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三江黄牛mtDNA D-Loop区遗传多样性及系统进化 被引量:16
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作者 汪琦 钟金城 +6 位作者 柴志欣 李键 陈智华 何世明 吴锦波 蹇尚林 冉强 《西北农业学报》 CAS CSCD 北大核心 2016年第9期1269-1278,共10页
根据普通牛线粒体DNA序列设计引物,扩增获得三江黄牛线粒体D-loop区全序列,并以绵羊为外属对牛亚科代表性品种(类群)(九龙牦牛、野牦牛、瘤牛、欧洲野牛、中国水牛、亚洲水牛、德国普通牛、秦川牛、南阳牛、晋南牛、蒙古牛、平武牛... 根据普通牛线粒体DNA序列设计引物,扩增获得三江黄牛线粒体D-loop区全序列,并以绵羊为外属对牛亚科代表性品种(类群)(九龙牦牛、野牦牛、瘤牛、欧洲野牛、中国水牛、亚洲水牛、德国普通牛、秦川牛、南阳牛、晋南牛、蒙古牛、平武牛、川南牛、凉山牛、湘西牛和昭通牛)的mtDNA D-loop序列进行系统进化分析,以期了解三江黄牛的遗传多样性,分析三江黄牛数量急剧下降的原因并提出参考意见。结果表明,三江黄牛线粒体D-loop区序列长909-911bp,T、C、A、G碱基的平均含量分别为29.08%、24.49%、32.72%和13.71%;三江黄牛共有16种单倍型,平均单倍型多样性(Hd)为0.875 7,平均核苷酸多样性(Pi)为0.022 92,遗传多样性较为丰富;三江黄牛与已知牛品种(类群)mtDNA D-loop序列比对结果表明,与凉山牛差异最小(0.11%),与欧洲野牛差异最大(32.63%);系统进化分析显示三江黄牛是中国众多黄牛类群中的一支,与秦川牛、平武牛亲缘关系较近,推测其是由普通牛和瘤牛共同进化而来。 展开更多
关键词 三江黄牛 D-LOOP区 牛亚科 系统发育
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攀西地区黑山羊mtDNA D-loop区遗传多态性研究 被引量:7
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作者 姜雪鸥 杨鹰 +3 位作者 万洁 韦雷飞 钟金城 李娜 《东北农业大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2013年第9期23-29,共7页
对攀西地区9个黑山羊类群线粒体mtDNA D-loop区序列多态性及系统进化进行探讨。结果表明:群体间共有多态位点178个,单一多态位点47个,简约信息位点131个,平均核苷酸歧义度为0.03500,有53种单倍型,说明遗传多样性丰富;而通过构建黑山羊... 对攀西地区9个黑山羊类群线粒体mtDNA D-loop区序列多态性及系统进化进行探讨。结果表明:群体间共有多态位点178个,单一多态位点47个,简约信息位点131个,平均核苷酸歧义度为0.03500,有53种单倍型,说明遗传多样性丰富;而通过构建黑山羊系统树可以看出,9个类群黑山羊明显分为3支系,即支系A~C。进而揭示黑山羊是多母系起源。 展开更多
关键词 黑山羊 线粒体DNA D-LOOP 多态性
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中甸牦牛mtDNA D-Loop区遗传多样性及系统进化分析 被引量:16
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作者 涂世英 汪琦 +1 位作者 柴志欣 钟金城 《中国草食动物科学》 CAS 2016年第3期5-10,共6页
