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基于极端混合池全基因组重测序的茄子果实硬度基因定位
1
作者
乔军
刘婧
+1 位作者
李素文
王利英
《华北农学报》
北大核心
2025年第3期44-50,共7页
为系统研究果实硬度相关基因,通过基因组重测序BSA方法定位果实硬度关联区间,并根据其对应的参考基因组共线性区段和基因注释信息预测候选基因,为下一步基因克隆奠定基础。以稳定遗传的软肉自交系C18与硬肉自交系LE4杂交,F2后代的果实...
为系统研究果实硬度相关基因,通过基因组重测序BSA方法定位果实硬度关联区间,并根据其对应的参考基因组共线性区段和基因注释信息预测候选基因,为下一步基因克隆奠定基础。以稳定遗传的软肉自交系C18与硬肉自交系LE4杂交,F2后代的果实硬度分离呈正态分布。在F2群体中分别选取30株软肉和30株硬肉单株构建极端混合池,对混合池样本和双亲材料分别开展30×和10×覆盖度的全基因组重测序。重测序共获得1891040个单核苷酸多态性(SNPs)标记及376603个插入缺失(InDels)标记,用于果实硬度性状的全基因组定位。BSA定位峰值位于茄子第6号染色体,从72610411到75329951 bp,共计2.71 Mb。根据通路富集和基因功能注释,筛选到候选基因Smechr0601726.1和Smechr0601735.1。综上,通过基因组重测序BSA分析可知,茄子果实硬度可能由2个重要的候选基因进行调控,Smechr0601726.1编码多聚半乳糖醛酸酶基因,与果实硬度直接相关;Smechr0601735.1与抗坏血酸和阿糖二酸代谢密切相关,编码抗坏血酸过氧化物酶,与果实发育和硬度形成有关,可以延缓果实软化。
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关键词
茄子
极端混合池
全基因组重测序
果实硬度
基因定位
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题名
基于极端混合池全基因组重测序的茄子果实硬度基因定位
1
作者
乔军
刘婧
李素文
王利英
机构
天津市农业科学院
蔬菜
研究所
蔬菜生物技术育种国家重点实验室
天津市
蔬菜
遗传
育种
企业
重点
实验室
天津科润
蔬菜
研究所
出处
《华北农学报》
北大核心
2025年第3期44-50,共7页
基金
蔬菜生物技术育种国家重点实验室项目(24ZXZSSS00210)
天津市蔬菜现代农业产业技术体系创新团队项目(ITTVRS2024007)。
文摘
为系统研究果实硬度相关基因,通过基因组重测序BSA方法定位果实硬度关联区间,并根据其对应的参考基因组共线性区段和基因注释信息预测候选基因,为下一步基因克隆奠定基础。以稳定遗传的软肉自交系C18与硬肉自交系LE4杂交,F2后代的果实硬度分离呈正态分布。在F2群体中分别选取30株软肉和30株硬肉单株构建极端混合池,对混合池样本和双亲材料分别开展30×和10×覆盖度的全基因组重测序。重测序共获得1891040个单核苷酸多态性(SNPs)标记及376603个插入缺失(InDels)标记,用于果实硬度性状的全基因组定位。BSA定位峰值位于茄子第6号染色体,从72610411到75329951 bp,共计2.71 Mb。根据通路富集和基因功能注释,筛选到候选基因Smechr0601726.1和Smechr0601735.1。综上,通过基因组重测序BSA分析可知,茄子果实硬度可能由2个重要的候选基因进行调控,Smechr0601726.1编码多聚半乳糖醛酸酶基因,与果实硬度直接相关;Smechr0601735.1与抗坏血酸和阿糖二酸代谢密切相关,编码抗坏血酸过氧化物酶,与果实发育和硬度形成有关,可以延缓果实软化。
关键词
茄子
极端混合池
全基因组重测序
果实硬度
基因定位
Keywords
Eggplant
Extreme mixing pool
Whole-genome resequencing
Fruit hardness
Gene mapping
分类号
S641.1 [农业科学—蔬菜学]
Q343.1 [生物学—遗传学]
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题名
作者
出处
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被引量
操作
1
基于极端混合池全基因组重测序的茄子果实硬度基因定位
乔军
刘婧
李素文
王利英
《华北农学报》
北大核心
2025
0
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