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高原链带藻Desmodesmus sp.YH-1基因组研究及SSR特征分析
1
作者 王金虎 宁琰萍 +2 位作者 崔小梅 魏延丽 布多 《海洋渔业》 北大核心 2025年第4期576-588,共13页
为了解和完善高原微藻的基因组遗传信息,对高原链带藻Desmodesmus sp.YH-1进行基因组de novo测序并筛选简单重复序列(SSR)分子标记。采用Illumina高通量测序技术基于K-mer分析手段研究了Desmodesmus sp.YH-1的杂合度和基因组大小,运用... 为了解和完善高原微藻的基因组遗传信息,对高原链带藻Desmodesmus sp.YH-1进行基因组de novo测序并筛选简单重复序列(SSR)分子标记。采用Illumina高通量测序技术基于K-mer分析手段研究了Desmodesmus sp.YH-1的杂合度和基因组大小,运用微卫星识别工具(MISA)鉴定分析SSR序列。结果表明:Desmodesmus sp.YH-1的基因组大小为24.56Mb,基因组杂合度为1.87%,非重复序列比例为90.5%,GC含量为60.57%,测序K-mer值为33.6;通过SSR分子标记分析,基因组中共有SSR 144335个,其中,单、双、三核苷酸重复模体的比例较高,分别占比3.54%、2.55%和92.64%,单核苷酸重复模体中C/G、双核苷酸重复模体中AC/GT、三核苷酸重复模体中AGC/CTG含量最高;对不同SSR类型在基因转录本的密度分布进行统计,结果显示,3个碱基重复9~12次的数目最多。基因组学研究发现,Desmodesmus sp.YH-1基因组呈现杂合度高、重复序列比例低和高级重复单元比例高的特点。研究结果可为高原微藻的生物资源开发和遗传多样性研究提供支撑。 展开更多
关键词 青藏高原 链带藻 高通量测序 基因组 SSR特征分析
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披针叶野决明基因组调研及SSR特征分析
2
作者 王金虎 宁琰萍 +2 位作者 崔小梅 魏延丽 布多 《高原科学研究》 CSCD 2023年第3期13-21,共9页
披针叶野决明(Thermopsis lanceolata)具有饲用、有机肥料和药用等多重功效。采用Illumina高通量测序技术,借助K-mer分析工具,揭示了披针叶野决明基因组的多个分子遗传学特征,包括基因组大小、杂合度和GC含量等,此外,采用MISA工具进行SS... 披针叶野决明(Thermopsis lanceolata)具有饲用、有机肥料和药用等多重功效。采用Illumina高通量测序技术,借助K-mer分析工具,揭示了披针叶野决明基因组的多个分子遗传学特征,包括基因组大小、杂合度和GC含量等,此外,采用MISA工具进行SSR(Simple Sequence Repeats)特征分析,通过NT数据库(Nucleotide Database)进行BLAST比对,以探讨其物种多样性。研究结果显示,披针叶野决明的基因组大小为786.16 Mbp,测序深度为61.09×,重复序列比例为59.99%,杂合率为0.60%,GC含量为36.4%。通过对基因组序列进行SSR特征分析,共鉴定了72357个SSR,其中单、二、三、四、五和六核苷酸重复模体分别占总重复模体数的49.34%,22.17%,18.08%,2.02%,0.70%和0.54%;从测序得到的350 bp文库中,提取前50000条reads与NT数据库进行BLAST比对,发现披针叶野决明的近缘物种新疆野决明(Thermopsis turkestanica)和狭叶羽扇豆(Lupinus angustifolius)上的reads匹配率较高,分别占21.90%和15.46%。综合基因组调研和SSR特征分析显示,披针叶野决明为高杂合、高重复的复杂基因组,这为其资源保护和遗传多样性研究等工作提供遗传信息支撑。 展开更多
关键词 披针叶野决明 高通量测序 基因组 SSR分子标记 遗传多样性
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