根据牦牛线粒体DNA序列设计引物,扩增获得了中甸牦牛线粒体D-loop区全序列,并以山羊为外属对牛亚科部分牛种(野牦牛、九龙牦牛、麦洼牦牛、西藏牦牛、天祝牦牛、青海牦牛、大通牦牛、美洲野牛、欧洲野牛、印度野牛、亚洲水牛和普通牛)... 根据牦牛线粒体DNA序列设计引物,扩增获得了中甸牦牛线粒体D-loop区全序列,并以山羊为外属对牛亚科部分牛种(野牦牛、九龙牦牛、麦洼牦牛、西藏牦牛、天祝牦牛、青海牦牛、大通牦牛、美洲野牛、欧洲野牛、印度野牛、亚洲水牛和普通牛)的mt DNA D-loop序列进行了系统进化分析,以期了解中甸牦牛的遗传多样性,从而为中甸牦牛遗传资源的保护、开发和利用奠定理论基础。结果表明:(1)中甸牦牛线粒体D-loop区序列长在890~910 bp之间,T、C、A、G四种碱基的平均含量分别为28.78%、24.41%、32.34%和14.47%,存在一定的碱基组成偏倚性;(2)中甸牦牛共有13种单倍型,平均单倍型多样性(Hd)为0.983 3,平均核苷酸多样性(Pi)为0.005 34,遗传多样性较为丰富;(3)中甸牦牛与已知牛种mt DNA D-loop区序列双参数距离显示,其与麦洼牦牛距离最小(0.006),与亚洲水牛距离最大(0.179);(4)系统进化分析显示,中甸牦牛是我国众多家牦牛类群中的一支,与麦洼牦牛聚为一类,推测其可能与麦洼牦牛因地理位置存在基因交流,由共同祖先进化而来。 展开更多
关键词 中甸牦牛 D-LOOP区 牛亚科 系统发育
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5个黑山羊品种(群体)微卫星标记的遗传多样性研究 被引量:6
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作者 武志娟 陈明华 +4 位作者 万洁 韦雷飞 钟金城 李娜 姜雪鸥 《中国畜牧兽医》 CAS 北大核心 2013年第6期146-152,共7页
利用14个微卫星标记分析了攀枝花地方黑山羊、建昌黑山羊、云岭黑山羊、金堂黑山羊、乐至黑山羊5个品种(群体)的遗传多样性及亲缘关系。结果显示,14个微卫星座位多态信息含量(PIC)在0.5129~0.7646之间,均为高度多态位点;5个黑山羊品种... 利用14个微卫星标记分析了攀枝花地方黑山羊、建昌黑山羊、云岭黑山羊、金堂黑山羊、乐至黑山羊5个品种(群体)的遗传多样性及亲缘关系。结果显示,14个微卫星座位多态信息含量(PIC)在0.5129~0.7646之间,均为高度多态位点;5个黑山羊品种(群体)的平均多态信息含量(PIC)为0.6405~0.6856,平均杂合度(H)在0.6985~0.7371之间,说明遗传多样性丰富;群体间平均遗传分化系数(Fst)为0.0296,说明群体间的变异仅为2.96%,群体间存在基因交流;攀枝花黑山羊和金堂黑山羊2个群体之间的Nei氏遗传距离最大(D=0.1286),金堂黑山羊和乐至黑山羊之间的遗传距离最小(D=0.0365);NJ聚类图中,攀枝花黑山羊、建昌黑山羊和云岭黑山羊聚为一类,金堂黑山羊和乐至黑山羊聚为一类,聚类结果与群体的地理分布较为一致。 展开更多
关键词 黑山羊 微卫星 遗传多样性
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牦牛和犏牛促卵泡素受体基因5′-侧翼区序列多态性研究 被引量:3
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作者 陈生梅 罗虹 +4 位作者 牛建章 马玉红 柴志欣 马志杰 钟金城 《中国畜牧兽医》 CAS 北大核心 2015年第4期980-985,共6页
本研究旨在分析牦牛和犏牛促卵泡素受体(follicle-stimulating hormone receptor,FSHR)基因的多态性,为从遗传角度上解决其繁殖产仔率低的问题提供参考,为筛选繁殖性状分子标记奠定理论基础。研究采用PCRSSCP和直接测序技术,对麦洼牦牛... 本研究旨在分析牦牛和犏牛促卵泡素受体(follicle-stimulating hormone receptor,FSHR)基因的多态性,为从遗传角度上解决其繁殖产仔率低的问题提供参考,为筛选繁殖性状分子标记奠定理论基础。研究采用PCRSSCP和直接测序技术,对麦洼牦牛、九龙牦牛、大通牦牛和犏牛共110头个体的FSHR基因5′-侧翼区进行遗传多态性分析,统计基因频率和基因型频率,进行Hardy-Weinberg平衡性检测,计算纯合度、杂合度、多态信息含量和有效等位基因数等遗传多态性指标。结果表明,麦洼牦牛、大通牦牛和九龙牦牛FSHR基因5′-侧翼区核苷酸序列具有多态性,犏牛无多态性;麦洼牦牛存在AA、AB和BB 3种基因型,九龙牦牛和大通牦牛均存在AA、AB 2种基因型,AB基因型在3个牦牛品种中占绝对优势,等位基因A为优势等位基因;麦洼牦牛、九龙牦牛和大通牦牛的多态信息含量分别为0.3693、0.3565、0.3705,均达到了中度多态(0.25<PIC<0.5),表明各牦牛品种遗传变异较大。 展开更多
