目的:对1株嵌合抗体(antiCD28:ch-2F5)进行3D建模,并与其抗原分子进行对接,验证是否与抗原抗体结合理论相符,并提供一种抗原抗体及其识别的空间结构分析方法。方法:在http://www.ncbi.nlm.nih.gov网站提交序列进行分析,综合运用GenBank...目的:对1株嵌合抗体(antiCD28:ch-2F5)进行3D建模,并与其抗原分子进行对接,验证是否与抗原抗体结合理论相符,并提供一种抗原抗体及其识别的空间结构分析方法。方法:在http://www.ncbi.nlm.nih.gov网站提交序列进行分析,综合运用GenBank、Protein data bank、GENO-3D等数据库比对分析,用Swiss-model同源建模服务器模建,运用GRAMM-X Protein Docking Web Server在线进行对接,结果采用Chimera软件对嵌合抗体的重、轻链、重/轻链复合体、重/轻链与抗原分子复合体进行3D展示并拍照,并标出抗体重轻链、可变区、恒定区、CDR区、框架区,全方位展示抗体的空间结构。结果:运用该方法构建的重/轻链与抗原分子复合体的3D结构与理论上抗原分子、抗体分子结合的位置相符,对所构建的嵌合抗体从生物信息学角度进行了理论论证。结论:所构建的嵌合抗体分子结构符合抗体的常规结构,与抗原分子结合的位置也符合抗原抗体分子理论结合位点,为抗体的3D结构分析及蛋白质的相互作用提供了例证。展开更多
文摘目的:对1株嵌合抗体(antiCD28:ch-2F5)进行3D建模,并与其抗原分子进行对接,验证是否与抗原抗体结合理论相符,并提供一种抗原抗体及其识别的空间结构分析方法。方法:在http://www.ncbi.nlm.nih.gov网站提交序列进行分析,综合运用GenBank、Protein data bank、GENO-3D等数据库比对分析,用Swiss-model同源建模服务器模建,运用GRAMM-X Protein Docking Web Server在线进行对接,结果采用Chimera软件对嵌合抗体的重、轻链、重/轻链复合体、重/轻链与抗原分子复合体进行3D展示并拍照,并标出抗体重轻链、可变区、恒定区、CDR区、框架区,全方位展示抗体的空间结构。结果:运用该方法构建的重/轻链与抗原分子复合体的3D结构与理论上抗原分子、抗体分子结合的位置相符,对所构建的嵌合抗体从生物信息学角度进行了理论论证。结论:所构建的嵌合抗体分子结构符合抗体的常规结构,与抗原分子结合的位置也符合抗原抗体分子理论结合位点,为抗体的3D结构分析及蛋白质的相互作用提供了例证。
