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西藏牦牛mtDNA-Cytb及ZFY基因遗传多样性与系统进化分析 被引量：5
1
作者 季文博 王会 +3 位作者 柴志欣 王吉坤 信金伟 钟金城 《家畜生态学报》 北大核心 2019年第11期12-17,共6页
为进一步了解西藏牦牛的遗传多样性及系统进化关系,通过对申扎、斯布、类乌齐和帕里4个西藏牦牛类群的mtDNA-Cytb基因及ZFY基因部分序列进行克隆及序列分析。结果表明:(1)西藏牦牛Cytb基因全长1140 bp,共发现SNP位点13个,核苷酸多样性(... 为进一步了解西藏牦牛的遗传多样性及系统进化关系,通过对申扎、斯布、类乌齐和帕里4个西藏牦牛类群的mtDNA-Cytb基因及ZFY基因部分序列进行克隆及序列分析。结果表明:(1)西藏牦牛Cytb基因全长1140 bp,共发现SNP位点13个,核苷酸多样性(Pi)为0.00315,Tajima's D值为0.41410(P>0.10),共检出7种单倍型,单倍型多样性(Hd)为0.709;(2)ZFY基因第11外显子长596 bp,筛查出SNP位点22个,Tajima's D值为0.78287(P>0.10),发现3种单倍型,核苷酸多样性和单倍型多样性分别为0.001066和0.2976;(3)聚类分析及核苷酸同源性分析显示,西藏牦牛与家牦牛的核苷酸同源性最高,与美洲野牛及欧洲野牛的核苷酸同源性次之,与水牛及非洲水牛的核苷酸同源性最低。研究结果表明,西藏牦牛遗传多样性较丰富,进一步支持将西藏牦牛及家牦牛划为牛亚科中独立牦牛属的观点,及牦牛的原始祖先来自于亚欧大陆东北部的观点。 展开更多
关键词 西藏牦牛 CYTB ZFY 系统进化 遗传多样性
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牦牛和犏牛睾丸组织差异表达CDC25A基因的克隆分析
2
作者 李雨谦 敬科民 +5 位作者 张鹏 田园 董文静 张明 钟金城 蔡欣 《西南农业学报》 CSCD 北大核心 2024年第10期2312-2320,共9页
[目的]探究CDC25A基因在牦牛、犏牛睾丸组织和生精细胞中的表达差异及基因序列的异同。[方法]选取牦牛、犏牛为试验动物,通过实时荧光定量PCR技术分别检测CDC25A基因在牦牛、犏牛睾丸组织和生精细胞中的表达量,以牦牛、犏牛睾丸组织cDN... [目的]探究CDC25A基因在牦牛、犏牛睾丸组织和生精细胞中的表达差异及基因序列的异同。[方法]选取牦牛、犏牛为试验动物,通过实时荧光定量PCR技术分别检测CDC25A基因在牦牛、犏牛睾丸组织和生精细胞中的表达量,以牦牛、犏牛睾丸组织cDNA为模板,利用RT-PCR方法扩增克隆该基因,并通过生物信息学工具分析两者结构和功能的异同。[结果]经免疫荧光鉴定,生殖细胞标志蛋白(DDX4)在牦牛、犏牛悬浮细胞中有阳性表达,表示该细胞群为生殖细胞。CDC25A在犏牛睾丸组织和生精细胞中的表达量均极显著低于牦牛(P<0.01);RT-PCR克隆分别获得牦牛、犏牛CDC25A基因序列1749和1744 bp,其中CDS区均为1434 bp,均编码477个氨基酸;采用邻接法构建的系统进化树结果表明,牦牛、犏牛CDC25A基因与野牦牛亲缘关系最近。CDC25A蛋白含有负电荷残基(Asp+Clu)总电荷为73,正电荷残基(Arg+Lys)总电荷为66,无跨膜结构,无信号肽结构,且均属于不稳定的亲水性胞外蛋白。亚细胞定位结果显示,其主要分布于细胞核。[结论]CDC25A基因在牦牛、犏牛睾丸组织和生精细胞中的表达量具有极显著差异,但基因序列和结构差异与母本牦牛基本一致,说明精子发生阻滞并非基因突变导致,而是与CDC25A表达量降低有关。该结论可为后续研究CDC25A参与犏牛生精细胞增殖机制提供参考,也为研究犏牛雄性不育提供新思路。 展开更多
关键词 牦牛 犏牛 CDC25A基因 生精细胞 雄性不育
