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亮叶月季叶绿体基因组密码子偏好性分析
1
作者
侯哲
姜正之
+1 位作者
沈萍
黄长兵
《江苏农业科学》
北大核心
2025年第7期38-44,共7页
本研究选取亮叶月季叶绿体基因组的58条CDS蛋白编码基因序列作为研究对象,进行了密码子偏好性的分析。使用CodonW 1.4.2和EMBOSS软件对亮叶月季的密码子碱基组成进行分析,得到GC、ENC、RSCU等参数,基于这些参数,用Orign、SPSS等软件进...
本研究选取亮叶月季叶绿体基因组的58条CDS蛋白编码基因序列作为研究对象,进行了密码子偏好性的分析。使用CodonW 1.4.2和EMBOSS软件对亮叶月季的密码子碱基组成进行分析,得到GC、ENC、RSCU等参数,基于这些参数,用Orign、SPSS等软件进行中性绘图分析、PR2-plot分析、ENC-plot分析和相关性分析,并选出最优密码子。结果表明,亮叶月季叶绿体基因组密码子不同碱基位置的GC含量顺序分别为GC1(46.38%)>GC2(39.63%)>GC_(3)(25.08%),说明亮叶月季密码子优先使用以A或T结尾的碱基;中性绘图分析结果显示,GC_(12)与GC_(3)的相关性不显著,密码子第3位上的碱基构成可能与第1、2位上的不同,可以推断出密码子的偏好性主要受自然选择的影响;ENC-plot分析结果显示,绝大多数基因在标准曲线的下方,表明ENC的实际值与ENC的预期值之间存在一定距离,可以看出密码子偏好性不仅受到突变压力的影响,还受到选择压力的影响;PR2-plot绘图分析中,大部分亮叶月季密码子基因坐落在右下方,说明密码子在第3位碱基的使用上具有偏好性,且使用次数表现为T>A,G>C。综上,选择和突变等因素共同影响着亮叶月季叶绿体基因组密码子的偏好性。在亮叶月季叶绿体基因组中共筛选出UUU、UUA、CUU、AUA、AAU、GUA、UCA、ACA、CAU、GAU、UGU、CGA、AGU、AGA、GGU、GGA等16个最优密码子,并全部以A或U结尾。
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关键词
亮叶月季
叶绿体基因组
密码子偏好性
突变
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职称材料
226份月季种质资源表型多样性分析及综合评价
被引量:
4
2
作者
程雯慧
梁琪
+5 位作者
穆文静
张彤钰
程培蕾
偶春
杨绍宗
黄长兵
《江苏农业科学》
北大核心
2024年第9期173-181,共9页
以226份月季种质资源为研究对象,对其16个表型性状进行遗传多样性、相关性、聚类和主成分分析,以期为今后月季种质鉴定、亲本选配和种质创新提供理论依据。结果表明,226份月季种质资源的16个表型性状均有变异,变异系数范围为13.05%~52.1...
以226份月季种质资源为研究对象,对其16个表型性状进行遗传多样性、相关性、聚类和主成分分析,以期为今后月季种质鉴定、亲本选配和种质创新提供理论依据。结果表明,226份月季种质资源的16个表型性状均有变异,变异系数范围为13.05%~52.15%,遗传多样性指数较高,表明月季种质资源的表型多样性较为丰富,且性状间存在较大程度的变异,具有较大选择潜力。相关性分析表明,表型性状间存在一定的相关性,瓣数与花型、花量与花梗直立性等呈正相关,而花量与自洁性、瓣数与花梗直立性等呈负相关,说明月季种质资源大部分表型性状间表现为相互制约与相互促进。聚类分析将月季种质资源分为4大类群,表明花色、瓣型、花型、自洁性、花梗直立性、皮刺数量、皮刺颜色、顶端小叶形状和叶边缘锯齿是月季种质资源聚类组群的重要表型性状。主成分分析表明,前6个主成分的特征值均大于1,累计贡献率为63.82%,表明这些性状包含了绝大部分信息,能够反映月季品种的基本特征。综合评价发现第Ⅳ类群月季的观赏性最佳,其次为第Ⅲ类群和第Ⅱ类群,第Ⅰ类群的月季观赏性最差。研究结果可为今后月季种质资源的进一步开发利用以及新品种的培育奠定基础。
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关键词
月季
种质资源
表型性状
遗传多样性
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职称材料
露地盆栽月季主要病虫害及其绿色防控技术
被引量:
7
3
作者
周英
李锋
+1 位作者
朱晓国
耿晓东
《现代农业科技》
2019年第21期129-130,共2页
露地盆栽月季在栽培过程中极易受黑斑病、白粉病、霜霉病、灰霉病、月季长管蚜、二斑叶螨、西花蓟马、花蓟马、月季叶蜂等病虫害侵染,导致月季花期缩短、花朵变小、植株矮小,严重影响其观赏价值。本文介绍了露地盆栽月季主要病虫害及其...
