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菊叶香藜转录组数据库中FPPS基因的挖掘与生物信息学分析
被引量：
4
1
作者
付苏宏
雷鸣
+2 位作者
张勇群
施静
郝豆豆
《广西植物》
CAS
CSCD
北大核心
2019年第6期831-842,共12页
为深入了解菊叶香藜法尼基焦磷酸合酶基因,该研究对菊叶香藜转录组数据库进行挖掘,获取了两条FPPS基因序列(DsFPPS1和DsFPPS2),并对DsFPPS1和DsFPPS2编码蛋白的理化性质、结构、功能、系统进化进行了分析。结果表明:DsFPPS1和DsFPPS2基...
为深入了解菊叶香藜法尼基焦磷酸合酶基因,该研究对菊叶香藜转录组数据库进行挖掘,获取了两条FPPS基因序列(DsFPPS1和DsFPPS2),并对DsFPPS1和DsFPPS2编码蛋白的理化性质、结构、功能、系统进化进行了分析。结果表明:DsFPPS1和DsFPPS2基因分别包含1029bp和969bp的开放阅读框,分别编码342个(DsFPPS1)和322个(DsFPPS2)氨基酸。DsFPPS1和DsFPPS2位于线粒体内,未发现信号肽和跨膜结构,DsFPPS1为稳定蛋白,DsFPPS2为不稳定蛋白。氨基酸序列比对发现DsFPPS1和DsFPPS2序列相似性为60.53%,均含有5个保守结构域和2个天冬氨酸富集区域。DsFPPS1和DsFPPS2二级结构主要由α-螺旋构成,三级结构为由8个α-螺旋形成的α-螺旋束,但DsFPPS2的三级结构中缺少一个α-螺旋A。系统进化树中DsFPPS1与藜科植物聚为一枝,与藜科植物遗传距离较近,而DsFPPS2单独聚为一枝。通过对菊叶香藜转录组数据库中FPPS基因的挖掘与生物信息学分析,为菊叶香藜FPPS的功能研究及其倍半萜类化合物的生物合成研究奠定了一定的理论基础。
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关键词
法尼基焦磷酸合酶
转录组
菊叶香藜
基因挖掘
生物信息学
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职称材料
基于网络药理学探讨菊叶香藜精油药理活性及作用机制
被引量：
2
2
作者
付苏宏
张勇群
+2 位作者
郝豆豆
张鹏飞
施静
《中成药》
CAS
CSCD
北大核心
2019年第10期2359-2365,共7页
目的基于网络药理学探讨菊叶香藜精油的药理活性及作用机制。方法通过文献调研获取精油的化学成分组成,然后采用BATMAN-TCM获取靶点蛋白并进行疾病富集分析,通过Cytoscape构建靶点蛋白的PPI网络图,利用DAVID对靶点蛋白进行GO功能和KEGG...
目的基于网络药理学探讨菊叶香藜精油的药理活性及作用机制。方法通过文献调研获取精油的化学成分组成,然后采用BATMAN-TCM获取靶点蛋白并进行疾病富集分析,通过Cytoscape构建靶点蛋白的PPI网络图,利用DAVID对靶点蛋白进行GO功能和KEGG通路富集分析。结果 39种化学成分得到了126个对应的潜在作用靶点。生物功能分析显示,与分子功能、生物过程、细胞组分相关的GO条目分别为35、69、8个;KEGG通路共25条,其中较显著的有刺激神经组织的配体-受体交互作用、钙信号通路、cGMP-PKG信号通路;总共富集到59类TTD疾病类型,主要与心血管疾病、疼痛、神经精神疾病相关,并构建"化学成分-靶点-疾病"网络。结论菊叶香藜精油可能具有治疗心血管疾病、疼痛、神经精神类疾病的功效,与KCNQ1、GUCY1B3、KCND3、DLG4、ESR1有关。本研究为阐明菊叶香藜精油的药理活性及其作用机制研究提供了可靠的科学依据。
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关键词
菊叶香藜精油
网络药理学
PPI网络
功能富集
药理活性
作用机制
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职称材料
菊叶香藜精油合成关键HMGR基因的生物信息学分析
被引量：
2
3
作者
付苏宏
雷鸣
+2 位作者
张勇群
施静
郝豆豆
《河南农业科学》
CSCD
北大核心
2018年第7期59-66,89,共9页
采用生物信息学的方法分析菊叶香藜3-羟基-3-甲基戊二酰辅酶A还原酶(Ds HMGR)基因所编码蛋白质的理化性质、信号肽、跨膜结构域、亚细胞定位、保守结构域、二级结构、三级结构,并进行多条氨基酸序列比对和系统进化树构建。结果表明,Ds H...