关键词 牦牛 犏牛 FSHR基因 PCR—SSCP
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西藏牦牛IGF2基因内含子8遗传多态性及其遗传效应分析 被引量:4
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作者 汪琦 柴志欣 钟金城 《西南农业学报》 CSCD 北大核心 2016年第8期1998-2003,共6页
以胰岛素样生长因子2(IGF2)基因内含子8作为影响西藏牦牛生长性状的候选基因,研究并分析其与生长性状的相关性,以期利用分子标记辅助选择等育种措施为我国西藏高山牦牛进行种质资源保种选育提供理论根据。本研究采用PCR产物直接测序法... 以胰岛素样生长因子2(IGF2)基因内含子8作为影响西藏牦牛生长性状的候选基因,研究并分析其与生长性状的相关性,以期利用分子标记辅助选择等育种措施为我国西藏高山牦牛进行种质资源保种选育提供理论根据。本研究采用PCR产物直接测序法对帕里牦牛、申扎牦牛、斯布牦牛和类乌齐牦牛4个品种(类群)共151个样本的胰岛素生长因子2(IGF2)基因内含子8部分序列进行了单核苷酸多态性研究,并分析候选基因不同基因型与体重、体高、体斜长、胸围和管围等生长性状的相关性。结果表明:①西藏牦牛IGF2基因内含子8部分序列长度为412 bp,在帕里牦牛和申扎牦牛中发现AA、AB、BB 3种基因型,与AA型相比,BB型在307位发生G→C转换,335位发生A→G突变;②对标记基因型生长发育指标(体高、体斜长、胸围、管围、体重)进行差异显著性检验,帕里牦牛BB基因型个体的体重显著高于AB、AA基因型个体(P<0.05),申扎牦牛BB基因型个体的体重极显著高于AA基因型个体(P<0.01),显著高于AB基因型个体,而在斯布牦牛和类乌齐牦牛中未发现有BB基因型个体。③4个牦牛品种(类群)的BB与AB、AA基因型个体在体高、体斜长、胸围和管围性状上差异不显著;④适合性检验表明3种基因型在西藏牦牛群体中均处于Hardy-Weinberg平衡状态。由此可得,IGF2基因可能在不依靠骨骼增长的条件下而增加体重量,可作为辅助选择来标记体重量的候选基因。 展开更多
关键词 西藏牦牛 胰岛素样生长因子2(IGF2) 多态性
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中甸牦牛mtDNA ND6和COⅢ基因遗传多样性及系统进化分析 被引量:3
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作者 向超 钟金城 +1 位作者 陈智华 柴志欣 《家畜生态学报》 北大核心 2017年第7期9-15,共7页
为了解中甸牦牛的遗传多样性,使其遗传资源能够得到合理开发利用,本研究对中甸牦牛15个个体mtDNA ND6基因和COⅢ基因全序列进行测定,使用MEGA5.0、DNASP5.0、Clustal X1.83等软件分析了核苷酸多样性、单倍型多样性等遗传多样性指标。结... 为了解中甸牦牛的遗传多样性,使其遗传资源能够得到合理开发利用,本研究对中甸牦牛15个个体mtDNA ND6基因和COⅢ基因全序列进行测定,使用MEGA5.0、DNASP5.0、Clustal X1.83等软件分析了核苷酸多样性、单倍型多样性等遗传多样性指标。结果表明:(1)中甸牦牛ND6基因全序列长528bp,4种核苷酸T、A、G、C的平均含量为20.8%、42.2%、7.6%、29.4%,存在一定的碱基组成偏倚性;COⅢ基因全序列长度为781bp,4种核苷酸T、A、G、C的平均比例为29.2%、26.1%、15.2%、29.5%。(2)在15个中甸牦牛个体的ND6基因序列中均未发现单倍型及变异位点,表明中甸牦牛mtDNA ND6基因的遗传多样性较为贫乏;在COⅢ基因序列中发现了3个单倍型,4个变异位点,其中2个转换,2个颠换。(3)在构建的系统进化树中,中甸牦牛首先与麦洼牦牛等家牦牛聚为一类,说明其属于家牦牛,其次与野牦牛聚为一类,说明中甸牦牛与野牦牛亲缘关系较近;由遗传距离分析可知,中甸牦牛与野牦牛距离最小,与亚洲水牛距离最大。此结果进一步支持了将牦牛和野牦牛划分为牛亚科牦牛属的观点。 展开更多
