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整合GWAS和WGCNA筛选鉴定甘蓝型油菜生物产量候选基因 被引量:4
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作者 王艳花 刘景森 李加纳 《作物学报》 CAS CSCD 北大核心 2021年第8期1491-1510,共20页
生物产量是作物获得高产的重要基础,对于甘蓝型油菜(Brassica napus L.)尤其重要。本研究利用588份甘蓝型油菜材料构成的自然群体2年生物产量表型数据的全基因组关联分析,再结合高生物产量材料‘CQ45’和低生物产量材料‘CQ46’的转录... 生物产量是作物获得高产的重要基础,对于甘蓝型油菜(Brassica napus L.)尤其重要。本研究利用588份甘蓝型油菜材料构成的自然群体2年生物产量表型数据的全基因组关联分析,再结合高生物产量材料‘CQ45’和低生物产量材料‘CQ46’的转录组测序(RNA-seq)结果,整合了6个甘蓝型油菜材料6个部位(茎秆、叶片、花后30 d主轴与侧枝种子、花后30 d主轴与侧枝角果皮)的转录组数据构建的加权共表达网络分析(WGCNA),筛选出与生物产量相关的候选基因。通过相关分析发现,2年间甘蓝型油菜自然群体中生物产量对大多数产量相关性状都具有正向效应;自然群体2年生物产量分析的最佳模型均为K+PCA模型,共检测到9个显著位点(P<1/385691或P<0.05/385691);根据CQ45和CQ46共36组转录组数据,选择MAD值为前5%的基因共计5052个用于构建WGCNA,通过筛选合并共得到了15个模块,其中5个基因共表达模块分别与叶片、茎秆和花后30 d种子显著性相关;整合了WGCNA中关键模块的hub gene、GWAS分析得到的显著SNP位点和极端表型差异基因确定候选基因,它们的拟南芥同源基因为HCEF1、HOG1、SBPASE、ACT2,这些基因在光合作用的卡尔文循环、碳同化、物质积累等方面发挥重要作用。 展开更多
关键词 GWAS WGCNA RNA Seq 甘蓝型油菜
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锌胁迫下甘蓝型油菜发芽期下胚轴长的全基因组关联分析 被引量:6
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作者 魏丽娟 申树林 +10 位作者 黄小虎 马国强 王曦彤 杨怡玲 李洹东 王书贤 朱美晨 唐章林 卢坤 李加纳 曲存民 《作物学报》 CAS CSCD 北大核心 2021年第2期262-274,共13页
锌(Zn)是重要的微量元素之一,但土壤中过量的锌累积会影响植物的生长发育。本研究以不同遗传来源的140份甘蓝型油菜为材料,利用芸薹属60K SNP芯片对锌胁迫下(30 mg L-1)甘蓝型油菜发芽期相对下胚轴长(RHL)进行全基因组关联分析,筛选与... 锌(Zn)是重要的微量元素之一,但土壤中过量的锌累积会影响植物的生长发育。本研究以不同遗传来源的140份甘蓝型油菜为材料,利用芸薹属60K SNP芯片对锌胁迫下(30 mg L-1)甘蓝型油菜发芽期相对下胚轴长(RHL)进行全基因组关联分析,筛选与甘蓝型油菜发芽期下胚轴长度显著关联的SNP位点及候选基因。群体结构分析表明,供试的140份甘蓝型油菜被分为2个亚群,其中89%材料间亲缘关系小于0.1,说明供试群体材料亲缘关系比较远。GWAS分析共检测到8个与RHL显著关联的SNP位点,单个SNP位点分别可解释22.0%~33.2%的表型变异。转录组分析获得的差异基因GO富集分析结果表明,上调表达基因主要参与氧化还原反应、离子转运、胁迫反应、防御反应和硫化合物转运。综合全基因组关联分析和转录组测序结果,共鉴定到19个与锌胁迫相关的候选基因,包括编码锌指蛋白家族成员(B-box型和ZFP1)、谷胱甘肽转移酶GSTU21、过氧化物酶家族蛋白、ABC和MFS转运蛋白及细胞壁相关激酶蛋白和一些重要的转录因子(BnaA07g27330D、BnaA02g30270D、BnaA07g27840D、BnaA07g31860D和BnaA07g28000),为深入解析油菜锌胁迫分子机制提供了参考。 展开更多
关键词 甘蓝型油菜 重金属 锌胁迫 全基因组关联分析 发芽期
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甘蓝型油菜茎高QTL定位及株高相关位点整合 被引量:5
