目的选择5种机器学习算法构建模型并比较其预测孕前社会-心理-行为因素与夫妻备孕结局关联的性能表现。方法基于重庆市孕前生殖健康与出生结局队列,选取2019年1月至2022年3月年于重庆市妇幼保健院入组的志愿者资料,队列共入组5447对夫妻...目的选择5种机器学习算法构建模型并比较其预测孕前社会-心理-行为因素与夫妻备孕结局关联的性能表现。方法基于重庆市孕前生殖健康与出生结局队列,选取2019年1月至2022年3月年于重庆市妇幼保健院入组的志愿者资料,队列共入组5447对夫妻,以一对一问卷方式收集夫妻双方人口学和社会-心理-行为资料,共计221个变量。依据纳入排除标准,最终纳入4097对夫妇,按7∶3简单随机化法划分训练集(n=2867对)和验证集(n=1230对),采用特征分析和共线性筛除选择潜在暴露因素;考虑基层卫生机构不易开展精子质量分析,通过在训练集和验证集中同时纳入或排除精子质量,构建包含精液常规参数的特征集1和排除精液常规参数的特征集2。采用Logistic回归、朴素贝叶斯、随机森林、梯度提升机、支持向量机5种算法构建备孕结局预测模型,并采用随机搜索合并网格搜索法优化模型参数。利用精确率、召回率、FI分数、受试者工作特征曲线下面积(area under the curve,AUC)、校准曲线比较各模型预测能力,并选择最优模型,比较有或无精液常规参数情况下,问卷资料对生育结局预测能力的变化。结果特征集1共筛选得到24个变量,特征集2共筛选得到16个变量。特征集1中,梯度提升机效果较好,AUC相对较高(0.651),且F1分数表现较好(0.61);Logistic回归模型表现稳定(AUC=0.647),适合作为参照模型;随机森林(AUC=0.641)、朴素贝叶斯(AUC=0.641)和支持向量机(AUC=0.634)表现次之。特征集1中,梯度提升机验证集AUC为0.651(95%CI:0.629~0.681),预测精度为0.63,召回率为0.65,平均精确度值F1为0.61;特征集2中,其验证集AUC为0.649(95%CI:0.624~0.663),与特征集1相比未见明显降低,2个特征集校准曲线均与理想曲线接近。预测结果提示,在特征集1中,与备孕结局呈较高负相关的特征为女性年龄、男性年龄、夫妻无避孕措施1年内未怀孕;呈较高正相关的特征为女性妊娠史、精子总活力、入组前1年使用避孕措施。结论在本队列资料中对比5种机器学习算法,梯度提升机性能略优;夫妻双方共有24项因素与备孕结局关联,排除精液常规参数的简化模型性能未见明显下降。利用机器学习方法,通过社会-心理-行为问卷预测夫妻备孕结局具有可行性。展开更多
目的探讨肌微管素相关微蛋白7(myotubularin related protein 7,MTMR7)在肺动脉高压中的作用及机制。方法健康♂小鼠、Mtmr7转基因(Mtmr7-Tg)小鼠各20只,分为对照组、Mtmr7-Tg组、野百合碱(monocrotaline,MCT)组、MCT+Mtmr7-Tg组,超声...目的探讨肌微管素相关微蛋白7(myotubularin related protein 7,MTMR7)在肺动脉高压中的作用及机制。方法健康♂小鼠、Mtmr7转基因(Mtmr7-Tg)小鼠各20只,分为对照组、Mtmr7-Tg组、野百合碱(monocrotaline,MCT)组、MCT+Mtmr7-Tg组,超声测量肺动脉血流加速时间(pulmonary artery acceleration time,PAT)和射血时间(pulmonary artery ejection time,PET),取材时分离右心室游离壁,计算右心肥厚指数,免疫染色观察肺小动脉重构。将小鼠肺动脉平滑肌细胞(pulmonary arterial smooth muscle cells,PASMCs)以低氧处理,观察其增殖和迁移情况。结果MTMR7在肺血管中表达,并且MCT处理之后,Mtmr7-Tg小鼠的PAT/PET比值降低(P<0.05),右心肥厚指数升高(P<0.01)。以Mtmr7基因过表达腺病毒转染PASMCs,可以抑制其增殖和迁移。用chemerin-9恢复p-ERK1/2的活性,过表达MTMR7对PASMCs增殖、迁移抑制作用消失。结论过表达MTMR7可减轻低氧诱导的小鼠PASMCs增殖和迁移,从而逆转肺动脉高压,机制与MTMR7降低ERK1/2磷酸化密切相关。展开更多
