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云南省文山市大型真菌多样性分析及资源评价 被引量：2
1
作者 竺永金 潘启强 +6 位作者 陈健鑫 魏玉倩 胡亚萍 王乐 张颖 马焕成 伍建榕 《西南农业学报》 CSCD 北大核心 2022年第11期2497-2505,共9页
【目的】通过在文山市开展大型真菌资源调查,以期发掘该地区的重要经济价值菌类和了解当地新特有资源状况。【方法】采用随机调查法结合样地调查法对该区域8乡2镇大型真菌资源进行为期2年的调查,标本的鉴定主要采用传统形态学分类鉴定... 【目的】通过在文山市开展大型真菌资源调查,以期发掘该地区的重要经济价值菌类和了解当地新特有资源状况。【方法】采用随机调查法结合样地调查法对该区域8乡2镇大型真菌资源进行为期2年的调查,标本的鉴定主要采用传统形态学分类鉴定与分子生物学相结合,并通过传统的生物多样性统计方法对该地区内各样方的物种丰富度、多样性指数、均匀性指数进行了分析。【结果】该地区大型真菌共有116种,隶属于2门,4纲,11目,30科,71属。其中10种大型真菌为中国特有种。根据大型真菌资源利用价值分析结果表明,本次调查发现的大型真菌中有食用菌19种,药用菌20种,毒菌3种,木腐菌55种,部分种类具有良好的开发前景。物种累积曲线分析结果显示,本研究抽样充分。多样性分析结果显示,丰富度指数(R)变化趋势为P10>P9>P8>P1>P7>P4>P5>P2>P6>P2>P3;优势度指数(D)变化趋势为P9>P1>P7>P8>P3>P10>P2>P3>P4>P5;物种多样性指数(H′)变化趋势为P9>P7>P1>P8>P10>P6>P3>P4>P2>P5;均匀度指数(E)变化趋势为P9>P1>P8>P7>P6>P3>P2>P10>P4>P5。【结论】对文山市内的大型真菌进行了较为系统的调查,基本摸清了该地区大型真菌资源的本底状况信息。多样性分析结果显示该地区的大型真菌物种多样性丰度较高。本研究为该地区大型真菌资源的保护、开发利用及管理提供了科学依据,也丰富了云南省大型真菌已知物种的数据信息。 展开更多
关键词 分类 大型真菌 资源评价 多样性分析 文山市
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尖孢镰刀菌对秀丽隐杆线虫生物学特性及表达转录组的影响
2
作者 易杏盈 肖月 +3 位作者 张东华 刘丽 闫晓慧 伍建榕 《华南农业大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2024年第3期381-389,共9页
【目的】探讨尖孢镰刀菌Fusarium oxvsporum对秀丽隐杆线虫Caenorhabditis elegans生物学特征的影响,明确线虫响应尖孢镰刀菌侵染的关键通路。【方法】将尖孢镰刀菌活性孢子和灭活孢子分别与秀丽隐杆线虫共培养,测定C.elegans寿命、体... 【目的】探讨尖孢镰刀菌Fusarium oxvsporum对秀丽隐杆线虫Caenorhabditis elegans生物学特征的影响,明确线虫响应尖孢镰刀菌侵染的关键通路。【方法】将尖孢镰刀菌活性孢子和灭活孢子分别与秀丽隐杆线虫共培养,测定C.elegans寿命、体长、运动能力、繁殖力以及咽泵运动速率等基本生物学特征;进行全基因组测序,通过GO和KEGG分析明确线虫响应尖孢镰刀菌侵染的关键通路和生物学功能。【结果】尖孢镰刀菌活性分生孢子与线虫共培养可导致线虫寿命下降,虫体显著缩短,线虫繁殖力显著降低;但共培养并未对线虫的咽泵运动速率及运动能力产生明显影响。GO分析发现,差异表达基因富集在先天免疫反应和氧化还原酶活性等生物学功能方面;KEGG分析发现,差异表达基因富集在药物代谢−细胞色素P450、代谢外源性物质的细胞色素P450和脂肪酸代谢等通路。【结论】尖孢镰刀菌对秀丽隐杆线虫的基本生命活动有不利影响,这为深入探讨线虫响应尖孢镰刀菌的天然免疫机制及与植物免疫的相似性,从而寻找植物相关抗病基因奠定了基础。 展开更多
关键词 尖孢镰刀菌 秀丽隐杆线虫 生物学特征 天然免疫 转录组 致病机制
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油茶IDD基因家族鉴定与生物信息学分析
3
作者 陈健鑫 吴峰婧琳 +4 位作者 魏玉倩 杨娅琳 马焕成 杨红玉 伍建榕 《热带作物学报》 CSCD 北大核心 2024年第2期247-258,共12页