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牦牛与犏牛睾丸支持细胞分离培养及生物学特性比较分析 被引量：5
3
作者 陈雪梅 易川平 +4 位作者 罗辉 张鹏 王明秀 蔡欣 钟金城 《畜牧兽医学报》 CAS CSCD 北大核心 2021年第6期1603-1615,共13页
旨在建立牦牛与犏牛睾丸支持细胞分离培养及鉴定方案,比较两种牛睾丸支持细胞的生物学特性。本研究分别采集24月龄的3头健康公牦牛与3头F1代公犏牛睾丸组织作为2个样品组,其中每组3个生物学重复,分别通过混合酶消化、差速贴壁和饥饿处... 旨在建立牦牛与犏牛睾丸支持细胞分离培养及鉴定方案,比较两种牛睾丸支持细胞的生物学特性。本研究分别采集24月龄的3头健康公牦牛与3头F1代公犏牛睾丸组织作为2个样品组,其中每组3个生物学重复,分别通过混合酶消化、差速贴壁和饥饿处理分离得到两种牛的睾丸支持细胞,采用DMEM高糖及DMEM/F12培养基培养睾丸支持细胞,筛选更佳的培养体系。采用碱性磷酸酶染色、油红O染色和免疫荧光染色鉴定细胞表型特征,利用CCK8和RT-qPCR法分别检测细胞的增殖活性和标志功能基因的表达,进一步通过不同浓度丝裂霉素C处理两类支持细胞来评价两牛种支持细胞的耐受性及其作为饲养层细胞的潜能。结果,经形态、特殊染色及标志基因表达鉴定,成功分离到牦牛与犏牛睾丸支持细胞,建立了牦牛与犏牛睾丸支持细胞体外长期培养方案。发现DMEM高糖培养基更适用于睾丸支持细胞的增殖,两牛种支持细胞形态相似、轮廓清晰、呈现多边形或长梭形,牦牛睾丸支持细胞的体外增殖速率及活性远高于犏牛。调节精原细胞增殖分化相关基因(胶质细胞源性神经营养因子(glial cell line derived neurotrophic factor,GDNF)和转化生长因子β1基因(transforming growth factor-β1,TGF-β1))的表达在犏牛支持细胞中分别下调了3.4与2.9倍(P<0.05),基质细胞源性因子12基因(stromal cell-derived factor 12,CXCL 12)的表达在犏牛上调了3.6倍(P<0.05);调节睾丸发育的SRY-盒包含蛋白9基因(sex determining region Y-box9,SOX 9)和睾丸支持细胞特异表达的Wilm肿瘤基因1(Wilms tumor gene1,WT 1)在犏牛支持细胞中的表达分别下调了25.9(P<0.01)与38.7倍(P<0.01)。与牦牛相比,犏牛睾丸支持细胞对于丝裂霉素C具有较差的耐受性,表现为细胞核质分界不清、胞质空泡化严重和悬浮死细胞增多。本研究成功建立了牦牛与犏牛睾丸支持细胞分离纯化与体外培养方案;与牦牛相比,犏牛睾丸支持细胞在增殖活性和睾丸生精细胞分化关键功能基因表达等方面均存在缺陷,这可能也是导致犏牛雄性不育的原因之一。 展开更多
关键词 牦牛 犏牛 睾丸支持细胞 体外培养
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FGFs/FGFRs及其介导信号通路基因的异常表达影响犏牛未分化精原细胞增殖活性 被引量：2
4
作者 张鹏 王明秀 +7 位作者 敬科民 彭巍 田园 李雨谦 付长其 舒适 钟金城 蔡欣 《畜牧兽医学报》 CAS CSCD 北大核心 2023年第7期2886-2897,共12页
旨在研究FGFs(fibroblast growth factors)/FGFRs(fibroblast growth factor receptors)及其介导的Ras和MAPK信号通路基因在牦牛和犏牛未分化精原细胞的差异表达,以探讨犏牛生精停滞的原因。本研究采集健康的24月龄3头公麦洼牦牛和3头F... 旨在研究FGFs(fibroblast growth factors)/FGFRs(fibroblast growth factor receptors)及其介导的Ras和MAPK信号通路基因在牦牛和犏牛未分化精原细胞的差异表达,以探讨犏牛生精停滞的原因。本研究采集健康的24月龄3头公麦洼牦牛和3头F1代公犏牛的睾丸组织,分为牦牛和犏牛两个样品组,每组3个生物学重复。