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基于海甘蓝RNA-Seq序列开发EST-SSR分子标记
被引量：
7
1
作者
戚维聪
程计华
+2 位作者
黄邦全
李坦
林峰
《江苏农业学报》
CSCD
北大核心
2014年第5期997-1002,共6页
利用油料作物海甘蓝(十字花科)发育时期种子的RNA-Seq测序数据组装获得186 778条cDNA重叠群(Contigs)序列,通过MISA和Primer 3程序设计了6 639个EST-SSR分子标记。在这些标记中,除了单核苷酸重复(45%)外,三核苷酸重复的SSR是最常见的碱...
利用油料作物海甘蓝(十字花科)发育时期种子的RNA-Seq测序数据组装获得186 778条cDNA重叠群(Contigs)序列,通过MISA和Primer 3程序设计了6 639个EST-SSR分子标记。在这些标记中,除了单核苷酸重复(45%)外,三核苷酸重复的SSR是最常见的碱基重复类型(29%),其次是双核苷酸型(10%)、五核苷酸型(7%)、六核苷酸型(5%)和四核苷酸型(2%)型。采用电子定位的方法将1 206个EST-SSR标记定位到近缘种白菜(Brassica napa)的基因组上。依据引物在白菜基因组中的分布,挑选了20条EST-SSR引物在海甘蓝中进行PCR验证,其结果显示所有引物均能够扩增出符合预期大小的PCR片段。这些新开发的EST-SSR引物可以作为功能标记应用于海甘蓝的分类鉴定、遗传图谱构建、种质资源鉴定以及分子标记辅助育种工作中。
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关键词
海甘蓝
分子标记
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职称材料
题名
基于海甘蓝RNA-Seq序列开发EST-SSR分子标记
被引量：
7
1
作者
戚维聪
程计华
黄邦全
李坦
林峰
机构
江苏省农业科学院农业生物技术研究所
荷兰瓦赫宁根大学植物育种系
中国科学院武汉
植物
园
湖北
大学
生命科学院
出处
《江苏农业学报》
CSCD
北大核心
2014年第5期997-1002,共6页
基金
江苏省农业科技自主创新基金[CX(13)3060]
文摘
利用油料作物海甘蓝(十字花科)发育时期种子的RNA-Seq测序数据组装获得186 778条cDNA重叠群(Contigs)序列,通过MISA和Primer 3程序设计了6 639个EST-SSR分子标记。在这些标记中,除了单核苷酸重复(45%)外,三核苷酸重复的SSR是最常见的碱基重复类型(29%),其次是双核苷酸型(10%)、五核苷酸型(7%)、六核苷酸型(5%)和四核苷酸型(2%)型。采用电子定位的方法将1 206个EST-SSR标记定位到近缘种白菜(Brassica napa)的基因组上。依据引物在白菜基因组中的分布,挑选了20条EST-SSR引物在海甘蓝中进行PCR验证,其结果显示所有引物均能够扩增出符合预期大小的PCR片段。这些新开发的EST-SSR引物可以作为功能标记应用于海甘蓝的分类鉴定、遗传图谱构建、种质资源鉴定以及分子标记辅助育种工作中。
关键词
海甘蓝
分子标记
Keywords
RNA-Seq
EST-SSR
Crambe abyssinica
RNA-Seq
EST-SSR
molecular marker
分类号
S513 [农业科学—作物学]
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题名
作者
出处
发文年
被引量
操作
1
基于海甘蓝RNA-Seq序列开发EST-SSR分子标记
戚维聪
程计华
黄邦全
李坦
林峰
《江苏农业学报》
CSCD
北大核心
2014
7
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