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尿液细胞外囊泡中的podocalyxin在糖尿病肾病诊断中的价值
被引量：
7
1
作者
吴凡
陈韵颖
+4 位作者
肖花
邹子良
宁靖
陈海珊
邹和群
《南方医科大学学报》
CAS
CSCD
北大核心
2018年第9期1126-1130,共5页
目的探究尿液细胞外囊泡中足细胞表面标志蛋白podocalyxin(PCX)水平在糖尿病肾病诊断中的应用价值。方法收集2017年3月~2017年9月在本院确诊收治的糖尿病患者共57例,其中34例单纯糖尿病患者,23例糖尿病肾病患者,并收集21例其他类型肾病...
目的探究尿液细胞外囊泡中足细胞表面标志蛋白podocalyxin(PCX)水平在糖尿病肾病诊断中的应用价值。方法收集2017年3月~2017年9月在本院确诊收治的糖尿病患者共57例,其中34例单纯糖尿病患者,23例糖尿病肾病患者,并收集21例其他类型肾病患者,11例健康体检者作为对照。采用透射电镜(TEM)和纳米示踪技术(NTA)验证尿液中细胞外囊泡的分离效果,Western blot法检测分离出的各组细胞外囊泡的分子标记物(TSG101、PCX),ELISA法检测细胞外囊泡中PCX水平。结果TEM结果发现尿液中细胞外囊泡含量丰富、形态完整、大小不等,NTA结果发现绝大多数颗粒直径小于300 nm。Western blot法显示4组样本中均可以检测出TSG101表达,且糖尿病肾病患者样本中PCX均呈阳性表达,而在健康体检组、单纯糖尿病患者以及其他肾病患者样本中呈阴性表达。ELISA法显示糖尿病肾病组24 h尿液细胞外囊泡中PCX水平(3.27±2.30 ng/μmol)显著高于健康体检组(1.22±0.36 ng/μmol)、单纯糖尿病组(2.22±1.29 ng/μmol)以及其他肾病组(1.24±0.45 ng/μmol),有统计学意义(P<0.05)。结论糖尿病肾病患者尿液细胞外囊泡中PCX水平明显升高,可以作为临床检测糖尿病肾病的潜在标志物之一,具有重要的临床意义。
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关键词
尿液细胞外囊泡
外泌体
PODOCALYXIN
糖尿病肾病
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职称材料
基于生物信息学分析丙肝相关肾病潜在生物标志物
2
作者
陈志敏
林丹华(指导)
《中国免疫学杂志》
CAS
CSCD
北大核心
2020年第17期2064-2070,共7页
目的:利用生物信息学方法寻找丙型肝炎(HCV)和慢性肾脏病(CKD)的共表达差异基因(co-DEGs),并预测HCV相关性肾病潜在的生物标志。方法:在公共基因表达数据库GEO中下载HCV基因芯片数据GSE20948和CKD基因芯片数据GSE15072,利用R语言筛选出...
目的:利用生物信息学方法寻找丙型肝炎(HCV)和慢性肾脏病(CKD)的共表达差异基因(co-DEGs),并预测HCV相关性肾病潜在的生物标志。方法:在公共基因表达数据库GEO中下载HCV基因芯片数据GSE20948和CKD基因芯片数据GSE15072,利用R语言筛选出各自的差异基因,并于Genecards数据库取CKD与HCV差异基因的取交集,得到co-DEGs,随后通过R语言对两组数据的DEGs进行GO富集分析和KEGG通路分析,并对4个co-DEGs行KEGG通路分析。STRING和Cytoscape构建差异基因表达蛋白的互作网络并筛选关键节点基因。通过AmiGO数据库对co-DEGs进行功能条目注释,并使用CTD数据库搜索co-DEGs可能导致的疾病。最后,进一步通过miRDB、mirDIP、TargetScan数据库筛选co-DEGs靶向的miRNA,使用miEAA数据库分析靶向miRNA的功能通路。结果:GSE20948共筛选出122个HCV的差异基因,GSE15072共筛选出235个CKD的差异基因,与Genecards数据库取交集后得到4个HCV和CKD的co-DEGs:GLRX、NFIL3、PFKFB3和KLF10,GO富集分析显示HCV的DEGs主要参与的分子生物学过程包括胺代谢过程、内源性细胞凋亡信号通路等;CKD的DEGs主要参与的分子生物学过程包括核转录mRNA分解代谢过程及病毒转录等。KEGG通路分析显示HCV的DEGs主要参与抗生素的生物合成通路及氨基酸代谢等通路;CKD的DEGs主要参与氧化磷酸化及非酒精性脂肪性肝病(NAFLD)等通路。KEGG通路分析提示co-DEGs在果糖和甘露糖代谢通路中富集。通过筛选3个miRNA数据库共得到10个co-DEGs靶向的miRNA,其参与的功能通路主要与炎症反应有关。结论:共表达基因GLRX、NFIL3、PFKFB3和KLF10通过自身功能调控多条信号通路影响HCV相关肾病的发生和发展,是其潜在的生物标志。
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关键词
生物信息学
丙肝相关性肾病
生物标志物
基因分析
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职称材料
题名
尿液细胞外囊泡中的podocalyxin在糖尿病肾病诊断中的价值
被引量：
7
1
作者
吴凡
陈韵颖
肖花
邹子良
宁靖
陈海珊
邹和群
机构
南方医科大学
附属
第三
医院
肾
内科
莆田学院附属医院肾内科
广东顺德南方医科大学科技园有限公司
出处
《南方医科大学学报》
CAS
CSCD
北大核心
2018年第9期1126-1130,共5页
