目的应用高通量蛋白质组学及生物信息学技术分析肺鳞癌表达蛋白质谱,筛选肺癌标志蛋白质,为肺鳞癌发病机制、早期诊断及治疗提供有价值的线索。方法 6例手术后新鲜肺鳞癌组织,通过激光捕获显微切割(laser capture microdissection,LCM)...目的应用高通量蛋白质组学及生物信息学技术分析肺鳞癌表达蛋白质谱,筛选肺癌标志蛋白质,为肺鳞癌发病机制、早期诊断及治疗提供有价值的线索。方法 6例手术后新鲜肺鳞癌组织,通过激光捕获显微切割(laser capture microdissection,LCM)分离纯化肿瘤细胞并提取可溶性总蛋白;多维液相色谱-离子阱串联质谱技术(也称鸟枪法蛋白质组学,shot gun proteomics)对蛋白质进行分离、鉴定;进一步通过生物信息学工具预测肺鳞癌细胞表达蛋白质的理化性质、分子功能、生物通路及蛋白质相互作用,并筛选潜在的标志蛋白。结果 LCM共收集了60个帽(cap)的感兴趣细胞,平均每个LCM cap捕获感兴趣细胞数约12000个,其同质性大于95%。可溶性总蛋白经多维液相色谱-离子阱串联质谱共鉴定出860个非冗余蛋白质。蛋白质的理化性质包括分子量、等电点、平均疏水性、跨膜结构域、亚细胞定位、转录后修饰和组织分布等经过在线生物信息学工具分析,并通过统计图直观显示;蛋白质生物学功能基于Gene Ontologyc(GO)软件和Kyoto encyclopedia of genes and genomes(KEGG)生物学通路分析,根据其注解,筛选出3个有价值的蛋白质,即分裂素活化蛋白激酶(mitogen-activated protein kinase,MAPK)、粘联素A1(annexin A1,ANXA1)、高移动组蛋白B1(high mobility group protein B1,HMGPB1)可以作为肺鳞癌候选的标志蛋白。结论鸟枪法蛋白质组学可大规模分离、鉴定肿瘤细胞表达蛋白质,基于生物信息学筛选的标志蛋白质可能成为肺癌诊断和治疗的分子靶点。展开更多
目的评价酶联免疫吸附(ELISA)法检测血清胃泌素释放前体肽(Pro-GRP)诊断小细胞肺癌(SCLC)的价值。方法检索PubMed、Cochrane、ISI Web of Knowledge等数据库,检索时间为1990～2009年发表的文献,收集关于ELISA法检测血清Pro-GRP诊断SCLC...目的评价酶联免疫吸附(ELISA)法检测血清胃泌素释放前体肽(Pro-GRP)诊断小细胞肺癌(SCLC)的价值。方法检索PubMed、Cochrane、ISI Web of Knowledge等数据库,检索时间为1990～2009年发表的文献,收集关于ELISA法检测血清Pro-GRP诊断SCLC的相关文献并进行信息统计、科学性评估及质量分级;采用Meta-Disc1.4软件进行数据分析;通过汇总敏感度、特异度、汇总似然比及汇总受试者工作特征曲线(SROC曲线)等统计指标综合评价ELISA法检测血清Pro-GRP对SCLC的早期诊断价值。结果共纳入11篇文献,其中英文文献6篇,中文文献5篇,样本量为3 554例,其中经病理学确诊的SCLC为1 122例,NSCLC为2 432例。异质性检验显示纳入研究齐性好,通过确定模型的汇总计算得出汇总敏感度为0.75(0.73,0.78),汇总特异度为0.93(0.92,0.94),汇总阳性似然比11.44,汇总阴性似然比0.27,SROC曲线下面积为0.93。结论 Pro-GRP在早期诊断SCLC中具有一定的参考价值,可作为较重要的参考指标之一。展开更多
文摘目的应用高通量蛋白质组学及生物信息学技术分析肺鳞癌表达蛋白质谱,筛选肺癌标志蛋白质,为肺鳞癌发病机制、早期诊断及治疗提供有价值的线索。方法 6例手术后新鲜肺鳞癌组织,通过激光捕获显微切割(laser capture microdissection,LCM)分离纯化肿瘤细胞并提取可溶性总蛋白;多维液相色谱-离子阱串联质谱技术(也称鸟枪法蛋白质组学,shot gun proteomics)对蛋白质进行分离、鉴定;进一步通过生物信息学工具预测肺鳞癌细胞表达蛋白质的理化性质、分子功能、生物通路及蛋白质相互作用,并筛选潜在的标志蛋白。结果 LCM共收集了60个帽(cap)的感兴趣细胞,平均每个LCM cap捕获感兴趣细胞数约12000个,其同质性大于95%。可溶性总蛋白经多维液相色谱-离子阱串联质谱共鉴定出860个非冗余蛋白质。蛋白质的理化性质包括分子量、等电点、平均疏水性、跨膜结构域、亚细胞定位、转录后修饰和组织分布等经过在线生物信息学工具分析,并通过统计图直观显示;蛋白质生物学功能基于Gene Ontologyc(GO)软件和Kyoto encyclopedia of genes and genomes(KEGG)生物学通路分析,根据其注解,筛选出3个有价值的蛋白质,即分裂素活化蛋白激酶(mitogen-activated protein kinase,MAPK)、粘联素A1(annexin A1,ANXA1)、高移动组蛋白B1(high mobility group protein B1,HMGPB1)可以作为肺鳞癌候选的标志蛋白。结论鸟枪法蛋白质组学可大规模分离、鉴定肿瘤细胞表达蛋白质,基于生物信息学筛选的标志蛋白质可能成为肺癌诊断和治疗的分子靶点。
文摘目的评价酶联免疫吸附(ELISA)法检测血清胃泌素释放前体肽(Pro-GRP)诊断小细胞肺癌(SCLC)的价值。方法检索PubMed、Cochrane、ISI Web of Knowledge等数据库,检索时间为1990～2009年发表的文献,收集关于ELISA法检测血清Pro-GRP诊断SCLC的相关文献并进行信息统计、科学性评估及质量分级;采用Meta-Disc1.4软件进行数据分析;通过汇总敏感度、特异度、汇总似然比及汇总受试者工作特征曲线(SROC曲线)等统计指标综合评价ELISA法检测血清Pro-GRP对SCLC的早期诊断价值。结果共纳入11篇文献,其中英文文献6篇,中文文献5篇,样本量为3 554例,其中经病理学确诊的SCLC为1 122例,NSCLC为2 432例。异质性检验显示纳入研究齐性好,通过确定模型的汇总计算得出汇总敏感度为0.75(0.73,0.78),汇总特异度为0.93(0.92,0.94),汇总阳性似然比11.44,汇总阴性似然比0.27,SROC曲线下面积为0.93。结论 Pro-GRP在早期诊断SCLC中具有一定的参考价值,可作为较重要的参考指标之一。
