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基于转录组的疏花软紫草低拷贝核基因引物开发
被引量：
2
1
作者
付义
何承忠
+1 位作者
巨苗苗
田斌
《西南林业大学学报（自然科学）》
CAS
北大核心
2016年第3期86-90,共5页
基于高通量的转录组测序,为大量并快速的开发分子标记提供契机。本研究对紫草科植物疏花软紫草进行转录组测序,共得到92 042 086条reads,从疏花软紫草158 446个Unigene中搜索到332个低拷贝核基因。为进行多态性验证,从中随机挑选30个设...
基于高通量的转录组测序,为大量并快速的开发分子标记提供契机。本研究对紫草科植物疏花软紫草进行转录组测序,共得到92 042 086条reads,从疏花软紫草158 446个Unigene中搜索到332个低拷贝核基因。为进行多态性验证,从中随机挑选30个设计引物,并对3个疏花软紫草种群共9个个体进行PCR扩增,结果发现其中16对引物能够扩增出单一稳定的目的条带,从中随机挑选7个片段进行群体测序并计算DNA多态性。结果表明,7对引物的多态性位点平均值为6.57,单倍型平均值为5.14,单倍型多态性（HD）在0.389~0.944之间,核苷酸多态性（Pi）为0.001 48~0.017 23。通过转录组测序技术开发的低拷贝核基因有较高的多态性,且可以有效地运用于群体遗传学和谱系地理学研究中。另外,这些低拷贝核基因能够被运用于软紫草属植物系统发育重建以及物种形成等研究工作中。
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关键词
疏花软紫草
转录组
低拷贝核基因
引物
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题名
基于转录组的疏花软紫草低拷贝核基因引物开发
被引量：
2
1
作者
付义
何承忠
巨苗苗
田斌
机构
西南林业大学云南省云南省高校林木遗传改良与繁育重点实验室
国家
林业
局
西南
地区生物多样性保育
重点
实验室
中国科学院昆明植物研究所中国科学院东亚植物多样性与生物地理学
重点
实验室
出处
《西南林业大学学报（自然科学）》
CAS
北大核心
2016年第3期86-90,共5页
基金
云南省高校林木遗传改良与繁育重点实验室研究生开放基金(YNGB201507)资助
西南地区生物多样性保育国家林业局重点实验室开放基金资助
文摘
基于高通量的转录组测序,为大量并快速的开发分子标记提供契机。本研究对紫草科植物疏花软紫草进行转录组测序,共得到92 042 086条reads,从疏花软紫草158 446个Unigene中搜索到332个低拷贝核基因。为进行多态性验证,从中随机挑选30个设计引物,并对3个疏花软紫草种群共9个个体进行PCR扩增,结果发现其中16对引物能够扩增出单一稳定的目的条带,从中随机挑选7个片段进行群体测序并计算DNA多态性。结果表明,7对引物的多态性位点平均值为6.57,单倍型平均值为5.14,单倍型多态性（HD）在0.389~0.944之间,核苷酸多态性（Pi）为0.001 48~0.017 23。通过转录组测序技术开发的低拷贝核基因有较高的多态性,且可以有效地运用于群体遗传学和谱系地理学研究中。另外,这些低拷贝核基因能够被运用于软紫草属植物系统发育重建以及物种形成等研究工作中。
关键词
疏花软紫草
转录组
低拷贝核基因
引物
Keywords
Arnebia szechenyi, transcriptome, low-copy nuclear gene, primer
分类号
S718.46 [农业科学—林学]
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题名
作者
出处
发文年
被引量
操作
1
基于转录组的疏花软紫草低拷贝核基因引物开发
付义
何承忠
巨苗苗
田斌
《西南林业大学学报（自然科学）》
CAS
北大核心
2016
2
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