心肌损伤、补体及凝血级联、细胞趋化、血小板活化、急性炎症、免疫反应、细胞信号转导等相关信号通路有关。PPI网络分析筛选得到STAT1、IL-6、IRF7、TNF、MX1、ISG15、IFIH1、IRF9、DDX58和GBP1等10个核心基因。EpiMed平台筛选出具有潜在治疗作用的药物包括冬凌草、西罗莫司、糖皮质激素、鱼腥草、何首乌、赤芍、维甲酸、甘草、环孢素A、氟伐他汀等。结论SARS-CoV-2感染可通过改变一系列基因的表达从而影响造血系统,据此筛选出的潜在治疗药物可为新型冠状病毒肺炎(COVID-19)的基础和临床研究提供参考。 展开更多
关键词 新型冠状病毒 新型冠状病毒肺炎 造血损伤 药物 生物信息学
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冠状病毒感染对造血系统影响及潜在干预药物的生物信息学分析及其对新型冠状病毒肺炎的意义 被引量:2
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作者 张钧栋 杨波 +9 位作者 陈浩然 迟小华 陈熙勐 智鹏 张皓旻 王紫宁 郭斌 王毅兴 孙万军 卢学春 《中国实验血液学杂志》 CAS CSCD 北大核心 2021年第3期975-982,共8页
目的:分析预测冠状病毒感染对造血系统影响及潜在干预药物,探索其对新型冠状病毒肺炎(COVID-19)的意义。方法:利用基因表达数据库(GEO),筛选冠状病毒感染相关的全基因组表达数据,使用R语言包对数据进行差异表达分析及KEGG和GO富集分析... 目的:分析预测冠状病毒感染对造血系统影响及潜在干预药物,探索其对新型冠状病毒肺炎(COVID-19)的意义。方法:利用基因表达数据库(GEO),筛选冠状病毒感染相关的全基因组表达数据,使用R语言包对数据进行差异表达分析及KEGG和GO富集分析。使用STRING在线分析网站进行PPI网络分析,筛选出核心基因。再应用自主研发的表观精准治疗预测平台(EpiMed)进行疾病、药物和关联靶基因的分析。结果:检索到1个符合标准的数据库,来源于SARS冠状病毒,共筛选出差异基因3 606个,其中表达上调2 148个,下调1 458个。GO富集主要与病毒感染、造血调节、细胞趋化、血小板颗粒内容物分泌、免疫活化和急性炎症反应等有关。KEGG富集主要与造血功能、凝血级联反应、急性炎症和免疫反应等相关。蛋白互作网络分析中,筛选得到PTPRC、ICAM1、TIMP1、CXCR5、IL-1B、MYC、CR2、FSTL1、SOX1、COL3A1共10个核心基因。EpiMed平台筛选出具有潜在干预作用的药物,包括糖皮质激素、肿瘤坏死因子α抑制剂、丹参、西罗莫司、甘草、赤芍、泛昔洛韦、环孢素A、鱼腥草、氟伐他汀等。结论:SARS冠状病毒感染可通过改变一系列基因表达影响造血系统,据此筛选出的潜在干预药物对于COVID-19的基础和临床研究具有一定的参考意义。 展开更多
关键词 SARS冠状病毒 新型冠状病毒肺炎 造血系统 药物 生物信息学
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含Tu GTP结合结构域延伸因子2(Eftud2)增强小鼠巨噬细胞功能的生物信息学分析 被引量:1
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作者 孙莹 杨鹏 +3 位作者 吕忠霖 郑源强 石艳春 陈国江 《细胞与分子免疫学杂志》 CAS CSCD 北大核心 2020年第8期704-711,共8页
