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基于整合转录组学分析丝氨酸蛋白酶抑制剂Hespintor抑制肝癌裸鼠移植瘤生长的潜在机制
被引量：
3
1
作者
伦永志
孙杰
+3 位作者
魏玲
刘奔
董雯
潘凌鸿
《西安交通大学学报（医学版）》
CAS
CSCD
北大核心
2022年第2期202-212,共11页
目的利用转录物组测序技术探寻差异表达长链非编码RNA(Long non-coding RNA,lncRNA)、mRNA与Hespintor抗肿瘤潜在机制的关联性。方法首先建立人肝癌裸鼠移植瘤模型,分组给药4周后取瘤体,分别构建Hespintor治疗组、溶剂对照组瘤组织cDNA...
目的利用转录物组测序技术探寻差异表达长链非编码RNA(Long non-coding RNA,lncRNA)、mRNA与Hespintor抗肿瘤潜在机制的关联性。方法首先建立人肝癌裸鼠移植瘤模型,分组给药4周后取瘤体,分别构建Hespintor治疗组、溶剂对照组瘤组织cDNA文库并进行转录物组测序,基于RNA-seq数据筛选差异表达lncRNA、mRNA基因集,继而进行功能富集及相互作用分析,再利用网络模块划分方法寻找Hespintor作用靶点基因并构建调控网络。结果筛选获得Hespintor治疗组高可信度的差异表达基因集lncRNA(DEGs lncRNA)2003个和mRNA(DEGs mRNA)1038个,DEGs lncRNA调控靶mRNA主要富集于PIP3激活Akt信号、p53信号通路、FOXO介导的转录和细胞周期等功能,DEGs mRNA主要富集于趋化因子信号通路、细胞外基质受体相互作用、补体和凝血级联等功能,两者关联性侧重体现在细胞行为、转录调控和细胞周期等三方面。结论PI3K/Akt信号通路可能在Hespintor抑制肿瘤效应中发挥主导作用,诱导细胞周期阻滞于G1/S期并引起细胞凋亡。
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关键词
Hespintor
晚期肝细胞癌
转录物组测序技术
长链非编码RNA
差异表达基因集
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职称材料
两种严重急性呼吸综合征冠状病毒S蛋白结构特征及抗原表位比较
被引量：
3
2
作者
伦永志
刘奔
+2 位作者
董雯
孙杰
潘凌鸿
《浙江大学学报（医学版）》
CAS
CSCD
北大核心
2020年第3期315-323,共9页
目的:通过严重急性呼吸综合征冠状病毒(SARS-CoV)-2与SARS-CoV S蛋白结构特征及抗原表位的比较分析,从分子水平为SARS-CoV-2致病机制研究提供数据支持,并为疫苗、抗体及药物研发寻找合适的候选靶点。方法:利用生物信息学方法和工具,基于...
目的:通过严重急性呼吸综合征冠状病毒(SARS-CoV)-2与SARS-CoV S蛋白结构特征及抗原表位的比较分析,从分子水平为SARS-CoV-2致病机制研究提供数据支持,并为疫苗、抗体及药物研发寻找合适的候选靶点。方法:利用生物信息学方法和工具,基于S蛋白参考序列进行理化性质、疏水性、信号肽、跨膜区、结构域、二级结构、三级结构分析及抗原表位预测,同时对受体血管紧张素转换酶2(ACE2)、C型凝集素(CLEC4M)的组织表达及关联通路、途径进行分析。结果:SARS-CoV-2、SARS-CoV S蛋白氨基酸序列一致性为75.80%,两者结构特征具有较高一致性,但SARS-CoV-2高级结构特征不如SARS-CoV明显。受体ACE2、CLEC4M在消化系统及心脏、肾脏、肺、胎盘中均有表达,主要关联的肾素-血管紧张素系统、蛋白质消化吸收通路及血管紧张素前体转化、G蛋白偶联受体(GPCR)配体结合途径与2019冠状病毒病典型症状相关。分析获得S蛋白三对高度或完全同源的抗原表位,即SARS-CoV-2 S蛋白第600~605位氨基酸残基与SARS-CoV第586~591位高度一致,SARS-CoV-2 S蛋白第695~703位、第888~896位氨基酸残基分别与SARS-CoV第677~685位、第870~878位高度或完全一致。结论:SARS-CoV-2与SARS-CoV S蛋白结构上的相似性决定了两者具有相近的感染模式和临床表现。筛选获得的高可信度的SARS-CoV-2候选抗原表位可为病毒诊断和疫苗研制提供参考。
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关键词
严重急性呼吸综合征冠状病毒2
S蛋白
结构特征
抗原表位
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职称材料
题名
基于整合转录组学分析丝氨酸蛋白酶抑制剂Hespintor抑制肝癌裸鼠移植瘤生长的潜在机制
被引量：
3
1
作者
伦永志
孙杰
魏玲
刘奔
董雯
潘凌鸿
机构
莆田学院药学与医学技术学院医学微生态学福建省高校重点实验室
北京市理化分析测试中心
出处
《西安交通大学学报（医学版）》
CAS
CSCD
