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脓毒症患者中性粒细胞差异表达基因及信号通路的生物信息学分析 被引量:6
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作者 何诚成 张迎春 +7 位作者 段勇 余江 罗波 江南 梁雨 曾静媛 郑小莉 鲜玉军 《细胞与分子免疫学杂志》 CAS CSCD 北大核心 2019年第6期481-490,共10页
目的寻找脓毒症患者中性粒细胞中发生差异变化的致病相关基因及关键通路。方法从基因表达汇编(GEO)数据库下载GSE6535、GSE49755、GSE49756、GSE49757,其中包含143个实验组样本及65个对照组样本的基因芯片数据。采用R软件的相关程序包... 目的寻找脓毒症患者中性粒细胞中发生差异变化的致病相关基因及关键通路。方法从基因表达汇编(GEO)数据库下载GSE6535、GSE49755、GSE49756、GSE49757,其中包含143个实验组样本及65个对照组样本的基因芯片数据。采用R软件的相关程序包筛选鉴定出中性粒细胞差异表达基因(DEG)。通过两两交集,得到共93个DEG,进一步用DAVID、STRING及Cytoscape里的ReactomeFIPlugIn和Cytohubba应用程序等多种方法进行基因功能和通路富集分析、PPI网络分析和关键基因分析。结果确定中性粒细胞最重要的关键DEG,包括Toll样受体2(TLR2)、原癌基因SRC、基质金属蛋白酶9(MMP9)、白细胞介素1受体2(IL1R2)、抑制蛋白β1(ARRB1)、白细胞介素1受体相关激酶3(IRAK3)、白细胞介素18受体1(IL18R1)、白细胞介素18受体相关蛋白(IL18RAP)、丝氨酸/苏氨酸激酶17b(STK17B);发现了一些涉及脓毒症患者致病相关的通路以及免疫相关的生物学过程。结论这些基因可能通过多种信号通路引起脓毒症的发生发展。 展开更多
关键词 脓毒症 中性粒细胞 差异表达基因 关键基因 蛋白相互作用网络 功能富集分析
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猖獗龋患者的病因和口腔微生物种类分析:1例报告 被引量:2
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作者 胡晓宇 姚羽菲 +7 位作者 崔博淼 吕俊 沈鑫 任彪 李明云 郭强 黄睿洁 李燕 《南方医科大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2016年第10期1328-1333,共6页
目的分析患者口腔全微生物种类,对猖獗龋患者提出细菌学预防与治疗手段。方法抽血查免疫全套和血常规,获取全菌斑(A)、龋损(Q)、唾液(T)、黏膜(N)样本经原代涂片镜检,并传代分离培养后采用形态学、梅里埃鉴定仪、16S r DNA序列进化分析... 目的分析患者口腔全微生物种类,对猖獗龋患者提出细菌学预防与治疗手段。方法抽血查免疫全套和血常规,获取全菌斑(A)、龋损(Q)、唾液(T)、黏膜(N)样本经原代涂片镜检,并传代分离培养后采用形态学、梅里埃鉴定仪、16S r DNA序列进化分析鉴定微生物种类;进一步采用Q-PCR分析变异链球菌的含量,DGGE分析微生物组成和结构。结果血液免疫全套基本正常,但Ig E、中性分叶核细胞增高。原代样本涂片发现唾液中有大量极长链的细菌,经培养发现唾液中总菌含量最高,龋损样本中溶血菌含量最高,变异链球菌在全菌斑中最多。梅里埃和测序鉴定出33株细菌,全菌斑中分离出多种链球菌和韦德纤毛菌、龋损菌斑中多次分离到变异链球菌、具核梭杆菌和苏黎世链球菌,唾液样本中分离出多种乳杆菌。q PCR发现变异链球菌含量明显增高;变性梯度凝胶电泳(DGGE)显示该患者细菌多样性明显降低,但丰度明显增强;条带切胶测序检出多种纤毛菌。结论患者免疫功能基本正常,血液检测呈现感染血象,病因疑与细菌感染有关。可能由于唾液减少导致变异链球菌、多种纤毛菌等致病微生物过度繁殖、细菌多样性减少而引起生态失衡。 展开更多
关键词 猖獗龋 口腔微生物 梅里埃生化鉴定 16S rDNA序列进化分析
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