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作者 魏丽娟 刘瑞影 +4 位作者 张莉 陈志友 杨鸿 霍强 李加纳 《作物学报》 CAS CSCD 北大核心 2019年第6期818-828,共11页
甘蓝型油菜主茎高度(茎高)是株型的构成因子之一,研究其遗传机理对油菜株型改良具有重要的理论指导意义。目前对甘蓝型油菜茎高研究的报道较少。本研究以2个油菜茎高差异较大的亲本构建的重组自交系群体为材料,利用SNP高密度遗传图谱,2... 甘蓝型油菜主茎高度(茎高)是株型的构成因子之一,研究其遗传机理对油菜株型改良具有重要的理论指导意义。目前对甘蓝型油菜茎高研究的报道较少。本研究以2个油菜茎高差异较大的亲本构建的重组自交系群体为材料,利用SNP高密度遗传图谱,2年共检测到11个茎高QTL,分布在A04、A06、C04、A08和C01染色体上,位点的表型贡献率为7.25%~19.61%。同时,以455份来源不同的甘蓝型油菜为材料,结合重测序产生的SNP标记,对茎高进行全基因组关联分析,2年共检测到5个SNP与茎高性状显著关联,分布在A08、A10、C02和C06染色体上。根据茎高定位结果,找到一些与激素途径(生长素、赤霉素和油菜素内酯)、光形态建成及植物生长发育相关的候选基因。在此基础上,结合国内外株高相关性状定位研究结果,将株高相关性状位点整合到甘蓝型油菜参考基因组上,发现4个以上群体都在A01、A03、A07、C03和C06染色体上找到株高定位的区间,2个群体在A10染色体上找到主花序长度共同定位的区间,在A02和C03染色体上找到一次分枝高度共同定位的区间。本研究中的茎高定位结果与整合后的株高相关性状QTL定位区间有部分重叠,位于A04、A06、A08、C04和C06染色体上。上述结果为甘蓝型油菜理想株型育种提供了理论依据。 展开更多
关键词 甘蓝型油菜 茎高 QTL定位 GWAS 位点整合
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基于QTL定位和全基因组关联分析筛选甘蓝型油菜株高和一次有效分枝高度的候选基因 被引量:5
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作者 霍强 杨鸿 +4 位作者 陈志友 荐红举 曲存民 卢坤 李加纳 《作物学报》 CAS CSCD 北大核心 2020年第2期214-227,共14页
株高和一次有效分枝高度是与甘蓝型油菜结荚层厚度、收获指数紧密关联的重要农艺性状,有关株高的数量性状位点(quantitative trait locus,QTL)和全基因组关联分析(genome-wide association study,GWAS)已有很多报道,但对一次有效分枝高... 株高和一次有效分枝高度是与甘蓝型油菜结荚层厚度、收获指数紧密关联的重要农艺性状,有关株高的数量性状位点(quantitative trait locus,QTL)和全基因组关联分析(genome-wide association study,GWAS)已有很多报道,但对一次有效分枝高度的QTL和GWAS定位以及候选基因筛选的研究报道较少。本研究利用已构建的高密度遗传连锁图对2016和2017年2个环境的186个株系组成的重组自交系群体株高和一次有效分枝高度及其最佳线性无偏预测(best linear unbiased prediction,BLUP)值进行QTL定位共检测到8个株高的QTL,分别位于A03、A04和A09染色体,单个QTL解释4.60%~13.29%的表型变异,其中位于A04染色体上的QTL(q-2017PH-A04-2和q-BLUP-PH-A04-2)在2017年和BLUP中均被检测到;检测到9个一次有效分枝高度QTL,分别位于A01、A02、A05、A09、C01和C05染色体上,单个QTL解释5.12%~19.10%的表型变异,其中q-2017BH-A09-1、q-BLUP-BH-A09-2和q-BLUP-BH-A09-3有重叠区段。同时,利用课题组前期完成的588份重测序自然群体进行全基因组关联分析,2年共检测到与株高显著关联的50个SNP位点和与一次有效分枝高度显著关联的12个SNP位点;根据SNP的物理位置,筛选出参与细胞增殖、细胞扩增、细胞周期和细胞壁活动的13个株高候选基因,以及参与赤霉素、亚精胺等合成代谢途径、核糖体组成和在光合、萌发等过程中有一定作用的一次分枝高度的11个候选基因,并利用荧光定量PCR技术验证候选基因在极端材料中的表达情况。本研究结果将为油菜株型改良及后续基因的功能研究提供理论依据。 展开更多