目的探究Rab37基因的单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphism,SNP)与月经初潮年龄(age at menarche,AAM)的关联。方法本研究采用病例对照研究设计,对江苏省句容市某社区的2060名女性进行流行病学调查,并采集静脉血样。使用ASA...目的探究Rab37基因的单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphism,SNP)与月经初潮年龄(age at menarche,AAM)的关联。方法本研究采用病例对照研究设计,对江苏省句容市某社区的2060名女性进行流行病学调查,并采集静脉血样。使用ASA芯片对血样DNA进行Rab37基因分型,获得参与者的SNP rs62084865、rs10512597、rs35489971、rs1037170、rs6501732、rs77822106、rs3178300分型结果。根据月经初潮时间<16周岁和≥16周岁将参与者分成2组。通过线性回归分析和Logistic回归分析,采用显性模型、隐性模型和等位基因模型,探索Rab37基因的多态性与月经初潮时间的关联性。结果在2060名健康女性中,944名女性月经时间正常,1116名女性出现月经初潮延迟。线性回归分析结果显示rs3178300的基因多态性与女性月经初潮时间呈负相关[隐性模型:CC/CT+TT,β=-0.915,95%CI(-1.692,-0.137),P=0.021;等位基因模型:T/C,β=-0.221,95%CI(-0.410,-0.032),P=0.022]。Logistic回归分析结果显示rs3178300的基因多态性与女性月经初潮推迟风险显著相关[隐性模型:CC/CT+TT,OR=0.295,95%CI(0.116,0.751),P=0.010;等位基因模型:T/C,OR=0.796,95%CI(0.652,0.972),P=0.025]。其余的6个SNP与月经初潮年龄的关联不显著。结论Rab37基因的rs3178300多态性与中国女性的月经初潮延迟显著相关。展开更多
目的:研究O-GlcNAcylation调节蛋白激酶C受体1(receptor for activated C kinase 1,Rack1)的稳定性在SHH型髓母细胞瘤(SHH type medulloblastoma,SHH-MB)形成中的功能作用。方法:选取中国人民解放军西部战区总医院临床肿瘤标本库中分子...目的:研究O-GlcNAcylation调节蛋白激酶C受体1(receptor for activated C kinase 1,Rack1)的稳定性在SHH型髓母细胞瘤(SHH type medulloblastoma,SHH-MB)形成中的功能作用。方法:选取中国人民解放军西部战区总医院临床肿瘤标本库中分子分型所确定的SHH-MB肿瘤及癌旁组织,分析样本中Rack1和O-GlcNAcylation(O-Glc NAc)的表达水平差异。对于人源髓母细胞瘤细胞系Daoy使用糖基化转移酶(OGT)抑制剂(OSMI-1)和去糖基化转移酶(OGA)抑制剂(TM-G)进行处理,通过Cell Counting Kit-8(CCK-8)法和免疫荧光染色检测肿瘤细胞增殖能力。采用O-Glc NAc酶标记系统、免疫共沉淀(Co-IP)和Western blot法判断Rack1有无发生O-Glc NAc,而后通过环己酰亚胺(CHX)实验和泛素化修饰实验证实O-GlcNAcylation对Rack1蛋白水平的影响。构建敲低Rack1的髓母细胞瘤模型,通过Cell Counting Kit-8(CCK-8)法、免疫荧光染色和划痕实验检测肿瘤细胞增殖能力。同时通过在免疫缺陷型小鼠进行异种原位肿瘤移植进行验证,在所得组织样本中(sh-NC和shRack1)使用Western blot检测下游SHH信号通路变化。结果:Rack1和O-GlcNAcylation在SHH-MB中表达水平显著增高,且Rack1表达水平和患者生存率呈负相关关系。对Daoy细胞系使用OSMI-1、TM-G处理后,发现O-Glc NAc能明显促进Daoy细胞增殖,而抑制细胞O-GlcNAc则抑制细胞增殖。分子实验证实Rack1蛋白O-GlcNAcylation可以调节其蛋白稳定性,进而促进肿瘤细胞增殖。在Daoy细胞系敲低Rack1表达,其细胞增殖能力明显低于对照组;在动物水平方面,相较于对照组,Rack1蛋白敲低的肿瘤组织增殖受到显著抑制。并且Rack1可通过调节SHH信号通路参与SHH-MB形成。结论:O-GlcNAcylation可通过调节Rack1蛋白的稳定性进而参与SHH-MB形成。展开更多
