期刊文献+
任意字段
题名或关键词
题名
关键词
文摘
作者
第一作者
机构
刊名
分类号
参考文献
作者简介
基金资助
栏目信息
共找到1篇文章
< 1 >
每页显示 20 50 100
已选择0条
导出题录 引用分析
参考文献
引证文献
 统计分析
检索结果
已选文献
显示方式：
利用基因组测序技术鉴定家蚕转基因位点方法的建立
1
作者 周昂 蒋晶晶 +4 位作者 左伟东 陈欣 童晓玲 代方银 李春林 《西南大学学报(自然科学版)》 北大核心 2025年第4期113-122,共10页
建立一种基于基因组测序技术高效鉴定家蚕转基因插入位点的方法,并分析测序深度对位点鉴定准确性的影响,从而为家蚕及其他物种利用基因组测序技术开展低成本、高通量的转基因位点鉴定提供参考。首先,采集两份家蚕转基因材料的蛹,进行全... 建立一种基于基因组测序技术高效鉴定家蚕转基因插入位点的方法,并分析测序深度对位点鉴定准确性的影响,从而为家蚕及其他物种利用基因组测序技术开展低成本、高通量的转基因位点鉴定提供参考。首先,采集两份家蚕转基因材料的蛹,进行全基因组测序,并经过质量控制筛选出高质量的测序后读段(reads)。以载体序列和家蚕基因组为参考,经两轮比对分析,得到覆盖基因组和载体的目标reads。利用目标reads上的基因组序列在家蚕泛基因组数据库中进行比对分析,进而获得插入位点的具体位置。随后,运用Seqtk软件对数据进行抽样,分析不同测序深度对位点鉴定准确性的影响。两份材料的基因组测序数据分别为9.76 G和11.18 G,质控后读段(clean reads)数量分别为32639026和37394695,测序深度约为20×。序列比对分析和聚合酶链式反应(PCR)实验验证结果显示:TransGene_1的插入位点位于1号染色体1899494 bp与1899495 bp之间;TransGene_2的插入位点位于21号染色体959510 bp与959515 bp之间,且插入位点均处于基因间区。利用两份转基因材料的基因组测序数据进行不同测序深度的模拟分析,发现转基因材料TransGene_1在测序深度为6×时就能够得到覆盖两侧断点的reads,实现精确定位,而TransGene_2则需要测序深度达到10×及以上才能实现精确定位。 展开更多
关键词 家蚕 转基因插入位点 基因组测序 测序深度 转基因鉴定
在线阅读 下载PDF
已选择0条
导出题录 引用分析
参考文献
引证文献
 统计分析
检索结果
已选文献
上一页 1 下一页 到第 页
关于我们 | 版权声明 | 联系我们 | 帮助中心| 意见反馈
主办单位：上海市教育委员会
技术支持：重庆维普资讯有限公司
渝公网安备 50019002500403号
使用帮助 返回顶部