关键词 甘蓝型油菜 株高 一次有效分枝高度 基因定位 候选基因筛选
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甘蓝型油菜PEBP基因家族的鉴定与表达分析 被引量:10
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作者 荐红举 杨博 +4 位作者 李阳阳 杨鸿 刘列钊 徐新福 李加纳 《作物学报》 CAS CSCD 北大核心 2019年第3期354-364,共11页
植物磷脂酰乙醇胺结合蛋白(phosphatidylethanolamine-bindingprotein,PEBP)基因对于控制开花时间具有重要作用。油菜作为世界上最重要的油料作物之一,与模式植物拟南芥具有相似的开花习性。但有关油菜开花基因的功能研究相对较少。本... 植物磷脂酰乙醇胺结合蛋白(phosphatidylethanolamine-bindingprotein,PEBP)基因对于控制开花时间具有重要作用。油菜作为世界上最重要的油料作物之一,与模式植物拟南芥具有相似的开花习性。但有关油菜开花基因的功能研究相对较少。本研究利用拟南芥PEBP基因家族蛋白序列在油菜基因组内进行BlastP分析,获得油菜PEBP家族成员,并对其进行基因结构分析、motif预测、复制事件、进化树构建、选择压力分析和组织表达分析。结果表明,共有26个油菜PEBP基因成员得到鉴定,大部分成员含有4个外显子和3个内含子, motif-1和motif-2是PEBP成员的特征基序,超过76.9%的成员属于片段复制扩增事件。进化树分析显示, PEBP分为3个亚家族,基于转录组测序的组织表达数据表明油菜26个PEBP成员具有非常明显的组织表达特性。以上研究结果,极大丰富了我们对甘蓝型油菜开花基因及调控模式的认识,为进一步的分子育种提供了理论基础。 展开更多
关键词 油菜 开花基因 PEBP 进化 表达
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甘蓝型油菜BnMAPK1的原核表达、亚细胞定位及酵母双杂交文库筛选 被引量:4
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作者 王珍 姚梦楠 +4 位作者 张晓莉 曲存民 卢坤 李加纳 梁颖 《作物学报》 CAS CSCD 北大核心 2020年第9期1312-1321,共10页
植物的丝裂原活化蛋白激酶(Mitogen-Activated Protein Kinases,MAPKs)级联是生长进程中多种信号跨膜传递的共同通路,它可以将外源刺激转入细胞内并引发细胞应答。目前C族MAPKs在甘蓝型油菜中的研究报道还很有限。本研究通过1个甘蓝型... 植物的丝裂原活化蛋白激酶(Mitogen-Activated Protein Kinases,MAPKs)级联是生长进程中多种信号跨膜传递的共同通路,它可以将外源刺激转入细胞内并引发细胞应答。目前C族MAPKs在甘蓝型油菜中的研究报道还很有限。本研究通过1个甘蓝型油菜的C族BnMAPK1基因的生物学进程聚类分析发现,BnMAPK1可能参与蛋白磷酸化、生长素介导的信号途径、逆境应答、细胞周期及转录等过程。BnMAPK1具有369个氨基酸残基,其相对分子质量约为42.5 kD,其可溶性蛋白可在原核系统中被诱导表达。BnMAPK1的亚细胞定位结果显示,BnMAPK1主要在细胞核内表达。Bait质粒pGBKT7-BnMAPK1在酵母双杂交系统中无毒性及自激活活性。为深入研究BnMAPK1蛋白参与的生物学进程,从甘蓝型油菜中油821苗期根、茎、叶中分别提取总RNA,分离得到mRNA,利用SMART技术合成并纯化双链cDNA后建立甘蓝型油菜混合cDNA文库。以共转化法筛选与BnMAPK1相互作用的蛋白,对其分析与鉴定显示,BnMAPK1在生长发育、非生物及生物逆境、转录、蛋白合成及代谢、翻译及翻译后修饰等过程中起作用。研究结果为MAPKs级联,尤其是C族MAPKs的研究提供了新的视野,为甘蓝型油菜抗性的机理研究及分子育种奠定了重要的理论依据。 展开更多
关键词 甘蓝型油菜 BnMAPK1 原核表达 亚细胞定位 酵母双杂交
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甘蓝型油菜BnMAPK2基因的克隆及功能分析 被引量:2
