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马铃薯干旱相关microRNA的鉴定及其表达分析
被引量：
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作者
刘溶荣
陈炜曦
+4 位作者
尹济容
李姿燕
王季春
荐红举
吕典秋
《中国马铃薯》
2023年第4期289-305,共17页
马铃薯是世界第三大粮食作物,随着气候变暖以及淡水资源短缺,干旱成为制约其生长发育的重要因素。为了明确马铃薯响应干旱胁迫相关的microRNA(miRNA)及其靶基因的调控模式,利用small RNA测序技术、生物信息学方法和实时荧光定量PCR(qRT-...
马铃薯是世界第三大粮食作物,随着气候变暖以及淡水资源短缺,干旱成为制约其生长发育的重要因素。为了明确马铃薯响应干旱胁迫相关的microRNA(miRNA)及其靶基因的调控模式,利用small RNA测序技术、生物信息学方法和实时荧光定量PCR(qRT-PCR)技术,对20%PEG6000模拟干旱处理0,1,3,6,12,24和48 h共7个时间点马铃薯组培幼苗的sRNA进行高通量测序、筛选和鉴定。从7个处理2个生物学重复共计14个样本中鉴定到621个miRNAs,包括308个已知miRNAs和313个新预测的miRNAs。其中250个已知miRNAs属于69个家族,166个新的miRNAs属于59个家族。miRNA长度分布在20~24 nt,其中主要集中在21和24 nt。差异表达分析共鉴定到40个差异表达的miRNAs,包括16个已知miRNAs和24个新的miRNAs。联合靶基因预测结果和干旱转录组数据,分别对16个已知和17个新miRNAs的81个和70个靶基因进行了功能注释,其主要参与生长代谢、胁迫响应、氧化还原反应及生物合成等过程;qRT-PCR分析结果与测序结果基本一致。研究为进一步挖掘马铃薯响应干旱胁迫的miRNA,以及阐明马铃薯中miRNA参与干旱响应的分子机制提供理论依据。
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关键词
马铃薯
干旱胁迫
small
RNA测序
MICRORNA
靶基因
QRT-PCR
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题名
马铃薯干旱相关microRNA的鉴定及其表达分析
被引量：
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1
作者
刘溶荣
陈炜曦
尹济容
李姿燕
王季春
荐红举
吕典秋
机构
西部(
重庆
)科学城种质创制大科学中心
西南大学
农学与
生物
科技学院
西南大学
南方山地农业教育部工程研究中心
西南大学薯类生物学与遗传育种重庆市重点实验室
出处
《中国马铃薯》
2023年第4期289-305,共17页
基金
国家重点研发计划项目(2018YFE0127900)
重庆市现代农业产业技术体系(CQMAITS202303)
+2 种基金
国家自然科学基金(32101659)
西南大学人才引进项目(SWU019008)
中央高校基本科研业务费专项资金(SWU-KT22036)。
文摘
马铃薯是世界第三大粮食作物,随着气候变暖以及淡水资源短缺,干旱成为制约其生长发育的重要因素。为了明确马铃薯响应干旱胁迫相关的microRNA(miRNA)及其靶基因的调控模式,利用small RNA测序技术、生物信息学方法和实时荧光定量PCR(qRT-PCR)技术,对20%PEG6000模拟干旱处理0,1,3,6,12,24和48 h共7个时间点马铃薯组培幼苗的sRNA进行高通量测序、筛选和鉴定。从7个处理2个生物学重复共计14个样本中鉴定到621个miRNAs,包括308个已知miRNAs和313个新预测的miRNAs。其中250个已知miRNAs属于69个家族,166个新的miRNAs属于59个家族。miRNA长度分布在20~24 nt,其中主要集中在21和24 nt。差异表达分析共鉴定到40个差异表达的miRNAs,包括16个已知miRNAs和24个新的miRNAs。联合靶基因预测结果和干旱转录组数据,分别对16个已知和17个新miRNAs的81个和70个靶基因进行了功能注释,其主要参与生长代谢、胁迫响应、氧化还原反应及生物合成等过程;qRT-PCR分析结果与测序结果基本一致。研究为进一步挖掘马铃薯响应干旱胁迫的miRNA,以及阐明马铃薯中miRNA参与干旱响应的分子机制提供理论依据。
关键词
马铃薯
干旱胁迫
small
RNA测序
MICRORNA
靶基因
QRT-PCR
Keywords
potato
drought stress
small RNA sequencing
microRNA
target gene
qRT-PCR
分类号
S532 [农业科学—作物学]
Q78 [生物学—分子生物学]
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作者
出处
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1
马铃薯干旱相关microRNA的鉴定及其表达分析
刘溶荣
陈炜曦
尹济容
李姿燕
王季春
荐红举
吕典秋
《中国马铃薯》
2023
1
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