关键词 中甸牦牛 ND6基因 COⅢ基因 系统进化 遗传多样性
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牦牛分子育种研究进展 被引量:5
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作者 宋乔乔 柴志欣 钟金城 《江苏农业科学》 北大核心 2013年第10期5-9,共5页
系统阐述了开展牦牛分子育种的必要性、研究内容与特点,牦牛生长发育、繁殖、肉质、泌乳、抗病、毛色等性状的相关候选功能基因的研究进展,以及DNA分子多态性及其与生产性状的相关性,分析了牦牛分子育种研究和应用中存在的问题,提出了... 系统阐述了开展牦牛分子育种的必要性、研究内容与特点,牦牛生长发育、繁殖、肉质、泌乳、抗病、毛色等性状的相关候选功能基因的研究进展,以及DNA分子多态性及其与生产性状的相关性,分析了牦牛分子育种研究和应用中存在的问题,提出了今后开展牦牛分子育种的思路。 展开更多
关键词 牦牛 分子育种 分子遗传标记
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牦牛TGF-β2基因片段的克隆测序及系统进化分析 被引量:6
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作者 唐懿挺 钟金城 《生物技术通报》 CAS CSCD 北大核心 2010年第4期125-127,共3页
克隆测序了牦牛的TGF-β2基因,并进行了Blastn比较分析。结果表明,牦牛TGF-β2基因片段长为559bp,与普通牛、人、黑猩猩、小鼠的相应片段的同源性分别达98%、95%、94%、93%。在5′端调控区域没有类似TATA盒元件,推测TGF-β2基因在脾脏... 克隆测序了牦牛的TGF-β2基因,并进行了Blastn比较分析。结果表明,牦牛TGF-β2基因片段长为559bp,与普通牛、人、黑猩猩、小鼠的相应片段的同源性分别达98%、95%、94%、93%。在5′端调控区域没有类似TATA盒元件,推测TGF-β2基因在脾脏、肾脏组织细胞中表达量不是很高。由于TGF-β对细胞的生长、分化和免疫功能都有重要的调节作用,牦牛TGF-β2基因研究对高原畜牧业发展提供了科学资料。 展开更多
关键词 牦牛 TGF-β2基因 系统进化
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中甸牦牛mtDNA Cytb基因遗传多样性及系统进化分析 被引量:11
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作者 涂世英 宋娜娜 +1 位作者 柴志欣 钟金城 《中国畜牧兽医》 CAS 北大核心 2016年第10期2680-2687,共8页
为从分子水平上探究中甸牦牛的遗传多样性和起源进化关系,本研究通过测定和分析中甸牦牛15个个体细胞色素b基因(Cytb)全序列,分析多态性及构建系统进化树。结果表明,中甸牦牛Cytb基因全序列长度为1 140bp,T、A、G和C含量分别为26.3%、31... 为从分子水平上探究中甸牦牛的遗传多样性和起源进化关系,本研究通过测定和分析中甸牦牛15个个体细胞色素b基因(Cytb)全序列,分析多态性及构建系统进化树。结果表明,中甸牦牛Cytb基因全序列长度为1 140bp,T、A、G和C含量分别为26.3%、31.8%、13.1%和28.8%;在15个个体中鉴定出3种单倍型,3个变异位点,其中2个转换、1个颠换,单倍型多样性(Hd)为0.2571,核苷酸多样性(Pi)为0.00035。系统进化树中,中甸牦牛首先与野牦牛聚为一类,之后与美洲野牛聚为一类,说明中甸牦牛与野牦牛和美洲野牛的亲缘关系较近、遗传相似性高,而与其他牛属的遗传相似性相对较低。遗传距离分析结果发现,中甸牦牛和野牦牛的遗传距离最近,结合分子生物学、古生物学等学科知识进一步支持了牦牛和野牦牛划为牛亚科牦牛属的观点。 展开更多