露地盆栽月季在栽培过程中极易受黑斑病、白粉病、霜霉病、灰霉病、月季长管蚜、二斑叶螨、西花蓟马、花蓟马、月季叶蜂等病虫害侵染,导致月季花期缩短、花朵变小、植株矮小,严重影响其观赏价值。本文介绍了露地盆栽月季主要病虫害及其绿色防控技术,以期为月季的栽培管理提供参考。
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关键词
月季
病虫害
绿色防控技术
露地盆栽
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职称材料
萱草根茎低温胁迫转录组分析
被引量:
5
4
作者
黄长兵
程培蕾
+3 位作者
杨绍宗
张焕朝
姜正之
金立敏
《浙江农业学报》
CSCD
北大核心
2021年第8期1445-1460,共16页
低温胁迫是萱草育种和生产中最严重的非生物胁迫之一。该研究以耐冷型和冷敏感型萱草低温处理前后的根茎为材料,利用转录组测序(RNA-seq)技术,比较了耐冷型和冷敏感型萱草在低温胁迫下的基因表达差异。结果表明,4个样品获得的高质量clea...
低温胁迫是萱草育种和生产中最严重的非生物胁迫之一。该研究以耐冷型和冷敏感型萱草低温处理前后的根茎为材料,利用转录组测序(RNA-seq)技术,比较了耐冷型和冷敏感型萱草在低温胁迫下的基因表达差异。结果表明,4个样品获得的高质量clean reads均大于35880734条;低温处理后,耐冷型萱草差异表达基因数量多于冷敏感型,差异表达基因主要富集于次级代谢产物等相关途径,Ca^(2+)信号通路基因、MAPKs信号通路基因、转录因子和热激蛋白基因表达在2种萱草中表现出不同的变化,可能导致2种萱草在低温胁迫中的不同反应。qRT-PCR验证结果显示,差异基因的表达变化趋势与RNA-seq结果一致。该研究表明Ca2+信号通路基因、MAPKs信号通路基因在萱草响应低温胁迫过程中发挥着重要作用。
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关键词
萱草
转录组
差异表达基因
低温胁迫
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职称材料
题名
亮叶月季叶绿体基因组密码子偏好性分析
1
作者
侯哲
姜正之
沈萍
黄长兵
机构
苏州
农业职业技术学院
园
林工程学院
苏州市华冠园创园艺科技有限公司
出处
《江苏农业科学》
北大核心
2025年第7期38-44,共7页
基金
江苏省高等学校基础科学(自然科学)研究面上项目(编号:23KJB220008)
苏州市科技计划(农业科技创新)面上项目(编号:SNG2022025)
+1 种基金
江苏省种业振兴“揭榜挂帅”项目(编号:JBGS[2021]109)
苏州农业职业技术学院博士提升计划科研启动基金(编号:BS[2022]08)。
文摘
本研究选取亮叶月季叶绿体基因组的58条CDS蛋白编码基因序列作为研究对象,进行了密码子偏好性的分析。使用CodonW 1.4.2和EMBOSS软件对亮叶月季的密码子碱基组成进行分析,得到GC、ENC、RSCU等参数,基于这些参数,用Orign、SPSS等软件进行中性绘图分析、PR2-plot分析、ENC-plot分析和相关性分析,并选出最优密码子。结果表明,亮叶月季叶绿体基因组密码子不同碱基位置的GC含量顺序分别为GC1(46.38%)>GC2(39.63%)>GC_(3)(25.08%),说明亮叶月季密码子优先使用以A或T结尾的碱基;中性绘图分析结果显示,GC_(12)与GC_(3)的相关性不显著,密码子第3位上的碱基构成可能与第1、2位上的不同,可以推断出密码子的偏好性主要受自然选择的影响;ENC-plot分析结果显示,绝大多数基因在标准曲线的下方,表明ENC的实际值与ENC的预期值之间存在一定距离,可以看出密码子偏好性不仅受到突变压力的影响,还受到选择压力的影响;PR2-plot绘图分析中,大部分亮叶月季密码子基因坐落在右下方,说明密码子在第3位碱基的使用上具有偏好性,且使用次数表现为T>A,G>C。