采用HE染色检测牦牛和犏牛精子发生的差异;采用细胞群体倍增时间、CCK-8和EDU染色检测牦牛和犏牛未分化精原细胞增殖能力的差异;采用荧光定量PCR检测6种FGF家族成员、3种FGFR、FGFs/FGFRs介导的Ras和MAPK信号通路基因在牦牛和犏牛未分化精原细胞中的差异表达。与牦牛相比,犏牛生精小管发育异常,生殖细胞类型单一,未分化精原细胞增殖活性显著低于牦牛(P<0.05)。FGF2、FGF4、FGF5、FGF8、FGF9和FGF21在犏牛睾丸组织及FGFs受体FGFR1、FGFR2和FGFR3在犏牛未分化精原细胞的表达都显著低于牦牛(P<0.01)。FGFs/FGFRs介导Ras信号通路基因中,除HRas和ARaf以外,其余基因(Raf1、BRaf、MEK1和ERK)都是在犏牛未分化精原细胞中以更低的水平表达(P<0.01)。FGFs/FGFRs介导MAPK信号通路基因中,p38、MEKK3、MEKK6和ASK1也是在犏牛未分化精原细胞中低表达(P<0.01)。受Ras通路调控的与细胞增殖相关的基因中,只有SHISA6、ID4在犏牛未分化精原细胞中高表达(P<0.01),其余基因(TAF4B、Etv4、GFRα1和Ret)都是在牦牛未分化精原细胞中表达量高(P<0.01)。受Ras和MAPK通路共同调控的与细胞增殖相关的基因中,ETV5和BCL6B都是在牦牛未分化精原细胞中高表达(P<0.01)。受Ras通路调控的与细胞分化相关的基因中,除PIWIL4外,SOX3、NGN3和Stra8都在牦牛未分化精原细胞中高表达(P<0.01)。因此FGFs/FGFRs及其介导的Ras和MAPK通路基因在犏牛未分化精原细胞中的异常表达,降低了未分化精原细胞增殖活性,导致了犏牛没有足够数量的未分化精原细胞进入分化阶段。这可能是犏牛生精停滞的重要原因之一。 展开更多
关键词 成纤维细胞生长因子 未分化精原细胞 信号通路 细胞增殖 犏牛 牦牛
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牦牛肌钙蛋白Ⅰ基因家族的克隆及组织表达分析 被引量：5
5
作者 向娅 柴志欣 +6 位作者 王吉坤 信金伟 王会 王嘉博 武志娟 钟金城 姬秋梅 《华北农学报》 CSCD 北大核心 2020年第2期228-238,共11页
为了克隆TNNI基因家族,预测其蛋白结构和功能,并分析其在牦牛不同组织中的表达差异,以0.5岁健康的类乌齐牦牛为试验材料,采用RT-PCR技术克隆牦牛肌钙蛋白Ⅰ基因家族的CDS区序列并进行生物信息学分析,利用实时荧光定量PCR技术检测TNNI基... 为了克隆TNNI基因家族,预测其蛋白结构和功能,并分析其在牦牛不同组织中的表达差异,以0.5岁健康的类乌齐牦牛为试验材料,采用RT-PCR技术克隆牦牛肌钙蛋白Ⅰ基因家族的CDS区序列并进行生物信息学分析,利用实时荧光定量PCR技术检测TNNI基因家族各成员的mRNA表达水平。结果表明,TNNI1、TNNI2和TNNI3基因CDS区大小分别为564,549,639 bp,分别编码187,182,212个氨基酸残基。预测分析结果显示:TNNI基因家族编码的蛋白质均为偏碱性蛋白,蛋白结构不稳定,均无跨膜结构域,无信号肽,属非分泌型蛋白;二、三级结构均以α-螺旋为主,均含有肌蛋白超家族保守结构域。系统进化树分析表明:类乌齐牦牛TNNI1基因与水牛的亲缘关系最近,其次是绵羊、黄牛,与小鼠亲缘关系最远;TNNI2和TNNI3均与黄牛、水牛的亲缘关系较近,与其他亲缘关系较远。实时荧光定量PCR结果显示,TNNI1和TNNI2基因在臀肌中的相对表达量最高,且TNNI1基因在心脏、肝脏和肺脏中的表达量显著高于TNNI2基因(P<0.05),TNNI3基因在心脏中表达量较高,而在肺脏、臀肌和肝脏中表达量低。 展开更多
关键词 牦牛 肌钙蛋白Ⅰ基因家族 克隆 组织表达
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牦牛lncFAM200B的克隆鉴定、表达及生物信息学分析 被引量：6