目的结合生物信息学分析方法对线粒体翻译起始因子(MTIF2)基因的甲基化特征进行分析,并探讨其与肝细胞癌发生发展的关系。方法应用MethSurv、EWAS Data Hub软件对MTIF2甲基化样本进行标准化分析和聚类分析,内容包括生存曲线分析、甲基...目的结合生物信息学分析方法对线粒体翻译起始因子(MTIF2)基因的甲基化特征进行分析,并探讨其与肝细胞癌发生发展的关系。方法应用MethSurv、EWAS Data Hub软件对MTIF2甲基化样本进行标准化分析和聚类分析,内容包括生存曲线分析、甲基化特征分析、肿瘤信号通路相关性及泛癌数据库比对分析。计量资料两组间比较采用成组t检验;多组间比较采用单因素方差分析,进一步两两比较采用LSD-t检验。使用Cox比例风险模型基于患者CpG部位的甲基化水平执行单变量和多变量生存分析。通过Kaplan-Meier图标识较低和较高甲基化患者组之间的生存差异。Log-likelihood ratio法用于组间生存差异分析。结果MTIF2甲基化整体聚类表明在种族、人种、BMI、年龄等特征间MTIF2基因甲基化水平没有明显差异。Kaplan-Meier生存曲线分析发现,MTIF2基因N-Shore高甲基化的患者预后明显好于低甲基化患者(HR=0.492,P<0.001),而CpG island和S-Shore甲基化的高低与生存率无明显差异(P值均>0.05)。基于不同年龄、性别、BMI、人种、种族、临床分期绘制MTIF2基因甲基化谱发现,随年龄增长会降低MTIF2基因N-Shore和CpG island的甲基化水平,白种人的MTIF2基因N-Shore的甲基化水平明显低于亚洲人(P<0.05),临床分期Ⅳ期患者MTIF2基因N-Shore和CpG island的甲基化水平明显低于Ⅰ/Ⅱ期患者(P值均<0.05)。临床验证试验表明,Ⅲ/Ⅳ期肝细胞癌患者MTIF2甲基化水平明显低于Ⅰ/Ⅱ期患者(P<0.05),且低于健康人群(P<0.05)。结论MTIF2基因N-Shore低甲基化是肝细胞癌发生发展的危险因素。展开更多
文摘目的选择5种机器学习算法构建模型并比较其预测孕前社会-心理-行为因素与夫妻备孕结局关联的性能表现。方法基于重庆市孕前生殖健康与出生结局队列,选取2019年1月至2022年3月年于重庆市妇幼保健院入组的志愿者资料,队列共入组5447对夫妻,以一对一问卷方式收集夫妻双方人口学和社会-心理-行为资料,共计221个变量。依据纳入排除标准,最终纳入4097对夫妇,按7∶3简单随机化法划分训练集(n=2867对)和验证集(n=1230对),采用特征分析和共线性筛除选择潜在暴露因素;考虑基层卫生机构不易开展精子质量分析,通过在训练集和验证集中同时纳入或排除精子质量,构建包含精液常规参数的特征集1和排除精液常规参数的特征集2。采用Logistic回归、朴素贝叶斯、随机森林、梯度提升机、支持向量机5种算法构建备孕结局预测模型,并采用随机搜索合并网格搜索法优化模型参数。利用精确率、召回率、FI分数、受试者工作特征曲线下面积(area under the curve,AUC)、校准曲线比较各模型预测能力,并选择最优模型,比较有或无精液常规参数情况下,问卷资料对生育结局预测能力的变化。结果特征集1共筛选得到24个变量,特征集2共筛选得到16个变量。特征集1中,梯度提升机效果较好,AUC相对较高(0.651),且F1分数表现较好(0.61);Logistic回归模型表现稳定(AUC=0.647),适合作为参照模型;随机森林(AUC=0.641)、朴素贝叶斯(AUC=0.641)和支持向量机(AUC=0.634)表现次之。特征集1中,梯度提升机验证集AUC为0.651(95%CI:0.629~0.681),预测精度为0.63,召回率为0.65,平均精确度值F1为0.61;特征集2中,其验证集AUC为0.649(95%CI:0.624~0.663),与特征集1相比未见明显降低,2个特征集校准曲线均与理想曲线接近。预测结果提示,在特征集1中,与备孕结局呈较高负相关的特征为女性年龄、男性年龄、夫妻无避孕措施1年内未怀孕;呈较高正相关的特征为女性妊娠史、精子总活力、入组前1年使用避孕措施。结论在本队列资料中对比5种机器学习算法,梯度提升机性能略优;夫妻双方共有24项因素与备孕结局关联,排除精液常规参数的简化模型性能未见明显下降。利用机器学习方法,通过社会-心理-行为问卷预测夫妻备孕结局具有可行性。
