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饲料中添加不同浓度百合珠芽对西藏藏猪卵巢卵泡发育及LncRNA表达的影响
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作者 任子利 曹婷婷 +2 位作者 阚勇 王雨佳 赵彦玲 《高原农业》 2025年第3期277-293,F0002,共18页
本研究旨在揭示基础日粮中不同浓度的卷丹百合珠芽对藏猪卵巢卵泡发育及相关LncRNA表达的影响。将同一批次健康的体重为(17.40±1.15)kg的9头雌性西藏藏猪,随机分为BW组(基础日粮)、BY组(基础日粮+1%百合珠芽)和BR组(基础日粮+2%百... 本研究旨在揭示基础日粮中不同浓度的卷丹百合珠芽对藏猪卵巢卵泡发育及相关LncRNA表达的影响。将同一批次健康的体重为(17.40±1.15)kg的9头雌性西藏藏猪,随机分为BW组(基础日粮)、BY组(基础日粮+1%百合珠芽)和BR组(基础日粮+2%百合珠芽),饲喂6周后,利用石蜡切片HE染色观察卵巢形态,测定卵巢器官指数和不同类型卵泡数量,并利用高通量测序技术对lncRNA进行转录组测序分析,最后对差异lncRNA进行荧光定量验证。结果显示:(1)卵巢表面与卵泡特征:BR组,藏猪卵巢表面出现大卵泡;卵巢指数,各组间无显著差异;卵泡比例,BW组原始卵泡比例最高,BY组二级卵泡比例最高,BR组成熟卵泡比例最高。(2)lncRNA筛选与表达:新预测lncRNA,筛选出5772个新预测的lncRNA;表达量分析,BY组平均表达量最高,BW组最低,3组表达趋势相似;组间相关性,BY组、BW组和BR组3个组间相关性较强。(3)差异表达分析:BW_vs_BY,筛选到2021个差异表达lncRNA基因(BY组相对BW组上调1197个,下调824个);BW_vs_BR,筛选到1308个差异表达lncRNA基因(BR组相对BW组上调829个,下调479个);BY_vs_BR,筛选到1330个差异表达lncRNA基因(BR组相对BY组上调646个,下调684个)。(4)lncRNA靶基因预测与功能分析:靶基因预测,预测得到CCNL2、MAP3K14、STUB1、IQANK1和PKP3;靶基因GO和KEGG富集分析,发现cAMP、MAPK、PI3K-Akt、Wnt等与卵巢发育信号相关的通路都被显著富集到,其中相关信号通路的基因有LOC110261342、MSTRG.26467、FXN、CLP1、Gem、PODNL1、TGFBR3L等。结果表明,在饲料中添加百合珠芽(特别是2%浓度)有助于促进藏猪卵巢成熟卵泡的发育,并显著调控lncRNA表达,参与卵巢发育的多条生物学通路,为进一步理解百合珠芽对藏猪生殖能力的提升提供了基础数据和理论支持。 展开更多
关键词 lncRNA 卷丹百合珠芽 西藏藏猪 靶基因
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藏猪猪细小病毒(XZ-PPV株)生物信息学分析
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作者 叶霄霞 罗侣 +7 位作者 聂浩洋 刘福洲 李海洋 廉帅 纪菁蕊 韦明邦 商鹏 强巴央宗 《中国兽医杂志》 北大核心 2025年第8期53-61,共9页
为阐述藏猪猪细小病毒(PPV)非结构蛋白1(NS1)和结构蛋白2(VP2)的生物信息学特征,本试验对疑似患病西藏本土藏猪血液样本进行聚合酶链式反应(PCR)和全基因组测序鉴定,阳性样本进行病毒分离并观察细胞病变效应(CPE),绘制PPV分离株遗传进... 为阐述藏猪猪细小病毒(PPV)非结构蛋白1(NS1)和结构蛋白2(VP2)的生物信息学特征,本试验对疑似患病西藏本土藏猪血液样本进行聚合酶链式反应(PCR)和全基因组测序鉴定,阳性样本进行病毒分离并观察细胞病变效应(CPE),绘制PPV分离株遗传进化树进行亲缘性分析;运用在线网站和软件对PPV分离株的NS1和VP2蛋白氨基酸进行生物信息学分析,获取2种蛋白的理化性质和空间结构。