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ABCA3作为非小细胞肺癌的预后生物标志物及其与免疫细胞浸润的相关性
被引量：
3
1
作者
张萌萌
邵松
+1 位作者
曹冰
潘蕾
《中国医学前沿杂志（电子版）》
CSCD
北大核心
2024年第1期45-54,共10页
目的 本研究旨在基于生物信息学分析探讨ABCA3在非小细胞肺癌——肺腺癌(lung adenocarcinoma,LUAD)中的临床意义和生物学功能。方法 基于癌症基因组图谱(the Cancer Genome Atlas,TCGA),提取LUAD中ABCA3表达和相应的临床信息。使用R4....
目的 本研究旨在基于生物信息学分析探讨ABCA3在非小细胞肺癌——肺腺癌(lung adenocarcinoma,LUAD)中的临床意义和生物学功能。方法 基于癌症基因组图谱(the Cancer Genome Atlas,TCGA),提取LUAD中ABCA3表达和相应的临床信息。使用R4.2.2软件进行统计分析。采用Wilcoxon符号秩和检验比较TCGA LUAD队列中肿瘤组织与对照组之间ABCA3的表达,以及临床病理参数与ABCA3表达水平之间的关系。根据ABCA3表达的中位数,将TCGA LUAD患者分为高表达组和低表达组。使用survival包和survminer包分析ABCA3与LUAD患者总生存(overall survival,OS)期和无进展生存(progression free survival,PFS)期的关系,并进行单因素和多因素Cox回归分析确定与LUAD预后相关的危险因素。使用rms包构建预测LUAD患者1年、2年和3年OS率的列线图模型。使用DESeq2包对高表达组和低表达组患者进行差异表达基因(differential expressed genes,DEGs)分析,并使用cluster Profil er包对DEGs进行基因本体(Gene Ontology,GO)数据库和基因组京都百科全书(Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes,KEGG)富集分析。利用CIBERSORT算法预测LUAD肿瘤样本和正常样本中22种浸润性免疫细胞的丰度,并分析ABCA3表达与免疫浸润细胞和免疫检查点之间的相关性。结果 ABCA3基因在LUAD肿瘤组织中的表达均低于配对和非配对样本正常组织(P<0.05)。ABCA3高表达LUAD患者的OS (P=0.031)和PFS (P=0.044)明显高于低表达患者。T2分期(P=0.004)和T3分期(P=0.044)患者ABCA3的表达显著低于T1分期患者。多因素Cox回归分析显示,T分期、N分期和ABCA3表达是影响LUAD预后的独立影响因素(P<0.05)。基于ABCA3表达、T分期和N分期构建的列线图预测模型的C-index为0.86,提示模型与实际结果较为一致。校准曲线中的偏差修正线接近理想曲线,提示列线图模型的预测结果与观测结果较吻合。基因集富集分析显示ABCA3高表达组主要与花生四烯酸代谢、补体和凝血级联、肠道免疫网络免疫球蛋白A产生等有关。ABCA3的表达与NRP1、TRFRSF14、TNFSF15、CD40LG、HHLA2、CD28呈明显正相关,而与IDO1、CD70、TNFSF4、CD276和VTCN1呈明显负相关(P<0.05)。12种免疫浸润细胞在高表达组和低表达组存在明显差异(P<0.05)。此外,14种免疫浸润细胞与ABCA3表达呈现明显相关性(P<0.05),包括巨噬细胞、CD4+T细胞和树突细胞。结论 ABCA3的表达与LUAD患者预后和免疫细胞浸润有关,可能是预测非小细胞肺癌预后的有价值生物标志物。
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关键词
非小细胞肺癌
肺腺癌
三磷酸腺苷结合盒转运子A3
免疫细胞浸润
预后
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职称材料
基于功能磁共振空间距离阿尔茨海默病结构和功能耦合的多中心研究
2
作者
田朋
吕树敏
+8 位作者
孙一堡
崔津津
陈欣
郑雪
楼婷
周波
刘勇
解恒革
姚洪祥
《中华老年心脑血管病杂志》
2025年第12期1703-1708,共6页
目的本研究基于功能磁共振成像对阿尔茨海默病(Alzheimer’s disease,AD)患者脑空间距离度量结构特征和功能网络的耦合进行分析,探究不同连接距离的结构连接与大脑功能连接的耦合关系。方法连续性、前瞻性选择2010年8月至2022年7月四个...
