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非靶向代谢组学揭示宫颈癌发展进程的特征代谢谱研究
1
作者 翟青枝 马韵之 +5 位作者 叶明侠 王铭洋 李阳 李莉 孟元光 李立安 《中国病理生理杂志》 北大核心 2025年第2期230-238,共9页
目的:探讨宫颈病变过程中的代谢谱差异及其用于辅助诊断宫颈癌的潜在临床价值。方法:采用超高效液相色谱串联高分辨率质谱分析技术,对43例宫颈癌患者,34例高级别鳞状上皮内病变患者和43例健康对照人群的宫颈拭子样本进行了非靶向代谢组... 目的:探讨宫颈病变过程中的代谢谱差异及其用于辅助诊断宫颈癌的潜在临床价值。方法:采用超高效液相色谱串联高分辨率质谱分析技术,对43例宫颈癌患者,34例高级别鳞状上皮内病变患者和43例健康对照人群的宫颈拭子样本进行了非靶向代谢组学分析。在三组代谢谱均有明显特征的基础上,利用主成分分析法确定健康对照,高级别鳞状上皮内病变与宫颈癌之间的代谢差异,并使用Metabo Analyst 5.0对显著差异代谢物进行了KEGG通路富集分析。最后,通过随机森林机器学习构建区分宫颈癌与健康对照,高级别鳞状上皮内病变与健康对照和宫颈癌与高级别鳞状上皮内病变人群的分类预测模型,并通过ROC曲线评估模型效能。结果:健康对照、高级别鳞状上皮内病变和宫颈癌3组经过滤后共得到1543种代谢物,其中包含407个组间差异代谢物。研究发现内源代谢物PGE2同时存在于3组中,且其表达水平随宫颈病变的发展呈现逐步上升状态。差异代谢物富集分析显示宫颈癌具有特异的癌症相关代谢通路,包括三羧酸循环、酪氨酸代谢、色氨酸代谢、戊糖磷酸代谢等。研究基于代谢产物构建了3种可用于辅助诊断高级别鳞状上皮内病变和宫颈癌的预测模型,即全模型、简化模型和PGE2模型。结果表明代谢物具有良好的诊断效能,其中全模型及简化模型均可有效区分宫颈癌与高级别鳞状上皮内病变,宫颈癌与健康人群,以及高级别鳞状上皮内病变与健康人群。前者AUC值分别达到了0.90、0.92和0.84,后者AUC值分别达到了0.81、0.95和0.85。PGE2模型区分宫颈癌与健康对照,高级别鳞状上皮内病变与健康对照的AUC值分别是0.74和0.80。结论:宫颈癌的不同发展进程其代谢谱具有显著差异,且这些代谢物有成为宫颈病变生物标志物的潜在临床价值。 展开更多
关键词 宫颈癌 高级别鳞状上皮内病变 宫颈拭子 代谢谱 非靶向代谢组学
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人工周期下宫颈脱落细胞基因表达特征与子宫内膜容受性的关联
2
作者 杨童焜 彭红梅 +4 位作者 杨怡卓 高原 穆莎 董明理 刘佳林 《陆军军医大学学报》 北大核心 2025年第6期571-580,共10页
目的探讨人工周期条件下宫颈脱落细胞基因表达特征与子宫内膜容受性的潜在关联,以筛选与子宫内膜容受期相关的特异性生物标志物。方法2024年2-10月在解放军总医院第一医学中心生殖中心就诊的准备进行冻融胚胎移植(frozen embryo transfe... 目的探讨人工周期条件下宫颈脱落细胞基因表达特征与子宫内膜容受性的潜在关联,以筛选与子宫内膜容受期相关的特异性生物标志物。方法2024年2-10月在解放军总医院第一医学中心生殖中心就诊的准备进行冻融胚胎移植(frozen embryo transfer,FET)的患者中,选取19名患者,根据人工周期冻融胚胎移植方案,在其孕酮使用后第4天(P+4),收集子宫内膜组织验证其子宫内膜容受状态,并在其孕酮使用后第4天(P+4)和第6天(P+6)收集宫颈脱落细胞,利用转录组测序(RNA sequencing,RNA-Seq)检测基因表达情况。