基金
广东省自然科学基金(2016A030313559)
广东省科技厅科技计划项目(2014A020212196)
+3 种基金
南方医科大学科研启动计划项目(PY2014N094)
中国南方智谷引进创新团队和项目(CXTD-04)
广州市健康医疗协同创新重大专项(201604020015)
欧盟第七框架计划资助项目(Uro Sense-286386)
文摘
目的探究尿液细胞外囊泡中足细胞表面标志蛋白podocalyxin(PCX)水平在糖尿病肾病诊断中的应用价值。方法收集2017年3月~2017年9月在本院确诊收治的糖尿病患者共57例,其中34例单纯糖尿病患者,23例糖尿病肾病患者,并收集21例其他类型肾病患者,11例健康体检者作为对照。采用透射电镜(TEM)和纳米示踪技术(NTA)验证尿液中细胞外囊泡的分离效果,Western blot法检测分离出的各组细胞外囊泡的分子标记物(TSG101、PCX),ELISA法检测细胞外囊泡中PCX水平。结果TEM结果发现尿液中细胞外囊泡含量丰富、形态完整、大小不等,NTA结果发现绝大多数颗粒直径小于300 nm。Western blot法显示4组样本中均可以检测出TSG101表达,且糖尿病肾病患者样本中PCX均呈阳性表达,而在健康体检组、单纯糖尿病患者以及其他肾病患者样本中呈阴性表达。ELISA法显示糖尿病肾病组24 h尿液细胞外囊泡中PCX水平(3.27±2.30 ng/μmol)显著高于健康体检组(1.22±0.36 ng/μmol)、单纯糖尿病组(2.22±1.29 ng/μmol)以及其他肾病组(1.24±0.45 ng/μmol),有统计学意义(P<0.05)。结论糖尿病肾病患者尿液细胞外囊泡中PCX水平明显升高,可以作为临床检测糖尿病肾病的潜在标志物之一,具有重要的临床意义。
关键词
尿液细胞外囊泡
外泌体
PODOCALYXIN
糖尿病肾病
Keywords
urinary extracellular vesicles
exosomes
podocalyxin
diabetic nephropathy
分类号
R587.2 [医药卫生—内分泌]
R692.9 [医药卫生—泌尿科学]
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职称材料
题名
基于生物信息学分析丙肝相关肾病潜在生物标志物
2
作者
陈志敏
林丹华(指导)
机构
莆田
市
莆田学院附属医院肾内科
出处
《中国免疫学杂志》
CAS
CSCD
北大核心
2020年第17期2064-2070,共7页
基金
莆田学院2017年校内科研立项项目(研究生专项)(2017065)。
文摘
目的:利用生物信息学方法寻找丙型肝炎(HCV)和慢性肾脏病(CKD)的共表达差异基因(co-DEGs),并预测HCV相关性肾病潜在的生物标志。方法:在公共基因表达数据库GEO中下载HCV基因芯片数据GSE20948和CKD基因芯片数据GSE15072,利用R语言筛选出各自的差异基因,并于Genecards数据库取CKD与HCV差异基因的取交集,得到co-DEGs,随后通过R语言对两组数据的DEGs进行GO富集分析和KEGG通路分析,并对4个co-DEGs行KEGG通路分析。STRING和Cytoscape构建差异基因表达蛋白的互作网络并筛选关键节点基因。通过AmiGO数据库对co-DEGs进行功能条目注释,并使用CTD数据库搜索co-DEGs可能导致的疾病。最后,进一步通过miRDB、mirDIP、TargetScan数据库筛选co-DEGs靶向的miRNA,使用miEAA数据库分析靶向miRNA的功能通路。结果:GSE20948共筛选出122个HCV的差异基因,GSE15072共筛选出235个CKD的差异基因,与Genecards数据库取交集后得到4个HCV和CKD的co-DEGs:GLRX、NFIL3、PFKFB3和KLF10,GO富集分析显示HCV的DEGs主要参与的分子生物学过程包括胺代谢过程、内源性细胞凋亡信号通路等;CKD的DEGs主要参与的分子生物学过程包括核转录mRNA分解代谢过程及病毒转录等。KEGG通路分析显示HCV的DEGs主要参与抗生素的生物合成通路及氨基酸代谢等通路;CKD的DEGs主要参与氧化磷酸化及非酒精性脂肪性肝病(NAFLD)等通路。KEGG通路分析提示co-DEGs在果糖和甘露糖代谢通路中富集。通过筛选3个miRNA数据库共得到10个co-DEGs靶向的miRNA,其参与的功能通路主要与炎症反应有关。结论:共表达基因GLRX、NFIL3、PFKFB3和KLF10通过自身功能调控多条信号通路影响HCV相关肾病的发生和发展,是其潜在的生物标志。
关键词
生物信息学
丙肝相关性肾病
生物标志物
基因分析
Keywords
Bioinformatics
Hepatitis C-related nephropathy
Biomarkers
Genetic analysis
分类号
R446.9 [医药卫生—诊断学]
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职称材料
题名
作者
出处
发文年
被引量
操作
1
尿液细胞外囊泡中的podocalyxin在糖尿病肾病诊断中的价值
吴凡
陈韵颖
肖花
邹子良
宁靖
陈海珊
邹和群
《南方医科大学学报》
CAS
CSCD
北大核心
2018
7
在线阅读
下载PDF
职称材料
2
基于生物信息学分析丙肝相关肾病潜在生物标志物
陈志敏
林丹华(指导)
《中国免疫学杂志》
CAS
CSCD
北大核心
2020
0
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