综上,选择和突变等因素共同影响着亮叶月季叶绿体基因组密码子的偏好性。在亮叶月季叶绿体基因组中共筛选出UUU、UUA、CUU、AUA、AAU、GUA、UCA、ACA、CAU、GAU、UGU、CGA、AGU、AGA、GGU、GGA等16个最优密码子,并全部以A或U结尾。
关键词
亮叶月季
叶绿体基因组
密码子偏好性
突变
选择
分类号
S188 [农业科学—农业基础科学]
S685.120.1 [农业科学—观赏园艺]
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职称材料
题名
226份月季种质资源表型多样性分析及综合评价
被引量:
4
2
作者
程雯慧
梁琪
穆文静
张彤钰
程培蕾
偶春
杨绍宗
黄长兵
机构
苏州
农业职业技术学院/江苏省特色花卉工程研究中心
阜阳师范大学生物与食品工程学院
苏州市华冠园创园艺科技有限公司
出处
《江苏农业科学》
北大核心
2024年第9期173-181,共9页
基金
江苏省种业振兴“揭榜挂帅”项目(编号:JBGS[2021]091)
中央财政林业科技推广示范资金项目(编号:苏[2022]TG10)
+2 种基金
江苏省林业科技创新与推广项目(编号:LYKJ[2021]02)
苏州农业职业技术学院科技培育项目(编号:PY[2022]01)
安徽省科研编制计划项目(编号:2022AH051339)。
文摘
以226份月季种质资源为研究对象,对其16个表型性状进行遗传多样性、相关性、聚类和主成分分析,以期为今后月季种质鉴定、亲本选配和种质创新提供理论依据。结果表明,226份月季种质资源的16个表型性状均有变异,变异系数范围为13.05%~52.15%,遗传多样性指数较高,表明月季种质资源的表型多样性较为丰富,且性状间存在较大程度的变异,具有较大选择潜力。相关性分析表明,表型性状间存在一定的相关性,瓣数与花型、花量与花梗直立性等呈正相关,而花量与自洁性、瓣数与花梗直立性等呈负相关,说明月季种质资源大部分表型性状间表现为相互制约与相互促进。聚类分析将月季种质资源分为4大类群,表明花色、瓣型、花型、自洁性、花梗直立性、皮刺数量、皮刺颜色、顶端小叶形状和叶边缘锯齿是月季种质资源聚类组群的重要表型性状。主成分分析表明,前6个主成分的特征值均大于1,累计贡献率为63.82%,表明这些性状包含了绝大部分信息,能够反映月季品种的基本特征。综合评价发现第Ⅳ类群月季的观赏性最佳,其次为第Ⅲ类群和第Ⅱ类群,第Ⅰ类群的月季观赏性最差。研究结果可为今后月季种质资源的进一步开发利用以及新品种的培育奠定基础。
关键词
月季
种质资源
表型性状
遗传多样性
分类号
S685.120.32 [农业科学—观赏园艺]
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职称材料
题名
露地盆栽月季主要病虫害及其绿色防控技术
被引量:
7
3
作者
周英
李锋
朱晓国
耿晓东
机构
苏州
农业职业技术学院
苏州市华冠园创园艺科技有限公司
出处
《现代农业科技》
2019年第21期129-130,共2页
基金
江苏省“青蓝工程”骨干教师项目(2018-06)
江苏现代农业产业技术体系建设专项资金项目(JATS〔2018〕232)
文摘
露地盆栽月季在栽培过程中极易受黑斑病、白粉病、霜霉病、灰霉病、月季长管蚜、二斑叶螨、西花蓟马、花蓟马、月季叶蜂等病虫害侵染,导致月季花期缩短、花朵变小、植株矮小,严重影响其观赏价值。本文介绍了露地盆栽月季主要病虫害及其绿色防控技术,以期为月季的栽培管理提供参考。
