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JAK/STAT信号通路在机体免疫及相关疾病中的作用机制 被引量:13
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作者 潘志鹏 伦永志 《中国免疫学杂志》 CAS CSCD 北大核心 2016年第9期1395-1399,共5页
JAK/STAT(Janus kinase/Signal transducer and activator of transcription)信号通路目前已成为研究细胞膜到细胞核信号传递中的经典信号途径,同时也解释了大量细胞因子和激素是如何发挥其相关功能的。解析JAK/STAT信号通路同样有助... JAK/STAT(Janus kinase/Signal transducer and activator of transcription)信号通路目前已成为研究细胞膜到细胞核信号传递中的经典信号途径,同时也解释了大量细胞因子和激素是如何发挥其相关功能的。解析JAK/STAT信号通路同样有助于细胞间通讯和细胞外基因表达控制的研究。目前针对JAK/STAT信号通路的特异性临床治疗已取得一定成就。 展开更多
关键词 信号通路 JAK/STAT 细胞因子 细胞间通讯 TRANSDUCER 基因表达 作用机制 信号传递 STATS 信号转导
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人肠源植物乳杆菌PUM1785全基因组测序分析与功能挖掘 被引量:7
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作者 孙杰 沈敏 +1 位作者 吴恬菲 伦永志 《微生物学杂志》 CAS CSCD 2021年第5期69-79,共11页
植物乳杆菌(Lactobacillus plantarum)PUM1785是从潜在多重耐药患者的新鲜粪便标本中分离得到的一株具有良好生物学活性的乳酸菌,为了进一步研究其生物学特性和功能,对其进行全基因组测序并解析基因组序列信息及功能。利用Illumina HiSe... 植物乳杆菌(Lactobacillus plantarum)PUM1785是从潜在多重耐药患者的新鲜粪便标本中分离得到的一株具有良好生物学活性的乳酸菌,为了进一步研究其生物学特性和功能,对其进行全基因组测序并解析基因组序列信息及功能。利用Illumina HiSeq平台对植物乳杆菌PUM1785进行全基因组测序,利用相关生物信息学软件对原始数据进行组装及其后续的功能注释、次级代谢产物合成基因簇、致病性及分子进化分析。植物乳杆菌PUM1785基因组全长3128032 bp,GC含量44.56%;基因组特征显示其具有高碳水化合物代谢能力以及强抑菌和耐受活性,毒力因子主要表现为黏附和抵抗宿主免疫防御系统作用,属无致病性的毒力减弱型菌株。植物乳杆菌PUM1785能够黏附于宿主细胞,产生抗性蛋白和毒力因子,保护自身不受机体免疫防御的清除和破坏,能够在肠道内稳定定殖,适合作为微生态制剂或功能性食品生产菌株。 展开更多
关键词 植物乳杆菌 基因组学 功能注释 细菌素 次级代谢 分子进化分析
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急性早期前体T淋巴细胞白血病核心基因的筛选及其调控网络分析 被引量:3
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作者 伦永志 孙杰 于增国 《中国实验血液学杂志》 CAS CSCD 北大核心 2019年第3期673-684,共12页
目的:筛选急性早期前体T淋巴细胞白血病(ETP ALL)核心基因并分析其与上游互作miRNA、lncRNA和参与通路的相互作用,探讨ETP ALL发生发展过程中的调控机制并寻找可用于临床诊疗的分子靶点。方法:利用基因表达公共数据库(Gene Expression O... 目的:筛选急性早期前体T淋巴细胞白血病(ETP ALL)核心基因并分析其与上游互作miRNA、lncRNA和参与通路的相互作用,探讨ETP ALL发生发展过程中的调控机制并寻找可用于临床诊疗的分子靶点。方法:利用基因表达公共数据库(Gene Expression Omnibus,GEO)和癌症基因组图谱(The Cancer Genome Atlas,TCGA)数据库的2者交集,筛选ETP ALL差异表达基因集(differentially expressed genes,DEG)分别进行功能富集和相互作用的分析;再利用网络模块划分方法筛选DEG核心基因,并利用mirDIP、star Base在线工具对核心基因上游miRNA、lncRNA进行预测。结果:获得高可信度的差异表达基因424个,基因本体(gene ontology,GO)功能富集于转录调控、信号通路及蛋白功能活化等生物学活性,KEGG通路富集于造血、缺氧应激反应、转录失调、免疫等功能;通过两者相互关联分析。获得7个核心基因,并先后预测到7个miRNA和19个lncRNA符合筛选标准,最后构建出1个lncRNA-miRNA-mRNA-pathway调控网络。结论:基于数据挖掘方法筛选获得ETP ALL中的差异表达基因集,通过共表达分析寻找到其中的核心基因,并对核心基因上游miRNA,lncRNA进行预测,为ETP ALL的早期诊断和合理治疗提供了理论依据,有助于寻找新的区别于经典T-ALL的ETP ALL肿瘤标志物。 展开更多
关键词 急性早期前体T淋巴细胞白血病 差异表达基因集 核心基因 miRNA lncRNA
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肝细胞癌患者外周血单个核细胞诊断候选基因的筛选及其调控网络分析 被引量:2
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作者 伦永志 孙杰 《浙江大学学报(医学版)》 CAS CSCD 北大核心 2019年第2期148-157,共10页
目的:通过筛选肝细胞癌(HCC)患者外周血单个核细胞(PBMC)诊断候选基因并分析其上游互作微小RNA(miRNA)、长链非编码RNA(lncRNA)、环状(circRNA)和参与的通路,探讨HCC发生、发展过程中的调控机制并寻找可用于临床诊疗的分子靶点。方法:利... 目的:通过筛选肝细胞癌(HCC)患者外周血单个核细胞(PBMC)诊断候选基因并分析其上游互作微小RNA(miRNA)、长链非编码RNA(lncRNA)、环状(circRNA)和参与的通路,探讨HCC发生、发展过程中的调控机制并寻找可用于临床诊疗的分子靶点。方法:利用GEO数据库筛选HCC患者PBMC中的差异表达基因集,分别进行功能富集及互作分析,继而利用网络模块划分方法寻找差异表达基因中的诊断候选基因,再利用mirDIP、starBase在线工具对诊断候选基因的上游miRNA、lncRNA、circRNA进行预测。结果:获得高可信度的差异表达基因265个,差异表达基因主要富集于增殖调控、代谢调节、细胞通信、炎症疾病等功能,基因本体及KEGG通路富集结果相互关联。筛选获得4个诊断候选基因,包括RNA结合蛋白FUS、C-X-C基序趋化因子配体8、卡林蛋白和RNA聚合酶Ⅱ亚单位H。预测到10个miRNA、1个lncRNA和38个circRNA符合筛选标准,最后构建出一个lncRNA/circRNA-miRNA-mRNA-通路调控网络。结论:本研究基于数据挖掘方法筛选获得HCC患者PBMC中的诊断候选基因及其调控网络,为HCC的早期诊断和合理治疗提供了理论依据,有助于寻找新的肿瘤标志物。 展开更多
关键词 肝细胞/病理学 白细胞 单核/代谢 微RNAs 基因 基因表达谱 寡核苷酸序列分析 基因表达调控 肿瘤 计算机通信网络 自动数据处理
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