油茶(Camellia oleifera)是山茶科(Theaceae)的一种特有的油料植物,具有重要的观赏价值和经济价值,随着油茶的集约化种植,病虫害大量发生,加之良种选育滞后,严重制约着油茶产业的发展。INDETERMINATE DOMAIN(IDD)家族是高等植物中一类... 油茶(Camellia oleifera)是山茶科(Theaceae)的一种特有的油料植物,具有重要的观赏价值和经济价值,随着油茶的集约化种植,病虫害大量发生,加之良种选育滞后,严重制约着油茶产业的发展。INDETERMINATE DOMAIN(IDD)家族是高等植物中一类保守的转录因子,通过介导植物内源激素进而调控植物的基础免疫反应。为鉴定油茶中IDD基因家族成员,本研究以油茶全基因组信息为参考,通过IDD基因家族保守结构域鉴定了29个油茶CoIDD基因家族成员,进一步明确了各基因的结构、理化性质、系统进化关系、亚细胞定位。通过RT-PCR克隆到1个与AtIDD4/5/6同源的CoIDD4基因,明确了其理化性质、表达模式及核定位信号,同时分析了其启动区顺式作用元件的类型。研究结果表明,29个CoIDD基因家族成员分为4个亚组,平均亲水系数均小于0,属于亲水性蛋白,且亚细胞定位均位于细胞核内;克隆到CoIDD4基因的全长ORF框包含1620bp碱基,编码539个氨基酸,主要在叶片和花器官中表达;该基因启动子区顺式作用元件主要是参与光响应和植物激素响应元件两大种类。综上所述,本研究在油茶中鉴定了29个IDD基因家族成员,其中CoIDD4基因与AtIDD4/5/6亲缘关系较近,推测其可能参与油茶激素信号转导和基础免疫反应调节等进程,为油茶IDD转录因子功能解析提供理论基础,也为油茶的抗性优良品种选育及分子育种提供参考依据。 展开更多
关键词 油茶 IDD基因家族 生物信息学分析 植物激素 抗性调控
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地锦叶斑病菌鉴定及LAMP快速检测体系的建立
4
作者 黄成玉 陈健鑫 +3 位作者 郑星月 吴峰婧琳 马焕成 伍建榕 《华南农业大学学报》 北大核心 2025年第1期89-96,共8页
【目的】明确引起云南玉龙县地锦叶斑病的病原种类,并建立快速检测方法。【方法】采用组织分离法分离病原菌,并依据科赫氏法则确定地锦叶斑病病原,通过形态学特征及多基因联合构建系统发育树,明确病原菌的分类地位;以病原菌的Alt a1基... 【目的】明确引起云南玉龙县地锦叶斑病的病原种类,并建立快速检测方法。【方法】采用组织分离法分离病原菌,并依据科赫氏法则确定地锦叶斑病病原,通过形态学特征及多基因联合构建系统发育树,明确病原菌的分类地位;以病原菌的Alt a1基因序列为靶标设计特异性引物建立环介导等温扩增(Loop-mediated isothermal amplification,LAMP)检测方法。【结果】地锦叶斑病病原菌鉴定为链格孢菌Alternaria alternata。建立的LAMP反应体系可特异有效地检测出地锦叶斑病菌,该体系最佳反应温度为65℃、最佳反应时间为50 min、最低检测灵敏度为1 pg/μL。使用该体系对人工接种病原菌不同时间的地锦叶片进行链格孢LAMP检测,检出时间为接种12 h及以上。【结论】本研究可为地锦叶斑病的早期检测和科学防控提供理论依据。 展开更多
关键词 地锦 叶斑病 链格孢菌 病原鉴定 LAMP体系
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间作柿子树对苹果根际土壤微生物群落结构和功能的影响 被引量：3
5
作者 郑娇 刘娟娟 +2 位作者 张东华 伍建榕 刘丽 《西南农业学报》 CSCD 北大核心 2023年第12期2651-2661,共11页
【目的】揭示柿子树与苹果树间作体系下,苹果根际土壤的微生物群落结构和理化性质。【方法】以间作(I)和非间作(NI)的苹果根际土壤为材料,采用高通量测序技术,对苹果根际土壤微生物群落结构进行分析。【结果】间作柿子树增加了苹果根际... 【目的】揭示柿子树与苹果树间作体系下,苹果根际土壤的微生物群落结构和理化性质。【方法】以间作(I)和非间作(NI)的苹果根际土壤为材料,采用高通量测序技术,对苹果根际土壤微生物群落结构进行分析。【结果】间作柿子树增加了苹果根际土壤有机质(OM)、水解性氮(AN)、全磷(TP)含量,降低了土壤中有效钾(AK)含量。