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作者 袁大双 邓琬玉 +7 位作者 王珍 彭茜 张晓莉 姚梦楠 缪文杰 朱冬鸣 李加纳 梁颖 《作物学报》 CAS CSCD 北大核心 2022年第4期840-850,共11页
从甘蓝型油菜中分离克隆了BnMAPK2(BnaA01g21880D)基因,cDNA及其编码序列长度分别为1516 bp、1113 bp,编码370个氨基酸。生物信息学分析表明,BnMAPK2蛋白分子量为42,497.0 kD,等电点为6.36,蛋白不稳定系数38.74,为疏水性蛋白,具有MAPKs... 从甘蓝型油菜中分离克隆了BnMAPK2(BnaA01g21880D)基因,cDNA及其编码序列长度分别为1516 bp、1113 bp,编码370个氨基酸。生物信息学分析表明,BnMAPK2蛋白分子量为42,497.0 kD,等电点为6.36,蛋白不稳定系数38.74,为疏水性蛋白,具有MAPKs蛋白特有的STKc_TEY_MAPK_plant(cd07858)保守结构域;蛋白二级结构中α螺旋所占比例最大,为44.05%,无信号肽;与拟南芥C族AtMAPK2的亲缘关系更近。核心元件预测结果显示,BnMAPK2-P含有响应水杨酸激素、热胁迫和光照等相关顺式作用元件,包括TCA-element、HSE、AAAC-motif和MYB结合位点等。实时荧光定量PCR(qRT-PCR)结果表明,BnMAPK2在甘蓝型油菜中的各个组织器官中均有表达,受到茉莉酸甲酯、水杨酸、H_(2)O_(2)、损伤、高温和核盘菌的诱导。转基因异源表达BnMAPK2拟南芥株系的表型数据发现,与野生型相比,超量表达BnMAPK2使拟南芥植株的抽薹期提前,株高、主花序有效长度和角果数显著增加,由此推测BnMAPK2基因参与调节植物生长发育过程。本研究为深入探究BnMAPK2调控甘蓝型油菜生长发育过程的分子机制提供了参考资料和数据支撑。 展开更多
关键词 甘蓝型油菜 BnMAPK2 表达模式 过表达 生长发育
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甘蓝型油菜开花相关基因的鉴定及进化与表达分析 被引量:6
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作者 王艳花 谢玲 +2 位作者 杨博 曹艳茹 李加纳 《作物学报》 CAS CSCD 北大核心 2019年第8期1137-1145,I0002-I0056,共64页
开花是开花植物繁衍后代的前提,控制开花时间对农作物获得高产稳产具有重要影响。然而,关于甘蓝型油菜基因组水平上开花相关基因的信息报道较少。本研究对甘蓝型油菜开花相关的基因进行了鉴定、特征分析、进化与表达模式分析。结果表明... 开花是开花植物繁衍后代的前提,控制开花时间对农作物获得高产稳产具有重要影响。然而,关于甘蓝型油菜基因组水平上开花相关基因的信息报道较少。本研究对甘蓝型油菜开花相关的基因进行了鉴定、特征分析、进化与表达模式分析。结果表明,基因组水平上共鉴定到甘蓝型油菜1173个开花相关基因,这些基因分为9类,且不均匀地分布在染色体上;与白菜(AA,2n=20)和甘蓝(CC,2n=18)相比,甘蓝型油菜(AACC,2n=38)经过自然杂交和染色体加倍后,使开花相关基因的数目显著扩增;选择压力分析表明,糖代谢信号途径的基因比自发途径的开花相关基因受到的选择压力更大;仍有一些开花相关基因在拟南芥和油菜基因组内非常保守。甘蓝型油菜基因数目的扩增和功能分化导致其开花调控机制更加复杂,本研究为油菜开花途径提供更多的信息,也为阐明拟南芥和油菜开花基因的进化关系指明了方向。 展开更多
关键词 甘蓝型油菜 开花基因 进化 调控途径 表达分析
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甘蓝型油菜丝裂原活化蛋白激酶7基因(BnMAPK7)上游调控因子的鉴定 被引量:1
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作者 王珍 张晓莉 +8 位作者 孟晓静 姚梦楠 缪文杰 袁大双 朱冬鸣 曲存民 卢坤 李加纳 梁颖 《作物学报》 CAS CSCD 北大核心 2021年第12期2379-2393,共15页