结果显示,经PCR和全基因组测序鉴定,分离获得1株西藏本土PPV,其基因组序列的大小为4336 bp,根据地域特点命名为PPV/China/XZ(XZ-PPV);进化树分析结果显示,XZ-PPV与国内参考株KX233726TJ、KJ201927和德国参考株JN4005167a、JN4005178a等PPV参考株处于同一分支,亲缘关系最近;生物信息学分析结果显示,XZ-PPV的NS1和VP2蛋白都属于亲水性稳定蛋白,二者均无信号肽序列和跨膜结构域,在二级结构中均以无规则卷曲为主要空间结构,且这2种蛋白的空间构象均相对稳定。综上所述,本试验发现XZ-PPV与目前已知PPV毒株的氨基酸亲水性位点和蛋白空间结构存在差异,如NS1和VP2蛋白存在亲水区域的氨基酸位点以及二级结构(α螺旋和β转角等)所占比例存有异同,可为后续PPV的诊断和相关疫苗研发提供数据支撑,也可为其防控和治疗提供一定的理论依据。 展开更多
关键词 藏猪 猪细小病毒(PPV) 生物信息学分析 二级结构 NS1蛋白 VP2蛋白
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藏猪源粪肠球菌的分离鉴定及耐药基因与毒力基因检测
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作者 何宇轩 次仁卓玛 +4 位作者 王宇 刘怀志 杨金鹏 韦明邦 商鹏 《中国畜牧兽医》 北大核心 2025年第4期1895-1904,共10页
【目的】对采集于西藏自治区林芝市的藏猪样品进行粪肠球菌分离鉴定并明确其耐药基因与毒力基因情况,为藏猪源肠球菌病的病原学诊断提供一定的参考。【方法】对采集的藏猪样品进行细菌分离培养、革兰染色、生化试验、Ef0027特异性基因PC... 【目的】对采集于西藏自治区林芝市的藏猪样品进行粪肠球菌分离鉴定并明确其耐药基因与毒力基因情况,为藏猪源肠球菌病的病原学诊断提供一定的参考。【方法】对采集的藏猪样品进行细菌分离培养、革兰染色、生化试验、Ef0027特异性基因PCR鉴定、16S rRNA鉴定,并通过PCR方法检测分离株的耐药基因和毒力基因。【结果】分离菌在PSE琼脂培养基上出现棕黑色菌落,疑似粪肠球菌。革兰染色镜检显示,分离菌呈单个、成双的卵圆形球菌。生化鉴定结果显示,分离菌阿拉伯糖、鼠李糖、棉籽糖呈阴性,葡萄糖、山梨醇、蔗糖、乳糖、精氨酸双水解酶、甘露醇呈阳性。PCR扩增结果显示,获得大小约为518 bp的Ef0027基因条带,16S rRNA基因扩增出大小约为1 500 bp的条带,与NCBI中登录的粪肠球菌序列相似性均>98%。本研究分离鉴定出8株粪肠球菌。8株菌均检出tetB、catⅠ、gyrA、blaTEM-1、aac3、SUL-Ⅰ耐药基因,未检出fosA7基因。毒力基因检测结果显示,8株菌均检出Esp、EfaA、GelE和Agg基因,CylA基因检出率为87.5%,未检出Ace基因。【结论】本研究分离出8株藏猪源粪肠球菌,均具有多重耐药性且含有多种耐药基因和毒力基因。本研究结果可为藏猪源粪肠球菌病的病原学诊断提供一定的参考。 展开更多
关键词 粪肠球菌 分离鉴定 耐药基因 毒力基因
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藏猪的低氧适应性机制研究
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作者 王语诗 吴海彬 +6 位作者 泽里磋 张非凡 吴茜 韦明邦 张健 强巴央宗 商鹏 《西北农林科技大学学报(自然科学版)》 北大核心 2025年第6期1-9,19,共10页
