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基于TMT蛋白组学及生物信息学分析牦牛抗冻差异蛋白
被引量：
5
1
作者
贾银海
张成福
+7 位作者
张强
姬秋梅
黄光云
姜辉
文信旺
黄明光
彭夏云
吴柱月
《南方农业学报》
CAS
CSCD
北大核心
2022年第1期1-11,共11页
【目的】从蛋白水平阐明牦牛抗寒性能机理,并进一步从营养学角度提高其代谢性能,为牦牛有效抵御外界恶劣气候条件提供科学依据。【方法】应用TMT蛋白组学技术对寒冷季节(1月)和温暖季节(8月)的牦牛抗冻蛋白进行挖掘,并对鉴定到的牦牛抗...
【目的】从蛋白水平阐明牦牛抗寒性能机理,并进一步从营养学角度提高其代谢性能,为牦牛有效抵御外界恶劣气候条件提供科学依据。【方法】应用TMT蛋白组学技术对寒冷季节(1月)和温暖季节(8月)的牦牛抗冻蛋白进行挖掘,并对鉴定到的牦牛抗冻蛋白进行亚细胞定位、结构域、GO功能富集、KEGG信号通路注释、蛋白相互作用等生物信息学分析。【结果】从牦牛耳组织中共鉴定获得21856个肽段(Peptide),其中特有肽段(Unique peptide)序列为18452个,定量获得4519个蛋白,最终筛选出144个差异蛋白,其中上调蛋白89个、下调蛋白55个。144个牦牛抗冻差异蛋白亚细胞定位到7个条目上,分别是细胞核蛋白56个、细胞质蛋白51个、质膜蛋白24个、细胞外蛋白23个、线粒体蛋白18个、细胞骨架蛋白1个和溶酶体蛋白1个;共鉴定到194个结构域。GO功能富集分析结果显示,生物过程主要富集到细胞过程蛋白79个、代谢过程蛋白70个和生物调控蛋白42个等,分子功能主要富集到结合功能蛋白75个和催化活性蛋白64个等,细胞组分主要富集到细胞部分蛋白89个和细胞蛋白89个等。144个牦牛抗冻差异蛋白在KEGG数据库中注释到205条KEGG信号通路,主要涉及核糖体、氮代谢、胞质DNA感受、动物体内生热作用、氧化磷酸化、白细胞介素-17及钙离子信号等通路。牦牛抗冻差异蛋白相互作用网络分析发现L8IHE5的关联度最高,且冷诱导RNA结合蛋白(CIRP)和HSP70结合蛋白在蛋白相互作用网络中具有更多的相互作用关系。【结论】基于TMT蛋白组学对牦牛抗冻差异蛋白进行挖掘,结果鉴定获得144个抗冻差异蛋白(上调蛋白89个,下调蛋白55个),其中CIRP和HSP70在冷应激条件下呈上调趋势,能促使牦牛肌体适应低温环境,可作为牦牛抗冻性育种的候选分子标记。
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关键词
牦牛
TMT蛋白组学
生物信息学
抗冻性
差异蛋白
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职称材料
题名
基于TMT蛋白组学及生物信息学分析牦牛抗冻差异蛋白
被引量：
5
1
作者
贾银海
张成福
张强
姬秋梅
黄光云
姜辉
文信旺
黄明光
彭夏云
吴柱月
机构
广西
畜牧
研究所
/广西家畜
遗传
改良
重点
实验室
西藏农牧科学院畜牧兽医研究所/省部共建青稞和牦牛种质资源与遗传改良国家重点实验室
出处
《南方农业学报》
CAS
CSCD
北大核心
2022年第1期1-11,共11页
基金
广西科技重大专项(桂科AA17204028)
西藏农牧科学院省部共建青稞和牦牛种质资源与遗传改良国家重点实验室开放项目(XZNKY-2020-C-007K05)。
文摘
【目的】从蛋白水平阐明牦牛抗寒性能机理,并进一步从营养学角度提高其代谢性能,为牦牛有效抵御外界恶劣气候条件提供科学依据。【方法】应用TMT蛋白组学技术对寒冷季节(1月)和温暖季节(8月)的牦牛抗冻蛋白进行挖掘,并对鉴定到的牦牛抗冻蛋白进行亚细胞定位、结构域、GO功能富集、KEGG信号通路注释、蛋白相互作用等生物信息学分析。【结果】从牦牛耳组织中共鉴定获得21856个肽段(Peptide),其中特有肽段(Unique peptide)序列为18452个,定量获得4519个蛋白,最终筛选出144个差异蛋白,其中上调蛋白89个、下调蛋白55个。144个牦牛抗冻差异蛋白亚细胞定位到7个条目上,分别是细胞核蛋白56个、细胞质蛋白51个、质膜蛋白24个、细胞外蛋白23个、线粒体蛋白18个、细胞骨架蛋白1个和溶酶体蛋白1个;共鉴定到194个结构域。GO功能富集分析结果显示,生物过程主要富集到细胞过程蛋白79个、代谢过程蛋白70个和生物调控蛋白42个等,分子功能主要富集到结合功能蛋白75个和催化活性蛋白64个等,细胞组分主要富集到细胞部分蛋白89个和细胞蛋白89个等。144个牦牛抗冻差异蛋白在KEGG数据库中注释到205条KEGG信号通路,主要涉及核糖体、氮代谢、胞质DNA感受、动物体内生热作用、氧化磷酸化、白细胞介素-17及钙离子信号等通路。牦牛抗冻差异蛋白相互作用网络分析发现L8IHE5的关联度最高,且冷诱导RNA结合蛋白(CIRP)和HSP70结合蛋白在蛋白相互作用网络中具有更多的相互作用关系。【结论】基于TMT蛋白组学对牦牛抗冻差异蛋白进行挖掘,结果鉴定获得144个抗冻差异蛋白(上调蛋白89个,下调蛋白55个),其中CIRP和HSP70在冷应激条件下呈上调趋势,能促使牦牛肌体适应低温环境,可作为牦牛抗冻性育种的候选分子标记。
关键词
牦牛
TMT蛋白组学
生物信息学
抗冻性
差异蛋白
Keywords
yak
TMT proteomics
bioinformatics
cold resistance
differential proteins
分类号
S823.85 [农业科学—畜牧学]
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出处
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被引量
操作
1
基于TMT蛋白组学及生物信息学分析牦牛抗冻差异蛋白
贾银海
张成福
张强
姬秋梅
黄光云
姜辉
文信旺
黄明光
彭夏云
吴柱月
《南方农业学报》
CAS
CSCD
北大核心
2022
5
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