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相关分析在建立基因调控网络中的应用 被引量:8
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作者 易东 杨梦苏 +2 位作者 李辉智 黄明辉 王文昌 《中国卫生统计》 CSCD 北大核心 2003年第3期144-146,共3页
目的 讨论利用模糊相关系数建立基因调控网络。并从理论和实际应用的角度和其他相关系数方法进行相互比较。方法 以基因表达数据矩阵为出发点 ,用相关系数描述基因之间的相互关系 ,并在某一阈值下 ,建立起基因调控网络图。结果 用模... 目的 讨论利用模糊相关系数建立基因调控网络。并从理论和实际应用的角度和其他相关系数方法进行相互比较。方法 以基因表达数据矩阵为出发点 ,用相关系数描述基因之间的相互关系 ,并在某一阈值下 ,建立起基因调控网络图。结果 用模糊相关系数对RatCNS数据集建立起调控网络图。结论 通过分析发现相关系数是构建基因调控网络的一个有效的工具。但不同的方法有其各自的特点 ,应根据不同情况采用不同的方法。 展开更多
关键词 基因调控网络 相关分析 RatCNS数据集 基因表达
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基因表达聚类结果的信息熵评价方法 被引量:4
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作者 易东 杨梦苏 +2 位作者 李辉智 黄明辉 王文昌 《第三军医大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2004年第4期317-319,共3页
目的 探讨基因表达数据聚类结果信息熵评价方法 ,为合理地选择聚类方法提供一种定量评价依据。方法 采用entropy信息熵方法 ,考察常用的六种聚类方法所得到的分类结果与部分已知功能基因分类之间的符合程度 ,并将该指标作为一种评价... 目的 探讨基因表达数据聚类结果信息熵评价方法 ,为合理地选择聚类方法提供一种定量评价依据。方法 采用entropy信息熵方法 ,考察常用的六种聚类方法所得到的分类结果与部分已知功能基因分类之间的符合程度 ,并将该指标作为一种评价依据。结果 将该方法应用于Lyer的血清刺激表达数据集聚类结果的评价 ,给出了六种聚类方法的entropy图。结论 本研究首次提出用熵理论评价聚类结果 ,并观察到同一数据集由于功能聚类信息的不同而引起的评价结果的差异。 展开更多
关键词 基因表达 聚类分析 评价 entropy信息熵
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一种基因芯片数据的标准化处理策略及软件实现 被引量:2
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作者 易东 杨梦苏 +2 位作者 李辉智 黄明辉 王文昌 《第三军医大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2004年第3期224-226,共3页
目的 建立基因芯片数据处理的标准化方法 ,研制一套实用、可操作性强的软件Gene_Norm。方法 采用cri teria将杂交点分为good和bad两类。同时 ,在bad杂交点中寻找turn on off点。最后 ,用平均ratio进行标准化处理。结果 将软件Gene_N... 目的 建立基因芯片数据处理的标准化方法 ,研制一套实用、可操作性强的软件Gene_Norm。方法 采用cri teria将杂交点分为good和bad两类。同时 ,在bad杂交点中寻找turn on off点。最后 ,用平均ratio进行标准化处理。结果 将软件Gene_Norm应用于高密度芯片数据的处理 ,该芯片有 10 0 80个杂交点 ,每个杂交点有 42个记录进行处理 ,得到了较好的处理结果。讨论 本软件适用于大型数据文件的处理 ,且提供了许多参数以供选择 。 展开更多
关键词 芯片 标准化 软件
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