目的本研究基于功能磁共振成像对阿尔茨海默病(Alzheimer’s disease,AD)患者脑空间距离度量结构特征和功能网络的耦合进行分析,探究不同连接距离的结构连接与大脑功能连接的耦合关系。方法连续性、前瞻性选择2010年8月至2022年7月四个医院7个数据的多中心AD受试者793例,根据诊断分为AD组284例,轻度认知障碍(mild cognitive impairment,MCI)组254例和对照组255例。采用基于脑区之间的欧式距离把结构连接矩阵分为长距离、短距离和全距离(原始结构连接矩阵),进而把结构连接矩阵分解成等网络特征,结合多线性回归模型统计结构功能耦合系数。结果对照组、MCI组及AD组简易智能状态检查量表评分比较,差异有统计学意义(P<0.01)。对照组全距离耦合分布中,枕叶视觉区域和背侧注意网络耦合值最高,边缘网络耦合值最低,耦合与功能梯度呈负相关(r=-0.30,P<0.01)。长距离耦合中,枕叶视觉区域和背侧注意区域耦合值最高,腹侧注意区域和边缘系统区域耦合值最低,耦合与功能梯度呈负相关(r=-0.23,P<0.01)。短距离耦合中,主要是视觉区域最高,其他区域都很低,耦合与功能梯度呈正相关(r=0.15,P<0.05)。Pearson相关性分析显示,耦合分数与简易智能状态检查量表评分主要呈负相关,全距离耦合中,20个脑区呈负相关,主要是额上回、额中回、中央前回、中央旁小叶、顶叶上小叶、顶下小叶和外侧枕皮质等区域;短距离耦合中,其中32个脑区全部呈负相关,分布区域与全距离耦合近似;长距离耦合中,存在13个呈负相关,主要集中在中央前回、中央旁小叶、顶叶上小叶区域。结论不同空间距离的结构连接会一定程度上影响AD患者大脑活动和认知,为基于连接长度研究AD的连接改变提供新思路。
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关键词
阿尔茨海默病
磁共振成像
脑连接
空间距离
结构功能耦合
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职称材料
题名
ABCA3作为非小细胞肺癌的预后生物标志物及其与免疫细胞浸润的相关性
被引量：
3
1
作者
张萌萌
邵松
曹冰
潘蕾
机构
解放军总医院
京南
医疗
区
内
科
解放军总医院京南医疗区医学影像科
解放军总医院
京南
医疗
区
检验
科
空军军医大学唐都
医院
呼吸与危重症
医学
科
出处
《中国医学前沿杂志（电子版）》
CSCD
北大核心
2024年第1期45-54,共10页
基金
陕西省重点研发计划项目(2020SF-112)。
文摘
目的 本研究旨在基于生物信息学分析探讨ABCA3在非小细胞肺癌——肺腺癌(lung adenocarcinoma,LUAD)中的临床意义和生物学功能。方法 基于癌症基因组图谱(the Cancer Genome Atlas,TCGA),提取LUAD中ABCA3表达和相应的临床信息。使用R4.2.2软件进行统计分析。采用Wilcoxon符号秩和检验比较TCGA LUAD队列中肿瘤组织与对照组之间ABCA3的表达,以及临床病理参数与ABCA3表达水平之间的关系。根据ABCA3表达的中位数,将TCGA LUAD患者分为高表达组和低表达组。使用survival包和survminer包分析ABCA3与LUAD患者总生存(overall survival,OS)期和无进展生存(progression free survival,PFS)期的关系,并进行单因素和多因素Cox回归分析确定与LUAD预后相关的危险因素。使用rms包构建预测LUAD患者1年、2年和3年OS率的列线图模型。使用DESeq2包对高表达组和低表达组患者进行差异表达基因(differential expressed genes,DEGs)分析,并使用cluster Profil er包对DEGs进行基因本体(Gene Ontology,GO)数据库和基因组京都百科全书(Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes,KEGG)富集分析。利用CIBERSORT算法预测LUAD肿瘤样本和正常样本中22种浸润性免疫细胞的丰度,并分析ABCA3表达与免疫浸润细胞和免疫检查点之间的相关性。结果 ABCA3基因在LUAD肿瘤组织中的表达均低于配对和非配对样本正常组织(P<0.05)。ABCA3高表达LUAD患者的OS (P=0.031)和PFS (P=0.044)明显高于低表达患者。T2分期(P=0.004)和T3分期(P=0.044)患者ABCA3的表达显著低于T1分期患者。多因素Cox回归分析显示,T分期、N分期和ABCA3表达是影响LUAD预后的独立影响因素(P<0.05)。基于ABCA3表达、T分期和N分期构建的列线图预测模型的C-index为0.86,提示模型与实际结果较为一致。校准曲线中的偏差修正线接近理想曲线,提示列线图模型的预测结果与观测结果较吻合。基因集富集分析显示ABCA3高表达组主要与花生四烯酸代谢、补体和凝血级联、肠道免疫网络免疫球蛋白A产生等有关。ABCA3的表达与NRP1、TRFRSF14、TNFSF15、CD40LG、HHLA2、CD28呈明显正相关,而与IDO1、CD70、TNFSF4、CD276和VTCN1呈明显负相关(P<0.05)。12种免疫浸润细胞在高表达组和低表达组存在明显差异(P<0.05)。此外,14种免疫浸润细胞与ABCA3表达呈现明显相关性(P<0.05),包括巨噬细胞、CD4+T细胞和树突细胞。结论 ABCA3的表达与LUAD患者预后和免疫细胞浸润有关,可能是预测非小细胞肺癌预后的有价值生物标志物。
