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基于生物信息学分析双硫死亡相关基因在代谢相关脂肪性肝病中的作用
1
作者 熊永强 王博 +2 位作者 王纪云 李韧 张澍 《西安交通大学学报(医学版)》 北大核心 2025年第2期249-256,共8页
目的基于生物信息学探讨双硫死亡相关基因(DRGs)在代谢相关脂肪性肝病(MAFLD)病情进展中的作用及相关机制。方法利用GEO数据库,筛选符合条件的MAFLD表达相关数据,进行差异基因分析,通过一致聚类识别DRGs并对MAFLD患者进行亚型分型。进... 目的基于生物信息学探讨双硫死亡相关基因(DRGs)在代谢相关脂肪性肝病(MAFLD)病情进展中的作用及相关机制。方法利用GEO数据库,筛选符合条件的MAFLD表达相关数据,进行差异基因分析,通过一致聚类识别DRGs并对MAFLD患者进行亚型分型。进一步评估亚型间的免疫浸润状态,运用CIBERSORT算法分析免疫细胞浸润情况。通过加权基因共表达网络分析(WGCNA)筛选与疾病相关的基因模块。然后,利用机器学习模型,基于DRGs筛选特征基因构建诊断模型,并对模型性能进行验证。最后,通过外部数据集评估DRGs在不同亚型间的稳定性,使用统计检验分析结果的显著性差异。结果通过分析数据集GSE31803,筛选出与MAFLD临床特征密切相关的DRGs共6个(SLC3A2、NCKAP1、CYFIP1、FLNA、MYL6、MYH10);将MAFLD患者分为两种亚型,亚型1具有更高的免疫细胞浸润水平;WGCNA识别出关键基因模块;通过机器学习筛选,支持向量机(SVM)模型被确定为最佳分类模型。外部验证确认了关键基因在MAFLD不同亚型中的稳定性和有效性。结论基于DRGs鉴定出两种高度异质性的MAFLD亚型,其临床特征、生物学过程和免疫状态均有显著差异,表明DRGs在MAFLD发生发展中起重要作用。 展开更多
关键词 代谢相关脂肪性肝病(MAFLD) 双硫死亡 免疫状态 生物信息学
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基于生物信息学分析非酒精性脂肪性肝病和结直肠癌的转录组学共病机制
2
作者 梁金强 任松 +1 位作者 王楚风 花欣 《西安交通大学学报(医学版)》 北大核心 2025年第1期149-156,共8页
目的 基于生物信息学筛选并分析非酒精性脂肪性肝病(NAFLD)和结直肠癌(CRC)的共病生物标志物,探索共病机制。方法 从公共数据库(GEO)分别下载NAFLD和CRC相关数据后,对所有基因进行基因集富集分析(GSEA)以筛选表达变化的通路,后对二者的... 目的 基于生物信息学筛选并分析非酒精性脂肪性肝病(NAFLD)和结直肠癌(CRC)的共病生物标志物,探索共病机制。方法 从公共数据库(GEO)分别下载NAFLD和CRC相关数据后,对所有基因进行基因集富集分析(GSEA)以筛选表达变化的通路,后对二者的共同差异表达基因进行GO和KEGG功能注释,随后用STRING在线数据库构建蛋白互作网络(PPI)以筛选关键基因,基于关键基因构建转录因子-基因调控网络,随后使用LASSO回归确定生物标志物基因,最后则通过Network Analyst数据库对关键基因进行转录因子预测分析并构建转录因子网络。结果 GSEA分析显示在NAFLD患者中TNF-α、IL-6-JAK-STAT3等信号通路表达激活。NAFLD和CRC中所筛选出的17个共同差异表达基因在GO分析中主要富集在细胞二价无机阳离子稳态、中性粒细胞化学趋化等生物学过程中。KEGG通路分析显示共同差异表达基因主要富集于IL-17信号通路。PPI筛选出的5个关键基因是TREM1、FPR1、IL1RN、S100A9、S100A8。LASSO回归筛选出的IL1RN及硬脂酰-CoA去饱和酶(SCD)经外部数据集和来自人类蛋白质图谱(HPA)数据库的免疫组化数据的验证均被证实为生物标志物基因,并在CRC组织中高表达。转录因子-关键共病基因调控网络由Network Analyst构建。结论 生物信息学分析发现的NAFLD和CRC的共病基因,揭示了潜在的共病发病机制,为NAFLD患者进行CRC早癌筛查和早期诊断提供思路。 展开更多