关键词 中甸牦牛 细胞色素B基因 系统进化 遗传多样性
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miR-383在牦牛、犏牛睾丸组织中的差异表达及功能预测 被引量:2
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作者 廖珂 柴志欣 +1 位作者 张思源 钟金城 《中国畜牧兽医》 CAS 北大核心 2016年第2期319-325,共7页
本研究旨在分析miR-383成熟体在雄性牦牛和犏牛F1代睾丸组织中的差异表达,以了解其在精子形成中的重要作用。以发育成熟的牦牛和犏牛睾丸组织为材料,利用实时荧光定量PCR方法检测miR-383成熟体在牦牛及犏牛睾丸组织中的差异表达情况;利... 本研究旨在分析miR-383成熟体在雄性牦牛和犏牛F1代睾丸组织中的差异表达,以了解其在精子形成中的重要作用。以发育成熟的牦牛和犏牛睾丸组织为材料,利用实时荧光定量PCR方法检测miR-383成熟体在牦牛及犏牛睾丸组织中的差异表达情况;利用TargetScan和miRanda数据库获得miR-383的靶基因集合,通过David和Gene Ontology在线软件分析miR-383靶基因的生物学功能。实时荧光定量PCR结果显示miR-383成熟体在牦牛和犏牛F1代睾丸组织中表达显著差异(P<0.05),在牦牛睾丸组织中表达量较高,靶基因预测共获得131个靶基因,GO分析及KEGG信号通路分析得到miR-383靶基因功能,这些靶基因参与了细胞增殖、凋亡、核酸合成调控等过程。结合miR-383成熟体的表达差异和靶基因功能预测结果,miR-383可能参与生殖细胞的分化及精子形成调控,为miR-383在犏牛生殖细胞中的功能与调控机制研究提供了理论依据。 展开更多
关键词 牦牛 犏牛 miR-383 精子发生 雄性不育 生物信息学分析
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西藏牦牛NGB基因克隆及生物信息学分析 被引量:2
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作者 郭琳 钟金城 +1 位作者 柴志欣 陈智华 《江苏农业科学》 北大核心 2015年第11期26-30,共5页
为探讨脑红蛋白(NGB)在西藏牦牛高原低氧适应机制中的作用,利用分子克隆技术获得了西藏牦牛NGB基因序列,并采用生物信息学方法对该基因及其编码蛋白质的理化性质、疏水性、二级结构等进行了预测分析。结果发现,NGB基因全长为2 993 bp,编... 为探讨脑红蛋白(NGB)在西藏牦牛高原低氧适应机制中的作用,利用分子克隆技术获得了西藏牦牛NGB基因序列,并采用生物信息学方法对该基因及其编码蛋白质的理化性质、疏水性、二级结构等进行了预测分析。结果发现,NGB基因全长为2 993 bp,编码125个氨基酸;其编码蛋白属于亲水性蛋白,二级结构主要以α螺旋为主。系统进化树分析表明,西藏牦牛NGB与野牦牛、牛、绵羊等物种的遗传距离较近,具有高度同源性。 展开更多
关键词 西藏牦牛 NGB基因 克隆 生物信息学分析
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PRL基因的遗传多态性及其物种间的系统进化 被引量:1
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作者 王安会 钟金城 马力 《中国草食动物》 2010年第2期10-13,共4页