[目的]探究Ⅲ型纤连蛋白域包含蛋白5(typeⅢfibronectin domain-containing protein 5,FNDC5)基因对藏猪低氧适应性的调控作用。[方法]以藏猪和大约克猪为实验动物,提取其耳组织DNA,分段扩增FNDC5基因的5′侧翼区、3′侧翼区和CDS区,测... [目的]探究Ⅲ型纤连蛋白域包含蛋白5(typeⅢfibronectin domain-containing protein 5,FNDC5)基因对藏猪低氧适应性的调控作用。[方法]以藏猪和大约克猪为实验动物,提取其耳组织DNA,分段扩增FNDC5基因的5′侧翼区、3′侧翼区和CDS区,测序后筛选单核苷酸多态性(SNPs)位点。采集实验猪心脏、肺脏组织,提取其RNA及总蛋白,采用实时荧光定量PCR(RT-qPCR)法检测FNDC5基因mRNA的表达量,采用Western blot法检测FNDC5蛋白的表达量。采集藏猪和大约克猪颈动脉血样各30头份,测定血液生理指标。将猪骨骼肌卫星细胞(PSMSC)分为常氧组(氧气体积分数21%)及体积分数5%和1%氧气组,常氧组又分为PGC-1α激活剂ZLN005添加组、PGC-1α抑制剂SR-18292添加组和空白对照组,培养后分别采用RT-qPCR和Western blot法检测FNDC5基因mRNA和蛋白的表达量。[结果]在FNDC5基因CDS区,2种猪未检测到SNPs位点;在5′侧翼区,2种猪有3个SNPs位点,分别为g.-118A>G、g.-790T>C和g.-931A>G;在3′侧翼区,大约克猪无SNP位点,藏猪有4个多态性位点(分别为g.46G>T、g.56G>C、g.517T>C和g.1028G>A)。这些SNPs可能是藏猪低氧适应性的重要调控位点。藏猪的白细胞数、红细胞数、血红蛋白质量浓度、红细胞压积、血小板计数、血小板压积指标极显著高于大约克猪(P<0.01),红细胞分布宽度变异系数极显著低于大约克猪(P<0.01),其他指标与大约克猪无显著差异,推测藏猪具有更强的低氧适应能力。藏猪心脏FNDC5基因和蛋白表达量极显著高于大约克猪,肺脏FNDC5基因表达量极显著高于大约克猪。在PSMSC中,FNDC5基因和蛋白的表达量均随着氧体积分数的降低而显著或极显著降低;PGC-1α激活剂ZLN005可极显著促进FNDC5基因的表达,抑制剂SR-18292可极显著抑制FNDC5基因的表达。[结论]FNDC5基因和部分血液生理指标可能与藏猪的低氧适应性相关;PGC-1α可正向调控FNDC5基因的表达。 展开更多
关键词 藏猪 FNDC5基因 低氧适应性 单核苷酸多态性
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藏猪促炎因子(IL-1β、IL-6、TNF-α)多态性及其表达与免疫性状的关联分析
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作者 孙雯莉 王浩奇 +6 位作者 泽里磋 高雨樊 张非凡 张健 段梦琪 商鹏 强巴央宗 《畜牧兽医学报》 CAS 2024年第5期1958-1969,共12页
本研究以约克夏猪为对照,旨在分析藏猪和约克夏猪的血液生理指标和免疫相关器官组织表达谱方面的差异,结合藏猪外周血淋巴细胞在LPS刺激下,促炎因子IL-1β、IL-6和TNF-α的表达情况,探究IL-1β、IL-6及TNF-α对藏猪免疫性状的影响。试... 本研究以约克夏猪为对照,旨在分析藏猪和约克夏猪的血液生理指标和免疫相关器官组织表达谱方面的差异,结合藏猪外周血淋巴细胞在LPS刺激下,促炎因子IL-1β、IL-6和TNF-α的表达情况,探究IL-1β、IL-6及TNF-α对藏猪免疫性状的影响。试验选择180日龄的藏猪和约克夏猪各40头按品种分为两个试验组,采集新鲜血液用于检测血液生理指标;采集猪外周淋巴血用于培养外周血淋巴细胞。随机选取藏猪和约克夏猪各8头按品种分为两个试验组,前腔静脉采集新鲜血液、屠宰后采集黄豆样大小的肝脏、脾脏、下颌淋巴结组织Trizol法提取RNA。每个个体样品设置3个重复,借助RT-qPCR和一代测序技术检测IL-1β、IL-6、TNF-α基因表达情况和基因多态性。设置4组浓度的LPS(0、1、10、100μg·mL^(-1)),每组设置3个重复去刺激外周血淋巴细胞,于0、24、36、48、72 h收集细胞,用RT-qPCR检测促炎因子mRNA的表达情况。结果表明:1)藏猪的WBC、RBC、HGB、HCT和PLT水平极显著高于约克夏猪(P<0.01),同时,平均MCV和PCT也在藏猪中显著高于约克夏猪(P<0.05)。