6
作者 赵丽玲 王会 +6 位作者 柴志欣 王吉坤 王嘉博 武志娟 信金伟 钟金城 姬秋梅 《华北农学报》 CSCD 北大核心 2020年第5期220-230,共11页
旨在克隆鉴定牦牛lncFAM200B,为探索其在牦牛肌肉和脂肪发育过程中的调控作用奠定基础。以臀肌cDNA为模板,设计特异性引物扩增lncFAM200B全长序列,用在线软件CPC、CPAT对该lncRNA的编码能力进行预测,进一步通过原核表达试验鉴定其编码能... 旨在克隆鉴定牦牛lncFAM200B,为探索其在牦牛肌肉和脂肪发育过程中的调控作用奠定基础。以臀肌cDNA为模板,设计特异性引物扩增lncFAM200B全长序列,用在线软件CPC、CPAT对该lncRNA的编码能力进行预测,进一步通过原核表达试验鉴定其编码能力;采用实时荧光定量PCR(RT-qPCR)对lncFAM200B进行组织表达分析,通过TargetScan 7.1和miRanda预测与lncFAM200B具有潜在相互作用miRNA的靶基因,利用DAVID在线软件对靶基因进行GO和KEGG分析。结果显示,牦牛lncFAM200B长度为531 bp;相较于普通牛多59 bp,编码潜能为-1.2874,且原核表达试验验证该lncRNA不具备蛋白编码能力,表明牦牛lncFAM200B确为lncRNA;组织表达谱研究表明,lncFAM200B在牦牛肺脏组织中表达量较高。与lncFAM200B具有潜在相互作用miRNA的靶基因,如Sirt1、SCD5、KLF9、PTEN和MYPN等,与肌肉和脂肪发育相关。为进一步探讨牦牛lncFAM200B在肌肉和脂肪发育中的生物学功能提供参考依据。 展开更多
关键词 牦牛 lncFAM200B 克隆 组织表达 肌肉发育
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牦牛MDHⅠ基因多态性及其与生长性状的关联分析 被引量：6
7
作者 陈露露 王会 +3 位作者 柴志欣 钟金城 王吉坤 陈智华 《中国畜牧兽医》 CAS 北大核心 2019年第9期2658-2664,共7页
本研究旨在探讨牦牛细胞质苹果酸脱氢酶(cytoplasmic malate dehydrogenase,MDHⅠ)基因的遗传多态性及其与生长性状的关联性,以期为牦牛优良性状选育提供参考依据。选取5个牦牛类群(共178头),采集耳组织样提取DNA并构建DNA池,对MDHⅠ基... 本研究旨在探讨牦牛细胞质苹果酸脱氢酶(cytoplasmic malate dehydrogenase,MDHⅠ)基因的遗传多态性及其与生长性状的关联性,以期为牦牛优良性状选育提供参考依据。选取5个牦牛类群(共178头),采集耳组织样提取DNA并构建DNA池,对MDHⅠ基因所有外显子设计特异性引物进行扩增测序,用Mega 5.2筛查SNPs位点,直接测序法鉴定其基因型,利用PopGene 32进行χ^2独立性检测、基因纯合度(Ho)、基因杂合度(He)、有效等位基因频率(Ne)和多态信息含量(PIC)分析,利用SPSS 24.0分析MDHⅠ基因与牦牛生长性状间的关联性。结果表明,申扎牦牛、类乌齐牦牛、斯布牦牛、帕里牦牛和麦洼牦牛均在外显子8区域发现1个突变位点(G23093C),属同义突变,有3种基因型:GC、CC和GG,5个牦牛类群中,GC基因型为优势基因型(类乌齐牦牛中GG为优势基因型),G为优势等位基因(斯布牦牛除外),在斯布牦牛中,G和C基因频率相等。χ2适应性检验表明,申扎牦牛、类乌齐牦牛、斯布牦牛、帕里牦牛和麦洼牦牛均符合Hardy-Weinberg平衡(P>0.05)。MDHⅠ基因在申扎牦牛、帕里牦牛和斯布牦牛中属于高度多态(PIC>0.5),在麦洼牦牛和类乌齐牦牛中属于中度多态(0.25<PIC<0.5);纯合度最高的是申扎牦牛和类乌齐牦牛。关联性分析结果表明,MDHⅠ基因不同基因型对类乌齐牦牛、帕里牦牛和麦洼牦牛体重有显著性影响(P<0.05);且种间分析发现,MDHⅠ基因不同基因型对牦牛体重有显著性影响(P<0.05),说明该基因可作为人工选育的分子标记。 展开更多