运用生物信息学理论和方法探讨了PRL基因在物种间的平均核苷酸差异度、核苷酸差异数目(K)、净遗传距离(Da);用MEGA软件进行聚类分析。结果表明:在小鼠、大鼠、猫、白化猕猴、普通牛、山羊、野猪、人、斑马鱼、鸡等10个物种间PRL基因发... 运用生物信息学理论和方法探讨了PRL基因在物种间的平均核苷酸差异度、核苷酸差异数目(K)、净遗传距离(Da);用MEGA软件进行聚类分析。结果表明:在小鼠、大鼠、猫、白化猕猴、普通牛、山羊、野猪、人、斑马鱼、鸡等10个物种间PRL基因发生了较大的变异,进化速率较快,物种间的遗传多态性丰富。经遗传距离和聚类分析,野猪与猫聚为一类,山羊与普通牛聚为一类,然后这两类聚成一大类后与人和白化猕猴的一类相聚,再依次与小鼠、大鼠的一类和鸡相聚在一起;这些物种与斑马鱼的亲缘关系相对较远,系统树总体分为两支,斑马鱼为独立的一支,小鼠、大鼠、猫、白化猕猴、普通牛、山羊、野猪、人、鸡为另一独立的大分支;这同古生物学、形态学、生化遗传学、细胞遗传学和其他DNA分子水平上的分类结果基本一致,表明PRL基因适合于哺乳动物种间系统进化关系和分类研究。这些结果为人们进一步认识PRL基因的特性、作用机理、物种演化和分类以及改良哺乳动物的产乳和繁殖性能提供了理论依据。 展开更多
关键词 PRL基因 遗传多态性 系统进化
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piRNA的生物学功能及研究进展 被引量:3
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作者 胡丹 钟金城 柴志欣 《甘肃畜牧兽医》 2017年第10期35-39,共5页
piRNA(PIWI-interacting RNA)是一类可在生殖细胞中大量表达,并与PIWI蛋白相互作用的非编码小RNA(non-coding RNA,ncRNA),通过沉默转座元件和调控编码mRNA维持动物基因组稳定,在生殖细胞发育分化过程中发挥重要作用同时,piRNA的异常表... piRNA(PIWI-interacting RNA)是一类可在生殖细胞中大量表达,并与PIWI蛋白相互作用的非编码小RNA(non-coding RNA,ncRNA),通过沉默转座元件和调控编码mRNA维持动物基因组稳定,在生殖细胞发育分化过程中发挥重要作用同时,piRNA的异常表达与肿瘤的关系密切。本文对piRNAs的发生通路、调控方式、生物学功能及其在癌症中的研究进展进行论述,为精准医疗的发展及动物杂交后代雄性不育的研究提供新的视角。 展开更多
关键词 PIRNA 非编码小RNA 调控通路
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麦洼牦牛GH、GHR、GHSR基因的SNPs检测及其与体尺性状的关联分析 被引量:22
15
作者 海汀 柴志欣 钟金城 《畜牧兽医学报》 CAS CSCD 北大核心 2017年第4期605-617,共13页
旨在探讨生长激素(Growth hormone,GH)、生长激素受体(Growth hormone receptor,GHR)、生长激素促分泌素受体(Growth hormone secretagogue receptor,GHSR)基因在麦洼牦牛中的遗传多样性,揭示不同基因型与其生长性状的关联性,同时为候... 旨在探讨生长激素(Growth hormone,GH)、生长激素受体(Growth hormone receptor,GHR)、生长激素促分泌素受体(Growth hormone secretagogue receptor,GHSR)基因在麦洼牦牛中的遗传多样性,揭示不同基因型与其生长性状的关联性,同时为候选基因在牦牛中的表达调控提供理论依据,寻找可用于遗传育种辅助选择的分子标记。本试验采用DNA池技术,结合PCR-RFLP和直接测序法研究麦洼牦牛GH、GHR、GHSR基因的遗传多态性,分析候选基因多态位点与体高、体斜长、胸围、管围和体重等生长性状的关联性。结果表明:1)麦洼牦牛GH、GHR、GHSR基因均存在多态性,其中GH基因存在A757G和T949C2个SNPs位点,GHR基因发现T2416C、T3490C和A7500G3个突变位点;GHSR基因存在T1387C和T3006C突变;2)适合性检验表明,GHR基因A7500G位点在粉嘴类群,及GHSR基因T3006C位点在纯黑类群中偏离Hardy-Weinberg平衡状态,其他位点均符合Hardy-Weinberg平衡;3)差异显著性检验表明,GHR基因T2416C、T3490C和A7500G位点与麦洼牦牛管围极显著相关(P<0.01),GHSR基因T1387C位点与其体重显著相关(P<0.05)。麦洼牦牛GH、GHR、GHSR基因均存在遗传多态性,推断GHR基因T2416C、T3490C和A7500G位点、GHSR基因T1387C位点可能是影响麦洼牦牛管围、体重性状的主基因或与主基因相连锁的基因座,可作为辅助选择的遗传标记。 展开更多