采用生物信息学的方法分析菊叶香藜3-羟基-3-甲基戊二酰辅酶A还原酶(Ds HMGR)基因所编码蛋白质的理化性质、信号肽、跨膜结构域、亚细胞定位、保守结构域、二级结构、三级结构,并进行多条氨基酸序列比对和系统进化树构建。结果表明,Ds HMGR基因包含一段1 725 bp的开放阅读框,编码574个氨基酸,非极性氨基酸为主要氨基酸,等电点为7.46,为不稳定蛋白质,编码蛋白质中不含有信号肽,在N端具有2个疏水区域,含有2个跨膜结构域,Ds HMGR蛋白定位到内质网上,在C端和连接区具有较高保守性,在N端保守性较低,含有HMGR蛋白特有的4个保守活性位点,二级结构主要为α-螺旋,三级结构预测显示Ds HMGR蛋白具有N、L和S 3个催化活性中心结构域。HMGR蛋白进化分析中,菊叶香藜与藜科植物聚为一支,遗传距离较近。
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关键词
菊叶香藜
萜类化合物
3-羟基-3-甲基戊二酰辅酶A还原酶(HMGR)
生物信息学
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职称材料
题名
菊叶香藜转录组数据库中FPPS基因的挖掘与生物信息学分析
被引量：
4
1
作者
付苏宏
雷鸣
张勇群
施静
郝豆豆
机构
西藏自治区人民政府驻成都办事处医院分子医学实验室
西藏
大学理学院
出处
《广西植物》
CAS
CSCD
北大核心
2019年第6期831-842,共12页
基金
西藏自治区科技厅自然科学基金(2015ZR-13-5)~~
文摘
为深入了解菊叶香藜法尼基焦磷酸合酶基因,该研究对菊叶香藜转录组数据库进行挖掘,获取了两条FPPS基因序列(DsFPPS1和DsFPPS2),并对DsFPPS1和DsFPPS2编码蛋白的理化性质、结构、功能、系统进化进行了分析。结果表明:DsFPPS1和DsFPPS2基因分别包含1029bp和969bp的开放阅读框,分别编码342个(DsFPPS1)和322个(DsFPPS2)氨基酸。DsFPPS1和DsFPPS2位于线粒体内,未发现信号肽和跨膜结构,DsFPPS1为稳定蛋白,DsFPPS2为不稳定蛋白。氨基酸序列比对发现DsFPPS1和DsFPPS2序列相似性为60.53%,均含有5个保守结构域和2个天冬氨酸富集区域。DsFPPS1和DsFPPS2二级结构主要由α-螺旋构成,三级结构为由8个α-螺旋形成的α-螺旋束,但DsFPPS2的三级结构中缺少一个α-螺旋A。系统进化树中DsFPPS1与藜科植物聚为一枝,与藜科植物遗传距离较近,而DsFPPS2单独聚为一枝。通过对菊叶香藜转录组数据库中FPPS基因的挖掘与生物信息学分析,为菊叶香藜FPPS的功能研究及其倍半萜类化合物的生物合成研究奠定了一定的理论基础。
关键词
法尼基焦磷酸合酶
转录组
菊叶香藜
基因挖掘
生物信息学
Keywords
farnesyl pyrophosphate synthase
transcriptome
Dysphania schraderiana
gene mining
bioinformatics
分类号
Q943.2 [生物学—植物学]
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职称材料
题名
基于网络药理学探讨菊叶香藜精油药理活性及作用机制
被引量：
2
2
作者
付苏宏
张勇群
郝豆豆
张鹏飞
施静
机构
西藏自治区人民政府驻成都办事处医院分子医学实验室
出处
《中成药》
CAS
CSCD
北大核心
2019年第10期2359-2365,共7页
基金
西藏自治区科技厅自然科学基金项目(2015ZR-13-5)
文摘
