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大鼠软骨生成过程表达的小分子RNA生物信息学分析
1
作者
邵世滨
闵自信
+4 位作者
郭源旭
王权成
孙梦瑶
韩燕
孙健
《西安交通大学学报（医学版）》
CAS
CSCD
北大核心
2015年第4期462-466,共5页
目的：分析大鼠软骨形成过程中小分子 RNA（sRNA）表达谱变化及其基因功能,探讨软骨细胞增殖与分化的机制。方法取新生、断乳、性成熟3个时间节点的雌性 SD 大鼠股骨头软骨构建 sRNA 文库,Solexa 测序平台鉴定软骨组织全部 sRNA 序列表...
目的：分析大鼠软骨形成过程中小分子 RNA（sRNA）表达谱变化及其基因功能,探讨软骨细胞增殖与分化的机制。方法取新生、断乳、性成熟3个时间节点的雌性 SD 大鼠股骨头软骨构建 sRNA 文库,Solexa 测序平台鉴定软骨组织全部 sRNA 序列表达,所得的全部清洁序列与 SD 大鼠基因组信息比对,并做生物信息学分析。结果3个文库筛选出与基因组序列完全匹配序列,分别对应着217921条（41.23%）、196650条（38.74%）、245436条（41.54%）unique sRNA 序列。长度为20~24 nt 的 sRNA 占比：d 0为71.94%、d 21为72.85%、d 42为86.39%；其中,长度为22 nt的 sRNA 约占清洁序列的一半。文库序列分布特征,符合高质量 sRNA 文库的特征。超过总数62%的清洁序列来自于成熟 miRNA 序列,但在3个文库中的占比却仅仅只有0.69%、0.78%和0.63%。约60%的unique sRNA 序列无法与 miRBase 20.0和 Rfam9.1匹配。结论3个 sRNA 文库的 miRNA 这种分布模式,可能暗示着有功能不同或者来源各异的 miRNA,参与了对骨骼发育和骨形成关键阶段软骨细胞增殖与分化的调控。
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关键词
SRNA
生物信息学
软骨生成
大鼠
Solexa测序
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职称材料
microRNA-181b调控精神分裂症易感基因EGR3的分子机制
被引量：
1
2
作者
张蕊
张天布
+3 位作者
范怡伦
张钰洋
杨雪文
马捷
《西安交通大学学报（医学版）》
CAS
CSCD
北大核心
2017年第5期669-673,共5页
目的用分子生物学的方法来检测microRNA-181b对EGR3基因的靶向调控作用,为后续microRNA-181b在精神分裂症(schizophrenia)中的分子功能研究指明方向。方法运用生物信息学软件预测到精神分裂症易感基因EGR3是microRNA-181b的潜在靶基因,...
目的用分子生物学的方法来检测microRNA-181b对EGR3基因的靶向调控作用,为后续microRNA-181b在精神分裂症(schizophrenia)中的分子功能研究指明方向。方法运用生物信息学软件预测到精神分裂症易感基因EGR3是microRNA-181b的潜在靶基因,随后采用PCR方法扩增EGR3基因3'UTR包含与microRNA-181b种子序列相结合的片段,再将该片段连接入pmirGLO质粒载体,用双酶切和测序的方法进行鉴定,与UCSC网站上EGR3序列相同的阳性重组质粒载体记为pmirGLO-EGR3。最后将该重组体与microRNA-181b阴性对照(NC)和模拟物(mimics)分为五组转染HEK293T细胞系,进行双荧光素酶报告基因活性测定。结果双酶切和测序结果表明EGR3 3'UTR成功构建入pmirGLO载体中。荧光显微镜下观察发现细胞转染实验成功,在大约90%的细胞中可检测到荧光信号。双荧光素酶报告基因活性检测结果表明,microRNA-181bmimics与NC相比,显著性降低了报告基因的活性。结论在细胞水平证明了精神分裂症易感基因EGR3是microRNA-181b的靶基因,对后续microRNA-181b的功能研究,以及其在精神分裂症中的分子作用机制研究提供了新的线索。
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关键词
精神分裂症
microRNA-181b
EGR3
3'UTR
调控
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职称材料
题名
大鼠软骨生成过程表达的小分子RNA生物信息学分析
1
作者
邵世滨
闵自信
郭源旭
王权成
孙梦瑶
韩燕
孙健
机构
西安交通大学医学部生物化学与分子生物学系
山东
医学
高等专科学校
生物
化学
教研室
出处
《西安交通大学学报（医学版）》
CAS
CSCD
北大核心
2015年第4期462-466,共5页
基金
国家自然科学基金资助项目(No.81371986)
中国博士后基金(No.2014T70928
+1 种基金
No.2013M530427)