关键词 非酒精性脂肪性肝病(NAFLD) 结直肠癌 关键基因 生物信息学 共病
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结直肠癌的共识分子分型及其临床应用展望 被引量：1
3
作者 靳天乐 刘雨泉 +2 位作者 王润石 侯妮 李杰 《西安交通大学学报（医学版）》 CAS CSCD 北大核心 2024年第4期525-534,共10页
结直肠癌(CRC)具有高度异质性。传统TNM分期不能很好地区分CRC异质性,已不能满足治疗需求。整合患者临床特征、癌组织分子遗传学变化、转录组和蛋白质组变化以及免疫基质等特征,共识分子分型(CMS)是迄今为止对CRC异质性的最佳描述。本... 结直肠癌(CRC)具有高度异质性。传统TNM分期不能很好地区分CRC异质性,已不能满足治疗需求。整合患者临床特征、癌组织分子遗传学变化、转录组和蛋白质组变化以及免疫基质等特征,共识分子分型(CMS)是迄今为止对CRC异质性的最佳描述。本文从三类CRC癌组织分子遗传学改变(染色体不稳定、微卫星不稳定和CpG岛甲基化表型)出发,系统阐述不同CMS分型CRC患者的临床特点、治疗方向和预后评估以及与免疫治疗和肠道微生物群组改变的联系。随着测序技术和前瞻性精准医学临床试验的持续探索,以CMS分型为基础的“多分子—多药物”治疗模式必将成为未来精准医学与个体化医疗的核心。 展开更多
关键词 结直肠癌(CRC) 异质性 共识分子分型(CMS) 临床应用
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miR-125b通过Wnt/β-catenin信号通路促进胃癌细胞上皮间质转化和转移
4
作者 常帅 赵耀 +4 位作者 李顺乐 张迪 张立 翟宏军 吉鸿 《西安交通大学学报（医学版）》 CAS CSCD 北大核心 2024年第5期718-725,共8页
目的探讨miR-125b促进胃癌细胞侵袭、转移以及上皮间质转化(EMT)的分子机制。方法应用qRT-PCR检测miR-125b在胃癌组织及其相应的癌旁组织中的表达;胃癌细胞在上调或下调miR-125b时,Western blotting检测DKK3和SERPINA4的蛋白表达,双荧... 目的探讨miR-125b促进胃癌细胞侵袭、转移以及上皮间质转化(EMT)的分子机制。方法应用qRT-PCR检测miR-125b在胃癌组织及其相应的癌旁组织中的表达;胃癌细胞在上调或下调miR-125b时,Western blotting检测DKK3和SERPINA4的蛋白表达,双荧光素酶报告实验验证miR-125b能否与DKK3、SERPINA4靶向结合,MKN45细胞共转染miR-125b抑制物和靶基因siRNA,用迁移、侵袭实验观察miR-125b能否通过DKK3、SERPINA4调节MKN45细胞的生物学功能,并观察EMT相关转录因子表达;进一步通过慢病毒转染胃癌细胞上调或下调血清反应因子(SRF)表达并经尾静脉注射裸鼠后观察体内实验中肺转移瘤的数目,探讨SRF对胃癌细胞转移的影响。结果qRT-PCR结果显示miR-125b在胃癌组织的表达上调,且与临床分期和淋巴结转移相关。双荧光素酶报告实验显示DKK3和SERPINA4是miR-125b在胃癌细胞中的直接靶点,并激活Wnt/β-catenin信号通路,进而促进EMT相关转录因子Twist1和Slug的转录,诱导EMT的发生,促进胃癌转移。体内体外实验证实转录因子SRF通过正向调节miR-125b的表达促进胃癌细胞的侵袭转移。结论SRF/miR-125b轴促进了胃癌细胞的EMT和转移,这些调节因子有望成为胃癌新的潜在治疗靶点或生物标志物。 展开更多
关键词 胃癌 上皮间质转化(EMT) 转移 miR-125b WNT/Β-CATENIN
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肝纤维化进展中脾脏对肝脏巨噬细胞活化肝星状细胞作用的影响
5
作者 张少颖 万丹 +6 位作者 邓熙 梁肖 梁凡凡 张冲宇 朱佳真 赵阳 李宗芳 《西安交通大学学报（医学版）》 CAS CSCD 北大核心 2024年第4期575-581,共7页