关键词 牦牛 MDHⅠ基因 多态性 生长性状 关联分析
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类乌齐牦牛全基因组RNA编辑位点预测及剖析 被引量：1
8
作者 王嘉博 舒涛 +6 位作者 柴志欣 王吉坤 王会 武志娟 唐友 钟金城 姬秋梅 《畜牧兽医学报》 CAS CSCD 北大核心 2021年第1期88-97,共10页
为揭示牦牛不同组织间受RNA编辑导致转录产物发生的差异变化,进而为牦牛的组织分化、系统遗传调控等研究提供候选基因。本研究以3头4.5岁类乌齐母牦牛的大脑、小脑、臀部脂肪以及肌肉组织作为试验材料,通过Illumina 4000测序平台对各组... 为揭示牦牛不同组织间受RNA编辑导致转录产物发生的差异变化,进而为牦牛的组织分化、系统遗传调控等研究提供候选基因。本研究以3头4.5岁类乌齐母牦牛的大脑、小脑、臀部脂肪以及肌肉组织作为试验材料,通过Illumina 4000测序平台对各组织表达产物进行扫描,利用SPRINT和JACUSA筛选差异的RNA编辑位点,分析RNA编辑位点的分类、注释以及变异风险评估等。结果发现了总计24 784个RNA编辑位点,其中在4个组织中均发现存在编辑事件的有4 015个位点;4个组织中的RNA编辑位点主要以A-G和T-C编辑类型为主;发现其中一个高风险编辑位点位于SON基因中,使该基因的翻译提前终止,这将导致该组织一些特定位点的RNA与DNA结合出现问题。本研究预测并分析了类乌齐牦牛大、小脑和臀部肌肉、脂肪组织中RNA编辑差异位点的类型和分布,为进一步研究牦牛组织分化和生长发育中重要的调控基因提供了新的参考。 展开更多
关键词 类乌齐牦牛 RNA编辑位点 SPRINT JACUSA
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牛circMYH8的鉴定及其调控牛肌原代细胞增殖的功能探究
9
作者 岳炳霖 杨友抓拉母 +9 位作者 冉宏标 王会 蔡欣 王嘉博 柴志欣 彭巍 舒适 付长其 王国文 钟金城 《华北农学报》 CSCD 北大核心 2023年第4期197-204,共8页
旨在鉴定牛circMYH8以及探究其对牛肌原代细胞增殖的调控作用。设计合成circMYH8的divergent primer及convergent primer 2组引物,分别以牛背最长肌cDNA、RNase R处理的牛背最长肌cDNA以及牛背最长肌gDNA为模板进行PCR扩增,通过测序及... 旨在鉴定牛circMYH8以及探究其对牛肌原代细胞增殖的调控作用。设计合成circMYH8的divergent primer及convergent primer 2组引物,分别以牛背最长肌cDNA、RNase R处理的牛背最长肌cDNA以及牛背最长肌gDNA为模板进行PCR扩增,通过测序及琼脂糖凝胶电泳进行环状RNA鉴定;对circMYH8进行不同发育时期骨骼肌RT-qPCR分析、核质分离试验以及RNase R耐受性试验;构建及合成circMYH8的过表达载体及干扰片段,并转染至牛肌原代细胞中,通过RT-qPCR、Western Blot、EdU、流式细胞术等手段探究了circMYH8对牛肌原代细胞增殖表型的影响。结果表明,测序及琼脂糖凝胶电泳证实circMYH8为环状RNA;RT-qPCR分析显示,circMYH8在牛骨骼肌发育早期高表达,核质分离试验结果显示,circMYH8在细胞核和细胞质中都有表达,RNase R耐受性试验表明,circMYH8的稳定性高于其线性转录物;过表达circMYH8抑制了增殖标志基因的表达,EdU活性降低,而抑制circMYH8促进了增殖标志基因的表达,EdU活性上升,S期细胞比例上升。结果表明,牛circMYH8能显著抑制牛肌原代细胞增殖。 展开更多
关键词 牛circMYH8 骨骼肌 细胞增殖
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