北大核心
2022年第2期202-212,共11页
基金
福建省自然科学基金项目(No.2021J011100)
2018年福建省高校新世纪优秀人才项目
莆田市科技计划项目(No.2017S2001)。
文摘
目的利用转录物组测序技术探寻差异表达长链非编码RNA(Long non-coding RNA,lncRNA)、mRNA与Hespintor抗肿瘤潜在机制的关联性。方法首先建立人肝癌裸鼠移植瘤模型,分组给药4周后取瘤体,分别构建Hespintor治疗组、溶剂对照组瘤组织cDNA文库并进行转录物组测序,基于RNA-seq数据筛选差异表达lncRNA、mRNA基因集,继而进行功能富集及相互作用分析,再利用网络模块划分方法寻找Hespintor作用靶点基因并构建调控网络。结果筛选获得Hespintor治疗组高可信度的差异表达基因集lncRNA(DEGs lncRNA)2003个和mRNA(DEGs mRNA)1038个,DEGs lncRNA调控靶mRNA主要富集于PIP3激活Akt信号、p53信号通路、FOXO介导的转录和细胞周期等功能,DEGs mRNA主要富集于趋化因子信号通路、细胞外基质受体相互作用、补体和凝血级联等功能,两者关联性侧重体现在细胞行为、转录调控和细胞周期等三方面。结论PI3K/Akt信号通路可能在Hespintor抑制肿瘤效应中发挥主导作用,诱导细胞周期阻滞于G1/S期并引起细胞凋亡。
关键词
Hespintor
晚期肝细胞癌
转录物组测序技术
长链非编码RNA
差异表达基因集
Keywords
Hespintor
advanced hepatocellular carcinoma
RNA-seq
lncrna
differentially expressed gene
分类号
R73‒362 [医药卫生—肿瘤]
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职称材料
题名
两种严重急性呼吸综合征冠状病毒S蛋白结构特征及抗原表位比较
被引量：
3
2
作者
伦永志
刘奔
董雯
孙杰
潘凌鸿
机构
莆田学院药学与医学技术学院医学微生态学福建省高校重点实验室
出处
《浙江大学学报（医学版）》
CAS
CSCD
北大核心
2020年第3期315-323,共9页
基金
福建省高等学校新世纪优秀人才项目
福建省卫生健康科研人才培养项目(2019-CX-42)。
文摘
目的:通过严重急性呼吸综合征冠状病毒(SARS-CoV)-2与SARS-CoV S蛋白结构特征及抗原表位的比较分析,从分子水平为SARS-CoV-2致病机制研究提供数据支持,并为疫苗、抗体及药物研发寻找合适的候选靶点。方法:利用生物信息学方法和工具,基于S蛋白参考序列进行理化性质、疏水性、信号肽、跨膜区、结构域、二级结构、三级结构分析及抗原表位预测,同时对受体血管紧张素转换酶2(ACE2)、C型凝集素(CLEC4M)的组织表达及关联通路、途径进行分析。结果:SARS-CoV-2、SARS-CoV S蛋白氨基酸序列一致性为75.80%,两者结构特征具有较高一致性,但SARS-CoV-2高级结构特征不如SARS-CoV明显。受体ACE2、CLEC4M在消化系统及心脏、肾脏、肺、胎盘中均有表达,主要关联的肾素-血管紧张素系统、蛋白质消化吸收通路及血管紧张素前体转化、G蛋白偶联受体(GPCR)配体结合途径与2019冠状病毒病典型症状相关。分析获得S蛋白三对高度或完全同源的抗原表位,即SARS-CoV-2 S蛋白第600~605位氨基酸残基与SARS-CoV第586~591位高度一致,SARS-CoV-2 S蛋白第695~703位、第888~896位氨基酸残基分别与SARS-CoV第677~685位、第870~878位高度或完全一致。结论:SARS-CoV-2与SARS-CoV S蛋白结构上的相似性决定了两者具有相近的感染模式和临床表现。筛选获得的高可信度的SARS-CoV-2候选抗原表位可为病毒诊断和疫苗研制提供参考。
关键词
严重急性呼吸综合征冠状病毒2
S蛋白
结构特征
抗原表位
Keywords
Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2
S protein
Structural characteristic
Epitope
分类号
R373.1 [医药卫生—病原生物学]
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职称材料
题名
作者
出处
发文年
被引量
操作
1
基于整合转录组学分析丝氨酸蛋白酶抑制剂Hespintor抑制肝癌裸鼠移植瘤生长的潜在机制
伦永志
孙杰
魏玲
刘奔
董雯
潘凌鸿
《西安交通大学学报（医学版）》
CAS
CSCD
北大核心
2022
3
在线阅读
下载PDF
职称材料
2
两种严重急性呼吸综合征冠状病毒S蛋白结构特征及抗原表位比较
伦永志
刘奔
董雯
孙杰
潘凌鸿
《浙江大学学报（医学版）》
CAS
CSCD
北大核心
2020
3
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