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题名蒲桃属叶绿体基因组特征及密码子偏好性分析
被引量：7
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作者
杨秀瑶
张梦洁
尹拓
韩沛辰
杜朝金
张汉尧
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机构
西南林业大学/西南地区生物多样性保育国家林业与草原局重点实验室
西南林业大学/云南省高校林木遗传改良与繁育重点实验室
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出处
《西南农业学报》
CSCD
北大核心
2023年第9期1869-1880,共12页
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基金
国家自然科学基金项目(32160556)
云南省院士(专家)工作站项目(202305AF150020)。
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文摘
【目的】通过对蒲桃属叶绿体基因组的特征、密码子使用模式以及系统发育分析,探讨蒲桃属系统发育关系及密码子偏好性的形成因素,促进其药用价值进一步开发利用。【方法】本研究以Illumina高通量测序技术获得的红枝蒲桃叶绿体基因组序列和从NCBI直接获取的蒲桃属5个种的叶绿体基因组为研究对象,利用Rstudio及其他软件分析蒲桃属6个物种叶绿体基因组特征、密码子使用模式和系统发育关系。【结果】蒲桃属叶绿体基因组IR区相对保守,LSC区和SSC区非编码区变异较大,编码区较为保守,但6个物种编码区的ycf1基因表现出明显的变异性;蒲桃属物种大多与桉属聚在同一大支;密码子偏好性分析表明,GC、GC_(1)、GC_(2)、GC_(3)含量均稳定在一个值附近,GC3含量最低仅达28%左右,且RSCU>1的30个高频密码子中有29个以A/U结尾;GC_(3)与GC_(12)的相关系数最大为0.141,未达到显著水平;ENC比值多分布在0.05~0.15。【结论】蒲桃属叶绿体基因组高度保守,与桉属(Eucalyptus)亲缘关系较近。第三位密码子偏好使用A/U结尾,密码子使用模式在受到突变影响的同时,主要受到自然选择的影响。CGU、AGU、AAA、GCU、GGU、GUA、GAA等蒲桃属6个物种的共同最优密码子为蒲桃属叶绿体基因组的最优密码子。
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关键词
蒲桃属
叶绿体基因组
密码子偏好性
系统发育分析
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Keywords
Syzygium
Chloroplast genome
Codon preference
Phylogenetic analysis
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分类号
S725
[农业科学—林木遗传育种]
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