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基于整合转录组学分析丝氨酸蛋白酶抑制剂Hespintor抑制肝癌裸鼠移植瘤生长的潜在机制 被引量:3
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作者 伦永志 孙杰 +3 位作者 魏玲 刘奔 董雯 潘凌鸿 《西安交通大学学报(医学版)》 CAS CSCD 北大核心 2022年第2期202-212,共11页
目的利用转录物组测序技术探寻差异表达长链非编码RNA(Long non-coding RNA,lncRNA)、mRNA与Hespintor抗肿瘤潜在机制的关联性。方法首先建立人肝癌裸鼠移植瘤模型,分组给药4周后取瘤体,分别构建Hespintor治疗组、溶剂对照组瘤组织cDNA... 目的利用转录物组测序技术探寻差异表达长链非编码RNA(Long non-coding RNA,lncRNA)、mRNA与Hespintor抗肿瘤潜在机制的关联性。方法首先建立人肝癌裸鼠移植瘤模型,分组给药4周后取瘤体,分别构建Hespintor治疗组、溶剂对照组瘤组织cDNA文库并进行转录物组测序,基于RNA-seq数据筛选差异表达lncRNA、mRNA基因集,继而进行功能富集及相互作用分析,再利用网络模块划分方法寻找Hespintor作用靶点基因并构建调控网络。结果筛选获得Hespintor治疗组高可信度的差异表达基因集lncRNA(DEGs lncRNA)2003个和mRNA(DEGs mRNA)1038个,DEGs lncRNA调控靶mRNA主要富集于PIP3激活Akt信号、p53信号通路、FOXO介导的转录和细胞周期等功能,DEGs mRNA主要富集于趋化因子信号通路、细胞外基质受体相互作用、补体和凝血级联等功能,两者关联性侧重体现在细胞行为、转录调控和细胞周期等三方面。结论PI3K/Akt信号通路可能在Hespintor抑制肿瘤效应中发挥主导作用,诱导细胞周期阻滞于G1/S期并引起细胞凋亡。 展开更多
关键词 Hespintor 晚期肝细胞癌 转录物组测序技术 长链非编码RNA 差异表达基因集
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两种严重急性呼吸综合征冠状病毒S蛋白结构特征及抗原表位比较 被引量:3
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作者 伦永志 刘奔 +2 位作者 董雯 孙杰 潘凌鸿 《浙江大学学报(医学版)》 CAS CSCD 北大核心 2020年第3期315-323,共9页
目的:通过严重急性呼吸综合征冠状病毒(SARS-CoV)-2与SARS-CoV S蛋白结构特征及抗原表位的比较分析,从分子水平为SARS-CoV-2致病机制研究提供数据支持,并为疫苗、抗体及药物研发寻找合适的候选靶点。方法:利用生物信息学方法和工具,基于... 目的:通过严重急性呼吸综合征冠状病毒(SARS-CoV)-2与SARS-CoV S蛋白结构特征及抗原表位的比较分析,从分子水平为SARS-CoV-2致病机制研究提供数据支持,并为疫苗、抗体及药物研发寻找合适的候选靶点。方法:利用生物信息学方法和工具,基于S蛋白参考序列进行理化性质、疏水性、信号肽、跨膜区、结构域、二级结构、三级结构分析及抗原表位预测,同时对受体血管紧张素转换酶2(ACE2)、C型凝集素(CLEC4M)的组织表达及关联通路、途径进行分析。结果:SARS-CoV-2、SARS-CoV S蛋白氨基酸序列一致性为75.80%,两者结构特征具有较高一致性,但SARS-CoV-2高级结构特征不如SARS-CoV明显。受体ACE2、CLEC4M在消化系统及心脏、肾脏、肺、胎盘中均有表达,主要关联的肾素-血管紧张素系统、蛋白质消化吸收通路及血管紧张素前体转化、G蛋白偶联受体(GPCR)配体结合途径与2019冠状病毒病典型症状相关。分析获得S蛋白三对高度或完全同源的抗原表位,即SARS-CoV-2 S蛋白第600~605位氨基酸残基与SARS-CoV第586~591位高度一致,SARS-CoV-2 S蛋白第695~703位、第888~896位氨基酸残基分别与SARS-CoV第677~685位、第870~878位高度或完全一致。结论:SARS-CoV-2与SARS-CoV S蛋白结构上的相似性决定了两者具有相近的感染模式和临床表现。筛选获得的高可信度的SARS-CoV-2候选抗原表位可为病毒诊断和疫苗研制提供参考。 展开更多
关键词 严重急性呼吸综合征冠状病毒2 S蛋白 结构特征 抗原表位
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