2)RT-qPCR结果表明,在藏猪的血液、脾脏和肝脏组织中,IL-1β、IL-6和TNF-α基因的mRNA表达量也均显著高于约克夏猪(P<0.01);在藏猪的下颌淋巴结中,IL-1β和TNF-α基因的表达量显著高于约克夏猪(P<0.05),IL-6基因的mRNA表达量极显著高于约克夏猪(P<0.01)。3)SNP位点筛选结果发现,在IL-1β基因3′侧翼区存在5个突变位点,其中G^(690)T、C^(1383)G、C^(1480)T、A^(1497)G位点在藏猪和约克夏猪群体间存在极显著差异(P<0.01),C^(1454)T位点在藏猪和约克夏猪群体存在显著差异(P<0.05);IL-6基因3′侧翼区存在1个有义突变位点C^(265)T,两品种间呈显著差异(P<0.05),在5′侧翼区存在1个有义突变位点A-72G,两品种间呈极显著差异(P<0.01);TNF-α基因在5′侧翼区存在1个有义突变位点,但两品种间差异不显著(P>0.05)。4)不同浓度LPS刺激藏猪外周血淋巴细胞试验结果表明,10μg·mL^(-1)浓度的LPS对藏猪外周血淋巴细胞的增殖效应最为显著。在1、10μg·mL^(-1)浓度LPS刺激下,IL-1β基因作出较明显应答,在100μg·mL^(-1)浓度LPS刺激下,IL-6基因作出较强应答。综上所述,和约克夏猪相比,藏猪在血液生理指标、免疫组织器官中促炎因子表达以及基因多态性方面表现出更强的抗病能力。其中IL-6基因的A-72G位点可能与免疫性和抗病能力密切相关。在藏猪外周血淋巴细胞培养试验中,IL-1β和IL-6基因对LPS的显著应答突显了它们在免疫调控中的关键作用。 展开更多
关键词 藏猪 LPS 促炎因子 血液生理指标 SNP
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藏猪源猪链球菌的分离鉴定及生物学特性分析
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作者 谢鑫睿 段梦琪 +4 位作者 郭新颖 何宇轩 王宇 吴茜 商鹏 《中国预防兽医学报》 2025年第6期553-559,584,共8页
为了解西藏地区屠宰场待屠宰藏猪是否存在猪链球菌(SS)感染及其感染程度,本研究通过无菌采集西藏自治区林芝市某屠宰场483份屠宰藏猪肺脏样品,进行细菌的分离培养。对获得的分离菌株,利用以下方法进行生物学特性分析:形态学观察、生化... 为了解西藏地区屠宰场待屠宰藏猪是否存在猪链球菌(SS)感染及其感染程度,本研究通过无菌采集西藏自治区林芝市某屠宰场483份屠宰藏猪肺脏样品,进行细菌的分离培养。对获得的分离菌株,利用以下方法进行生物学特性分析:形态学观察、生化试验、16S rDNA基因的PCR扩增及进化树分析,荚膜血清基因分型、毒力基因和耐药基因的PCR检测、药敏试验,并测定其生物被膜(BF)形成能力及其对小鼠致病性。结果显示,从483份肺脏样品中共分离出8株SS,分离菌在TSA固体平板上呈灰白色透明小水滴状菌落,革兰氏染色可见革兰氏阳性单个、成对或链状椭球菌。进化树结果显示,本实验分离菌与GenBank中SS参考菌株16S rDNA基因序列的相似性均较高,均达95.0%以上,共分为4个大支。基因分型结果显示,20%为血清型7,80%为血清型15。对12种常见毒力基因经PCR检测,结果显示共检测出9种毒力基因。对15种耐药基因的PCR检测与统计结果显示,除甲氧苄啶耐药基因的检出率较低,为6.25%,其余耐药基因的检出率均在60%以上。药敏试验结果显示8株分离菌均对四环素类耐药,对磺胺类不耐药。将药敏结果与耐药基因结果通过SPSS 26进行相关性分析发现:大环内酯等3类耐药基因与表型正相关;β-内酰胺等2类负相关;磺胺类无相关。BF形成能力检测结果显示,有6株分离菌能够形成BF,其中4株为中等成膜能力菌株,2株为弱成膜能力菌株。选取毒力基因检出最多的L11菌株,利用0.5 mL 1×10^(10)cfu/mL L11菌液感染小鼠,感染1 h后小鼠均表现为体温弛张热、呼吸急促、行动缓慢,病死率达30%。病理切片观察可见感染组小鼠的心脏中心肌结构散乱,局部炎症浸润;肝脏局部出血;脾脏组织大量淋巴细胞浸润;肺脏出现明显的中心粒细胞浸润;肾脏肾小球上皮严重变性和坏死。综上,本研究首次系统揭示了西藏藏猪源SS的流行特征及生物学特性,其地域特殊性、耐药与毒力基因检测及BF形成能力的揭示均具有一定的创新性,不仅为藏猪健康养殖和西藏SS感染的防控提供了直接依据,也为跨区域链球菌的传播研究及耐药性进化机制探索提供了重要数据支撑。 展开更多
