本研究旨在对比分析普通核桃与深纹核桃中叶绿体基因组密码子的使用偏好性,对普通核桃与深纹核桃中各53条蛋白质编码区序列开展预测分析,明确上述2种核桃叶绿体基因组中的最优密码子,为未来开展核桃物种的亲缘关系研究提供理论依据。利...本研究旨在对比分析普通核桃与深纹核桃中叶绿体基因组密码子的使用偏好性,对普通核桃与深纹核桃中各53条蛋白质编码区序列开展预测分析,明确上述2种核桃叶绿体基因组中的最优密码子,为未来开展核桃物种的亲缘关系研究提供理论依据。利用Codon W 1.4.2和在线软件CUSP等分析普通核桃与深纹核桃中的叶绿体基因组密码子,获得相对同义密码子使用度(RSCU)、有效密码子数(ENC)、G+C含量等参数,再进行中性绘图分析、有效密码子数分析及奇偶偏好性分析。普通核桃与深纹核桃中叶绿体基因组的密码子适应指数均为0.167,ENC均在45.00以上,表明密码子偏好性弱。普通核桃与深纹核桃中叶绿体基因组密码子的G+C含量整体表现为:基因中所有密码子第1位碱基G+C的含量(GC_(1))>基因中所有密码子第2位碱基G+C的含量(GC_(2))>基因中所有密码子第3位碱基G+C的含量(GC_(3))。进一步分析发现,第3位碱基的使用频率表现为T大于A,G大于C。从普通核桃中筛选出14个最优密码子,从深纹核桃中筛选出17个最优密码子,其中共有23个最优密码子在第3个位置偏好以A/U结尾。总之,普通核桃和深纹核桃中叶绿体基因组密码子偏好性主要受到自然选择的影响,本研究结果可以为进一步探索核桃抗性遗传基因的改良和表达提供理论基础和数据支撑。展开更多
文摘本研究旨在对比分析普通核桃与深纹核桃中叶绿体基因组密码子的使用偏好性,对普通核桃与深纹核桃中各53条蛋白质编码区序列开展预测分析,明确上述2种核桃叶绿体基因组中的最优密码子,为未来开展核桃物种的亲缘关系研究提供理论依据。利用Codon W 1.4.2和在线软件CUSP等分析普通核桃与深纹核桃中的叶绿体基因组密码子,获得相对同义密码子使用度(RSCU)、有效密码子数(ENC)、G+C含量等参数,再进行中性绘图分析、有效密码子数分析及奇偶偏好性分析。普通核桃与深纹核桃中叶绿体基因组的密码子适应指数均为0.167,ENC均在45.00以上,表明密码子偏好性弱。普通核桃与深纹核桃中叶绿体基因组密码子的G+C含量整体表现为:基因中所有密码子第1位碱基G+C的含量(GC_(1))>基因中所有密码子第2位碱基G+C的含量(GC_(2))>基因中所有密码子第3位碱基G+C的含量(GC_(3))。进一步分析发现,第3位碱基的使用频率表现为T大于A,G大于C。从普通核桃中筛选出14个最优密码子,从深纹核桃中筛选出17个最优密码子,其中共有23个最优密码子在第3个位置偏好以A/U结尾。总之,普通核桃和深纹核桃中叶绿体基因组密码子偏好性主要受到自然选择的影响,本研究结果可以为进一步探索核桃抗性遗传基因的改良和表达提供理论基础和数据支撑。