目的 研究肝纤维化小鼠脾脏对肝脏中巨噬细胞活化肝星状细胞作用的影响。方法 18只雄性C57BL/6小鼠随机分为3组,A、B组注射CCl4制备肝纤维化模型,C组注射玉米油作为正常对照组。4周后,A、B组分别行脾切除术(切脾组)或假手术(有脾组)。... 目的 研究肝纤维化小鼠脾脏对肝脏中巨噬细胞活化肝星状细胞作用的影响。方法 18只雄性C57BL/6小鼠随机分为3组,A、B组注射CCl4制备肝纤维化模型,C组注射玉米油作为正常对照组。4周后,A、B组分别行脾切除术(切脾组)或假手术(有脾组)。继续注射2周后取材3组小鼠肝脏,制备肝脏匀浆(L-Homo)并分离肝脏细胞。Luminex检测3组L-Homo中IL-1β、IL-13、TGF-β、TNF-α、PDGF-β、VEGF的表达;RT-qPCR与流式细胞术进一步观察如上因子在A、B组肝脏巨噬细胞(L-Mφ)及肝脏其他单个核细胞中的表达。利用A/B组L-Homo分别进行体外处理,以模拟脾脏存在与否时肝脏微环境对巨噬细胞的影响。收集接受不同L-Homo处理的巨噬细胞,一方面利用RT-qPCR比较其中细胞因子与谷氨酰胺合成/分解酶与谷氨酰胺转运蛋白的表达差异;另一方面与肝星状细胞JS1进行共培养,分析其对JS1存活与胞外基质表达的影响。组间比较使用Student’s t检验(两组间)或单因素方差分析(多组间)。结果 与正常对照组相比,IL-1β、IL-13、TGF-β与TNF-α的浓度在模型组L-Homo中显著升高,且在模型有脾组中显著高于切脾组;其中巨噬细胞是表达这些细胞因子的主要细胞类型群。相较于切脾组,有脾组L-Homo体外处理上调巨噬细胞中IL-1β、TGF-β、TNF-α等细胞因子以及谷氨酰胺酶的表达,并且促进巨噬细胞发挥活化肝星状细胞胞外基质分子表达的能力。结论 脾脏参与调控L-Mφ炎性因子表达,增强其活化肝星状细胞的能力。 展开更多
关键词 脾脏 肝脏巨噬细胞 炎性细胞因子 肝星状细胞 谷氨酰胺代谢
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NRP-1在胃癌组织及细胞系中的表达及临床意义 被引量：9
6
作者 张立 张迪 +5 位作者 周培华 王孝珑 王炜 陈南征 李孝彬 孙学军 《西安交通大学学报（医学版）》 CAS CSCD 北大核心 2016年第1期82-86,共5页
目的研究神经纤毛蛋白1(NRP-1)在胃癌组织的表达,探讨其与胃癌发生、发展及临床病理因素的关系及可能的临床意义。方法应用免疫组织化学染色检测180例胃癌患者的胃癌组织及癌旁组织标本NRP-1表达,用免疫印迹方法检测胃癌组织及不同分化... 目的研究神经纤毛蛋白1(NRP-1)在胃癌组织的表达,探讨其与胃癌发生、发展及临床病理因素的关系及可能的临床意义。方法应用免疫组织化学染色检测180例胃癌患者的胃癌组织及癌旁组织标本NRP-1表达,用免疫印迹方法检测胃癌组织及不同分化程度的胃癌细胞NRP-1表达,K-M生存曲线和多因素回归模型用于分析胃癌预后。结果胃癌组织中NRP-1表达水平明显高于癌旁组织(P<0.001),胃癌组织中NRP-1高表达与肿瘤分化程度、淋巴结转移、AJCC分期、T分期呈正相关(P<0.05)。多因素生存分析表明高表达NRP-1是胃癌患者总生存期的独立预后因子。结论过表达NRP-1可能在胃癌进展中发挥着重要作用,过表达NRP-1可作为生物标志物预测胃癌患者的不良预后。 展开更多
关键词 神经纤毛蛋白-1(NRP-1) 胃癌 免疫组织化学 免疫印迹 生存曲线 多因素回归模型
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Zuckerkandl结节在甲状腺手术中的解剖意义 被引量：8
7
作者 张迪 陆宏伟 +5 位作者 吉鸿 尚皓 张亚飞 王炜 孙学军 张立 《西安交通大学学报（医学版）》 CAS CSCD 北大核心 2016年第5期762-764,F0003,共4页