关键词
月季
病虫害
绿色防控技术
露地盆栽
Keywords
rose
disease and pest
green control technology
potted in open field
分类号
S436.8 [农业科学—农业昆虫与害虫防治]
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职称材料
题名
萱草根茎低温胁迫转录组分析
被引量:
5
4
作者
黄长兵
程培蕾
杨绍宗
张焕朝
姜正之
金立敏
机构
南京林业大学南方现代林业协同
创
新中心/林学院
苏州
农业职业技术学院
园艺
科技
学院
苏州市华冠园创园艺科技有限公司
出处
《浙江农业学报》
CSCD
北大核心
2021年第8期1445-1460,共16页
基金
江苏省高等学校自然科学研究(19KJB210017)
苏州市科技计划(SNG2018053)
江苏现代农业产业技术体系(JATS〔2018〕232)。
文摘
低温胁迫是萱草育种和生产中最严重的非生物胁迫之一。该研究以耐冷型和冷敏感型萱草低温处理前后的根茎为材料,利用转录组测序(RNA-seq)技术,比较了耐冷型和冷敏感型萱草在低温胁迫下的基因表达差异。结果表明,4个样品获得的高质量clean reads均大于35880734条;低温处理后,耐冷型萱草差异表达基因数量多于冷敏感型,差异表达基因主要富集于次级代谢产物等相关途径,Ca^(2+)信号通路基因、MAPKs信号通路基因、转录因子和热激蛋白基因表达在2种萱草中表现出不同的变化,可能导致2种萱草在低温胁迫中的不同反应。qRT-PCR验证结果显示,差异基因的表达变化趋势与RNA-seq结果一致。该研究表明Ca2+信号通路基因、MAPKs信号通路基因在萱草响应低温胁迫过程中发挥着重要作用。
关键词
萱草
转录组
差异表达基因
低温胁迫
Keywords
Hemerocallis fulva
transcriptome
differentially expressed genes
low temperature stress
分类号
S682.19 [农业科学—观赏园艺]
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职称材料
题名
作者
出处
发文年
被引量
操作
1
亮叶月季叶绿体基因组密码子偏好性分析
侯哲
姜正之
沈萍
黄长兵
《江苏农业科学》
北大核心
2025
0
在线阅读
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职称材料
2
226份月季种质资源表型多样性分析及综合评价
程雯慧
梁琪
穆文静
张彤钰
程培蕾
偶春
杨绍宗
黄长兵
《江苏农业科学》
北大核心
2024
4
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职称材料
3
露地盆栽月季主要病虫害及其绿色防控技术
周英
李锋
朱晓国
耿晓东
《现代农业科技》
2019
7
在线阅读
下载PDF
职称材料
4
萱草根茎低温胁迫转录组分析
黄长兵
程培蕾
杨绍宗
张焕朝
姜正之
金立敏
《浙江农业学报》
CSCD
北大核心
2021
5
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职称材料
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参考文献
引证文献
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