目的基于网络药理学探讨菊叶香藜精油的药理活性及作用机制。方法通过文献调研获取精油的化学成分组成,然后采用BATMAN-TCM获取靶点蛋白并进行疾病富集分析,通过Cytoscape构建靶点蛋白的PPI网络图,利用DAVID对靶点蛋白进行GO功能和KEGG通路富集分析。结果 39种化学成分得到了126个对应的潜在作用靶点。生物功能分析显示,与分子功能、生物过程、细胞组分相关的GO条目分别为35、69、8个;KEGG通路共25条,其中较显著的有刺激神经组织的配体-受体交互作用、钙信号通路、cGMP-PKG信号通路;总共富集到59类TTD疾病类型,主要与心血管疾病、疼痛、神经精神疾病相关,并构建"化学成分-靶点-疾病"网络。结论菊叶香藜精油可能具有治疗心血管疾病、疼痛、神经精神类疾病的功效,与KCNQ1、GUCY1B3、KCND3、DLG4、ESR1有关。本研究为阐明菊叶香藜精油的药理活性及其作用机制研究提供了可靠的科学依据。
关键词
菊叶香藜精油
网络药理学
PPI网络
功能富集
药理活性
作用机制
Keywords
essential oil in Dysphania schraderiana
network pharmacology
PPI network
functional enrichment
pharmacological activities
action mechanisms
分类号
R285 [医药卫生—中药学]
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职称材料
题名
菊叶香藜精油合成关键HMGR基因的生物信息学分析
被引量：
2
3
作者
付苏宏
雷鸣
张勇群
施静
郝豆豆
机构
西藏自治区人民政府驻成都办事处医院分子医学实验室
出处
《河南农业科学》
CSCD
北大核心
2018年第7期59-66,89,共9页
基金
西藏自治区科技厅自然科学基金项目(2015ZR-13-5)
文摘
采用生物信息学的方法分析菊叶香藜3-羟基-3-甲基戊二酰辅酶A还原酶(Ds HMGR)基因所编码蛋白质的理化性质、信号肽、跨膜结构域、亚细胞定位、保守结构域、二级结构、三级结构,并进行多条氨基酸序列比对和系统进化树构建。结果表明,Ds HMGR基因包含一段1 725 bp的开放阅读框,编码574个氨基酸,非极性氨基酸为主要氨基酸,等电点为7.46,为不稳定蛋白质,编码蛋白质中不含有信号肽,在N端具有2个疏水区域,含有2个跨膜结构域,Ds HMGR蛋白定位到内质网上,在C端和连接区具有较高保守性,在N端保守性较低,含有HMGR蛋白特有的4个保守活性位点,二级结构主要为α-螺旋,三级结构预测显示Ds HMGR蛋白具有N、L和S 3个催化活性中心结构域。HMGR蛋白进化分析中,菊叶香藜与藜科植物聚为一支,遗传距离较近。
关键词
菊叶香藜
萜类化合物
3-羟基-3-甲基戊二酰辅酶A还原酶(HMGR)
生物信息学
Keywords
Dysphania schraderiana
Terpenoid
3-hydroxy-3-methyl glutaryl coenzyme A reductase（HMGR）
Bioinformatics
分类号
S567.219 [农业科学—中草药栽培]
Q949.745.1 [生物学—植物学]
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发文年
被引量
操作
1
菊叶香藜转录组数据库中FPPS基因的挖掘与生物信息学分析
付苏宏
雷鸣
张勇群
施静
郝豆豆
《广西植物》
CAS
CSCD
北大核心
2019
4
在线阅读
下载PDF
职称材料
2
基于网络药理学探讨菊叶香藜精油药理活性及作用机制
付苏宏
张勇群
郝豆豆
张鹏飞
施静
《中成药》
CAS
CSCD
北大核心
2019
2
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职称材料
3
菊叶香藜精油合成关键HMGR基因的生物信息学分析
付苏宏
雷鸣
张勇群
施静
郝豆豆
《河南农业科学》
CSCD
北大核心
2018
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