中央高校基本科研业务费专项交叉面上专项(No.xjj2015073)~~
文摘
目的：分析大鼠软骨形成过程中小分子 RNA（sRNA）表达谱变化及其基因功能,探讨软骨细胞增殖与分化的机制。方法取新生、断乳、性成熟3个时间节点的雌性 SD 大鼠股骨头软骨构建 sRNA 文库,Solexa 测序平台鉴定软骨组织全部 sRNA 序列表达,所得的全部清洁序列与 SD 大鼠基因组信息比对,并做生物信息学分析。结果3个文库筛选出与基因组序列完全匹配序列,分别对应着217921条（41.23%）、196650条（38.74%）、245436条（41.54%）unique sRNA 序列。长度为20~24 nt 的 sRNA 占比：d 0为71.94%、d 21为72.85%、d 42为86.39%；其中,长度为22 nt的 sRNA 约占清洁序列的一半。文库序列分布特征,符合高质量 sRNA 文库的特征。超过总数62%的清洁序列来自于成熟 miRNA 序列,但在3个文库中的占比却仅仅只有0.69%、0.78%和0.63%。约60%的unique sRNA 序列无法与 miRBase 20.0和 Rfam9.1匹配。结论3个 sRNA 文库的 miRNA 这种分布模式,可能暗示着有功能不同或者来源各异的 miRNA,参与了对骨骼发育和骨形成关键阶段软骨细胞增殖与分化的调控。
关键词
SRNA
生物信息学
软骨生成
大鼠
Solexa测序
Keywords
small RNA （sRNA）
bioinformatics
chondrogenesis
rat
Solexa sequencing
分类号
Q78 [生物学—分子生物学]
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职称材料
题名
microRNA-181b调控精神分裂症易感基因EGR3的分子机制
被引量：
1
2
作者
张蕊
张天布
范怡伦
张钰洋
杨雪文
马捷
机构
西安交通大学
医学
部
附属红会医院转化
医学
中心
西安交通大学
医学
部
附属陕西省人民医院精神科
西安交通大学医学部生物化学与分子生物学系
出处
《西安交通大学学报（医学版）》
CAS
CSCD
北大核心
2017年第5期669-673,共5页
基金
国家自然科学基金项目(No.31371298
81301151)
+1 种基金
国家级大学生创新性实验项目(No.GJ201610698087)
教育部新世纪优秀人才支持计划(No.NCET-13-0452)~~
文摘
目的用分子生物学的方法来检测microRNA-181b对EGR3基因的靶向调控作用,为后续microRNA-181b在精神分裂症(schizophrenia)中的分子功能研究指明方向。方法运用生物信息学软件预测到精神分裂症易感基因EGR3是microRNA-181b的潜在靶基因,随后采用PCR方法扩增EGR3基因3'UTR包含与microRNA-181b种子序列相结合的片段,再将该片段连接入pmirGLO质粒载体,用双酶切和测序的方法进行鉴定,与UCSC网站上EGR3序列相同的阳性重组质粒载体记为pmirGLO-EGR3。最后将该重组体与microRNA-181b阴性对照(NC)和模拟物(mimics)分为五组转染HEK293T细胞系,进行双荧光素酶报告基因活性测定。结果双酶切和测序结果表明EGR3 3'UTR成功构建入pmirGLO载体中。荧光显微镜下观察发现细胞转染实验成功,在大约90%的细胞中可检测到荧光信号。双荧光素酶报告基因活性检测结果表明,microRNA-181bmimics与NC相比,显著性降低了报告基因的活性。结论在细胞水平证明了精神分裂症易感基因EGR3是microRNA-181b的靶基因,对后续microRNA-181b的功能研究,以及其在精神分裂症中的分子作用机制研究提供了新的线索。
关键词
精神分裂症
microRNA-181b
EGR3
3'UTR
调控
Keywords
schizophrenia
microRNA-181b
EGR3
3＇UTR
regulation
分类号
R749.3 [医药卫生—神经病学与精神病学]
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职称材料
题名
作者
出处
发文年
被引量
操作
1
大鼠软骨生成过程表达的小分子RNA生物信息学分析
邵世滨
闵自信
郭源旭
王权成
孙梦瑶
韩燕
孙健
《西安交通大学学报（医学版）》
CAS
CSCD
北大核心
2015
0
在线阅读
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职称材料
2
microRNA-181b调控精神分裂症易感基因EGR3的分子机制
张蕊
张天布
范怡伦
张钰洋
杨雪文
马捷
《西安交通大学学报（医学版）》
CAS
CSCD
北大核心
2017
1
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职称材料
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