关键词 麦洼牦牛 GH基因 GHR基因 GHSR基因 多态性 相关分析
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牦牛mtDNA编码蛋白质的基因密码子偏好性研究及聚类分析 被引量:12
16
作者 徐利娟 钟金城 +4 位作者 杨万远 马志杰 穆松 姬秋梅 张成福 《西北农业学报》 CAS CSCD 北大核心 2010年第6期13-17,共5页
对牦牛线粒体DNA(mtDNA)编码蛋白质的基因序列进行分析,探讨基因序列密码子的使用模式和特性,并根据基因序列和密码子的偏好性对牦牛与其他物种间的进化关系进行聚类分析。结果表明,牦牛mtDNA编码蛋白质的基因偏爱使用碱基A以及以A结尾... 对牦牛线粒体DNA(mtDNA)编码蛋白质的基因序列进行分析,探讨基因序列密码子的使用模式和特性,并根据基因序列和密码子的偏好性对牦牛与其他物种间的进化关系进行聚类分析。结果表明,牦牛mtDNA编码蛋白质的基因偏爱使用碱基A以及以A结尾的密码子,UUC、UAC、CAC、CAA等28个密码子为牦牛mtDNA编码蛋白质基因的偏好性密码子。家牦牛与野牦牛亲缘关系最近,首先聚为一类,然后依次与其他牛、山羊、绵羊等物种相聚。 展开更多
关键词 牦牛 MTDNA 密码子偏好性 聚类分析
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长链非编码RNA的功能与疾病 被引量:21
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作者 武志娟 钟金城 《中国生物化学与分子生物学报》 CAS CSCD 北大核心 2012年第3期203-210,共8页
长链非编码RNAs(long noncoding RNAs,lncRNAs)是一类长度大于200 nt且不表现出任何蛋白质编码潜能的RNAs,在总非编码RNAs(ncRNA)中占有相当大的比例.对lncRNAs的研究将有助于理解生命体多层次的表达调控网络,并有望为复杂疾病的预测、... 长链非编码RNAs(long noncoding RNAs,lncRNAs)是一类长度大于200 nt且不表现出任何蛋白质编码潜能的RNAs,在总非编码RNAs(ncRNA)中占有相当大的比例.对lncRNAs的研究将有助于理解生命体多层次的表达调控网络,并有望为复杂疾病的预测、诊断、和治疗提供新的分子依据.本文在简要介绍lncRNAs的基础上,综合分析了lncRNAs与表观遗传、基因表达调控和疾病发生的关系,以期为进一步的研究提供参考. 展开更多
关键词 长链非编码RNAs(lncRNAs) 基因表达调控 疾病
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麦洼牦牛SRY基因克隆及序列分析 被引量:5
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作者 刘仲娜 钟金城 +3 位作者 柴志欣 马志杰 曾贤彬 宋乔乔 《中国畜牧兽医》 CAS 北大核心 2013年第12期5-11,共7页