关键词
非小细胞肺癌
肺腺癌
三磷酸腺苷结合盒转运子A3
免疫细胞浸润
预后
Keywords
Non-small cell lung cancer
Lung adenocarcinoma
Adenosine triphosphate binding cassette transporter
Immune cell infiltration
Prognosis
分类号
R734.2 [医药卫生—肿瘤]
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职称材料
题名
基于功能磁共振空间距离阿尔茨海默病结构和功能耦合的多中心研究
2
作者
田朋
吕树敏
孙一堡
崔津津
陈欣
郑雪
楼婷
周波
刘勇
解恒革
姚洪祥
机构
解放军总医院
第二
医学
中心放射诊断
科
国家老年疾病临床
医学
研究中心
出处
《中华老年心脑血管病杂志》
2025年第12期1703-1708,共6页
基金
国家自然科学基金(82172018)
科技创新2030-“脑科学与类脑研究”重大项目(2022ZD0211600)
保健专项课题(21BJZ21)。
文摘
目的本研究基于功能磁共振成像对阿尔茨海默病(Alzheimer’s disease,AD)患者脑空间距离度量结构特征和功能网络的耦合进行分析,探究不同连接距离的结构连接与大脑功能连接的耦合关系。方法连续性、前瞻性选择2010年8月至2022年7月四个医院7个数据的多中心AD受试者793例,根据诊断分为AD组284例,轻度认知障碍(mild cognitive impairment,MCI)组254例和对照组255例。采用基于脑区之间的欧式距离把结构连接矩阵分为长距离、短距离和全距离(原始结构连接矩阵),进而把结构连接矩阵分解成等网络特征,结合多线性回归模型统计结构功能耦合系数。结果对照组、MCI组及AD组简易智能状态检查量表评分比较,差异有统计学意义(P<0.01)。对照组全距离耦合分布中,枕叶视觉区域和背侧注意网络耦合值最高,边缘网络耦合值最低,耦合与功能梯度呈负相关(r=-0.30,P<0.01)。长距离耦合中,枕叶视觉区域和背侧注意区域耦合值最高,腹侧注意区域和边缘系统区域耦合值最低,耦合与功能梯度呈负相关(r=-0.23,P<0.01)。短距离耦合中,主要是视觉区域最高,其他区域都很低,耦合与功能梯度呈正相关(r=0.15,P<0.05)。Pearson相关性分析显示,耦合分数与简易智能状态检查量表评分主要呈负相关,全距离耦合中,20个脑区呈负相关,主要是额上回、额中回、中央前回、中央旁小叶、顶叶上小叶、顶下小叶和外侧枕皮质等区域;短距离耦合中,其中32个脑区全部呈负相关,分布区域与全距离耦合近似;长距离耦合中,存在13个呈负相关,主要集中在中央前回、中央旁小叶、顶叶上小叶区域。结论不同空间距离的结构连接会一定程度上影响AD患者大脑活动和认知,为基于连接长度研究AD的连接改变提供新思路。
关键词
阿尔茨海默病
磁共振成像
脑连接
空间距离
结构功能耦合
Keywords
Alzheimer disease
magnetic resonance imaging
brain connectivity
space distance
structural functional coupling
分类号
R445.2 [医药卫生]
R749.1 [医药卫生—影像医学与核医学]
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职称材料
题名
作者
出处
发文年
被引量
操作
1
ABCA3作为非小细胞肺癌的预后生物标志物及其与免疫细胞浸润的相关性
张萌萌
邵松
曹冰
潘蕾
《中国医学前沿杂志（电子版）》
CSCD
北大核心
2024
3
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下载PDF
职称材料
2
基于功能磁共振空间距离阿尔茨海默病结构和功能耦合的多中心研究
田朋
吕树敏
孙一堡
崔津津
陈欣
郑雪
楼婷
周波
刘勇
解恒革
姚洪祥
《中华老年心脑血管病杂志》
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