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ABCA3作为非小细胞肺癌的预后生物标志物及其与免疫细胞浸润的相关性
被引量：
2
1
作者
张萌萌
邵松
+1 位作者
曹冰
潘蕾
《中国医学前沿杂志（电子版）》
CSCD
北大核心
2024年第1期45-54,共10页
目的 本研究旨在基于生物信息学分析探讨ABCA3在非小细胞肺癌——肺腺癌(lung adenocarcinoma,LUAD)中的临床意义和生物学功能。方法 基于癌症基因组图谱(the Cancer Genome Atlas,TCGA),提取LUAD中ABCA3表达和相应的临床信息。使用R4....
目的 本研究旨在基于生物信息学分析探讨ABCA3在非小细胞肺癌——肺腺癌(lung adenocarcinoma,LUAD)中的临床意义和生物学功能。方法 基于癌症基因组图谱(the Cancer Genome Atlas,TCGA),提取LUAD中ABCA3表达和相应的临床信息。使用R4.2.2软件进行统计分析。采用Wilcoxon符号秩和检验比较TCGA LUAD队列中肿瘤组织与对照组之间ABCA3的表达,以及临床病理参数与ABCA3表达水平之间的关系。根据ABCA3表达的中位数,将TCGA LUAD患者分为高表达组和低表达组。使用survival包和survminer包分析ABCA3与LUAD患者总生存(overall survival,OS)期和无进展生存(progression free survival,PFS)期的关系,并进行单因素和多因素Cox回归分析确定与LUAD预后相关的危险因素。使用rms包构建预测LUAD患者1年、2年和3年OS率的列线图模型。使用DESeq2包对高表达组和低表达组患者进行差异表达基因(differential expressed genes,DEGs)分析,并使用cluster Profil er包对DEGs进行基因本体(Gene Ontology,GO)数据库和基因组京都百科全书(Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes,KEGG)富集分析。利用CIBERSORT算法预测LUAD肿瘤样本和正常样本中22种浸润性免疫细胞的丰度,并分析ABCA3表达与免疫浸润细胞和免疫检查点之间的相关性。结果 ABCA3基因在LUAD肿瘤组织中的表达均低于配对和非配对样本正常组织(P<0.05)。ABCA3高表达LUAD患者的OS (P=0.031)和PFS (P=0.044)明显高于低表达患者。T2分期(P=0.004)和T3分期(P=0.044)患者ABCA3的表达显著低于T1分期患者。多因素Cox回归分析显示,T分期、N分期和ABCA3表达是影响LUAD预后的独立影响因素(P<0.05)。基于ABCA3表达、T分期和N分期构建的列线图预测模型的C-index为0.86,提示模型与实际结果较为一致。校准曲线中的偏差修正线接近理想曲线,提示列线图模型的预测结果与观测结果较吻合。基因集富集分析显示ABCA3高表达组主要与花生四烯酸代谢、补体和凝血级联、肠道免疫网络免疫球蛋白A产生等有关。ABCA3的表达与NRP1、TRFRSF14、TNFSF15、CD40LG、HHLA2、CD28呈明显正相关,而与IDO1、CD70、TNFSF4、CD276和VTCN1呈明显负相关(P<0.05)。12种免疫浸润细胞在高表达组和低表达组存在明显差异(P<0.05)。此外,14种免疫浸润细胞与ABCA3表达呈现明显相关性(P<0.05),包括巨噬细胞、CD4+T细胞和树突细胞。结论 ABCA3的表达与LUAD患者预后和免疫细胞浸润有关,可能是预测非小细胞肺癌预后的有价值生物标志物。
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关键词
非小细胞肺癌
肺腺癌
三磷酸腺苷结合盒转运子A3
免疫细胞浸润
预后
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职称材料
题名
ABCA3作为非小细胞肺癌的预后生物标志物及其与免疫细胞浸润的相关性
被引量：
2
1
作者
张萌萌
邵松
曹冰
潘蕾
机构
解放军总医院京南医疗区内科
解放军总医院