目的探讨Zuckerkandl结节(Zuckerkandl's tubercle,ZT)的解剖意义。方法对102例甲状腺腺叶手术切除患者(共145侧甲状腺)进行回顾性分析,观察ZT的有无、大小及其与喉返神经、上甲状旁腺的关系,所有患者均按照PELIZZO分度标准对ZT进... 目的探讨Zuckerkandl结节(Zuckerkandl's tubercle,ZT)的解剖意义。方法对102例甲状腺腺叶手术切除患者(共145侧甲状腺)进行回顾性分析,观察ZT的有无、大小及其与喉返神经、上甲状旁腺的关系,所有患者均按照PELIZZO分度标准对ZT进行分级,按YUN等报道的方法对RLN与ZT的位置关系进行分类。结果 ZT发生率为85.5%(与既往研究报道一致),0级以上数量与0级对比有明显差异;ZT的出现与术后声音嘶哑、SP是否显露具有相关性;ZT级别越高,A型数量越多;ZT级别越低,D型数量越多。结论 ZT可以作为喉返神经和上甲状旁腺的定位与解剖标志,以避免术中损伤喉返神经和上甲状旁腺。 展开更多
关键词 Zuckerkandl结节 喉返神经 上甲状旁腺 解剖标志
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3-MA通过抑制自噬反应提高结肠癌5-FU的化疗效果 被引量：4
8
作者 侯妮 刘娜 +1 位作者 韩佳 李杰 《西安交通大学学报（医学版）》 CAS CSCD 北大核心 2016年第1期49-53,共5页
目的探索新的联合化疗方案以提高5-FU为基础的结肠癌化疗效果。方法研究5-FU(7.5μmol/L)、3-MA(5mmol/L)以及两种药物联合使用对人结肠癌细胞株HCT116的自噬及凋亡影响。MTT、Hoechst+PI染色检测细胞生长及凋亡,MDC染色观察细胞内自噬... 目的探索新的联合化疗方案以提高5-FU为基础的结肠癌化疗效果。方法研究5-FU(7.5μmol/L)、3-MA(5mmol/L)以及两种药物联合使用对人结肠癌细胞株HCT116的自噬及凋亡影响。MTT、Hoechst+PI染色检测细胞生长及凋亡,MDC染色观察细胞内自噬反应,Western blotting观察细胞内的凋亡及自噬相关蛋白改变。将HCT116细胞注射至裸鼠皮下建立在体肿瘤模型并进行治疗,观察肿瘤生长情况。结果MTT检测结果显示HCT116在5-FU作用下细胞生长受到抑制,Hoechst+PI染色显示5-FU联合3-MA组凋亡数量较5-FU组明显增加;Western blotting检测5-FU联合3-MA组的凋亡蛋白Caspase-3、PARP表达较5-FU组明显增高。同时,MDC染色以及自噬特异性蛋白LC3II检测发现在5-FU作用下自噬反应升高,而通过3-MA抑制5-FU引起的细胞自噬反应,细胞生长抑制率从5-FU单独作用的(51.64±4.04)%提高至(79.89±1.35)%,凋亡增加超过100%。皮下注射HCT116细胞的裸鼠肿瘤模型,5-FU联合3-MA组较单独使用5-FU组有效抑制肿瘤生长,肿瘤体积及质量均明显减少。结论 3-MA可抑制5-FU处理引起的细胞自噬反应,促进细胞凋亡,HCT116细胞生长抑制率明显增加;为提高5-FU为基础的结肠癌化疗提供新思路。 展开更多
关键词 结直肠癌 5-FU 3-MA 凋亡 自噬 化疗 Caspase-3 PARP LC3
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高硬度微环境通过提高隧道纳米管稳定性促进胰腺癌进展的机制研究 被引量：1
9
作者 于硕 曹罡 徐峰 《医用生物力学》 CAS CSCD 北大核心 2021年第S01期436-436,共1页
目的胰腺癌微环境硬度高协助肿瘤细胞间物质交换促进胰腺癌进展胰腺癌中存在大量隧道纳米管TNT结构TNT参与了细胞间物质交换。推测,高硬度环境增强TNT的稳定性,提高细胞间物质传输效率。本项目拟探讨肿瘤微环境硬度对TNT稳定性的影响,... 目的胰腺癌微环境硬度高协助肿瘤细胞间物质交换促进胰腺癌进展胰腺癌中存在大量隧道纳米管TNT结构TNT参与了细胞间物质交换。推测,高硬度环境增强TNT的稳定性,提高细胞间物质传输效率。本项目拟探讨肿瘤微环境硬度对TNT稳定性的影响,寻找潜在干预方法。方法检测胰腺癌瘤体硬度和TNT的相关性。 展开更多
关键词 肿瘤微环境 物质交换 胰腺癌 隧道纳米管 TNT 干预方法 稳定性 高硬度
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