目的通过生物信息学方法分析含Tu GTP结合结构域延伸因子2(Eftud2)增强小鼠巨噬细胞免疫功能的作用机制。方法分别收集10例Eftud2髓系细胞特异性敲除(MKO)小鼠及野生型(WT)小鼠骨髓来源巨噬细胞(BMDM),经100 ng/mL脂多糖(LPS)刺激2 h。... 目的通过生物信息学方法分析含Tu GTP结合结构域延伸因子2(Eftud2)增强小鼠巨噬细胞免疫功能的作用机制。方法分别收集10例Eftud2髓系细胞特异性敲除(MKO)小鼠及野生型(WT)小鼠骨髓来源巨噬细胞(BMDM),经100 ng/mL脂多糖(LPS)刺激2 h。采用生物信息学方法对样本进行基因表达差异以及mRNA水平可变剪接差异的检测。分别利用RNA序列差异表达基因(DEGseq)软件包、复制转录本剪接多变量分析(rMATS)软件对两组小鼠BMDM样本中基因表达及可变剪接差异进行统计;利用京都基因与基因组百科全书(KEGG)分类与富集法统计两组小鼠BMDM样本中基因表达与可变剪接差异所影响的信号通路。结果与WT小鼠相比,MKO小鼠的BMDM经LPS刺激后白细胞介素6(IL-6)、IL-1β、肿瘤坏死因子α(TNF-α)及与免疫反应相关的基因显著下调;KEGG通路分析表明,BMDM基因表达差异及可变剪接差异主要影响信号转导及免疫系统相关代谢通路,且与磷脂酰肌醇3激酶/蛋白激酶B(PI3K-AKT)信号通路相关性较强。其中可变剪接差异还存在于泛素化及细胞内吞作用中。与WT小鼠相比,MKO小鼠BMDM可变剪接差异共232处,其中跳过外显子的可变剪接共有125处,占比最多。此外,对可变剪接差异的分析也证实了前期实验结果,即Eftud2可通过影响Toll样受体4/核因子κB(TLR4/NF-κB)信号通路中髓样分化因子88(MyD88)等关键分子的可变剪接,调控相关炎性信号通路的激活,增强巨噬细胞的功能。结论Eftud2通过影响基因的表达及可变剪接促进巨噬细胞释放炎性细胞因子,从而增强巨噬细胞免疫功能。 展开更多
关键词 Eftud2 巨噬细胞 可变剪接 生物信息学
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弥漫大B细胞淋巴瘤预后相关差异表达自噬基因筛选及模型的建立 被引量:2
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作者 张钧栋 张皓旻 +3 位作者 卢迪 王紫宁 陈浩然 卢学春 《中国实验血液学杂志》 CAS CSCD 北大核心 2022年第4期1101-1108,共8页
目的:筛选弥漫大B细胞淋巴瘤(DLBCL)自噬相关基因(ARG)的差异表达,探讨差异表达自噬基因(DEARG)在DLBCL发生发展中的作用机制并建立预后模型。方法:利用包含481例DLBCL患者临床信息及基因表达谱数据的NCICCR数据库与包含232个ARG的HADb... 目的:筛选弥漫大B细胞淋巴瘤(DLBCL)自噬相关基因(ARG)的差异表达,探讨差异表达自噬基因(DEARG)在DLBCL发生发展中的作用机制并建立预后模型。方法:利用包含481例DLBCL患者临床信息及基因表达谱数据的NCICCR数据库与包含232个ARG的HADb数据库,通过R语言确定DLBCL中ARG的差异表达,GO和KEGG分析ARG与DLBCL发生发展的关系,Cox回归算法建立多基因预后模型,Kaplan-Meier方法绘制生存曲线,ROC曲线评价预后模型的可靠性。结果:从481例DLBCL患者淋巴结样本及5例正常淋巴结样本中共提取DEARG 122个,其中上调基因4个,下调基因118个。GO富集主要集中在线粒体自噬、自噬调节、细胞对外部刺激的反应等本体学注释。KEGG富集主要集中在细胞衰老、NOD样受体信号通路、PI3K-Akt信号通路、PD-1/PD-L1信号通路等。对230个临床信息完整的样本进行生存分析,单因素Cox分析发现20个ARG与DLBCL患者整体生存明显相关,多因素Cox回归筛选出9个预后相关ARG(HIF1A、CAPN1、ITPR1、PRKCQ、TRAIL、HDAC1、TSC2、NRG3和MAPK3)建立DLBCL ARG预后模型。Kaplan-Meier生存曲线分析显示,高、低风险组患者的生存率比较具有显著差异(P<0.001)。多因素Cox回归分析结果表明,国际预后指数和风险值是DLBCL患者的独立预后指标(P<0.05),ROC曲线下面积分别为0.762和0.747。结论:DLBCL ARG预后模型可用于预测患者的预后,但仍需大样本的临床研究加以证实。 展开更多