京南
医疗
区
医学影像科
解放军总医院
京南
医疗
区
检验科
空军军医大学唐都
医院
呼吸与危重症医学科
出处
《中国医学前沿杂志（电子版）》
CSCD
北大核心
2024年第1期45-54,共10页
基金
陕西省重点研发计划项目(2020SF-112)。
文摘
目的 本研究旨在基于生物信息学分析探讨ABCA3在非小细胞肺癌——肺腺癌(lung adenocarcinoma,LUAD)中的临床意义和生物学功能。方法 基于癌症基因组图谱(the Cancer Genome Atlas,TCGA),提取LUAD中ABCA3表达和相应的临床信息。使用R4.2.2软件进行统计分析。采用Wilcoxon符号秩和检验比较TCGA LUAD队列中肿瘤组织与对照组之间ABCA3的表达,以及临床病理参数与ABCA3表达水平之间的关系。根据ABCA3表达的中位数,将TCGA LUAD患者分为高表达组和低表达组。使用survival包和survminer包分析ABCA3与LUAD患者总生存(overall survival,OS)期和无进展生存(progression free survival,PFS)期的关系,并进行单因素和多因素Cox回归分析确定与LUAD预后相关的危险因素。使用rms包构建预测LUAD患者1年、2年和3年OS率的列线图模型。使用DESeq2包对高表达组和低表达组患者进行差异表达基因(differential expressed genes,DEGs)分析,并使用cluster Profil er包对DEGs进行基因本体(Gene Ontology,GO)数据库和基因组京都百科全书(Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes,KEGG)富集分析。利用CIBERSORT算法预测LUAD肿瘤样本和正常样本中22种浸润性免疫细胞的丰度,并分析ABCA3表达与免疫浸润细胞和免疫检查点之间的相关性。结果 ABCA3基因在LUAD肿瘤组织中的表达均低于配对和非配对样本正常组织(P<0.05)。ABCA3高表达LUAD患者的OS (P=0.031)和PFS (P=0.044)明显高于低表达患者。T2分期(P=0.004)和T3分期(P=0.044)患者ABCA3的表达显著低于T1分期患者。多因素Cox回归分析显示,T分期、N分期和ABCA3表达是影响LUAD预后的独立影响因素(P<0.05)。基于ABCA3表达、T分期和N分期构建的列线图预测模型的C-index为0.86,提示模型与实际结果较为一致。校准曲线中的偏差修正线接近理想曲线,提示列线图模型的预测结果与观测结果较吻合。基因集富集分析显示ABCA3高表达组主要与花生四烯酸代谢、补体和凝血级联、肠道免疫网络免疫球蛋白A产生等有关。ABCA3的表达与NRP1、TRFRSF14、TNFSF15、CD40LG、HHLA2、CD28呈明显正相关,而与IDO1、CD70、TNFSF4、CD276和VTCN1呈明显负相关(P<0.05)。12种免疫浸润细胞在高表达组和低表达组存在明显差异(P<0.05)。此外,14种免疫浸润细胞与ABCA3表达呈现明显相关性(P<0.05),包括巨噬细胞、CD4+T细胞和树突细胞。结论 ABCA3的表达与LUAD患者预后和免疫细胞浸润有关,可能是预测非小细胞肺癌预后的有价值生物标志物。
关键词
非小细胞肺癌
肺腺癌
三磷酸腺苷结合盒转运子A3
免疫细胞浸润
预后
Keywords
Non-small cell lung cancer
Lung adenocarcinoma
Adenosine triphosphate binding cassette transporter
Immune cell infiltration
Prognosis
分类号
R734.2 [医药卫生—肿瘤]
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职称材料
题名
作者
出处
发文年
被引量
操作
1
ABCA3作为非小细胞肺癌的预后生物标志物及其与免疫细胞浸润的相关性
张萌萌
邵松
曹冰
潘蕾
《中国医学前沿杂志（电子版）》
CSCD
北大核心
2024
2
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