关键词 藏猪 猪源链球菌 分离鉴定 耐药性 毒力基因 生物被膜 小鼠致病性
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中国西藏地区藏猪源鼠伤寒沙门菌的分离鉴定及毒力基因与耐药性分析
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作者 王宇 何宇轩 +4 位作者 王语诗 聂浩洋 孙明阳 韦明邦 商鹏 《中国预防兽医学报》 2025年第4期333-340,共8页
为了解西藏地区藏源猪鼠伤寒沙门菌的流行现状、毒力基因的检测率、耐药基因、耐药表型及二者的符合率,本研究从西藏林芝、山南、昌都等地区采集藏猪粪便样品387份,分别接种于MRSV半固体培养板和SS固体培养基,并对分离菌经革兰氏染色镜... 为了解西藏地区藏源猪鼠伤寒沙门菌的流行现状、毒力基因的检测率、耐药基因、耐药表型及二者的符合率,本研究从西藏林芝、山南、昌都等地区采集藏猪粪便样品387份,分别接种于MRSV半固体培养板和SS固体培养基,并对分离菌经革兰氏染色镜检、生化鉴定及PCR鉴定。结果显示,387份样品中沙门菌的检出率为53.74%(208/387),通过PCR扩增16S rDNA基因及特异性鉴定基因Stn,确定208株均为沙门菌。通过血清型分型对208株沙门菌分型,结果显示,208株沙门菌中鼠伤寒沙门菌的检出率为29.32%(61/208)。通过PCR检测61株鼠伤寒沙门菌中的毒力基因。结果显示,mgtC、mogA、araB、svpR、bcfA的检出率分别为100%(61/61)、98.36%(60/61)、98.36%(60/61)、14.75%(9/61)、0(0/61)。采用K-B纸片扩散法检测61株鼠伤寒沙门菌对5类药物的敏感性,并通过PCR方法检测61株鼠伤寒沙门菌的5类耐药基因(氨基糖苷类、β-内酰胺类、磺胺类、酰胺醇类、四环素类),采用SPSS 26软件分析分离菌耐药表型与耐药基因之间的相关性。结果显示,其中37株鼠伤寒沙门菌为多重耐药率达60.65%(37/61),耐3重药物和耐4重药物的菌株分别为44.26%(27/61)和16.39%(10/61),其中61株菌均对酰胺醇类(氯霉素)、β-内酰胺类(氨苄西林)、磺胺类(复方新诺明)有较强耐药性,有54株(88.52%)鼠伤寒沙门菌对喹诺酮类(环丙沙星)敏感,有24株(39.34%)对头孢类(头孢唑林)敏感。耐药基因检测结果显示,共检测到11种耐药基因,其中四环素类耐药基因tetB的检出率为40.98%(25/61);氨基糖苷类耐药基因aac(3)-Ia与aadA1的检出率分别为4.91%(3/61)与85.24%(52/61);β-内酰胺类耐药基因blaTEM-I、blaSHV的检出率分别为86.88%(53/61)与75.40%(46/61);磺胺类耐药基因sul-I与sul-II的检出率分别为60.65%(37/61)与93.44%(57/61);酰胺醇类cat I与floR耐药基因的检出率分别为14.75%(9/61)与16.39%(10/61),其中有12株沙门菌检测出6种耐药基因,有3株沙门菌检测出7种耐药基因,有2株沙门菌检测出8种耐药基因。61株沙门菌磺胺类药物耐药表型与耐药基因的符合率最高为95%(57/60)。本研究首次对西藏地区藏猪沙门菌携带情况作了初步调查,发现鼠伤寒沙门菌携带多种毒力基因,且对多种药物耐药并携带多种耐药基因,该结果可为西藏地区鼠伤寒沙门菌的研究和相关疾病的预防提供一定的参考。 展开更多
关键词 藏猪 鼠伤寒沙门菌 毒力基因 耐药基因 耐药表型
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