丝裂原活化蛋白激酶(Mitogen-activated protein kinases,MAPKs)级联途径在植物的生长发育、分裂分化、细胞凋亡以及抗逆等多种生命过程中发挥着极其重要的作用。本研究从甘蓝型油菜中分离克隆了1个C族BnMAPK7基因的启动子,序列长度为16... 丝裂原活化蛋白激酶(Mitogen-activated protein kinases,MAPKs)级联途径在植物的生长发育、分裂分化、细胞凋亡以及抗逆等多种生命过程中发挥着极其重要的作用。本研究从甘蓝型油菜中分离克隆了1个C族BnMAPK7基因的启动子,序列长度为1612 bp,命名为ProBnMAPK7。启动子分析工具PlantCARE预测结果表明,ProBnMAPK7含有大量响应光照、激素、防御和损伤等相关顺式作用元件,包括ACE、MRE、ABRE、TGACG-motif和TC-rich repeats等。同时,我们对拟南芥及甘蓝型油菜MAPK7基因的表达模式进行分析发现,MAPK7对生长发育以及生物和非生物胁迫应答过程具有重要调控意义。将ProBnMAPK7逐步分段连接至pCambia1305.1-GUS表达载体筛选启动子的核心区段,GUS组织化学染色分析显示该启动子的核心区段定位于-467~-239 bp(ProBnMAPK7-rPE)。将核心区段3拷贝串联重复后整合至Y1H gold基因组,并进行AbA背景测试,结果显示AbA浓度为500 ng mL^(-1)时,ProBnMAPK7-rPE×3在酵母细胞中的本底表达被完全抑制。利用酵母单杂交技术对BnMAPK7的上游调控因子进行文库筛选,获得3个候选因子BnNAD1B(NADH dehydrogenase 1B)、BnERD6(early response to dehydration 6)和BnPIG3(quinone oxidoreductase PIG3-like)。表明BnNAD1B、BnERD6及BnPIG3蛋白可能通过结合ProBnMAPK7-rPE区段调控BnMAPK7的转录,使得BnMAPK7参与光合作用以及逆境胁迫应答等生物学过程,为进一步阐明甘蓝型油菜BnMAPK7基因的功能奠定了基础,也为MAPKs级联的研究提供了新的思路。 展开更多
关键词 甘蓝型油菜 ProBnMAPK7 启动子 上游调控因子 酵母单杂交
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白菜型油菜粒色主效基因BrTT1的调控机制分析 被引量:2
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作者 王艳花 荐红举 +1 位作者 邱晓 李加纳 《作物学报》 CAS CSCD 北大核心 2020年第11期1678-1689,共12页
白菜型油菜(Brassica rapa L.,2n=20,AA)为十字花科芸薹属作物,属于栽培油菜基本种。我国是白菜和白菜型油菜的起源中心,与甘蓝型油菜相比,其起源和栽培历史悠久,遗传资源丰富,具有天然而稳定的黄籽资源。大黄油菜是白菜型油菜中一种天... 白菜型油菜(Brassica rapa L.,2n=20,AA)为十字花科芸薹属作物,属于栽培油菜基本种。我国是白菜和白菜型油菜的起源中心,与甘蓝型油菜相比,其起源和栽培历史悠久,遗传资源丰富,具有天然而稳定的黄籽资源。大黄油菜是白菜型油菜中一种天然的黄籽资源,其粒色鲜黄,黄籽性状能够稳定遗传,且具有大粒、含油量高、自交亲和性好等优点,是研究油菜粒色性状的良好材料。本研究对白菜型油菜粒色主效基因BrTT1进行了进一步的功能验证,并对BrTT1的粒色调控机制进行了初步解析。序列比较结果表明,BrTT1在不同遗传背景白菜型油菜黄籽、红褐籽、黑籽品种中存在固定的差异位点,同一粒色材料所得BrTT1序列一致,可用于预测粒色表型;酵母双杂交分析表明,BrTT1可以与另外2个转录因子R2R3-MYB(BrTT2)和WD40(BrTTG1)以及一个催化酶(BrTT3)相互作用。qRT-PCR结果表明,超量和干扰BrTT1的表达,导致类黄酮合成路径结构基因及其他关键调节基因BrTT2、BrTTG1的异常表达或不表达,从而阻碍了原花色素的正常积累。研究结果进一步明确了BrTT1在白菜型油菜粒色形成中的调节活性。 展开更多
关键词 白菜型油菜 BrTT1 类黄酮代谢 酵母双杂
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BnMAPK2对甘蓝型油菜耐旱性的影响 被引量:1