关键词 弥漫大B细胞淋巴瘤 自噬相关基因 预后
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再生障碍性贫血患者RNA互作网络分析及潜在治疗药物预测 被引量:1
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作者 王紫宁 陈浩然 +3 位作者 张钧栋 李泓毅 张昊军 卢学春 《华中科技大学学报(医学版)》 CAS CSCD 北大核心 2023年第2期166-173,共8页
目的探究再生障碍性贫血(aplastic anemia,AA)患者骨髓T细胞差异表达的微小核糖核酸(microRNA,miRNA)和信使RNA(messenger RNA,mRNA)基因,构建互作调控网络并筛选药物,随后评估其治疗方案疗效。方法在基因表达数据库检索并进行综合分析... 目的探究再生障碍性贫血(aplastic anemia,AA)患者骨髓T细胞差异表达的微小核糖核酸(microRNA,miRNA)和信使RNA(messenger RNA,mRNA)基因,构建互作调控网络并筛选药物,随后评估其治疗方案疗效。方法在基因表达数据库检索并进行综合分析,使用R语言对AA相关miRNA与mRNA进行差异表达分析,并通过miRNet预测差异表达miRNAs(DE-miRNAs)的靶向mRNAs,并与差异表达mRNAs(DE-mRNAs)进行比较与负相关配对,得到失调mRNAs,再对失调mRNAs进行功能基因注释(GO)分析与通路富集(KEGG)分析,构建AA的miRNA-mRNA互作调控网络。采用自主研发的表观精准治疗平台(EpiMed)进行潜在治疗药物预测,并将盐酸二甲双胍纳入新型联合治疗方案中,对入组的40例难治性AA进行临床疗效评估,评估主要指标包括血红蛋白、中性粒细胞绝对值、血小板计数及输血依赖等。结果差异分析最终获得26个DE-miRNA与168个靶向DE-mRNA,对其进行构建调控网络。GO和KEGG分析结果显示,AA相关失调mRNA可能参与T细胞分化、造血调控、物质代谢等过程,与病毒感染、细胞脂向分化、细胞凋亡以及物质代谢等信号通路相关。通过EpiMed预测得到环孢素A、吗替麦考酚酯、雷帕霉素、二甲双胍、维生素B、白藜芦醇等药物可能具有治疗AA的作用。研究共纳入难治性再生障碍性贫血患者40例,男17例,女23例,年龄14~83岁,治疗前后血红蛋白浓度、中性粒细胞绝对值计数、血小板计数分别为83.5 g/L vs.119.0 g/L、1.600×10^(9)/L vs.1.875×10^(9)/L、32.5×10^(9)/L vs.46.0×10^(9)/L,差异具有统计学意义(均P<0.05)。治疗后1、3、6、12个月分别有28例(70%)、28例(70%)、32例(80%)、35例(88%)患者获得血液学反应。结论本研究构建的T细胞miRNA-mRNA调控网络为研究AA提供了新的视角,临床研究初步验证含盐酸二甲双胍联合环孢素A方案治疗难治性AA安全有效,副作用可接受,为临床治疗再生障碍性贫血提供了新的方法。 展开更多
关键词 再生障碍性贫血 MIRNA mRNA 药物预测 疗效评估
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