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题名人Sox10基因启动子区高甲基化的预测和验证
被引量：1
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作者
李文英
余鸿
陈兴书
肖岚
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机构
第三军医大学基础医学部组织学与胚胎学教研室
自贡市第三人民医院病理科
泸州医学院基础医学院组织学与胚胎学教研室
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出处
《第三军医大学学报》
CAS
CSCD
北大核心
2013年第20期2168-2171,共4页
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基金
国家自然科学基金(31100771)
重庆市自然科学基金(2011jjA10029)~~
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文摘
目的运用生物信息学方法预测人Sox10基因启动子区甲基化情况并进行实验验证。方法从GenBank获取人Sox10基因序列,利用Methyprimer 11.0软件、Li lab、CpG Island Searcher预测其启动子区CpG岛。进一步运用甲基化特异性PCR(methylation specific PCR,MSP)和重亚硫酸盐测序(bisulfite sequencing PCR,BSP)方法检测人Sox10基因启动子区CpG岛在多形性胶质母细胞瘤和瘤周组织中的甲基化情况。结果经过生物信息学分析发现,人Sox10基因启动子区存在2个CpG岛,分别为165(1 241～1 405)bp和105(1 478～1 582)bp。针对这两个CpG岛设计引物行MSP和BSP实验,研究发现,在人多形性胶质母细胞瘤和瘤周组织中Sox10基因启动子区CpG岛均出现部分甲基化,其中在多形性胶质母细胞瘤中的甲基化率为90.5%,在瘤周组织中的甲基化率为28.5%。结论本研究证实了人Sox10基因启动子区CpG岛在多形性胶质母细胞瘤中出现高甲基化,提示其表达下调可能受甲基化调节。
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关键词
人Sox10基因启动子区甲基化
生物信息学分析
MSP
BSP
人多形性胶质母细胞瘤
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Keywords
methylation of human Sox10 gene promoter
bioinformatics analysis
methylation specific PCR
bisulfite sequencing PCR
glioblastoma multiforme
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分类号
R394-33
[医药卫生—医学遗传学]
R394.3
[医药卫生—医学遗传学]
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