Alpha多样性分析表明,间作对苹果根际土壤细菌丰富度指数和多样性指数无显著影响,但显著降低了根际土壤真菌的Ace指数(P=0.03)。β多样性分析表明,间作和非间作土壤细菌和真菌群落结构都存在显著差异。LEfSe分析发现,间作显著增加苹果根际土壤中17个细菌属丰度,分别为Sporacetigenium、Tepidisphaera、Agromyces、Alkanindiges、Phycisphaera、假黄色单胞菌属(Pseudoxanthomonas)、Terrimonas、Pseudohaliea、Paenisporosarcina 9个已知属,8个未知属;显著降低4个细菌属丰度,分别为Sporichthya、Methylocystis、Devosia、Altererythrobacter。间作显著增加1个真菌属丰度,为Arthrographis;降低3个真菌属丰度,分别为柱孢属(Cylindrocarpon)、Metacordyceps、外瓶霉属(Exophiala)。Spearman相关性分析表明,根际细菌属Pseudomonas与有效磷(AP)、全磷(TP)呈显著正相关,真菌属Naganishia与有效磷(AP)呈显著正相关;真菌属Polyscytalum、Minimedusa与有效磷(AP)呈显著负相关。PICRUSt2结果显示,间作显著降低了根际细菌碳水化合物运输和代谢以及胞外结构两大类功能丰度;FUNGuild功能分析显示,间作显著降低了病原-腐生过渡型真菌在苹果根际土壤的丰度。【结论】苹果与柿子树间作可提高苹果根际土壤OM、AN、TP含量,显著增加根际有益微生物的相对丰度,减少病原真菌微生物的相对丰度,为探讨间作抗病机理提供数据参考。 展开更多
关键词 苹果间作柿子树 根际微生物 Illumina Miseq测序 群落结构 功能预测
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拟南芥C2H2型转录因子AtIDD5结构和功能的生物信息学分析 被引量：1
6
作者 徐晓东 张国斌 +6 位作者 李林倩 陈健鑫 于德嘉 董萍萍 殷伊君 郭丽红 杨红玉 《西南农业学报》 CSCD 北大核心 2023年第11期2319-2328,共10页
【目的】研究拟南芥C2H2型转录因子AtIDD5结构和功能的生物信息,分析其理化性质、组织表达模式、亚细胞定位、蛋白互作网络和启动子顺式作用元件,预测AtIDD5同源蛋白、参与响应元件以及AtIDD5调控与被调控基因,为进一步研究AtIDD5蛋白... 【目的】研究拟南芥C2H2型转录因子AtIDD5结构和功能的生物信息,分析其理化性质、组织表达模式、亚细胞定位、蛋白互作网络和启动子顺式作用元件,预测AtIDD5同源蛋白、参与响应元件以及AtIDD5调控与被调控基因,为进一步研究AtIDD5蛋白在植株生长发育中的作用机制提供线索。【方法】利用Uniprot、TMHMM2.0、MEGA7.0、STRING等软件对AtIDD5蛋白进行理性化性质推断、AtIDD5基因在植物组织中的表达模式预测、AtIDD5蛋白进行亚细胞定位分析、蛋白互相作用网络构建以及AtIDD5基因启动子顺式作用元件分析。【结果】AtIDD5基因的编码区(Coding sequence,CDS)全长1809 bp,编码602个氨基酸,其中丝氨酸占比最高,为17.5%。根据所含元素的数量推算其分子式为C1475 H2273 N469 O528 S12,不稳定指数为56.63,属于不稳定蛋白。AtIDD5蛋白含有4个锌指结构,属于典型的C2H2型转录因子。构建AtIDD5同源蛋白序列系统发育树,其中氨基酸序列相似度大于60%的其他物种有6个,分别是亚麻芥(Camelina sativa)、盐芥(Eutrema salsugineum)、白芥(Sinapis alba)、油菜(Brassica na⁃pus)、萝卜(Raphanus sativus)、芝麻菜(Eruca vesicaria subsp)。基因表达模式预测AtIDD5基因在茎、叶、花、角果、花中均有表达,在叶片中的表达量最高;亚细胞定位预测AtIDD5蛋白位于细胞核与叶绿体中。蛋白互作网络预测了与AtIDD5互作的蛋白有20个,直接结合的有10个。AtIDD5蛋白通过与多种蛋白的互作广泛参与了植物生长发育基因表达的调控过程。AtIDD5基因启动子包含有大量的核心顺式元件、光响应元件和激素响应元件。【结论】推测AtIDD5基因本身的表达受到光和激素等因子的调控;预测AtIDD5基因在植株生长发育、激素调节和逆境胁迫中发挥着重要作用。 展开更多