将错误发现率阈值(false discovery rate,FDR)小于0.05,Log_(2)差异倍数(fold change,FC)的绝对值大于1作为筛选标准获取差异表达基因(differentially expressed genes,DEGs)并进行生物信息学分析。使用R软件(4.4.1版本)对DEGs进行基因本体(gene ontology,GO)和京都基因与基因组百科全书(Kyoto encyclopedia of genes and genomes,KEGG)分析,以及蛋白质-蛋白质互作网络(protein-protein interaction,PPI)的构建,再利用Cytoscape软件找寻候选基因。利用定量反转录PCR(quantitative reverse transcription PCR,RT-qPCR)在体内外水平对目标候选基因进行验证。结果子宫内膜容受性测试显示,19例子宫内膜样本在P+6时均达到容受期状态。RNA测序检测分析后,共筛选出3458个DEGs;生信分析结果显示,上调表达的基因与免疫应答、细胞分化通路相关,下调表达的基因与脂质代谢、细胞增殖等相关。利用PPI网络中最大团中心性(maximal clique centrality,MCC)算法选取前20的基因,其中IFIT2、OASL、MX1、RSAD2、IFIT1、IFIT36个基因排并列第一,且这6个基因均属于干扰素刺激基因(interferon-stimulated genes,ISGs)。经实时荧光定量逆转录聚合酶链反应验证,相较于P+6阶段的宫颈脱落细胞,P+4阶段的上述6个基因呈现出更高的表达水平(P<0.05)。结论容受期宫颈脱落细胞的免疫和细胞骨架重塑相关基因表达发生变化,ISGs表达的降低可能作为子宫内膜容受性的潜在生物标志物。 展开更多
关键词 子宫颈脱落细胞 子宫内膜容受性 转录组测序 生物标记物
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发育完全停滞的体外受精胚胎线粒体DNA突变研究 被引量：1
3
作者 姚欣怡 王伟 +5 位作者 王启航 阮卓琳 游艳琴 赵勇 钟威 商微 《陆军军医大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2024年第5期477-483,共7页
目的 通过探究不明原因早期胚胎发育全部停滞患者线粒体基因的特异性突变。方法 本研究为病例对照研究。收集2021年5月至2022年11月就诊我院的不孕不育女性患者共计46人,均进行外周血全外显子测序及线粒体基因突变检测。经筛选纳入研究... 目的 通过探究不明原因早期胚胎发育全部停滞患者线粒体基因的特异性突变。方法 本研究为病例对照研究。收集2021年5月至2022年11月就诊我院的不孕不育女性患者共计46人,均进行外周血全外显子测序及线粒体基因突变检测。经筛选纳入研究组10人,为全部胚胎发育停滞患者;对照组15人,为具有3个以上可移植胚胎的患者,所有入组病例夫妻双方未见染色体异常。统计2组患者临床基线数据、胚胎发育情况,比较2组患者线粒体基因突变位点及其定位基因情况,并对特异性突变位点/基因进行功能注释。结果 研究组发现5个特异线粒体突变位点,分别为:MT-16172(T>C)、MT-12882(C>T)、MT-12406(G>A)、MT-10609(T>C)、MT-16129(G>A)。这些突变点均位于线粒体呼吸链复合物基因和线粒体基因调控区。结论 5个线粒体基因特异性突变位点[MT-16172(T>C)、MT-12882(C>T)、MT-12406(G>A)、MT-10609(T>C)、MT-16129(G>A)]可能与不明原因早期胚胎发育停滞相关。 展开更多
关键词 胚胎发育 生殖技术 线粒体 基因突变 D-loop环
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