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作者 袁大双 张晓莉 +3 位作者 朱冬鸣 杨友鸿 姚梦楠 梁颖 《作物学报》 CAS CSCD 北大核心 2023年第6期1518-1531,共14页
促分裂原活化蛋白激酶(mitogen-activated protein kinase,MAPK)级联参与植物多种生物及非生物胁迫应答过程,BnMAPK2属于MAPK级联途径最下游C族基因。本研究成功获得BnMAPK2超量表达(OE-MAPK2)和RNA干扰表达(RNAi-MAPK2)转基因甘蓝型油... 促分裂原活化蛋白激酶(mitogen-activated protein kinase,MAPK)级联参与植物多种生物及非生物胁迫应答过程,BnMAPK2属于MAPK级联途径最下游C族基因。本研究成功获得BnMAPK2超量表达(OE-MAPK2)和RNA干扰表达(RNAi-MAPK2)转基因甘蓝型油菜,在干旱条件下,OE-MAPK2植株耐旱性增加,RNAi-MAPK2植株耐旱性降低。相关生理指标试验结果证明,在干旱胁迫下,BnMAPK2可减缓叶片脱水程度、促进植物体内脯氨酸积累、降低丙二醛含量,在干旱后期增加POD活性。比较干旱相关基因(P5CSB、SCE1)、BnMAPK2互作干旱相关基因(STRS2、CRL1)以及STRS2依赖ABA信号途径相关基因(RD22、MYC、SnRK2),在转基因植株和野生型植株中表达水平变化差异,结果表明,BnMAPK2可正向调控P5CSB、SCE1、CRL1、RD22、MYC、SnRK2的表达;负调控STRS2的表达,并且STRS2依赖ABA信号途径相关基因在OE-MAPK2植株中的表达变化趋势和strs2突变体中一致。由此推测BnMAPK2可通过调控植株体内渗透能力、叶片含水量、细胞膜和蛋白质结构稳定性、清除自由基、降低膜脂过氧化来增加植株耐旱性;还可通过与STRS2互作,负调控STRS2基因的表达,介导STRS2依赖ABA信号途径,增加植株的耐旱性。本研究为进一步阐明BnMAPK2基因的抗逆作用机制奠定了基础。 展开更多
关键词 甘蓝型油菜 BnMAPK2 耐旱性 QRT-PCR
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甘蓝型油菜BnMAPK1超量表达及中油821的转录差异表达分析
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作者 王珍 张晓莉 +6 位作者 刘淼 姚梦楠 孟晓静 曲存民 卢坤 李加纳 梁颖 《作物学报》 CAS CSCD 北大核心 2023年第3期856-868,共13页
甘蓝型油菜(Brassica napus L.)是我国重要的油料作物之一,具有较高的产量及营养价值。挖掘油菜广谱抗逆基因并深入探究其分子机制,对提高油菜抗逆性且保证产量及品质具有重要意义。MAPK级联(Mitogen-activated protein kinase cascades... 甘蓝型油菜(Brassica napus L.)是我国重要的油料作物之一,具有较高的产量及营养价值。挖掘油菜广谱抗逆基因并深入探究其分子机制,对提高油菜抗逆性且保证产量及品质具有重要意义。MAPK级联(Mitogen-activated protein kinase cascades)是多种信号跨膜传递的交汇点,参与生长发育、生物及非生物胁迫应答等生物学过程。为了解甘蓝型油菜BnMAPK1基因的生物学功能,本研究以BnMAPK1超量表达(OE)和中油821(CK)油菜为材料进行数字基因表达谱分析。结果显示,与CK相比,650个基因在OE油菜中差异表达;其中上调表达基因243个,下调表达基因407个。GO注释共富集到生物学过程118条途径,其中18条与光合作用相关(包含77个差异表达基因);分子功能7条途径,包括草酸氧化酶活性、锰离子结合、氧化还原酶活性等;细胞组分38条途径,包括叶绿体、质体、类囊体等。KEGG分析结果表明,BnMAPK1参与调控油菜光合作用、碳代谢、次生代谢物生物合成等14条过程。此外,利用实时荧光定量PCR验证8个候选基因在OE和CK油菜中的表达,其表达变化与测序结果基本一致。本研究结果为甘蓝型油菜BnMAPK1在生长发育及光响应等生物学过程中的功能分析奠定了基础,也为农作物广谱抗逆遗传育种提供了理论依据。 展开更多
关键词 甘蓝型油菜 BnMAPK1 差异表达基因(DEGs) 光合作用 数字基因表达谱测序(DGE-seq)
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