关键词 AtIDD5 生物信息学 亚细胞定位 表达模式 互作蛋白 启动子分析
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马铃薯早疫病病原菌分离鉴定及不同植物提取物、茵陈二炔酮抑菌活性研究 被引量：1
7
作者 廖仕梅 俞舒谊 +3 位作者 杨态娇 罗建梅 李青 闫晓慧 《西南农业学报》 CSCD 北大核心 2024年第4期714-721,共8页
[目的]明确曲靖市会泽县马铃薯早疫病的病原菌,并探究不同植物提取物和茵陈二炔酮对病原菌的抑菌活性,为马铃薯早疫病的生物防治提供科学依据。[方法]采用组织分离法分离纯化病原菌,通过形态学和分子生物学方法鉴定病原菌,利用菌丝生长... [目的]明确曲靖市会泽县马铃薯早疫病的病原菌,并探究不同植物提取物和茵陈二炔酮对病原菌的抑菌活性,为马铃薯早疫病的生物防治提供科学依据。[方法]采用组织分离法分离纯化病原菌,通过形态学和分子生物学方法鉴定病原菌,利用菌丝生长速率法筛选对病原菌有抑制效果的植物提取物,同时测定茵陈二炔酮抑菌毒力以及对菌丝形态、干重、还原糖、总蛋白含量的影响。[结果]曲靖市会泽县马铃薯病叶分离纯化的病原菌经鉴定为交链格孢菌(Alternaria alternata)。12种植物提取物(1 mg/mL)中椴叶鼠尾草和紫茎泽兰提取物的抑菌效果最好,抑菌率分别为55.19%和40.76%。茵陈二炔酮抑菌效果随着浓度升高而增强,经毒力测定其EC_(50)在16.418~46.576μg/mL。茵陈二炔酮使菌丝形态发生细微变化,干重显著减轻,还原糖、总蛋白含量显著降低。[结论]曲靖市会泽县马铃薯早疫病病原菌为交链格孢菌,椴叶鼠尾草和紫茎泽兰提取物对交链格孢菌有良好的抑菌效果,茵陈二炔酮通过阻碍菌丝细胞物质合成与能量代谢,影响菌丝正常生长以达到较好的抑菌效果。 展开更多
关键词 马铃薯早疫病 病原菌鉴定 植物提取物 茵陈二炔酮 抑菌活性
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油茶根腐病与丛枝菌根真菌群落的相关性分析 被引量：5
8
作者 杨娅琳 吴峰婧琳 +5 位作者 陈健鑫 武自强 刘丽 张东华 马焕成 伍建榕 《西南农业学报》 CSCD 北大核心 2023年第11期2426-2436,共11页
【目的】探究德宏州油茶根腐病不同发病程度根系内以及根际土壤中丛枝菌根真菌多样性和差异性。【方法】分别采用染色法和湿筛沉淀法测定油茶根系AMF定殖率和根际土壤孢子密度,采用Illumina高通量测序技术对油茶根系及根际土壤AMF多样... 【目的】探究德宏州油茶根腐病不同发病程度根系内以及根际土壤中丛枝菌根真菌多样性和差异性。【方法】分别采用染色法和湿筛沉淀法测定油茶根系AMF定殖率和根际土壤孢子密度,采用Illumina高通量测序技术对油茶根系及根际土壤AMF多样性和群落结构进行分析。【结果】随着发病程度的加重,AMF的定殖率和孢子密度逐级递减,呈负相关。基于高通量结果在油茶根系以及根际土壤中共检测到203个AMF⁃OTUs,分属于1门1纲4目7科5属(属水平将未定名和未分类的AMF归入“Oth⁃ers”)。在属分类阶层上,不同病害等级的油茶根系以及根际土壤的AMF种类和分布不同。根系内:发病程度较轻的油茶较发病程度严重的油茶,OTUs、Ace指数、Chao指数更高,且随病害的加重Shannon指数呈现逐级递减的趋势(HR0>DR1>DR2>DR3>DR4)。根际土壤内:随病害程度的加重,OTUs逐级递减(HS0>DS1>DS2>DS3>DS4),发病程度较轻的油茶较发病程度严重的油茶,Ace指数、Chao指数更高,Shannon指数无明显变化。PCA分析表明不同病害等级的油茶AMF群落结构会发生改变,患病后群落结构趋于相似,与健康油茶有明显差异。AMF均匀度、孢子密度和定殖率与土壤理化性质存在相关性,但土壤理化性质不影响AMF的丰富度和多样性指数。【结论】初步探明了患病后油茶根系和根际土壤中AMF群落的变化特征:患病的油茶根系内AMF的定殖率和多样性降低,根际土壤内AMF孢子密度下降,同时根系及根际土壤中AMF群落结构都发生了改变,本研究为筛选具有拮抗作用的AMF菌剂防治油茶病害奠定了理论基础。 展开更多
关键词 油茶根腐病 丛枝菌根真菌 高通量测序 差异性 根际土壤
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