SRY是Y染色体上具体决定生物雄性性别的基因片段,是多数哺乳动物性别决定基因之一。本试验采用克隆测序SRY基因并结合生物信息学对其序列进行分析,利用软件Codon W分析麦洼牦牛、普通牛、绵羊、山羊、猪、小鼠、鸡和人该基因编码区的密... SRY是Y染色体上具体决定生物雄性性别的基因片段,是多数哺乳动物性别决定基因之一。本试验采用克隆测序SRY基因并结合生物信息学对其序列进行分析,利用软件Codon W分析麦洼牦牛、普通牛、绵羊、山羊、猪、小鼠、鸡和人该基因编码区的密码子偏好性。克隆测序得到SRY基因序列含1个690bp的开放阅读框,共编码229个氨基酸;其编码区核苷酸序列与普通牛、绵羊、山羊、猪、小鼠、鸡、人相应序列间的一致性分别为99.9%、93.9%、91.2%、76.5%、43.3%、21.4%、69.1%。经聚类分析,麦洼牦牛首先与普通牛聚在一起,绵羊与山羊聚为一类,这两类相聚后再依次与猪、人、小鼠相聚,最后与鸡聚为一类,其结果与以往的生物学分类结果一致。该基因编码的蛋白质分子式为C1155H1827N351O348S11,相对分子质量为2655.0,理论等电点PI为9.55,亲水性平均数为-0.855。其密码子偏好性分析显示,T3s为0.2905、C3s为0.3240、A3s为0.3728、G3s为0.2963,第3位碱基中出现G和C占第3位碱基总量的48%,同义密码子数为61。上述数据表明麦洼牦牛SRY基因编码序列与普通牛、绵羊、山羊、猪、人具有较高的一致性,在物种进化过程中较为保守。该基因对含A的密码子有较高的偏爱性,尽量避开以G结尾的密码子,且其所编码的蛋白质为亲水性蛋白。 展开更多
关键词 麦洼牦牛 SRY基因 聚类分析 密码子偏好性
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牦牛、普通牛及其杂种犏牛HSFY2、DAZAP2基因表达的研究 被引量:2
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作者 柴志欣 王侠 +3 位作者 姬秋梅 张成福 信金伟 钟金城 《西南农业学报》 CSCD 北大核心 2014年第3期1278-1283,共6页
牦牛与普通牛的种间杂种犏牛雄性不育机理一直是畜牧科学研究的热点之一。本研究利用实时荧光定量PCR技术对牦牛、普通牛及其杂种犏牛的HSFY2、DAZAP2基因进行表达差异分析。结果表明:HSFY2基因在牦牛和普通牛中的表达量极显著地高于犏... 牦牛与普通牛的种间杂种犏牛雄性不育机理一直是畜牧科学研究的热点之一。本研究利用实时荧光定量PCR技术对牦牛、普通牛及其杂种犏牛的HSFY2、DAZAP2基因进行表达差异分析。结果表明:HSFY2基因在牦牛和普通牛中的表达量极显著地高于犏牛(P<0.01);DAZAP2基因在牦牛中的表达量极显著地高于犏牛和普通牛(P<0.01),但在普通牛和犏牛之间无显著差异(P>0.05)。作者认为牦牛、普通牛和犏牛的睾丸组织中这些基因表达的差异是导致犏牛雄性不育的原因之一,值得进一步深入研究和探讨。 展开更多
关键词 牦牛 犏牛雄性不育 HSFY2基因 DAZAP2基因
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野牦牛mtDNA Cytb基因全序列测定及系统进化关系 被引量:12
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作者 杨万远 陈雪梅 +4 位作者 钟金城 陈生梅 郭承恩 孟丽 武甫德 《中国草食动物》 2009年第3期8-13,共6页
为从分子水平探究牦牛的分类地位和遗传多样性,试验测定了野牦牛细胞色素b基因全序列,并以绵羊为外群,构建野牦牛、家牦牛、大额牛、普通牛、瘤牛、水牛、非洲野牛、欧洲野牛、美洲野牛、非洲水牛等牛亚科种间系统进化树。结果表明:野... 为从分子水平探究牦牛的分类地位和遗传多样性,试验测定了野牦牛细胞色素b基因全序列,并以绵羊为外群,构建野牦牛、家牦牛、大额牛、普通牛、瘤牛、水牛、非洲野牛、欧洲野牛、美洲野牛、非洲水牛等牛亚科种间系统进化树。结果表明:野牦牛细胞色素b基因全序列长1 140bp,序列间共有13个SNP多态位点,核苷酸变异类型包括转换和颠换,无插入和缺失,表明野牦牛具有较丰富的遗传多样性。研究结果支持将牦牛划分为牛亚科中一个独立属(即牦牛属)的观点。 展开更多
关键词 野牦牛 线粒体DNA 细胞色素B 起源 进化
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